泰地真弘人 (Makoto Taiji) - マイポータル

基本情報

所属: 特定国立研究開発法人理化学研究所生命機能科学研究センター副センター長

研究者番号: 10242025
J-GLOBAL ID: 202101009616104005
researchmap会員ID: R000026503

研究分野

論文

The luciferase-based in vivo protein-protein interaction assay revealed that CHK1 promotes PP2A and PME-1 interaction.

Sana Ando, Keiko Tanaka, Maharu Matsumoto, Yuki Oyama, Yuri Tomabechi, Atsushi Yamagata, Mikako Shirouzu, Reiko Nakagawa, Noriaki Okimoto, Makoto Taiji …

The Journal of biological chemistry 300(5) 107277-107277 2024年5月査読有り
Constant pH molecular dynamics of porcine circovirus 2 capsid protein reveals a mechanism for capsid assembly

Elvira Tarasova, Noriaki Okimoto, Shanshan Feng, Dmitry Nerukh, Reza Khayat, Makoto Taiji

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 23(43) 24617-24626 2021年11月
Molecular Dynamics Study of Conformational Changes of Tankyrase 2 Binding Subsites upon Ligand Binding

Yoshinori Hirano, Noriaki Okimoto, Shigeo Fujita, Makoto Taiji

ACS OMEGA 6(27) 17609-17620 2021年7月
Drug binding dynamics of the dimeric SARS-CoV-2 main protease, determined by molecular dynamics simulation

Teruhisa S. Komatsu, Noriaki Okimoto, Yohei M. Koyama, Yoshinori Hirano, Gentaro Morimoto, Yousuke Ohno, Makoto Taiji

SCIENTIFIC REPORTS 10(1) 2020年10月
Theoretical insights into the DNA repair function of Arabidopsis thaliana cryptochrome-DASH

Ryuma Sato, Yoshiharu Mori, Risa Matsui, Noriaki Okimoto, Junpei Yamamoto, Makoto Taiji

BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY 17 113-124 2020年
Quantum chemical analysis of reaction indices and reaction path for drug molecules

Takao Otsuka, Noriaki Okimoto, Hiroaki Saito, Makoto Taiji

IOP Conf. Series: Journal of Physics: Conf. Series 1290(1290) 012021 2019年11月査読有り
Use of the Multilayer Fragment Molecular Orbital Method to Predict the Rank Order of Protein-Ligand Binding Affinities: A Case Study Using Tankyrase 2 Inhibitors

Noriaki Okimoto, Takao Otsuka, Yoshinori Hirano, Makoto Taiji

ACS OMEGA 3(4) 4475-4485 2018年4月
All-Atom Molecular Dynamics Simulations of Entire Virus Capsid Reveal the Role of Ion Distribution in Capsid's Stability

Elvira Tarasova, Vladimir Farafonov, Reza Khayat, Noriaki Okimoto, Teruhisa S. Komatsu, Makoto Taiji, Dmitry Nerukh

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY LETTERS 8(4) 779-784 2017年2月
Evaluation of protein-ligand affinity prediction using steered molecular dynamics simulations

Noriaki Okimoto, Atsushi Suenaga, Makoto Taiji

JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS 35(15) 3221-3231 2017年
A pre-metazoan origin of the CRK gene family and co-opted signaling network

Yoko Shigeno-Nakazawa, Takuma Kasai, Sewon Ki, Elina Kostyanovskaya, Jana Pawlak, Junya Yamagishi, Noriaki Okimoto, Makoto Taiji, Mariko Okada, Jody Westbrook …

SCIENTIFIC REPORTS 6 2016年9月
22aPS-116 タンパク質と低分子の親和性と解離経路の分子動力学的研究

小松輝久, 沖本憲明, 泰地真弘人

日本物理学会講演概要集 71 3326-3326 2016年
Assessment and Acceleration of Binding Energy Calculations for Protein-Ligand Complexes by the Fragment Molecular Orbital Method

Takao Otsuka, Noriaki Okimoto, Makoto Taiji

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 36(30) 2209-2218 2015年11月
Single-Molecule Motions of MHC Class II Rely on Bound Peptides

