
Yuki Naito
(内藤 雄樹)
Modified on: 04/24
Profile Information
- Affiliation
- Project Associate Professor, Nucleotide and Peptide Drug Discovery Center, Institute of Science Tokyo
- Degree
-
Ph.D.(The University of Tokyo)
- Researcher number
- 60451829
- J-GLOBAL ID
- 201201071327312942
- researchmap Member ID
- B000222383
- External link
RNAiのメカニズムおよび応用技術に関する研究を、wetとdryの両方のアプローチから行ってきた。活性が高くオフターゲット作用(副作用)の少ないsiRNAの設計法を構築し、siRNA設計ウェブサーバ siDirect を公開。またこれを応用して、HIV-1のようなゲノム多様性の高いウィルスを標的とするRNAi法を構築した。2011年よりライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)に移り、おもに塩基配列データベースを対象とする大規模データの利用技術開発に取り組む。遺伝子をGoogleのように検索できる統合遺伝子検索エンジン GGRNA(ググルナ)、短い塩基配列を高速に検索する GGGenome(ゲゲゲノム)、ゲノム編集のためのガイドRNA設計ソフトウェア CRISPRdirect など、wetな現場で活用できるソフトウェアを開発。2023年より東京医科歯科大学(2024年10月より東京科学大学)に移り、これらのソフトウェアやデータベースの医療応用をめざしている。
Research Interests
5Research Areas
2Research History
6-
Apr, 2023 - Present
-
Apr, 2011 - Mar, 2023
Education
2Committee Memberships
1-
Mar, 2018 - Present
Papers
35-
Database, 2025 baaf028, Apr 21, 2025 Peer-reviewed
-
International Journal of Molecular Sciences, 26(4) 1723-1723, Feb 18, 2025 Peer-reviewed
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Bioinformatics, 38(17) 4194-4199, Jul 8, 2022 Peer-reviewed
-
Nucleic Acids Research, 50(13) 7224-7234, Jul 8, 2022 Peer-reviewed
-
Molecular Ecology, (30) 5923-5934, Aug 25, 2021 Peer-reviewed
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F1000Research, 9 136-136, Feb 24, 2020 Peer-reviewed
-
Nature Communications, 10(1) 5302, Dec, 2019 Peer-reviewed
-
Genes to Cells, 24(12) 827-835, Dec, 2019 Peer-reviewed
-
Database, 2019 bay132, Jan 1, 2019 Peer-reviewed
-
Genes to Cells, 23(6) 448-455, Jun, 2018 Peer-reviewedLead author
-
Bioinformatics, 31(7) 1120-1123, Apr 1, 2015 Peer-reviewedLead authorCorresponding author
-
Journal of Virology, 88(17) 9864-9876, Sep 1, 2014 Peer-reviewed
-
Methods in Molecular Biology, 942 57-68, Oct, 2012 Peer-reviewedLead author
-
Nucleic Acids Research, 40(Web Server Issue) W592-W596, Jul 1, 2012 Peer-reviewedLead author
-
Frontiers in Genetics, 3 102, Jun, 2012 Peer-reviewedLead author
-
PLoS ONE, 6(12) e28688-e28688, Dec 21, 2011 Peer-reviewed
-
Gene Silencing: Theory, Techniques and Applications, 287-319, Oct, 2010 Peer-reviewed
-
BMC Bioinformatics, 10(1) 392, Dec, 2009 Peer-reviewedLead authorCorresponding author
-
Proceedings of the 2009 Micro-NanoMechatronics and Human Science (MHS2009), 291-297, Nov, 2009 Peer-reviewedLead author
-
Small Interfering RNA: New Research, 185-194, Sep, 2009 Peer-reviewedLead author
Misc.
4-
実験医学 増刊「今日から使える!データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100」, 32(20) 3275-3276, Dec, 2014 Invited
-
ライフサイエンス 新着論文レビュー DBCLSからの成果発信, May, 2012
-
日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター, 24 3-4, Mar, 2012
-
バイオテクノロジージャーナル, 6(1) 23-28, Jan 1, 2006
Books and Other Publications
13-
羊土社, Dec, 2019 (ISBN: 9784758122443)
-
羊土社, Jan, 2019 (ISBN: 9784758125154)
-
羊土社, Dec, 2014 (ISBN: 4758103437)
-
羊土社, Jul, 2014 (ISBN: 4758101299)
-
羊土社, Nov, 2010 (ISBN: 4758101779)
-
シーエムシー出版, Sep, 2010 (ISBN: 4781302661)
-
羊土社, Apr, 2008 (ISBN: 4758102902)
-
羊土社, Dec, 2007 (ISBN: 9784758101721)
-
シーエムシー出版, Jan, 2006 (ISBN: 488231519X)
-
エヌ・ティー・エス, Dec, 2004 (ISBN: 4860430670)
-
東京大学情報処理ナビゲーター編集委員会, Apr, 2001 (ISBN: 4925224034)
-
東京大学情報処理ナビゲーター編集委員会, Aug, 2000 (ISBN: 4925224026)
-
東京大学情報処理ナビゲーター編集委員会, Dec, 1999 (ISBN: 4925224018)
Professional Memberships
2Works
9-
Mar, 2020 - Present Web Service
-
Jan, 2014 - Present Web Service
-
Sep, 2013 - Present Web Service
-
Jul, 2012 - Present Web Service
-
May, 2011 - Present Web Service
-
Jul, 2006 - Present Web Service
-
Jul, 2005 - Present Web Service
-
May, 2004 - Present Web Service
-
Feb, 2004 - Present Web Service
Research Projects
9-
医薬品等規制調和・評価研究事業, AMED, 2019 - 2022
-
医薬品等規制調和・評価研究事業, AMED, 2016 - 2019
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Grant-in-Aid for Young Scientists (B), Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, Apr, 2014 - Mar, 2016
-
2014 - 2015
-
Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, 2009 - 2012
-
Grant-in-Aid for Young Scientists (B), Grant-in-Aid for Young Scientists (B), Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, 2008 - 2011
-
科学研究費補助金 特定領域研究, 特定領域研究, 文部科学省, 2008 - 2010
-
2007 - 2008
-
科学研究費補助金 特別研究員奨励費, 文部科学省, 2006 - 2007