長田直樹 (Naoki Osada) - マイポータル

基本情報

所属: 北海道大学大学院情報科学研究院准教授

学位: 博士（理学）(東京大学)

研究者番号: 70416270
J-GLOBAL ID: 200901034194227400
researchmap会員ID: 6000000110

外部リンク: https://sites.google.com/view/nosada17/

分子生物学実験，集団遺伝学，バイオインフォマティクスなどの方法を用いて進化の問題に答えようと思っています．ヒトを含めた霊長類を中心に，ショウジョウバエや植物のデータも扱っています．興味がわけば何でもやります．

研究キーワード

研究分野

経歴

2019年4月 - 現在

北海道大学, 大学院情報科学研究院, 准教授
2012年5月 - 現在

放射線医科学総合研究所, 客員研究員
2017年9月 - 2021年3月

北海道大学, 国際連携研究教育局, 准教授
2015年4月 - 2019年3月

北海道大学, 大学院情報科学研究科, 准教授
2010年1月 - 2015年3月

国立遺伝学研究所・総合研究大学院大学, 助教
2011年12月 - 2011年12月

台湾国立成功大学, 客員助理教授
2009年1月 - 2009年12月

台湾国立成功大学, 兼任助理教授
2005年4月 - 2009年12月

独立行政法人医薬基盤研究所, 研究員
2004年10月 - 2005年3月

国立感染症研究所, 研究官
2003年3月 - 2004年10月

シカゴ大学, リサーチアソシエイト
2002年4月 - 2002年12月

東京大学, 特別研究員

受賞

2019年7月

特別研究員等審査会専門委員（書面担当）の表彰, 日本学術振興会

長田直樹
2014年9月

日本遺伝学会奨励賞, ゲノム情報と進化理論の統合による進化機構の解明, 日本遺伝学会

長田直樹
2007年10月

ベストペーパー賞, On the correlation between gene expression pattern and selection intensity in the human genome, 日本遺伝学会

長田直樹

論文

Genomic Evidence for the Complex Evolutionary History of Macaques (Genus Macaca)

Zhenxin Fan, Rusong Zhang, Anbo Zhou, Jody Hey, Yang Song, Naoki Osada, Yuzuru Hamada, Bisong Yue, Jinchuan Xing, Jing Li

Journal of Molecular Evolution 2024年4月18日査読有り
Inference of selective forces on house mouse genomes during secondary contact in East Asia

Kazumichi Fujiwara, Shunpei Kubo, Toshinori Endo, Toyoyuki Takada, Toshihiko Shiroishi, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada

Genome Research 2024年3月20日査読有り最終著者責任著者
Exploring The Interplay Between Scoring Functions and Physico-chemical Properties in Antibody-antigen Docking

Sangeetha Ratnayake, Axel Martinelli, Toshinori Endo, Naoki Osada

IPSJ Transactions on Bioinformatics 17 10-17 2024年2月査読有り最終著者
Phylogenetics and Population Genetics of the Asian House Shrew, Suncus murinus–S. montanus Species Complex, Inferred From Whole-Genome and Mitochondrial DNA Sequences, with Special Reference to the Ryukyu Archipelago, Japan

Satoshi D. Ohdachi, Kazumichi Fujiwara, Chandra Shekhar, Nguyn Trưng Sơn, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada

Zoological Science 41(2) 2024年1月30日査読有り最終著者
The Helicobacter pylori Genome Project: insights into H. pylori population structure from analysis of a worldwide collection of complete genomes

Kaisa Thorell, Zilia Y. Muñoz-Ramírez, Difei Wang, Santiago Sandoval-Motta, Rajiv Boscolo Agostini, Silvia Ghirotto, Roberto C. Torres, Judith Romero-Gallo, Uma Krishna, Richard M. Peek …

Nature Communications 14(1) 2023年12月11日査読有り
Genealogical characterization of regional populations and dorsal coat color variation in the house mouse Mus musculus from Asia based on haplotype structure analysis of a gene-rich region harboring Mc1r

Kazuhiro Zakoh, Kazumichi Fujiwara, Toyoyuki Takada, Naoki Osada, Hitoshi Suzuki

Genes & Genetic Systems 2023年査読有り
Whole-genome sequencing analysis of wild house mice (Mus musculus) captured in Madagascar

