長田直樹 (Naoki Osada) - マイポータル - researchmap

基本情報

所属: 北海道大学大学院情報科学研究院准教授

学位: 博士（理学）(2002年3月東京大学)

研究者番号: 70416270
J-GLOBAL ID: 200901034194227400
researchmap会員ID: 6000000110

外部リンク: https://sites.google.com/view/nosada17/

色々な生物のゲノム多様性解析を行っています．

研究キーワード

17

研究分野

4

学歴

2

1997年4月 - 2002年3月

東京大学大学院, 理学系研究科, 生物科学専攻
1993年4月 - 1997年3月

東京大学, 理学部, 生物学科

経歴

13

2023年4月 - 現在

札幌医科大学, 非常勤講師
2019年4月 - 現在

北海道大学, 大学院情報科学研究院, 准教授
2024年4月

名古屋大学, 大学院生命農学研究科, 非常勤講師
2017年9月 - 2021年3月

北海道大学, 国際連携研究教育局, 准教授
2012年5月 - 2020年3月

放射線医科学総合研究所, 客員研究員
2015年4月 - 2019年3月

北海道大学, 大学院情報科学研究科, 准教授
2010年1月 - 2015年3月

国立遺伝学研究所・総合研究大学院大学, 助教
2011年12月 - 2011年12月

台湾国立成功大学, 客員助理教授
2009年1月 - 2009年12月

台湾国立成功大学, 兼任助理教授
2005年4月 - 2009年12月

独立行政法人医薬基盤研究所, 研究員
2004年10月 - 2005年3月

国立感染症研究所, 研究官
2003年3月 - 2004年10月

シカゴ大学, リサーチアソシエイト
2002年4月 - 2002年12月

東京大学, 特別研究員

受賞

3

2019年7月

特別研究員等審査会専門委員（書面担当）の表彰, 日本学術振興会

長田直樹
2014年9月

日本遺伝学会奨励賞, ゲノム情報と進化理論の統合による進化機構の解明, 日本遺伝学会

長田直樹
2007年10月

ベストペーパー賞, On the correlation between gene expression pattern and selection intensity in the human genome, 日本遺伝学会

長田直樹

論文

97

Helicobacter pylori base-excision restriction enzyme in stomach carcinogenesis

Masaki Fukuyo, Noriko Takahashi, Katsuhiro Hanada, Ken Ishikawa, Česlovas Venclovas, Koji Yahara, Hideo Yonezawa, Takeshi Terabayashi, Yukako Katsura, Naoki Osada …

PNAS Nexus 7(8) pgaf244 2025年8月5日査読有り
Copy Number Variation in the Amylase Gene (AMY) in the Brown Bear (Ursus arctos), Based on Whole Genome Resequencing Data

Naoko Kotani, Yu Endo, Naoki Osada, Tsutomu Mano, Alexei V. Abramov, Ryuichi Masuda

Zoological Science 42(4) 366-373 2025年7月14日査読有り
Compensatory Evolution

Naoki Osada

Reference Module in Life Sciences 2025年6月招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Population genetic structure of two mole species (Mogera imaizumii and M. wogura) in the Japanese Archipelago

Takeru Tsunoi, Gohta Kinoshita, Reiko Mitsuhashi, Masashi Harada, Jun J Sato, Shoji Tatsumoto, Yasuhiro Go, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada

Journal of Mammalogy 2025年1月20日査読有り最終著者
Population Genomics of Japanese Macaques (Macaca fuscata): Insights Into Deep Population Divergence and Multiple Merging Histories

Atsunori Higashino, Katsuki Nakamura, Naoki Osada

Genome Biology and Evolution 17(1) 2025年1月6日査読有り最終著者責任著者
Gene content, phage cycle regulation model and prophage inactivation disclosed by prophage genomics in the Helicobacter pylori Genome Project

