菊地正樹 (Kikuchi Masaki) - マイポータル

基本情報

所属: 東京科学大学総合研究院難治疾患研究所分子構造情報学分野助教

学位: 博士（薬科学）

J-GLOBAL ID: 201801009238423827
researchmap会員ID: B000329855

研究キーワード

研究分野

経歴

2024年10月 - 現在

東京科学大学, 総合研究院難治疾患研究所分子構造情報学分野, 助教
2024年6月 - 2024年9月

東京医科歯科大学, 難治疾患研究所バイオデータ科学研究部門分子構造情報学分野, 助教
2023年4月 - 2024年5月

理化学研究所, 生命医科学研究センター, 研究員
2023年4月 - 2024年3月

国立感染症研究所, 寄生動物部, 協力研究員
2018年4月 - 2023年3月

理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 研究員
2017年4月 - 2018年3月

理化学研究所, ライフサイエンス技術基盤研究センター, 研究員
2014年4月 - 2017年3月

理化学研究所, ライフサイエンス技術基盤研究センター, 特別研究員

受賞

2016年12月

優秀ポスター賞, GAS41のYEATSドメインによるアシル化ヒストンテイルの認識機構, 日本分子生物学会

菊地正樹

論文

Temperature vaulting: A method for screening of slow- and tight-binding inhibitors that selectively target kinases in their non-native state.

Sora Suzuki, Koji Umezawa, Gaku Furuie, Masaki Kikuchi, Daichi G M Nakamura, Nanae Fukahori, Ninako Kimura, Masato Yamakawa, Takashi Niwa, Takashi Umehara …

European journal of medicinal chemistry 295 117789-117789 2025年10月5日
Isoflurane activates the type 1 ryanodine receptor to induce anesthesia in mice.

Hiroyuki J Kanaya, Ken Kuwajima, Yuko Ito, Yuta Shinohara, Yohei Okubo, Shinnosuke Shiono, Fumiya Tatsuki, Rei-Ichiro Ohno, Hideki Ukai, Maki Ukai-Tadenuma …

PLoS biology 23(6) e3003172 2025年6月
Discovery of a novel class NSD2 inhibitor for t(4;14)-positive multiple myeloma

Sae Matsuoka, Naoki Osada, Hirokazu Kubota, Ko Kikuzato, Hiroo Koyama, Takeshi Sonoda, Akiko Idei, Minoru Yoshida, Masaki Kikuchi, Takashi Umehara …

Blood Neoplasia 100091-100091 2025年3月
Histone H3.3 variant plays a critical role on zygote-to-oocyst development in malaria parasites.

Yuki S Tateishi, Tamasa Araki, Satoru Kawai, Shuhei Koide, Yuko Umeki, Takashi Imai, Yumiko Saito-Nakano, Masaki Kikuchi, Atsushi Iwama, Hajime Hisaeda …

Parasitology international 102856-102856 2024年1月8日
GAS41 promotes H2A.Z deposition through recognition of the N terminus of histone H3 by the YEATS domain.

Masaki Kikuchi, Shohei Takase, Tsuyoshi Konuma, Kota Noritsugu, Saaya Sekine, Takahisa Ikegami, Akihiro Ito, Takashi Umehara

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 120(43) e2304103120 2023年10月24日
Epigenetic mechanisms to propagate histone acetylation by p300/CBP.

Masaki Kikuchi, Satoshi Morita, Masatoshi Wakamori, Shin Sato, Tomomi Uchikubo-Kamo, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Mikako Shirouzu, Takashi Umehara

Nature communications 14(1) 4103-4103 2023年7月17日
Histone H3 lysine 27 crotonylation mediates gene transcriptional repression in chromatin.

Nan Liu, Tsuyoshi Konuma, Rajal Sharma, Deyu Wang, Nan Zhao, Lingling Cao, Ying Ju, Di Liu, Shuai Wang, Almudena Bosch …

Molecular cell 83(13) 2206-2221 2023年7月6日
Elucidation of binding preferences of YEATS domains to site-specific acetylated nucleosome core particles.

Masaki Kikuchi, Satoshi Morita, Mie Goto, Masatoshi Wakamori, Kazushige Katsura, Kazuharu Hanada, Mikako Shirouzu, Takashi Umehara

The Journal of biological chemistry 298(8) 102164-102164 2022年8月査読有り
Structure-activity relationship for the folding intermediate-selective inhibition of DYRK1A.

Yuka Miyazaki, Masaki Kikuchi, Koji Umezawa, Aurelie Descamps, Daichi Nakamura, Gaku Furuie, Tomoe Sumida, Kanako Saito, Ninako Kimura, Takashi Niwa …

European journal of medicinal chemistry 227 113948-113948 2022年1月5日査読有り
Structure-Based Identification of Potent Lysine-Specific Demethylase 1 Inhibitor Peptides and Temporary Cyclization to Enhance Proteolytic Stability and Cell Growth-Inhibitory Activity.

Hiroki Kitagawa, Masaki Kikuchi, Shin Sato, Hisami Watanabe, Naoki Umezawa, Maiko Kato, Yosuke Hisamatsu, Takashi Umehara, Tsunehiko Higuchi

Journal of medicinal chemistry 64(7) 3707-3719 2021年3月23日査読有り
The methyltransferase METTL9 mediates pervasive 1-methylhistidine modification in mammalian proteomes.