Kazumichi Fujiwara, Marie C. Ranorosoa, Satoshi D. Ohdachi, Satoru Arai, Yuki Sakuma, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada

Genes & Genetic Systems 97(4) 193-207 2022年8月1日査読有り最終著者責任著者
A New Approach to Drug Repurposing with Two-Stage Prediction, Machine Learning, and Unsupervised Clustering of Gene Expression

Yi Cong, Misaki Shintani, Fuga Imanari, Naoki Osada, Toshinori Endo

OMICS: A Journal of Integrative Biology 26(6) 339-347 2022年6月1日査読有り
Insights into Mus musculus Population Structure across Eurasia Revealed by Whole-Genome Analysis

Kazumichi Fujiwara, Yosuke Kawai, Toyoyuki Takada, Toshihiko Shiroishi, Naruya Saitou, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada

Genome Biology and Evolution 14(5) 2022年5月3日査読有り最終著者責任著者
Whole-Genome Sequencing of Vero E6 (VERO C1008) and Comparative Analysis of Four Vero Cell Sublines

Kazuhiro Konishi, Toshiyuki Yamaji, Chisato Sakuma, Fumio Kasai, Toshinori Endo, Arihiro Kohara, Kentaro Hanada, Naoki Osada

Frontiers in Genetics 13 1-9 2022年3月22日査読有り最終著者責任著者
Predicting PRDM9 Binding Sites by a Convolutional Neural Network and Verification Using Genetic Recombination Map

Takahiro Nakamura, Toshinori Endo, Naoki Osada

IPSJ Transactions on Bioinformatics 15 9-16 2022年3月査読有り最終著者責任著者
Phylogeographic study using nuclear genome sequences of Asip to infer the origins of ventral fur color variation in the house mouse Mus musculus

Toki Takeishi, Kazumichi Fujiwara, Naoki Osada, Akihiko Mita, Toyoyuki Takada, Toshihiko Shiroishi, Hitoshi Suzuki

Genes & Genetic Systems 96 1-14 2022年3月査読有り
Demographic history of the brown bear (Ursus arctos) on Hokkaido island, Japan, based on whole-genomic sequence analysis.

Yu Endo, Naoki Osada, Tsutomu Mano, Ryuichi Masuda

Genome Biology and Evolution 2021年査読有り
House mouse Mus musculus dispersal in East Eurasia inferred from 98 newly determined complete mitochondrial genome sequences

Yue Li, Kazumichi Fujiwara, Naoki Osada, Yosuke Kawai, Toyoyuki Takada, Alexey P. Kryukov, Kuniya Abe, Hiromichi Yonekawa, Toshihiko Shiroishi, Kazuo Moriwaki …

Heredity 126(1) 132-147 2021年1月査読有り
Exploring models of human migration to the Japanese archipelago using genome-wide genetic data

NAOKI OSADA, YOSUKE KAWAI

Anthropological Science 129(1) 45-58 2021年査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Testing sex-biased admixture origin of macaque species using autosomal and X-chromosomal genomic sequences

Naoki Osada, Kazunari Matsudaira, Yuzuru Hamada, Suchinda Malaivijitnond

Genome Biology and Evolution 13 evaa233 2021年査読有り筆頭著者責任著者
Identification of Characteristic Genomic Markers in Human Hepatoma HuH-7 and Huh7.5.1-8 Cell Lines

Masaki Kawamoto, Toshiyuki Yamaji, Kyoko Saito, Yoshitaka Shirasago, Kazuhiro Satomura, Toshinori Endo, Masayoshi Fukasawa, Kentaro Hanada, Naoki Osada

Frontiers in Genetics 11 2020年10月9日査読有り最終著者責任著者
Comparative characterization of flavivirus production in two cell lines: Human hepatoma-derived Huh7.5.1-8 and African green monkey kidney-derived Vero.

Kyoko Saito, Masayoshi Fukasawa, Yoshitaka Shirasago, Ryosuke Suzuki, Naoki Osada, Toshiyuki Yamaji, Takaji Wakita, Eiji Konishi, Kentaro Hanada

PloS one 15(4) e0232274 2020年査読有り
Dysfunctional missense variant of OAT10/SLC22A13 decreases gout risk and serum uric acid levels.

