松原正陽 (Masaaki Matsubara) - マイポータル

基本情報

所属: 公益財団法人野口研究所研究部糖鎖有機化学研究室特任研究員

researchmap会員ID: R000007364

論文

Toward integration of glycan chemical databases: an algorithm and software tool for extracting sugars from chemical structures

Masaaki Matsubara, Evan E. Bolton, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Issaku Yamada

Analytical and Bioanalytical Chemistry 417(5) 945-956 2025年2月
Updates implemented in version 4 of the GlyCosmos Glycoscience Portal

Sunmyoung Lee, Tamiko Ono, Shiota Masaaki, Akihiro Fujita, Masaaki Matsubara, Achille Zappa, Issaku Yamada, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita

Analytical and Bioanalytical Chemistry 417(5) 907-919 2025年2月
Updates implemented in version 4 of the GlyCosmos Glycoscience Portal.

Sunmyoung Lee, Tamiko Ono, Shiota Masaaki, Akihiro Fujita, Masaaki Matsubara, Achille Zappa, Issaku Yamada, Kiyoko F Aoki-Kinoshita

Analytical and bioanalytical chemistry 417(5) 907-919 2025年2月
DANGO: An MS data annotation tool for glycolipidomics.

Masaaki Matsubara, Mayumi Ishihara, Michael Tiemeyer, Kazuhiro Aoki, René Ranzinger

BBA advances 7 100161-100161 2025年
BioHackJP 2023 Report R4: integration of glyco data with chemo-, geno-, lipid-omics and pathway data

Kiyoko Flora Aoki-Kinoshita, Evan Bolton, Issaku Yamada, Akihiro Fujita, Masaaki Matsubara, Jerven Bolleman, Yasunori Yamamoto

2023年7月3日
SugarDrawer: A Web-Based Database Search Tool with Editing Glycan Structures.

Shinichiro Tsuchiya, Masaaki Matsubara, Kiyoko F Aoki-Kinoshita, Issaku Yamada

Molecules (Basel, Switzerland) 26(23) 2021年11月25日
Enhanced validation of small-molecule ligands and carbohydrates in the Protein Data Bank.

Zukang Feng, John D Westbrook, Raul Sala, Oliver S Smart, Gérard Bricogne, Masaaki Matsubara, Issaku Yamada, Shinichiro Tsuchiya, Kiyoko F Aoki-Kinoshita, Jeffrey C Hoch …

Structure (London, England : 1993) 29(4) 393-400 2021年3月2日
The international glycan repository GlyTouCan version 3.0.

Akihiro Fujita, Nobuyuki P Aoki, Daisuke Shinmachi, Masaaki Matsubara, Shinichiro Tsuchiya, Masaaki Shiota, Tamiko Ono, Issaku Yamada, Kiyoko F Aoki-Kinoshita

Nucleic acids research 49(D1) D1529-D1533 2020年10月30日
Mass Spectrometric Method for the Unambiguous Profiling of Cellular Dynamic Glycosylation.

Asif Shajahan, Nitin T Supekar, Han Wu, Amberlyn M Wands, Ganapati Bhat, Aravind Kalimurthy, Masaaki Matsubara, Rene Ranzinger, Jennifer J Kohler, Parastoo Azadi

ACS chemical biology 15(10) 2692-2701 2020年10月16日
BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research.

Rutger A Vos, Toshiaki Katayama, Hiroyuki Mishima, Shin Kawano, Shuichi Kawashima, Jin-Dong Kim, Yuki Moriya, Toshiaki Tokimatsu, Atsuko Yamaguchi, Yasunori Yamamoto …

F1000Research 9 136-136 2020年
BioHackathon series in 2013 and 2014: improvements of semantic interoperability in life science data and services [version 1; peer review: 2 approved with reservations]

Toshiaki Katayama, Shuichi Kawashima, Gos Micklem, Shin Kawano, Jin-Dong Kim, Simon Kocbek, Shinobu Okamoto, Yue Wang, Hongyan Wu, Atsuko Yamaguchi …

F1000Research 8 2019年9月23日査読有り
A new version of GlycanBuilder that handles a wider range of glycan structures

Shinichiro Tsuchiya, Nobuyuki P. Aoki, Daisuke Shinmachi, Masaaki Matsubara, Issaku Yamada, Hisashi Narimatsu, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita

GLYCOBIOLOGY 28(12) 1077-1078 2018年12月査読有り
GlyTouCan: an accessible glycan structure repository.