Filipa F. Vale, Richard J. Roberts, Ichizo Kobayashi, M. Constanza Camargo, Charles S. Rabkin

Gut Microbes 16(1) 2024年8月12日査読有り
Genomic Evidence for the Complex Evolutionary History of Macaques (Genus Macaca)

Zhenxin Fan, Rusong Zhang, Anbo Zhou, Jody Hey, Yang Song, Naoki Osada, Yuzuru Hamada, Bisong Yue, Jinchuan Xing, Jing Li

Journal of Molecular Evolution 92 286-299 2024年4月18日査読有り
Inference of selective forces on house mouse genomes during secondary contact in East Asia

Kazumichi Fujiwara, Shunpei Kubo, Toshinori Endo, Toyoyuki Takada, Toshihiko Shiroishi, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada

Genome Research 34 366-375 2024年3月20日査読有り最終著者責任著者
Exploring The Interplay Between Scoring Functions and Physico-chemical Properties in Antibody-antigen Docking

Sangeetha Ratnayake, Axel Martinelli, Toshinori Endo, Naoki Osada

IPSJ Transactions on Bioinformatics 17 10-17 2024年2月査読有り最終著者
Phylogenetics and Population Genetics of the Asian House Shrew, Suncus murinus–S. montanus Species Complex, Inferred From Whole-Genome and Mitochondrial DNA Sequences, with Special Reference to the Ryukyu Archipelago, Japan

Satoshi D. Ohdachi, Kazumichi Fujiwara, Chandra Shekhar, Nguyn Trưng Sơn, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada

Zoological Science 41(2) 2024年1月30日査読有り最終著者
Advancing Antibody-antigen Interface Analysis in Docking Scoring Functions for Precision Docking Analysis

Sangeetha Ratnayake, Axel Martinelli, Toshinori Endo, Naoki Osada

IPSJ Transactions on Bioinformatics 17 40-47 2024年査読有り最終著者
The Helicobacter pylori Genome Project: insights into H. pylori population structure from analysis of a worldwide collection of complete genomes

Kaisa Thorell, Zilia Y. Muñoz-Ramírez, Difei Wang, Santiago Sandoval-Motta, Rajiv Boscolo Agostini, Silvia Ghirotto, Roberto C. Torres, Judith Romero-Gallo, Uma Krishna, Richard M. Peek …

Nature Communications 14(1) 8184 2023年12月11日査読有り
Genealogical characterization of regional populations and dorsal coat color variation in the house mouse Mus musculus from Asia based on haplotype structure analysis of a gene-rich region harboring Mc1r

Kazuhiro Zakoh, Kazumichi Fujiwara, Toyoyuki Takada, Naoki Osada, Hitoshi Suzuki

Genes & Genetic Systems 98 73-87 2023年査読有り
Whole-genome sequencing analysis of wild house mice (Mus musculus) captured in Madagascar

Kazumichi Fujiwara, Marie C. Ranorosoa, Satoshi D. Ohdachi, Satoru Arai, Yuki Sakuma, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada

Genes & Genetic Systems 97(4) 193-207 2022年8月1日査読有り最終著者責任著者
A New Approach to Drug Repurposing with Two-Stage Prediction, Machine Learning, and Unsupervised Clustering of Gene Expression

Yi Cong, Misaki Shintani, Fuga Imanari, Naoki Osada, Toshinori Endo

OMICS: A Journal of Integrative Biology 26(6) 339-347 2022年6月1日査読有り
Insights into Mus musculus Population Structure across Eurasia Revealed by Whole-Genome Analysis

Kazumichi Fujiwara, Yosuke Kawai, Toyoyuki Takada, Toshihiko Shiroishi, Naruya Saitou, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada

Genome Biology and Evolution 14(5) 2022年5月3日査読有り最終著者責任著者
Whole-Genome Sequencing of Vero E6 (VERO C1008) and Comparative Analysis of Four Vero Cell Sublines

