池口満徳 (Mitsunori Ikeguchi) - マイポータル

基本情報

所属: 横浜市立大学理学部理学科生命医科学研究科生命医科学専攻教授

学位: 博士(農学)(東京大学)

J-GLOBAL ID: 201201050973551117
researchmap会員ID: 7000000376

外部リンク: http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/bioinfo/

タンパク質など生体系の分子シミュレーションを専門にして研究をしている。標的タンパク質の立体構造ベースにしたインシリコ創薬の研究も行い、生命系のハイ・パフォーマンス・コンピューティング（HPC）の分野で活動を行っている。

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

- 1994年

東京大学, 農学系研究科, 応用生命工学専攻
- 1989年

東京大学, 工学部, 計数工学科

論文

226

Multistep receptor binding of the hepatitis B virus preS1 domain.

Chisa Kobayashi, Toru Ekimoto, Koji Ooka, Junki Mifune, Kayo Matsuzawa, Lusheng Que, Yingfang Li, Atsuto Kusunoki, Takeshi Morita, Kaho Shionoya …

Nature communications 17(1) 102-102 2026年1月30日
Structural mapping of NTCP distinguishes its dual functionality as a hepatitis B virus receptor and bile acid transporter.

Kayo Matsuzawa, Toru Ekimoto, Chisa Kobayashi, Kaho Shionoya, Junki Mifune, Takeshi Morita, Junko S Takeuchi, Sam-Yong Park, Mitsunori Ikeguchi, Camille Sureau …

PLoS pathogens 22(1) e1013824 2026年1月
Quantitative Structure–Activity Relationships for Human Galectin-3 Inhibitors: Insights from Quantum Chemical Interaction Energy Terms

Tomohide Masuda, Chiduru Watanabe, Koichiro Kato, Teruki Honma, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi

Journal of Chemical Information and Modeling 2025年6月10日
Synergistic Activation of TLR7 and 8 Mediated by Reduction of Electrostatic Repulsion

Toru Ekimoto, Masami Nomura, Yuri Saito, Minami Suzuki, Tsutomu Yamane, Zhikuan Zhang, Umeharu Ohto, Mitsunori Ikeguchi, Toshiyuki Shimizu

Chemical and Pharmaceutical Bulletin 72(11) 1005-1013 2024年11月26日査読有り
Na+-V-ATPase inhibitor curbs VRE growth and unveils Na+ pathway structure

Kano Suzuki, Yoshiyuki Goto, Akihiro Otomo, Kouki Shimizu, Shohei Abe, Katsuhiko Moriyama, Satoshi Yasuda, Yusuke Hashimoto, Jun Kurushima, Sho Mikuriya …

Nature Structural & Molecular Biology 2024年11月21日査読有り
Structural basis for hepatitis B virus restriction by a viral receptor homologue.

Kaho Shionoya, Jae-Hyun Park, Toru Ekimoto, Junko S Takeuchi, Junki Mifune, Takeshi Morita, Naito Ishimoto, Haruka Umezawa, Kenichiro Yamamoto, Chisa Kobayashi …

Nature communications 15(1) 9241-9241 2024年10月25日査読有り
Statistical-Mechanics Analyses on Thermodynamics of Protein Folding Constructed by Privalov and Co-Workers.

Masao Inoue, Tomohiko Hayashi, Satoshi Yasuda, Minoru Kato, Mitsunori Ikeguchi, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita

The journal of physical chemistry. B 128(41) 10110-10125 2024年10月17日査読有り
Molecular Dynamics Unveils Multiple-Site Binding of Inhibitors with Reduced Activity on the Surface of Dihydrofolate Reductase

Mitsugu Araki, Toru Ekimoto, Kazuhiro Takemura, Shigeyuki Matsumoto, Yunoshin Tamura, Hironori Kokubo, Gert-Jan Bekker, Tsutomu Yamane, Yuta Isaka, Yukari Sagae …

Journal of the American Chemical Society 2024年10月12日査読有り
A machine learning model for predicting quantum chemistry based protein-drug molecule interactions

Ryosuke KITA, Chiduru WATANABE, Masateru OHTA, Naoki TANIMURA, Koji OKUWAKI, Mitsunori IKEGUCHI, Kaori FUKUZAWA, Teruki HONMA, Tsuyohiko FUJIGAYA, Koichiro KATO

The 38th Annual Conference of the Japanese Society for Artificial Intelligence 38 2024年5月査読有り
Computational Analysis of Activation of Dimerized Epidermal Growth Factor Receptor Kinase Using the String Method and Markov State Model

Masao Inoue, Toru Ekimoto, Tsutomu Yamane, Mitsunori Ikeguchi

Journal of Chemical Information and Modeling 64(9) 3884-3895 2024年4月26日査読有り最終著者責任著者
Nanohoops in Membranes: Confined Supramolecular Spaces within Phospholipid Bilayer Membranes

Kylie Chinner, Niklas Grabicki, Rei Hamaguchi, Mitsunori Ikeguchi, Kazushi Kinbara, Sayaka Toyoda, Kohei Sato, Oliver Dumele

Chemical Science 2024年査読有り
Structural basis for ligand recognition and signaling of hydroxy-carboxylic acid receptor 2.

