当初の計画に沿って研究を進行したが，その他の関連する研究も行った．ヤポネシア人ゲノムの解析については，東アジア人におけるアミラーゼ遺伝子のコピー数推定を行った．その際，コピー数推定のバラツキが少なくなるような手法を開発し，従来手法よりもよい精度で東アジア人集団のアミラーゼ遺伝子コピー数推定を行った．その結果，縄文人が現代東アジア人で典型的な8コピーのAMY1遺伝子をもっていることが示された．また，ハプロタイプ情報を用いてヤポネシア人と他の人類集団との分岐年代を推定した．その他，新規手法に基づいて同定されたマイクロサテライト配列の多型を用いて人類集団の解析を行い，従来手法よりもSNP解析に近い結果を得ることができた．さらに，9850人のヤポネシア人全ゲノムシークエンスデータの解析を行い，日本列島内での現代人の遺伝的構造を高解像度で示すことに成功した．他に，希少変異解析を用いて複数の縄文人個体ゲノムや弥生人ゲノムを解析し，別の手法を用いて解析を行った結果と比較した．
その他，マダガスカル産ハツカネズミの全ゲノム解析による渡来経路の推定，北海道産ヒグマの全ゲノム解析による集団動態の解析，日本列島におけるハツカネズミの亜種間交雑過程の全ゲノム規模での解析，ハイイロオオカミ，ニホンオオカミ，イヌなどのゲノム解析に関する研究など，ヤポネシア人に関する研究だけでなく，動植物のゲノム解析などについての解析を他研究班と共同で進めた．