丸山修 (MARUYAMA OSAMU) - マイポータル - researchmap

基本情報

所属: 九州大学芸術工学研究院未来共生デザイン部門教授

学位: 博士(理学)(1996年3月九州大学)

J-GLOBAL ID: 200901004785823170
researchmap会員ID: 1000314469

研究：生命の設計図であるゲノム配列に従って作り出される生物をシステムとして理解するためには，生物がもつ様々な構造，機構，機能といった高次の事象を明らかにする必要がある．このような問題を解決するために，情報科学の理論や知識発見の手法を駆使し，蓄積されたゲノムデータから仮説や規則を発見するアルゴリズムの構築と開発，そして計算機実験を行っている．教育：生物学が分かる情報科学者を育てることを教育の目標としている．社会活動：平成１７年度日本バイオインフォマティクス学会幹事

研究キーワード

33

研究分野

3

経歴

5

2024年7月 - 現在

九州大学, 大学院芸術工学研究院, 教授
2018年4月 - 2024年6月

九州大学, 大学院芸術工学研究院, 准教授
2011年4月 - 2018年3月

九州大学, マス・フォア・インダストリ研究所, 准教授
2000年5月 - 2011年3月

九州大学, 大学院数理学研究院, 准教授
1996年4月 - 2000年4月

東京大学, 医科学研究所, 助手

学歴

2

1991年4月 - 1996年3月

九州大学, 総合理工学研究科, 情報システム学
1987年4月 - 1991年3月

九州大学, 理学部, 物理学科

受賞

1

1994年

電気通信普及財団第9回テレコムシステム技術学生賞

論文

47

Preservation of emotional context in tweet embeddings on social networking sites

Osamu Maruyama, Asato Yoshinaga, Ken-ichi Sawai

Artificial Life and Robotics 2024年10月8日査読有り筆頭著者責任著者
CMIC: predicting DNA methylation inheritance of CpG islands with embedding vectors of variable-length k-mers.

Osamu Maruyama, Yinuo Li, Hiroki Narita, Hidehiro Toh, Wan Kin Au Yeung, Hiroyuki Sasaki

BMC bioinformatics 23(1) 371-371 2022年9月12日
A convolutional neural network-based regression model to infer the epigenetic crosstalk responsible for CG methylation patterns

Wan Kin Au Yeung, Osamu Maruyama, Hiroyuki Sasaki

BMC Bioinformatics 22(1) 341-341 2021年6月査読有り
DegSampler3: Pairwise Dependency Model in Degradation Motif Site Prediction of Substrate Protein Sequences

丸山修, 松崎芙美子

Proc. of 19th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering 2019年10月査読有り
Determining the minimum number of protein-protein interactions required to support known protein complexes

Natsu Nakajima, Morihiro Hayashida, Jesper Jansson, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu

PLoS ONE 13(4) e0195545 2018年4月1日査読有り
DegSampler: Collapsed Gibbs Sampler for Detecting E3 Binding Sites.

Osamu Maruyama, Fumiko Matsuzaki

18th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2018, Taichung, Taiwan, October 29-31, 2018 1-9 2018年査読有り
RocSampler: regularizing overlapping protein complexes in protein-protein interaction networks

Osamu Maruyama, Yuki Kuwahara

BMC BIOINFORMATICS 18(Suppl 15) 491 2017年12月査読有り
RocSampler: Regularizing Overlapping Protein Complexes in Protein-Protein Interaction Networks

Osamu Maruyama, Yuki Kuwahara

2016 IEEE 6TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON COMPUTATIONAL ADVANCES IN BIO AND MEDICAL SCIENCES (ICCABS) 2016年査読有り
Regularizing predicted complexes by mutually exclusive protein-protein interactions

Osamu Maruyama, Limsoon Wong

PROCEEDINGS OF THE 2015 IEEE/ACM INTERNATIONAL CONFERENCE ON ADVANCES IN SOCIAL NETWORKS ANALYSIS AND MINING (ASONAM 2015) 1068-1075 2015年査読有り
ReSAPP: Predicting overlapping protein complexes by merging multiple-sampled partitions of proteins

So Kobiki, Osamu Maruyama

JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY 12(6) 1442004 2014年12月査読有り
Discovery of small protein complexes from PPI networks with size-specific supervised weighting

Chern Han Yong, Osamu Maruyama, Limsoon Wong

BMC SYSTEMS BIOLOGY 8 S3 2014年12月査読有り
Discovery of Tree Structured Patterns Using Markov Chain Monte Carlo Method

Yasuhiro Okamoto, Kensuke Koyanagi, Takayoshi Shoudai, Osamu Maruyama

Proc. 7th IADIS International Conference on Information Systems 2014 95-102 2014年2月査読有り
Prediction of heterotrimeric protein complexes by two-phase learning using neighboring kernels

Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu

BMC BIOINFORMATICS 15 S6 2014年1月査読有り
A scale-free structure prior for Bayesian inference of Gaussian graphical models

Osamu Maruyama, Shota Shikita

2014 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICINE (BIBM) 131-138 2014年査読有り
Heterodimeric protein complex identification by naïve Bayes classifiers.