Jae-Hyun Park, Kouki Kawakami, Naito Ishimoto, Tatsuya Ikuta, Mio Ohki, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi, Dong-Sun Lee, Young-Ho Lee, Jeremy R H Tame …

Nature communications 14(1) 7150-7150 2023年11月6日査読有り
Comparison of the Molecular Motility of Tubulin Dimeric Isoforms: Molecular Dynamics Simulations and Diffracted X-ray Tracking Study

Tsutomu Yamane, Takahiro Nakayama, Toru Ekimoto, Masao Inoue, Keigo Ikezaki, Hiroshi Sekiguchi, Masahiro Kuramochi, Yasuo Terao, Ken Judai, Minoru Saito …

International Journal of Molecular Sciences 24(20) 15423-15423 2023年10月21日査読有り
Dynamic solution structures of whole human NAP1 dimer bound to one and two histone H2A-H2B heterodimers obtained by integrative methods

Hideaki Ohtomo, Tsutomu Yamane, Takashi Oda, Noriyuki Kodera, Jun-ichi Kurita, Yasuo Tsunaka, Romain Amyot, Mitsunori Ikeguchi, Yoshifumi Nishimura

Journal of Molecular Biology 168189-168189 2023年6月査読有り
Mandibulofacial dysostosis with alopecia results from ETAR gain-of-function mutations via allosteric effects on ligand binding.

Yukiko Kurihara, Toru Ekimoto, Christopher T Gordon, Yasunobu Uchijima, Ryo Sugiyama, Taro Kitazawa, Akiyasu Iwase, Risa Kotani, Rieko Asai, Véronique Pingault …

The Journal of clinical investigation 133(4) 2023年2月15日査読有り
TLR3 forms a laterally aligned multimeric complex along double-stranded RNA for efficient signal transduction

Kentaro Sakaniwa, Akiko Fujimura, Takuma Shibata, Hideki Shigematsu, Toru Ekimoto, Masaki Yamamoto, Mitsunori Ikeguchi, Kensuke Miyake, Umeharu Ohto, Toshiyuki Shimizu

Nature Communications 14(1) 2023年1月11日査読有り
Binding and Unbinding Pathways of Peptide Substrates on the SARS-CoV-2 3CL Protease.

Kei Moritsugu, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi, Akinori Kidera

Journal of chemical information and modeling 63(1) 240-250 2023年1月9日査読有り
Functional dynamics of SARS-CoV-2 3C-like protease as a member of clan PA.

Akinori Kidera, Kei Moritsugu, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi

Biophysical reviews 14(6) 1473-1485 2022年12月査読有り
Hybrid in vitro/in silico analysis of low-affinity protein-protein interactions that regulate signal transduction by Sema6D.

Tsubasa Tanaka, Toru Ekimoto, Meri Nagatomo, Makiko Neyazaki, Erena Shimoji, Tsutomu Yamane, Sakura Kanagawa, Rika Oi, Emiko Mihara, Junichi Takagi …

Protein science : a publication of the Protein Society 31(11) e4452 2022年11月査読有り
gr Predictor: A Deep Learning Model for Predicting the Hydration Structures around Proteins

Kosuke Kawama, Yusaku Fukushima, Mitsunori Ikeguchi, Masateru Ohta, Takashi Yoshidome

Journal of Chemical Information and Modeling 2022年9月6日査読有り

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MISC

生体分子系を対象とした機械学習力場構築に向けたFMOデータと転移学習の有効性評価

松本大夢, 喜多亮介, 渡邉千鶴, 大田雅照, 谷村直樹, 奥脇弘次, 池口満徳, 池口満徳, 福澤薫, 本間光貴 …

日本薬学会年会要旨集(Web) 144th 2024年
QAEマップ:深層学習を用いた低分解能蛋白質結晶構造の検証【JST・京大機械翻訳】

HATA Hiroaki, SATO Miwa, MIYAGUCHI Ikuko, KASHIMA Akiko, MA Biao, MATSUMOTO Sigeyuki, TOKUHISA Atsushi, OHTA Masateru, IKEGUCHI Mitsunori