Michael Tiemeyer, Kazuhiro Aoki, James Paulson, Richard D Cummings, William S York, Niclas G Karlsson, Frederique Lisacek, Nicolle H Packer, Matthew P Campbell, Nobuyuki P Aoki …

Glycobiology 27(10) 915-919 2017年10月1日
Implementation of GlycanBuilder to draw a wide variety of ambiguous glycans.

Shinichiro Tsuchiya, Nobuyuki P Aoki, Daisuke Shinmachi, Masaaki Matsubara, Issaku Yamada, Kiyoko F Aoki-Kinoshita, Hisashi Narimatsu

Carbohydrate research 445 104-116 2017年6月5日
WURCS 2.0 Update To Encapsulate Ambiguous Carbohydrate Structures.

Masaaki Matsubara, Kiyoko F Aoki-Kinoshita, Nobuyuki P Aoki, Issaku Yamada, Hisashi Narimatsu

Journal of chemical information and modeling 57(4) 632-637 2017年4月24日
Semantic Web Technologies for Integrating Glycan-related Databases in GlyTouCan

Aoki-Kinoshita Kiyoko F, Aoki Nobuyuki P, Fujita Akihiro, Fujita Noriaki, Matsubara Masaaki, Okuda Shujiro, Shikanai Toshihide, Shinmachi Daisuke, Solovieva Elena, Suzuki Yoshinori …

GLYCOBIOLOGY 26(12) 1454-1455 2016年12月査読有り
GlyTouCan international glycan structure repository using semantic web technologies

Yamada Issaku, Aoki-Kinoshita Kiyoko, Aoki Nobuyuki, Shinmachi Daisuke, Matsubara Masaaki, Fujita Akihiro, Tsuchiya Shinichiro, Okuda Shujiro, Fujita Noriaki, Narimatsu Hisashi

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 251 2016年3月13日査読有り
GlyTouCan 1.0--The international glycan structure repository.

Kiyoko Aoki-Kinoshita, Sanjay Agravat, Nobuyuki P Aoki, Sena Arpinar, Richard D Cummings, Akihiro Fujita, Noriaki Fujita, Gerald M Hart, Stuart M Haslam, Toshisuke Kawasaki …

Nucleic acids research 44(D1) D1237-42-1242 2016年1月4日
A substructure search method for carbohydrate structures based on the WURCS notation using Semantic Web technology

Issaku Yamada, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Masaaki Matsubara, Nobuyuki P. Aoki, Daisuke Shinmachi, Hisashi Narimatsu

GLYCOBIOLOGY 25(11) 1276-1276 2015年11月査読有り
The Official Release of the International Glycan Structure Repository

Nobuyuki P. Aoki, Kiyoko Aoki-Kinoshita, Sanjay Agravat, Sena Arpinar, Richard D. Cummings, Akihiro Fujita, Noriaki Fujita, Gerald M. Hart, Stuart Haslam, Toshisuke Kawasaki …

GLYCOBIOLOGY 25(11) 1279-1280 2015年11月査読有り

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MISC

Mass++ver.4正式版:質量分析データ解析の“不可欠な脇役′′を目指すマススペクトル・クロマトグラム・ビューア

田中聡, 田中聡, 村瀬雅樹, 加藤雅樹, 加藤雅樹, 加藤雅樹, 山本博之, 山本博之, 松原正陽, 松原正陽 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 48th 2025年
糖鎖化学データベースの統合化を目指して : 化学構造から糖を抽出するためのアルゴリズム及びソフトウェアツールの開発—Toward Integration of Glycan Chemical Databases : An Algorithm and Software Tool for Extracting Sugars from Chemical Structures

松原正陽

野口研究所時報 = Annual report of the Noguchi Institute (67) 67-75 2024年
GlyTouCan update version 3.2: new functionality and plans for major release 4.0

Akihiro Fujita, Thomas Masding, Masaaki Shiota, Masaaki Matsubara, Issaku Yamada, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita

GLYCOBIOLOGY 33(11) 1073-1073 2023年12月25日
糖鎖構造の編集やデータベース検索が可能なウェブインターフェイスGlycanBuilder2-webの開発