Toshihide Higashino, Keito Morimoto, Hirofumi Nakaoka, Yu Toyoda, Yusuke Kawamura, Seiko Shimizu, Takahiro Nakamura, Kazuyoshi Hosomichi, Akiyoshi Nakayama, Keiko Ooyama …

Annals of the rheumatic diseases 79(1) 164-166 2020年1月査読有り
Achiasmy and sex chromosome evolution

Kazuhiro Satomura, Naoki Osada, Toshinori Endo

Ecological Genetics and Genomics 13 100045 2019年9月査読有り

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MISC

ソフトウェア紹介13：SLiM－前向きシミュレーターについて

長田直樹

Yaponesian 4(はる) 12-13 2022年6月招待有り
最先端医療の今ヤポネシア人の人口・歴史推定

長田直樹

Medical Science Digest 47(9) 476-478 2021年8月
東アジアから俯瞰する二重構造説

Yaponesian 3(ふゆ) 2021年招待有り
ソフトウェア紹介9：TreeMixとqpGraph

長田直樹

Yaponesian 3(はる) 37-39 2021年
論文紹介4：ゲノム規模の遺伝子データを用いた日本列島への人類の移動モデルの探索

長田直樹

Yaponesian 3(はる) 17-21 2021年招待有り
ソフトウェア紹介6：PLINK

長田直樹

Yaponesian 2(なつ) 9-10 2020年9月招待有り筆頭著者
ソフトウェア紹介1：FastQC

長田直樹

Yaponesian 1(はる) 20-21 2019年5月招待有り
ヤポネシア人の歴史の解明が医学にもたらすもの

長田直樹

実験医学 37 926-936 2019年4月
ソフトウェア紹介はじまります

長田直樹

Yaponesian 27-28 2019年3月
研究計画B03班の紹介

長田直樹

Yaponesian 16-17 2019年3月
Genome-wide analysis of cis- and trans-regulatory effects on gene expression using allele samples from a natural population of Drosophila melanogaster

Naoki Osada, Ryutaro Miyagi, Aya Takahashi

GENES & GENETIC SYSTEMS 91(6) 372-372 2016年12月
Revisiting the Relationship between Evolutionary Conservation and Disease Causality: A Case Study of Beta Globin Gene

Sangeetha Udani Ratnayake, Toshinori Endo, Naoki Osada

GENES & GENETIC SYSTEMS 91(6) 345-345 2016年12月
The cause of gene expression changes in reciprocal crosses of Drosophila melanogaster by measuring allele-specific gene expression

Yasuaki Takada, Aya Takahashi, Ryutaro Miyagi, Toshinori Endo, Naoki Osada

GENES & GENETIC SYSTEMS 91(6) 372-372 2016年12月
古代ゲノムの解析手法（情報編）

長田直樹

細胞工学 34 1092-1095 2015年11月招待有り
Genome-scale approaches for studying human and non-human primate evolution

Naoki Osada

Genes and Genetic Systems 90(3) 121-122 2015年10月27日
ポスドクからの留学先の選び方

長田直樹

実験医学Webコラム 2015年8月招待有り
ゲノム情報から生物進化の過程に迫る

長田直樹

北海道大学大学院情報科学研究科ネットジャーナル 40 2015年6月
Lineage-specific genome evolution in the Drosophila melanogaster subgroup

Neha Mishra, Tomotaka Matsumoto, Naoki Osada, Hiroshi Akashi

GENES & GENETIC SYSTEMS 89(6) 277-277 2014年12月
大規模全ゲノムシーケンシングによるニホンザルの種特異的ゲノム情報の探索

福多賢太郎, 野口英樹, 豊田敦, 長田直樹, 郷康弘, 石田貴文, 伊佐正, 藤山秋佐夫

霊長類研究 Supplement 30 49-49 2014年
進化学者に聞く！学生からの10の質問

長田直樹

日本進化学会ニュース 15(2) 6-7 2014年

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書籍等出版物

霊長類学の百科事典 = The encyclopedia of primatology

日本霊長類学会 (担当:分担執筆, 範囲:pp10-11,44-45)

丸善出版 2023年7月 (ISBN: 9784621308042)
遺伝学の百科事典 : 継承と多様性の源

日本遺伝学会 (担当:分担執筆, 範囲:pp42-43, 418-419)

