中野美紀 (Miki Nakano) - マイポータル

基本情報

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-8904-2773
J-GLOBAL ID: 202101019389242744
Researcher ID: C-9026-2016
researchmap会員ID: R000026110

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研究分野

経歴

2015年4月 - 2024年5月

特定国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, 研究員 (博士（理学）)
2012年4月 - 2015年3月

甲南大学, 先端生命工学研究科, 技術員
2010年10月 - 2012年3月

神戸大学, 大学院人間発達環境学研究科人間環境学専攻, 学術研究員
1991年4月 - 1993年6月

住友電気工業株式会社, 伊丹研究所

学歴

1989年4月 - 1991年3月

神戸大学, 大学院理学研究科, 物理学専攻
1985年4月 - 1989年3月

神戸大学, 理学部, 物理学科

委員歴

神戸大学理学部同窓会, 理事

論文

Xphase3d: Memory-Distributed Phase Retrieval for Reconstructing Large-Scale 3D Density Maps of Biological Macromolecules

Wenyang Zhao, Osamu Miyashita, Miki Nakano, Florence Tama

2024 IEEE International Conference on Cluster Computing (CLUSTER) 394-402 2024年9月24日査読有り
Structure determination using high-order spatial correlations in single-particle X-ray scattering

Wenyang Zhao, Osamu Miyashita, Miki Nakano, Florence Tama

IUCrJ 11(1) 92-108 2024年1月1日査読有り
Molecular size dependence on achievable resolution from XFEL single-particle 3D reconstruction.

Miki Nakano, Osamu Miyashita, Florence Tama

Structural dynamics (Melville, N.Y.) 10(2) 024101-024101 2023年3月査読有り筆頭著者
Three-dimensional structure determination of gold nanotriangles in solution using X-ray free-electron laser single-particle analysis

Miki Nakano, Osamu Miyashita, Yasumasa Joti, Akihiro Suzuki, Hideyuki Mitomo, Yoshiya Niida, Ying Yang, Hirokatsu Yumoto, Takahisa Koyama, Kensuke Tono …

Optica 9(7) 776-784 2022年7月査読有り筆頭著者
Parameter optimization for 3D-reconstruction from XFEL diffraction patterns based on Fourier slice matching

Miki Nakano, Osamu Miyashita, Florence Tama

Biophysics and Physicobiology 16 367-376 2019年査読有り筆頭著者
Single-particle XFEL 3D reconstruction of ribosome-size particles based on Fourier slice matching: requirements to reach subnanometer resolution

Miki Nakano, Osamu Miyashita, Slavica Jonic, Atsushi Tokuhisa, Florence Tama

Journal of Synchrotron Radiation 25(4) 1010-1021 2018年7月1日査読有り筆頭著者
Three-dimensional reconstruction for coherent diffraction patterns obtained by XFEL

Miki Nakano, Osamu Miyashita, Slavica Jonic, Changyong Song, Daewoong Nam, Yasumasa Joti, Florence Tama

Journal of Synchrotron Radiation 24(4) 727-737 2017年7月1日査読有り筆頭著者
Local thermodynamics of the water molecules around single- and double-stranded DNA studied by grid inhomogeneous solvation theory

Miki Nakano, Hisae Tateishi-Karimata, Shigenori Tanaka, Florence Tama, Osamu Miyashita, Shu-ichi Nakano, Naoki Sugimoto

Chemical Physics Letters 660 250-255 2016年9月査読有り筆頭著者
19pBW-9 X線自由電子レーザー(XFEL)回折像からの生体分子三次元構造の復元

中野美紀, 宮下治, Jonic Slavica, 徳久淳師, Tama Florence

日本物理学会講演概要集 71 3179-3179 2016年筆頭著者
Thermodynamic properties of water molecules in the presence of cosolute depend on DNA structure: a study using grid inhomogeneous solvation theory

Nakano, Miki, Tateishi-Karimata, Hisae, Tanaka, Shigenori, Tama, Florence, Miyashita, Osamu, Nakano, Shu-ichi, Sugimoto, Naoki

Nucleic Acids Research 43(21) 10114-25 2015年査読有り筆頭著者
i-Motifs are more stable than G-quadruplexes in a hydrated ionic liquid

Tateishi-Karimata, Hisae, Nakano, Miki, Pramanik, Smritimoy, Tanaka, Shigenori, Sugimoto, Naoki

Chemical Communications 51(32) 2015年査読有り
Effects of Bridge Functions on Radial Distribution Functions of Liquid Water

Tanaka, Shigenori, Nakano, Miki

Interdisciplinary Sciences-Computational Life Sciences 7(2) 2015年査読有り
Comparable Stability of Hoogsteen and Watson-Crick Base Pairs in Ionic Liquid Choline Dihydrogen Phosphate

Tateishi-Karimata, Hisae, Nakano, Miki, Sugimoto, Naoki

Scientific Reports 4 2014年査読有り
Classical density functional calculation of radial distribution functions of liquid water

Tanaka, Shigenori, Nakano, Miki

Chemical Physics 430 18-22 2014年査読有り
Choline Ion Interactions with DNA Atoms Explain Unique Stabilization of A-T Base Pairs in DNA Duplexes: A Microscopic View

Nakano, Miki, Tateishi-Karimata, Hisae, Tanaka, Shigenori, Sugimoto, Naoki

Journal of Physical Chemistry B 118(2) 379-389 2014年査読有り筆頭著者
Affinity of Molecular Ions for DNA Structures Is Determined by Solvent-Accessible Surface Area

Nakano, Miki, Tateishi-Karimata, Hisae, Tanaka, Shigenori, Sugimoto, Naoki

Journal of Physical Chemistry B 118(32) 9583-9594 2014年査読有り筆頭著者
3P119 DNA塩基対の安定性に及ぼすコリンイオンの効果の分子動力学計算による解析(05A.核酸:構造・物性,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Nakano Miki, Tateishi-Karimata Hisae, Sugimoto Naoki

生物物理 53(1) S231 2013年筆頭著者
Triplet correlations and bridge functions in classical density functional theory for liquid water

Tanaka, Shigenori, Nakano, Miki

Chemical Physics Letters 572 38-43 2013年査読有り
Study of the aggregation mechanism of polyglutamine peptides using replica exchange molecular dynamics simulations

Nakano, Miki, Ebina, Kuniyoshi, Tanaka, Shigenori

Journal of Molecular Modeling 19(4) 1627-1639 2013年査読有り筆頭著者
Molecular mechanics and all-electron fragment molecular orbital calculations on mutated polyglutamine peptides

Van Schouwen, Bryan M. B., Nakano, Miki, Watanabe, Hirofumi, Tanaka, Shigenori, Gordon, Heather L., Rothstein, Stuart M.

Journal of Molecular Structure-Theochem 944(1-3) 12-20 2010年査読有り

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MISC

シミュレーションデータを用いたX線自由電子レーザー（XFEL）回折像からの生体分子三次元構造の復元プロトコル

中野美紀, 宮下治, Jonic Slavica, 徳久淳師, Tama Florence

日本物理学会講演概要集 73 3078-3078 2018年

書籍等出版物

新しい高校物理の教科書

山本, 明利, 左巻, 健男 (担当:共著, 範囲:第5章波うつ世界)

講談社 2006年2月 (ISBN: 4062575094)

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

XFEL単粒子回折画像処理と三次元生体分子構造の復元

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2018年4月 - 2022年3月

中野美紀

中野美紀

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学歴

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論文

MISC

書籍等出版物

担当経験のある科目(授業)

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