土屋伸一郎, 木村直貴, 松原正陽, 木下聖子, 山田一作

トーゴーの日2022 1 2022年10月5日
GlycoNAVI: やさしい糖鎖データ検索のための統合化

山田一作, 松原正陽, 土屋伸一郎, 木下聖子

トーゴーの日2022 1 2022年10月5日
糖鎖構造抽出ソフトウェアを用いた化合物データベースとの連携

松原正陽, 木下聖子, 山田一作

トーゴーの日2022 1 2022年10月5日
糖鎖科学ポータルGlyCosmosの利便性向上

細田正恵, 山田一作, 塩田正明, 高橋悠志, 新町大輔, 小野多美子, 土屋伸一郎, 松原正陽, 木村直貴, 瀬野瑛 …

トーゴーの日2021 1 2021年10月5日
The GlyCosmos portal as a partner in the GlySpace Alliance to provide access to integrated glycan-related data resources

Issaku Yamada, Masaaki Shiota, Daisuke Shimachi, Tamiko Ono, Shinichiro Tsuchiya, Masaaki Matsubara, Masae Hosoda, Akihiro Fujita, Nobuyuki P. Aoki, Yu Watanabe …

GLYCOBIOLOGY 30(12) 1023-1023 2020年12月
GlyCosmos Portal: 糖鎖科学のためのウェブリソース

山田一作, 塩田正明, 新町大輔, 小野多美子, 土屋伸一郎, 松原正陽, 細田正恵, 藤田晶大, 青木ポール信行, 渡辺由 …

トーゴーの日2020 1 2020年10月5日
国際糖鎖構造リポジトリの”Enrichment cycle”

新町大輔, 木下聖子, 青木信行, 藤田晶大, 土屋伸一郎, 松原正陽, 山田一作, 奥田修二郎, 鹿内俊秀, 藤田典昭 …

トーゴーの日2016 1 2016年10月5日
WURCSFramework ? Glycoinformatics Library for Glycan Structure Analysis and Representation using WURCS

松原正陽, 山田一作, 木下聖子, 青木信行, 土屋伸一郎, 成松久

トーゴーの日2016 1 2016年10月5日
GlyTouCan Partner：糖鎖データ連携のためのプログラム

山田一作, 松原正陽, 新町大輔, 青木信行, 木下聖子, 成松久

トーゴーの日2016 1 2016年10月5日
国際糖鎖構造リポジトリGlyTouCanの新バージョンToco

木下聖子, 木下聖子, 新町大輔, 青木信行, 藤田晶大, 土屋伸一郎, 松原正陽, 藤田典昭, 鈴木芳典, SOLOVIEVA Elena …

日本糖質学会年会要旨集 35th 2016年
GlycanBuilderにおけるWURCS入出力ユーティリティの実装

土屋伸一郎, 松原正陽, 山田一作, 木下聖子, 木下聖子, 成松久

日本糖質学会年会要旨集 35th 2016年
アグリコンを含む糖質構造の表記法

山田一作, 松原正陽, 木下聖子, 木下聖子, 成松久

日本糖質学会年会要旨集 34th 2015年
炭素鎖表現の系統化に基づく単糖および糖鎖構造の包摂関係表現

松原正陽, 山田一作, 木下聖子, 木下聖子, 土屋伸一郎, 藤田典昭, 成松久

日本糖質学会年会要旨集 34th 2015年
GlycanBuilderにおけるWURCS変換ツールの実装

土屋伸一郎, 山田一作, 松原正陽, 木下聖子, 木下聖子, 成松久

日本糖質学会年会要旨集 34th 2015年
水酸基回転異性体を含むアルドヘキソピラノースの配座命名法

松原正陽, 後藤仁志

13(5) 263-267 2014年
JCGGDBおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発

木下聖子, 木下聖子, 新町大輔, 藤田晶大, 土屋伸一郎, 藤田典昭, 鈴木芳典, SOLOVIEVA Elena, 松原正陽, 山田一作 …

日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2014 (Web) 27-27 2014年
GlycoRDF:糖鎖オントロジーによる糖鎖関連データのRDF化

RANZINGER Rene, 木下聖子, 木下聖子, CAMPBELL Matthew P., 河野信, LUETTEKE Thomas, 奥田修二郎, 新町大輔, 鹿内俊秀, 澤木弘道 …

日本糖質学会年会要旨集 33rd 2014年

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