Kazuhiro Konishi, Toshiyuki Yamaji, Chisato Sakuma, Fumio Kasai, Toshinori Endo, Arihiro Kohara, Kentaro Hanada, Naoki Osada

Frontiers in Genetics 13 1-9 2022年3月22日査読有り最終著者責任著者
Predicting PRDM9 Binding Sites by a Convolutional Neural Network and Verification Using Genetic Recombination Map

Takahiro Nakamura, Toshinori Endo, Naoki Osada

IPSJ Transactions on Bioinformatics 15 9-16 2022年3月査読有り最終著者責任著者
Phylogeographic study using nuclear genome sequences of Asip to infer the origins of ventral fur color variation in the house mouse Mus musculus

Toki Takeishi, Kazumichi Fujiwara, Naoki Osada, Akihiko Mita, Toyoyuki Takada, Toshihiko Shiroishi, Hitoshi Suzuki

Genes & Genetic Systems 96 1-14 2022年3月査読有り
Demographic history of the brown bear (Ursus arctos) on Hokkaido island, Japan, based on whole-genomic sequence analysis.

Yu Endo, Naoki Osada, Tsutomu Mano, Ryuichi Masuda

Genome Biology and Evolution 2021年査読有り

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書籍等出版物

13

ヤポネシアの動植物ゲノム = Deciphering plant and animal genomes in Yaponesia

鈴木, 仁, 長田, 直樹 (担当:編者(編著者))

朝倉書店 2025年8月 (ISBN: 9784254177930)
ヤポネシアの現代人ゲノム = Deciphering modern human genomes in Yaponesia

斎藤, 成也 (担当:分担執筆, 範囲:第2章二重構造モデルの検証)

朝倉書店 2025年4月 (ISBN: 9784254177916)
ゲノム多様性解析 = Genome diversity analysis

長田, 直樹, 藤本, 明洋, 河合, 洋介, 五條堀, 淳, 東野, 俊英, 木村, 亮介, 理学, 松波, 雅俊 (担当:編者(編著者))

森北出版 2025年3月 (ISBN: 9784627261716)
Evaluating the Interesting Journey of Taro Plant Varieties to Japan Using Phylogenetic Analysis

Reiko Motohashi, Yuina Saitou, Natsuki Shinomura, Tatsuo Konishi, Hiroshi Fujii, Mitsuo Omura, Naoki Osada (担当:分担執筆, 範囲:Chapter 7)

Springer Nature 2024年10月 (ISBN: 9789819768868)
Human Impacts on the Evolution of Rats and Mice in East Asia

Naoki Osada, Hitoshi Suzuki (担当:分担執筆, 範囲:Chapter 2)

Springer Nature 2024年10月 (ISBN: 9789819768875)
Phylogeographic History of Plants and Animals Coexisting with Humans in Asia

Naoki Osada, Masahiko Kumagai, Hitoshi Suzuki, Mitsuaki Endo (担当:共編者(共編著者))

Springer Nature 2024年10月 (ISBN: 9789819768875)
霊長類学の百科事典 = The encyclopedia of primatology

日本霊長類学会 (担当:分担執筆)

丸善出版 2023年7月 (ISBN: 9784621308042)
遺伝学の百科事典 : 継承と多様性の源

日本遺伝学会 (担当:分担執筆, 範囲:pp42-43, 418-419)

丸善出版 2022年1月 (ISBN: 9784621306604)
進化で読み解くバイオインフォマティクス入門

長田直樹

森北出版 2019年6月28日 (ISBN: 4627261411)
ヒトは病気とともに進化した (シリーズ認知と文化)

太田博樹, 長谷川真理子

勁草書房 2013年12月 (ISBN: 4326199458)
遺伝子図鑑

国立遺伝学研究所「遺伝子図鑑」編集委員会, 国立遺伝学研究所

悠書館 2013年10月1日 (ISBN: 4903487792)
Post-Genome Biology of Primates (Primatology Monographs)