Haruo Kozono, Yufuku Matsushita, Naoki Ogawa, Yuko Kozono, Toshihiro Miyabe, Hiroshi Sekiguchi, Kouhei Ichiyanagi, Noriaki Okimoto, Makoto Taiji, Osami Kanagawa …

BIOPHYSICAL JOURNAL 108(2) 350-359 2015年1月
A New Set of Atomic Radii for Accurate Estimation of Solvation Free Energy by Poisson-Boltzmann Solvent Model

Junya Yamagishi, Noriaki Okimoto, Gentaro Morimoto, Makoto Taiji

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 35(29) 2132-2139 2014年11月
Petascale molecular dynamics simulation using the fast multipole method on K computer

Yousuke Ohno, Rio Yokota, Hiroshi Koyama, Gentaro Morimoto, Aki Hasegawa, Gen Masumoto, Noriaki Okimoto, Yoshinori Hirano, Huda Ibeid, Tetsu Narumi …

COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS 185(10) 2575-2585 2014年10月
Dynamic interactions of cations, water and lipids and influence on membrane fluidity

Rina Kagawa, Yoshinori Hirano, Makoto Taiji, Kenji Yasuoka, Masato Yasui

Journal of Membrane Science 435 130-136 2013年5月
A leukotriene C-4 synthase inhibitor with the backbone of 5-(5-methylene-4-oxo-4,5-dihydrothiazol-2-ylamino) isophthalic acid

Hideo Ago, Noriaki Okimoto, Yoshihide Kanaoka, Gentaro Morimoto, Yoko Ukita, Hiromichi Saino, Makoto Taiji, Masashi Miyano

JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 153(5) 421-429 2013年5月
Computational design of small peptide inhibitors of protein-protein interactions in CRK-SH2 mediated intracellular signaling

Junya Yamagishi, Noriaki Okimoto, Takuma Kasai, Atsushi Suenaga, Mariko Okada, Akira Imamoto, Makoto Taiji

Models in Bioscience and Materials Research: Molecular Dynamics and Related Techniques 155-166 2013年
Improvement of Sampling Efficiency through Combined use of Molecular Dynamics Simulations with Implicit and Explicit Solvent Models

Hiroko X. Kondo, Noriaki Okimoto, Makoto Taiji

BIOPHYSICAL JOURNAL 104(2) 170A-171A 2013年1月
Ligand Diffusion on Protein Surface Observed in Molecular Dynamics Simulation

Dmitry Nerukh, Noriaki Okimoto, Atsushi Suenaga, Makoto Taiji

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY LETTERS 3(23) 3476-3479 2012年12月

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MISC

量子化学計算による薬物分子の代謝反応性部位と初期反応過程に関する考察

大塚教雄, 沖本憲明, 齋藤大明, 泰地真弘人

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 13th 2019年
分子シミュレーションを用いたシトクロムP450(CYP)に対する薬物代謝部位予測

齋藤大明, 大塚教雄, 沖本憲明, 泰地真弘人

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 12th 2018年
計算創薬研究における薬物結合ポケットの柔軟性に関する研究

沖本憲明, 平野秀典, 藤田茂雄, 泰地真弘人

分子シミュレーション討論会講演要旨集 31st 2017年
分子動力学によるタンパク質と低分子の親和性予測 3

小松輝久, 沖本憲明, 泰地真弘人

日本物理学会講演概要集(CD-ROM) 70(1) 2015年
多層フラグメント分子軌道法を利用した効率的なタンパク-リガンド間相互作用の計算

大塚教雄, 沖本憲明, 泰地真弘人

分子シミュレーション討論会講演要旨集 29th 2015年
分子シミュレーションによるタンパク質-リガンド相互作用に関する研究

平野秀典, 沖本憲明, 泰地真弘人

分子シミュレーション討論会講演要旨集 29th 2015年
分子シミュレーションを用いたドラッグデザインに関する研究

平野秀典, 沖本憲明, 藤田茂雄, 泰地真弘人

分子シミュレーション討論会講演要旨集 28th 2014年
分子動力学によるタンパク質と低分子の親和性予測 2

小松輝久, 沖本憲明, 泰地真弘人

日本物理学会講演概要集 69(2) 2014年
G9a阻害剤開発を目指した分子シミュレーション的研究

平野秀典, 沖本憲明, 藤田茂雄, 泰地真弘人

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 133rd 2013年
計算化学的手法を用いたG9a阻害剤に関する研究