Maruyama O

BMC bioinformatics 14(1) 347 2013年12月3日査読有り
THE PURITY MEASURE FOR GENOMIC REGIONS LEADS TO HORIZONTALLY TRANSFERRED GENES

Yuta Taniguchi, Yasuhiro Yamada, Osamu Maruyama, Satoru Kuhara, Daisuke Ikeda

JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY 11(6) 1343002 2013年12月査読有り
PPSampler2: Predicting protein complexes more accurately and efficiently by sampling

Chasanah Kusumastuti Widita, Osamu Maruyama

BMC SYSTEMS BIOLOGY 7 S14 2013年12月査読有り
THE PURITY MEASURE FOR GENOMIC REGIONS LEADS TO HORIZONTALLY TRANSFERRED GENES

Yuta Taniguchi, Yasuhiro Yamada, Osamu Maruyama, Satoru Kuhara, Daisuke Ikeda

JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY 11(6) 2013年12月査読有り
Prediction of Heterodimeric Protein Complexes from Weighted Protein-Protein Interaction Networks Using Novel Features and Kernel Functions

Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu

PLOS ONE 8(6) e65265 2013年6月査読有り
Sampling strategy for protein complex prediction using cluster size frequency

Daisuke Tatsuke, Osamu Maruyama

GENE 518(1) 152-158 2013年4月査読有り

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MISC

53

Prediction of Heterotrimeric Protein Complexes by Two-phase Learning Using Neighboring Kernels (情報論的学習理論と機械学習)

RUAN PEIYING, HAYASHIDA MORIHIRO, MARUYAMA OSAMU, AKUTSU TATSUYA

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 114(105) 157-161 2014年6月25日
Prediction of Heterotrimeric Protein Complexes by Two-phase Learning Using Neighboring Kernels

Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu

研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） 2014(26) 1-5 2014年6月18日
Prediction of Heterotrimeric Protein Complexes by Two-phase Learning Using Neighboring Kernels

Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu

研究報告バイオ情報学（BIO） 2014(26) 1-5 2014年6月18日
ガウシアン・グラフィカル・モデルにおけるスケール・フリー・グラフのサンプリングによる推定 (情報論的学習理論と機械学習)

敷田翔太, 丸山修

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 113(476) 15-22 2014年3月6日
Prediction of Heterodimeric Protein Complexes from Weighted Protein-Protein Interaction Networks Using Novel Features and Kernel Functions

Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu

研究報告バイオ情報学（BIO） 2013(1) 1-6 2013年12月4日
Predicting Protein Complexes by Sampling More Accurately and Efficiently (情報論的学習理論と機械学習)

Kusumastuti Widita Chasanah, 丸山修

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 113(286) 99-106 2013年11月12日
X chromosome-wide analyses of genomic DNA methylation states and gene expression in male and female neutrophils

Yukio Yasukochi, Osamu Maruyama, Milind C. Mahajan, Carolyn Padden, Ghia M. Euskirchen, Vincent Schulz, Hideki Hirakawa, Satoru Kuhara, Xing-Hua Pan, Peter E. Newburger …

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 107(8) 3704-3709 2010年2月
Evaluating Protein Sequence Signatures Inferred from Protein-Protein Interaction Data by Gene Ontology Annotations

Osamu Maruyama, Hideki Hirakawa, Takao Iwayanagi, Yoshiko Ishida, Shizu Takeda, Jun Otomo, Satoru Kuhara

2008 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICINE, PROCEEDINGS 417-+ 2008年
Reconstructing phylogenetic trees of prokaryote genomes by randomly sampling oligopeptides

O Maruyama, A Matsuda, S Kuhara

COMPUTATIONAL SCIENCE - ICCS 2005, PT 2 3515 911-918 2005年
Hiroki Sakai and Osamu Maruyama, Extensive Search for Discriminative Features of Alternative Splicing

Pacific Symposium on Biocomputing 9 54-65 2004年
Daichi Shigemizu and Osamu Maruyama, Searching for Regulatory Elements of Alternative Splicing Events Using Phylogenetic Footprinting

Proceedings of the 4th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Lecture Notes in Bioinformatics 3240, Springer-Verlag 147-158 2004年
Hiroki Sakai and Osamu Maruyama, Extensive Search for Discriminative Features of Alternative Splicing

Pacific Symposium on Biocomputing 9 54-65 2004年
Daichi Shigemizu and Osamu Maruyama, Searching for Regulatory Elements of Alternative Splicing Events Using Phylogenetic Footprinting

Proceedings of the 4th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Lecture Notes in Bioinformatics 3240, Springer-Verlag 147-158 2004年
最適degenerate pattern探索アルゴリズムと転写因子結合部位同定問題への適用