丸善出版 2022年1月 (ISBN: 9784621306604)
進化で読み解くバイオインフォマティクス入門

長田直樹

森北出版 2019年6月 (ISBN: 4627261411)
ヒトは病気とともに進化した (シリーズ認知と文化)

太田博樹, 長谷川真理子

勁草書房 2013年12月 (ISBN: 4326199458)
遺伝子図鑑

明石裕, 長田直樹 (担当:分担執筆, 範囲:第7章1,2,11節)

悠書館 2013年10月 (ISBN: 4903487792)
Post-Genome Biology of Primates (Primatology Monographs)

Hirohisa Hirai, Hiroo Imai, Yasuhiro Go

Springer 2012年3月19日 (ISBN: 4431540105)
Handbook of human molecular evolution : [set]

Cooper David, N. Dr, Kehrer-Sawatzki Hildegard, Dawkins Richard

John Wiley & Sons 2008年 (ISBN: 9780470517468)

講演・口頭発表等

124

Inference of population history and selective force on house mouse genomes during secondary contact in East Asia

Naoki Osada

SMBE Regional Meeting in Taiwan 2024年3月29日招待有り
ゲノムデータのQC，マッピング，バリアントコール，フィルタリング

長田直樹

第一回統合生物考古学セミナー 2023年12月9日
東アジアにおいて野生ハツカネズミが辿った歴史と進化

長田直樹

第33回モロシヌス研究会 2023年11月23日
ほぼ中立説と弱有害変異について―霊長類・げっ歯類ゲノム研究の視点から

長田直樹

日本遺伝学会第95回大会 2023年9月7日招待有り
人類の移動に伴う小型げっ歯類の拡散と進化

長田直樹

日本進化学会第25回沖縄大会 2023年8月31日招待有り
ゲノム多様性のバイオインフォマティクス解析：野生ハツカネズミの歴史とゲノム進化

長田直樹

第一回北海道バイオ”Mix up” 2023年8月9日
Genomic Insights into the Hybridization of House Mouse Subspecies in East Asia

Naoki Osada

SMBE2023 2023年7月25日
Hybrids meet in Japan: pattern and mode of genomic admixture between subspecies of wild house mice (Mus musculus) in East Asia

Kazumichi Fujiwara, Shunpei Kubo, Tomoki Yano, Toshinori Endo, Toyoyuki Takada, Toshihiko Shiroishi, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada

IMGC2023 2023年3月1日
日本産野生ハツカネズミの混合過程における選択について

久保俊平, 藤原一道, 長田直樹

第4回ヤポネシアくにうみミーティング 2023年3月1日
時をかけるゲノム～膨大な遺伝情報からたどるヤポネシア人の起源

長田直樹

サイエンスカフェ 2022年10月18日招待有り
ゲノムから探る人類と野生ハツカネズミの歴史

長田直樹

第94回日本遺伝学会大会 2022年10月16日
人類の多様性と歴史を解明するバイオインフォマティクス

長田直樹

第二回名古屋産学官・医連携研究会（NJK） 2022年8月9日招待有り
くにうみやわらか講座：ゲノム解析の基礎と考え方

長田直樹

第3回ヤポネシアゲノムくにうみミーティング 2022年3月15日招待有り
東アジア人の分化と歴史

長田直樹

第3回ヤポネシアゲノムくにうみミーティング 2022年3月15日
東アジアから俯瞰する二重構造説

長田直樹

埴原和郎二重構造モデル論文発表30周年記念公開シンポジウム 2021年11月28日招待有り
現代・古代人ゲノム情報を用いた日本列島への移住経路と混合様式の推定

長田直樹

日本人類遺伝学会第67回大会 2021年10月15日招待有り
古代・現代人ゲノムデータをもとにしたヤポネシアへの人類移住経路の考察

長田直樹

第75回日本人類学会 2021年10月11日招待有り
現代・古代東アジア人の遺伝的構造について

長田直樹

第2回ヤポネシアゲノムくにうみミーティング 2021年3月2日招待有り
Genome-wide genetic diversity of wild house mice across Eurasia

Naoki Osada

Genome Concept Centennial Symposium 2021年2月17日招待有り
マカク属7種のゲノム解析による進化モデルの構築

長田直樹, 松平一成, 濱田穣, Malaivijitnond Suchinda

第36回日本霊長類学会 2020年12月6日

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担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