Erna Davydova, Tadahiro Shimazu, Maren Kirstin Schuhmacher, Magnus E Jakobsson, Hanneke L D M Willemen, Tongri Liu, Anders Moen, Angela Y Y Ho, Jędrzej Małecki, Lisa Schroer …

Nature communications 12(1) 891-891 2021年2月9日査読有り
Rational design and implementation of a chemically inducible heterotrimerization system.

Helen D Wu, Masaki Kikuchi, Onur Dagliyan, Adam K Aragaki, Hideki Nakamura, Nikolay V Dokholyan, Takashi Umehara, Takanari Inoue

Nature methods 17(9) 928-936 2020年9月査読有り
Inhibition of FAD-dependent lysine-specific demethylases by chiral polyamine analogues

Naoki Umezawa, Kasumi Tsuji, Shin Sato, Masaki Kikuchi, Hisami Watanabe, Yuhei Horai, Masashi Yamaguchi, Yosuke Hisamatsu, Takashi Umehara, Tsunehiko Higuchi

RSC Advances 8(64) 36895 2018年査読有り
Tri-methylation of ATF7IP by G9a/GLP recruits the chromodomain protein MPP8

Tsusaka T, Kikuchi M, Shimazu T, Suzuki T, Sohtome Y, Akakabe M, Sodeoka M, Dohmae N, Umehara T, Shinkai Y

Epigenetics Chromatin 11(1) 56-56 2018年査読有り
Temperature-Sensitive Substrate and Product Binding Underlie Temperature-Compensated Phosphorylation in the Clock

Yuta Shinohara, Yohei M. Koyama, Maki Ukai-Tadenuma, Takatsugu Hirokawa, Masaki Kikuchi, Rikuhiro G. Yamada, Hideki Ukai, Hiroshi Fujishima, Takashi Umehara, Kazuki Tainaka …

MOLECULAR CELL 67(5) 783-+ 2017年9月査読有り
Development and crystallographic evaluation of histone H3 peptide with N-terminal serine substitution as a potent inhibitor of lysine-specific demethylase 1

Yuichi Amano, Masaki Kikuchi, Shin Sato, Shigeyuki Yokoyama, Takashi Umehara, Naoki Umezawa, Tsunehiko Higuchi

BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY 25(9) 2617-2624 2017年5月査読有り
Characterization of lysine acetylation of a phosphoenolpyruvate carboxylase involved in glutamate overproduction in Corynebacterium glutamicum

Megumi Nagano-Shoji, Yuma Hamamoto, Yuta Mizuno, Ayuka Yamada, Masaki Kikuchi, Mikako Shirouzu, Takashi Umehara, Minoru Yoshida, Makoto Nishiyama, Saori Kosono

MOLECULAR MICROBIOLOGY 104(4) 677-689 2017年5月査読有り
Expression, purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of hepatitis B virus core protein dimerized via a peptide linker containing an EGFP insertion

Masaki Kikuchi, Shinichiro Iwabuchi, Tatsuhiko Kikkou, Keiichi Noguchi, Masafumi Odaka, Masafumi Yohda, Masaaki Kawata, Chikara Sato, Osamu Matsumoto

Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications 69(8) 942-945 2013年8月査読有り
Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of hepatitis B virus core fusion protein corresponding to octahedral particles

Masaki Kikuchi, Shinichiro Iwabuchi, Tatsuhiko Kikkou, Keiichi Noguchi, Masafumi Odaka, Masafumi Yohda, Masaaki Kawata, Chikara Sato, Osamu Matsumoto

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS 69 165-169 2013年2月査読有り

講演・口頭発表等

ヒトYEATSドメイン含有タンパク質によるアセチル化ヒストンテイルの認識機構

菊地正樹, 大沢登, 白水美香子, 梅原崇史, 梅原崇史

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 2016年

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

リシンアセチル化による後成遺伝情報の発現と継承の仕組みを理解する

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2024年4月 - 2028年3月

梅原崇史, 伊藤昭博, 菊地正樹
p300によるヌクレオソームアセチル化の構造基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2021年4月 - 2024年3月

菊地正樹
治療と根治を両立する革新的マラリア制圧戦略の分子基盤に関する研究開発

AMED 新興・再興感染症研究基盤創生事業（多分野融合研究領域） 2021年12月 - 2024年3月
GAS41によるアセチル化ヌクレオソーム認識機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2019年4月 - 2021年3月

菊地正樹

産業財産権

特開2014-212722 八面体構造を有するB型肝炎ウイルス様粒子結晶

松本治, 岩渕紳一郎, 亀甲龍彦, 菊地正樹
特開2012-125190 会合ユニット作製用リンカーペプチド

松本治, 岩渕紳一郎, 亀甲龍彦, 菊地正樹

その他

理研プレスリリース：エピゲノム修飾の位置を端から数える仕組み

2023年10月

https://www.riken.jp/press/2023/20231017_1/index.html
理研プレスリリース：遺伝子発現を制御するエピゲノムの複製と転写

2023年7月

https://www.riken.jp/press/2023/20230717_1/index.html

菊地正樹

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

受賞

論文

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

その他

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