国民の健康の維持と増進の最大の障害となっている生活習慣病等の多因子疾患について、ゲノム・エピゲノム・トランスクリプトーム・プロテオーム・メタボローム解析などを同一組織を用いて実施することにより、革新的な予防・診断・治療法の開発（広義の創薬）を可能とする標的候補を見出すことを目的とする。その過程で得られたデータや解析結果については、必要に応じて知的財産権を確保した後、疾患横断的なデータベース「多層的疾患オミックス統合データベース（仮称）」に収録し、適切な方法で公開する。