篠崎大輔, 阿久津達也, 丸山修

情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL） 2003(92) 17-24 2003年9月19日
Identification of genetic networks by strategic gene disruptions and gene overexpressions under a boolean model

T Akutsu, S Kuhara, O Maruyama, S Miyano

THEORETICAL COMPUTER SCIENCE 298(1) 235-251 2003年4月
Daisuke Shinozaki, Tatsuya Akutsu, Osamu Maruyama, Finding optimal degenerate patterns in DNA sequences

Proceedings of the European Conference on Computational Biology (ECCB 2003), Bioinformatics 19 (supplement 2) 206-214 2003年
Tatsuya Akutsu, Satoru Kuhara, Osamu Maruyama and Satoru Miyano, Identification of genetic networks by strategic gene disruptions and gene overexpressions under a boolean model

Theoretical Computer Science 298 235-251 2003年
Daisuke Shinozaki, Tatsuya Akutsu, Osamu Maruyama, Finding optimal degenerate patterns in DNA sequences

Proceedings of the European Conference on Computational Biology (ECCB 2003), Bioinformatics 19 (supplement 2) 206-214 2003年
Fast algorithm for extracting multiple unordered short motifs using bit operations

Osamu Maruyama, Hideo Bannai, Yoshinori Tamada, Satoru Kuhara, Satoru Miyano

Information Sciences 146(1-4) 115-126 2002年10月
Osamu Maruyama, Hideo Bannai, Yoshinori Tamada, Satoru Kuhara, and Satoru Miyano, Fast algorithm for extracting multiple unordered short motifs using bit operations

Information Sciences 146 115-126 2002年

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書籍等出版物

2

バイオインフォマティクス —配列データ解析と構造予測— （シリーズ〈予測と発見の科学〉 4）

朝倉書店 2007年 (ISBN: 9784254127843)
Bioinformatics - sequence data analysis and structural prediction (in Japanese)

Asakura 2007年 (ISBN: 9784254127843)

所属学協会

3

共同研究・競争的資金等の研究課題

20

3次元構造言語ゲノムの数理的解析と応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

丸山修
色の感覚意識体験に関連する神経表現の共通性と多様性

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2019年4月 - 2024年3月

平松千尋, 丸山修, 元村祐貴
多階層オミックスによる卵子の発生能制御分子ネットワークの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特別推進研究 2018年4月 - 2023年3月

佐々木裕之, 丸山修
混合正則化モデリングを軸としたヘテロ生物データ群からの機械学習の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2017年4月 - 2021年3月

丸山修
大規模バイオデータに対する混合正則化モデリングと最適化サンプリング技法の研究

文部科学省科学研究費補助金(基盤研究(C)) 基盤研究(C) 2014年 - 2016年

丸山修
グラフ言語の多項式時間学習アルゴリズムとその応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2005年 - 2007年

正代隆義, 宮原哲浩, 内田智之, 丸山修, 溝口佳寛
構造を持つ生物情報データからの共通パターン抽出法

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2004年 - 2006年

阿久津達也, 宮野悟, 丸山修, 上田展久, 林田守広
ヘテロな検索空間に対する最適パターン探索アルゴリズムの構築とゲノムデータへの適用

文部科学省科学研究費補助金(若手研究(B)) 若手研究(B) 2004年 - 2006年

丸山修
アレー解析からの転写制御ネットワークの情報学的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2005年

久原哲, 田代康介, 小西貞則, 丸山修, 篠原歩, 中野幸二
構造化ウェブデータからの並列分散データマイニングシステム

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2002年 - 2004年

正代隆義, 丸山修, 宮原哲浩, 内田智之
配列情報に潜む規則性の発見

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2000年 - 2004年

中井謙太, 丸山修, 宮野悟
属性の創造と探索によるDNAシグナル配列発見方式の研究

文部科学省科学研究費補助金(奨励研究(A), 若手研究(B)) 奨励研究(A), 若手研究(B) 2001年 - 2002年

丸山修
cDNAマイクロアレイデータからの知識発見に関する情報科学的基礎付け

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2000年 - 2002年

宮野悟, 松野浩嗣, 阿久津達也, 久原哲, 丸山修, 篠原歩
二分決定グラフを知識表現に用いたデータマイニングシステムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 1997年 - 1999年

宮野悟, 篠原歩, 丸山修, 阿久津達也, 下薗真一, 正代隆義, 内田智之
グラフの局所情報からグラフを復元するためのグラフ形成規則の定式化と学習方式の研究

文部科学省科学研究費補助金(奨励研究(A)) 奨励研究(A) 1997年 - 1998年

丸山修
computational biology

科学研究費補助金
ゲノムデータからの知識発見

科学研究費補助金
大量データからの知識発見支援システムの開発

科学研究費補助金
Knowledge discovery from genomic databases.

Grant-in-Aid for Scientific Research
Development of knowledge discovery system from databases

Grant-in-Aid for Scientific Research