斎藤成也を中心に、進化的に保存されている非コード領域（ＣＮＳ）について、全真核生物、羊膜類、ヒト上科、ヒト科といったさまざまな生物群のゲノムを比較して一連の解析をおこない、ＣＮＳのさまざまな新規特徴があきらかになった。古賀章彦を中心に、新世界ザルの反復配列進化を解析した。北野誉を中心に、チンパンジーのＲｈ式血液型遺伝子の構造を詳細に解析した。長田直樹を中心に、モーリシャス島のカニクイザルゲノム配列を解析した。またチベットマカクのゲノム解析もおこなった。太田聡史を中心に、マウスのENU誘発突然変異のパターンを解析した。池尾一穂を中心に、カニクイザルゲノムのアノテーションを行なった。