Hirohisa Hirai, Hiroo Imai, Yasuhiro Go

Springer 2012年3月19日 (ISBN: 4431540105)
Handbook of human molecular evolution

Cooper, David N., Dr, Kehrer-Sawatzki, Hildegard, Dawkins, Richard (担当:分担執筆)

John Wiley & Sons 2008年 (ISBN: 9780470517468)

講演・口頭発表等

127

ハツカネズミから知る人類の歴史

長田直樹

第79回日本人類学会大会 2025年10月12日招待有り
集団遺伝学基礎講義・「ゲノム多様性解析」ハンズオンセミナー

長田直樹,木村亮介,河合洋介

2025年9月27日招待有り
次世代シークエンサーを用いたゲノム多様性解析の概要

長田直樹

第26回日本進化学会神奈川大会 2024年8月24日招待有り
Inference of population history and selective force on house mouse genomes during secondary contact in East Asia

Naoki Osada

SMBE Regional Meeting in Taiwan 2024年3月29日招待有り
ゲノムデータのQC，マッピング，バリアントコール，フィルタリング

長田直樹

第一回統合生物考古学セミナー 2023年12月9日
東アジアにおいて野生ハツカネズミが辿った歴史と進化

長田直樹

第33回モロシヌス研究会 2023年11月23日
ほぼ中立説と弱有害変異について―霊長類・げっ歯類ゲノム研究の視点から

長田直樹

日本遺伝学会第95回大会 2023年9月7日招待有り
人類の移動に伴う小型げっ歯類の拡散と進化

長田直樹

日本進化学会第25回沖縄大会 2023年8月31日招待有り
ゲノム多様性のバイオインフォマティクス解析：野生ハツカネズミの歴史とゲノム進化

長田直樹

第一回北海道バイオ”Mix up” 2023年8月9日
Genomic Insights into the Hybridization of House Mouse Subspecies in East Asia

Naoki Osada

SMBE2023 2023年7月25日
Hybrids meet in Japan: pattern and mode of genomic admixture between subspecies of wild house mice (Mus musculus) in East Asia

Kazumichi Fujiwara, Shunpei Kubo, Tomoki Yano, Toshinori Endo, Toyoyuki Takada, Toshihiko Shiroishi, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada

IMGC2023 2023年3月1日
日本産野生ハツカネズミの混合過程における選択について

久保俊平, 藤原一道, 長田直樹

第4回ヤポネシアくにうみミーティング 2023年3月1日
時をかけるゲノム～膨大な遺伝情報からたどるヤポネシア人の起源

長田直樹

サイエンスカフェ 2022年10月18日招待有り
ゲノムから探る人類と野生ハツカネズミの歴史

長田直樹

第94回日本遺伝学会大会 2022年10月16日
人類の多様性と歴史を解明するバイオインフォマティクス

長田直樹

第二回名古屋産学官・医連携研究会（NJK） 2022年8月9日招待有り
くにうみやわらか講座：ゲノム解析の基礎と考え方

長田直樹

第3回ヤポネシアゲノムくにうみミーティング 2022年3月15日招待有り
東アジア人の分化と歴史

長田直樹

第3回ヤポネシアゲノムくにうみミーティング 2022年3月15日
東アジアから俯瞰する二重構造説

長田直樹

埴原和郎二重構造モデル論文発表30周年記念公開シンポジウム 2021年11月28日招待有り
現代・古代人ゲノム情報を用いた日本列島への移住経路と混合様式の推定

長田直樹

日本人類遺伝学会第67回大会 2021年10月15日招待有り
古代・現代人ゲノムデータをもとにしたヤポネシアへの人類移住経路の考察

長田直樹

第75回日本人類学会 2021年10月11日招待有り

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MISC

64

Simulated short-read sequence dataset of Fictus yaponesiae

Naoki Osada

Zenodo 2025年3月
日本列島域先史時代の人類と動物

長田直樹

細胞 56 34-35 2024年11月招待有り
東アジアのハツカネズミにおける亜種間交雑によるゲノム進化

藤原一道, 長田直樹

実験医学 42 2549-2552 2024年10月招待有り最終著者
De novo Gene Birth:ゲノムの非コード領域から新たに誕生する遺伝子

細川竜聡, 里村和浩, 長田直樹, 遠藤俊徳

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 95th (CD-ROM) 2023年
ソフトウェア紹介13：SLiM－前向きシミュレーターについて

長田直樹

Yaponesian 4(はる) 12-13 2022年6月招待有り
オミックスデータを用いたde novo gene birthメカニズムの探索

細川竜聡, 里村和浩, 長田直樹, 遠藤俊徳

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 94th (CD-ROM) 2022年
最先端医療の今ヤポネシア人の人口・歴史推定

長田直樹

Medical Science Digest 47(9) 476-478 2021年8月
現代・古代人ゲノム情報を用いた日本列島への移住経路と混合様式の推定

長田直樹

日本人類遺伝学会大会(CD-ROM) 66th 2021年
栽培アワの日本への伝播と野生種との相互作用の歴史

里村和浩, 長田直樹, 遠藤俊徳

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 23rd 2021年
疾患特異的遺伝子発現データに対する非線形次元削減法を用いた標的外薬効の探索

YI Cong, 新谷美咲, 今成楓河, 長田直樹, 遠藤俊徳

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
東アジアから俯瞰する二重構造説

Yaponesian 3(ふゆ) 2021年招待有り
ソフトウェア紹介9：TreeMixとqpGraph

長田直樹

Yaponesian 3(はる) 37-39 2021年
論文紹介4：ゲノム規模の遺伝子データを用いた日本列島への人類の移動モデルの探索

長田直樹

Yaponesian 3(はる) 17-21 2021年招待有り
ソフトウェア紹介6：PLINK

長田直樹

Yaponesian 2(なつ) 9-10 2020年9月招待有り筆頭著者
栽培植物アワおよびキビの系統化の歴史

里村和浩, 長田直樹, 遠藤俊徳

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 92nd 2020年
膜翅目の多様性に影響を与えた遺伝子重複進化の解析

津田康太朗, 里村和浩, 長田直樹, 遠藤俊徳

情報処理学会研究報告(Web) 2020(BIO-64) 2020年
組織特異的な遺伝子発現に影響を与えた転移因子の同定

島野桂伍, 里村和浩, 長田直樹, 遠藤俊徳

情報処理学会研究報告(Web) 2020(BIO-64) 2020年
マウスのアレル特異的遺伝子発現における遺伝的・後成遺伝的効果に関する推定とその検証

滝澤紘樹, 里村和浩, 遠藤俊徳, 長田直樹

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 22nd 2020年
全ゲノム配列を用いたVero細胞系列の系統比較

小西一弘, 里村和浩, 遠藤俊徳, 花田賢太郎, 長田直樹

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 22nd 2020年
栽培植物アワの系統化の歴史

里村和浩, 長田直樹, 遠藤俊徳

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 22nd 2020年

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担当経験のある科目(授業)

3

所属学協会

7

共同研究・競争的資金等の研究課題

15

先史人類による人為的環境形成（動物相）に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2023年4月 - 2028年3月

長田直樹
日本列島域における先史人類史の総合的復元方法の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2023年4月 - 2028年3月

山田康弘
ヒトゲノム中に多型的に存在するウイルス様配列の大規模探索と集団ゲノム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

長田直樹, 河合洋介
ヒトゲノム中に多型的に存在するウイルス様配列の大規模探索と集団ゲノム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