先史人類による人為的環境形成（動物相）に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2023年4月 - 2028年3月

長田直樹
日本列島域における先史人類史の総合的復元方法の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2023年4月 - 2028年3月

山田康弘
ヒトゲノム中に多型的に存在するウイルス様配列の大規模探索と集団ゲノム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

長田直樹, 河合洋介
種内数千ゲノム比較によるピンポイント適応変異数千の検出

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

小林一三, 長田直樹, 内山郁夫, 大崎敬子, 印南秀樹
血中exosome内circRNA発現解析による膵癌の診断・予後関連マーカー探索

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

柿坂達彦, 蒲池浩文, 長田直樹, 神山俊哉, 折茂達也
ヤポネシア人の人口推定を中心とした巨大データ解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年6月 - 2023年3月

長田直樹, 五條堀淳, 河合洋介, 藤本明洋
ゲノム配列を核としたヤポネシア人の起源と成立の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年6月 - 2023年3月

斎藤成也, 藤尾慎一郎, 木部暢子, 篠田謙一, 遠藤光暁, 鈴木仁, 長田直樹
補完的分子進化に関する理論的・実験的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2014年4月 - 2017年3月

長田直樹
霊長類ゲノムをモデルとした塩基配列進化の総合的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2014年4月 - 2017年3月

斎藤成也, 池尾一穂, 太田聡史, 長田直樹, 古賀章彦, 北野誉
体色の多様化が生む脳遺伝子の発現変化と性行動不適合性の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2016年3月

高橋文, 長田直樹
次世代シークエンサーを用いた人工・自然雑種の遺伝子発現ネットワーク解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(A) 2010年4月 - 2014年3月

長田直樹
動物資源の安定供給に向けた繁殖および品質管理技術の高度化に関する研究

厚生労働省生物資源研究事業 2007年5月 - 2010年3月

寺尾恵治
ケモカインファミリー遺伝子の「生と死」と新規機能獲得に関する研究

文部科学省科学研究費補助金(基盤研究(C)) 基盤研究(C) 2007年 - 2008年

野見山尚之, 瀬戸山千秋, 長田直樹
実験用霊長類(マカク属)における種内および種間の遺伝的多様性に関する研究

文部科学省科学研究費補助金(若手研究(B)) 若手研究(B) 2007年 - 2008年

長田直樹

学歴

1997年4月 - 2002年3月

東京大学大学院, 理学系研究科, 生物科学専攻
1993年4月 - 1997年3月

東京大学, 理学部, 生物学科

委員歴

2023年4月 - 2025年3月

日本遺伝学会, 評議員
2022年7月 - 2024年6月

日本進化学会, 代議員
2020年1月 - 2020年12月

文部科学省, 科研費専門委員会委員
2019年1月 - 2020年12月

日本遺伝学会, 評議員
2018年8月 - 2019年8月

第21回日本進化学会大会, 大会準備委員長
2016年1月 - 2019年8月

日本進化学会, 代議員
2017年7月 - 2019年6月

日本学術振興会, 特別研究員等審査会専門委員，卓越研究員候補者選考委員会書面審査員及び国際事業委員会書面審査員・書面評価員
2018年6月 - 2019年3月

原子力規制庁, 「染色体線量評価手法の標準化に向けた画像解析技術に係る検討会」委員
2018年1月 - 2018年12月

文部科学省, 科研費専門委員会委員
2017年1月 - 2018年12月

日本遺伝学会, 評議員
2015年10月 - 2018年10月

先端科学シンポジウム（FoS）シンポジウム事業委員会, プラニンググループメンバー（PGM）
2018年8月 - 2018年8月

日本進化学会, 設立時理事
2016年1月 - 2018年8月

日本進化学会, 渉外幹事（国内）
2017年1月 - 2017年12月

バイオインフォマティクス学会, 2017運営委員
2014年1月 - 2015年12月

日本進化学会, 庶務幹事
2015年10月 - 2015年10月

第12回日独先端科学シンポジウム（JGFoS）, 研究参加者
2011年7月 - 2015年7月

日本霊長類学会, 自然保護幹事
2011年1月 - 2011年12月

国際分子進化学会（SMBE2011）, Program Committee
2010年1月 - 2010年12月

国際霊長類学会会議（IPS2010）, Scientific Committee

長田直樹

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

学歴

委員歴

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