平野秀典, 沖本憲明, 大塚教雄, 森本元太郎, 藤田茂雄, 泰地真弘人

日本薬学会年会要旨集 132nd(4) 2012年
CRK SH2ドメインに結合するペプチドのインシリコ設計

山岸純也, 山岸純也, 沖本憲明, 末永敦, 岡田眞理子, 今本公, 泰地真弘人, 泰地真弘人

日本薬学会年会要旨集 132nd(4) 2012年
タンキラーゼ-阻害剤複合体の結合自由エネルギー計算

沖本憲明, 平野秀典, 藤田茂雄, 泰地真弘人

分子シミュレーション討論会講演要旨集 26th 2012年
分子シミュレーションを用いたG9aの阻害剤開発に関する研究

平野秀典, 沖本憲明, 藤田茂雄, 森本元太郎, 泰地真弘人

分子シミュレーション討論会講演要旨集 26th 2012年
創薬標的タンパク質構造ライブラリPHABLE

平野秀典, 沖本憲明, 泰地真弘人

日本薬学会年会要旨集 131st(4) 2011年
計算機支援による合理的ペプチド設計手法の開発

沖本憲明, 山岸純也, 末永敦, 星野忠治, 泰地真弘人

日本薬学会年会要旨集 131st(4) 2011年
計算機で生命システムをモデリング・設計する 1.コンピュータでタンパク質,薬を設計する

沖本憲明, 泰地真弘人

実験医学 29(7) 2011年
計算機支援による低分子ペプチドの設計

山岸純也, 沖本憲明, 末永敦, 岡田眞理子, 今本公, 泰地真弘人

分子シミュレーション討論会講演要旨集 25th 2011年
タンパク質-化合物Docking情報データベースPHABLE

平野秀典, 沖本憲明, 森本元太郎, 泰地真弘人

分子シミュレーション討論会講演要旨集 25th 2011年
高性能計算による薬剤分子設計

泰地真弘人, 泰地真弘人, 沖本憲明

CICSJ Bulletin (Web) 29(3) 2011年
分子ドッキングと分子動力学計算を組み合わせた化合物スクリーニング

沖本憲明, 二木紀行, 藤秀義, 末永敦, 森本元太郎, 野内涼子, 大野洋介, 成見哲, 泰地真弘人

日本薬学会年会要旨集 130th(2) 2010年

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共同研究・競争的資金等の研究課題

次世代分子動力学シミュレーション専用計算機の基盤開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2019年4月 - 2022年3月

泰地真弘人, 大野洋介, 小山洋平, 森本元太郎, 小松輝久
抽象化学系のシミュレーションのための形の言語の開発と専用計算機システムの制作

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2007年 - 2009年

池上高志, 泰地真弘人
炎症発癌を標的としたロヴァスタチンの結合構造情報に基づく化合物探索

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2006年 - 2007年

岡田太, 泰地真弘人, 藤井順逸
ゲームの発生と相互作用する動的認識ネットワークのダイナミクスの複雑さの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 1999年 - 2000年

池上高志, 泰地真弘人
量子系の物性計算のための専用計算機の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業奨励研究(A) 1997年 - 1998年

泰地真弘人
ゲームにおける内部モデルの生成とダイナミクスの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 1997年 - 1998年

池上高志, 泰地真弘人
超高速多体問題専用計算機による星団・銀河・銀河団の進化の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特別推進研究 1992年 - 1996年

杉本大一郎, 戎崎俊一, 泰地真弘人, 牧野淳一郎, 井田茂
天体多体問題の高速計算

日本学術振興会科学研究費助成事業国際学術研究 1993年 - 1993年

蜂巣泉, ポルスオンノ, クラークキャシー, ホワイトサイモン D., ボネルイワン, アーセススベール J., エゲルトンピーター P, ヘッギーダグラス C., 稲垣省五, 大野洋介, 福重俊幸, 船渡陽子, 上野宗孝, 泰地真弘人, 牧野淳一郎, 戎崎俊一, 杉本大一郎

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