長田直樹, 河合洋介
種内数千ゲノム比較によるピンポイント適応変異数千の検出

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

小林一三, 長田直樹, 内山郁夫, 大崎敬子, 印南秀樹
血中exosome内circRNA発現解析による膵癌の診断・予後関連マーカー探索

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

柿坂達彦, 蒲池浩文, 長田直樹, 神山俊哉, 折茂達也
ヤポネシア人の人口推定を中心とした巨大データ解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年6月 - 2023年3月

長田直樹, 五條堀淳, 河合洋介, 藤本明洋
ゲノム配列を核としたヤポネシア人の起源と成立の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年6月 - 2023年3月

斎藤成也, 藤尾慎一郎, 木部暢子, 篠田謙一, 遠藤光暁, 鈴木仁, 長田直樹
補完的分子進化に関する理論的・実験的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2014年4月 - 2017年3月

長田直樹
霊長類ゲノムをモデルとした塩基配列進化の総合的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2014年4月 - 2017年3月

斎藤成也, 池尾一穂, 太田聡史, 長田直樹, 古賀章彦, 北野誉
体色の多様化が生む脳遺伝子の発現変化と性行動不適合性の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2016年3月

高橋文, 長田直樹
次世代シークエンサーを用いた人工・自然雑種の遺伝子発現ネットワーク解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(A) 2010年4月 - 2014年3月

長田直樹
動物資源の安定供給に向けた繁殖および品質管理技術の高度化に関する研究

厚生労働省生物資源研究事業 2007年5月 - 2010年3月

寺尾恵治
ケモカインファミリー遺伝子の「生と死」と新規機能獲得に関する研究

文部科学省科学研究費補助金(基盤研究(C)) 基盤研究(C) 2007年 - 2008年

野見山尚之, 瀬戸山千秋, 長田直樹
実験用霊長類(マカク属)における種内および種間の遺伝的多様性に関する研究

文部科学省科学研究費補助金(若手研究(B)) 若手研究(B) 2007年 - 2008年

長田直樹

委員歴

22

2022年7月 - 2026年6月

日本進化学会, 代議員
2025年3月 - 2025年3月

日本学術振興会, 第16回HOPEミーティングモデレーター
2023年4月 - 2024年3月

日本遺伝学会, 評議員
2023年 - 2023年

文部科学省, 科研費専門委員会委員
2020年11月 - 2022年10月

日本学術振興会, 科学研究費委員会委員・挑戦的研究部会委員・挑戦的研究部会第45小委員会委員（2021年度幹事，2022年副幹事）
2020年1月 - 2020年12月

文部科学省, 科研費専門委員会委員
2019年1月 - 2020年12月

日本遺伝学会, 評議員
2018年8月 - 2019年8月

第21回日本進化学会大会, 大会準備委員長
2016年1月 - 2019年8月

日本進化学会, 代議員
2017年7月 - 2019年6月

日本学術振興会, 特別研究員等審査会専門委員，卓越研究員候補者選考委員会書面審査員及び国際事業委員会書面審査員・書面評価員
2018年6月 - 2019年3月

原子力規制庁, 「染色体線量評価手法の標準化に向けた画像解析技術に係る検討会」委員
2018年1月 - 2018年12月

文部科学省, 科研費専門委員会委員
2017年1月 - 2018年12月

日本遺伝学会, 評議員
2015年10月 - 2018年10月

先端科学シンポジウム（FoS）シンポジウム事業委員会, プラニンググループメンバー（PGM）
2018年8月 - 2018年8月

日本進化学会, 設立時理事
2016年1月 - 2018年8月

日本進化学会, 渉外幹事（国内）
2017年1月 - 2017年12月

バイオインフォマティクス学会, 2017運営委員
2014年1月 - 2015年12月

日本進化学会, 庶務幹事
2015年10月 - 2015年10月

第12回日独先端科学シンポジウム（JGFoS）, 研究参加者
2011年7月 - 2015年7月

日本霊長類学会, 自然保護幹事

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