CBI学会大会(CD-ROM) 2021 2021年
神経栄養因子NGF高親和性受容体TrkAドメイン5と新規結合ペプチドの相互作用解析

鈴木里佳, 登坂綺水, 浴本亨, 高橋真帆, 山根努, 坂倉正義, 水越弓子, 竹内恒, 嶋田一夫, 池口満徳 …

日本薬学会年会要旨集(Web) 141st 2021年
STRUCTURAL AND PHYSICAL BASIS FOR THE HIGHER AFFINITY TO ONCOPROTEIN MDM2 OF A PEPTIDE SELECTED WITH MRNA DISPLAY OVER TUMOR SUPPRESSOR P53

永田崇, 山田達矢, 林智彦, 肥喜里志門, 小林直宏, 池口満徳, 片平正人, 木下正弘, 柳川弘志

64th Annual Meeting of the Biophysical Society, San Diego, 2020.2.15-19 2020年2月16日
X線小角散乱と分子動力学シミュレーションを組み合わせた生体分子の溶液構造解析

浴本亨, 小甲裕一, 苙口友隆, 池口満徳, 池口満徳

アンサンブル 22(3) 2020年
深層学習による低解像度電子密度データからの構造予測

佐藤美和, 中川寛之, 小甲裕一, 宮口郁子, 鹿島亜希子, 馬彪, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳, 池口満徳

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
AI用学習データ作成のための高・低分解能の蛋白質結晶構造比較

宮口郁子, 鹿島亜季子, 佐藤美和, 中田一人, 馬彪, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
3D-CNNを活用したポケット予測に関する研究。

馬場剛史, 小甲裕一, 佐藤美和, 中川寛之, 宮口郁子, MA Biao, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳 …

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 47th (CD-ROM) 2019年
In vitroとin silicoの融合によるセマフォリン-プレキシンペアの結合特異性決定因子の探索

田中翼, 下地恵令奈, 永友芽里, 山根努, 浴本亨, 根谷崎牧子, 大井里香, 池口満徳, 禾晃和

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
シグナル分子セマフォリンと受容体プレキシンの結合特異性に関する構造生物学的解析

田中翼, 永友芽里, 根谷崎牧子, 大井里香, 下地恵令奈, 山根努, 浴本亨, 池口満徳, 禾晃和

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st 2018年
Reconstruction of Three-Dimensional Structures of a Protein with Software ENMA and EMC Algorithm: A Simulation for XFEL-CXDI Experiment

Takashi Yoshidome, Yuki Sekiguchi, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako, Mitsunori Ikeguchi

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 288A-288A 2017年2月
Apo- and Antagonist-Binding Structures of Vitamin D Receptor Ligand-Binding Domain Revealed by a Combination Andlysis of MD Simulations and SAXS Experiments

Yasuaki Anami, Nobutaka Shimizu, Toru Ekimoto, Daichi Egawa, Toshimasa Itoh, Mitsunori Ikeguchi, Keiko Yamamoto

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 48A-48A 2017年2月
Determination of the Solution Structure of Isolated Histone H2A-H2B Heterodimer by using CS-Rosetta

Tsutomu Yamane, Yoshihito Moriwaki, Hideaki Ohtomo, Mitsunori Ikeguchi, Jun-ichi Kurita, Masahiko Sato, Aritaka Nagadoi, Hideaki Shimojo, Yoshifumi Nishimura

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 488A-488A 2017年2月
SAXS-MD解析を用いたビタミンD受容体のアポ型及びアンタゴニスト結合型構造の解析

山本恵子, 穴見康昭, 清水伸隆, 浴本亨, 江川大地, 伊藤俊将, 池口満徳

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 137th 2017年
神経軸索ガイダンス分子セマフォリンと受容体の相互作用のin silico解析

下地恵令奈, 山根努, 浴本亨, 禾晃和, 池口満徳

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 2017年
Water Pathway Analysis of Multi-Drug Efflux Transporter AcrB

Tsutomu Yamane, Ryotaro Koike, Motonori Ota, Satoshi Murakami, Akinori Kidera, Mitsunori Ikeguchi

BIOPHYSICAL JOURNAL 110(3) 631A-631A 2016年2月
神経軸索伸長ガイダンス分子セマフォリンと受容体プレキシンのタンパク質複合体の分子モデリング

下地恵令奈, 山根努, 浴本亨, 禾晃和, 池口満徳

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 16th 2016年
CS-Rosettaを用いたヒストンH2A-H2B複合体の溶液構造解析

山根努, 森脇義仁, 佐藤昌彦, 大友秀明, 池口満徳, 栗田順一, 長土居有隆, 下條秀朗, 西村善文

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 16th 2016年
X線小角散乱(SAXS)と分子動力学計算(MD)を組み合わせたSAXS-MD法によるビタミンD受容体リガンド結合領域の相関構造解析

穴見康昭, 清水伸隆, 浴本亨, 江川大地, 伊藤俊将, 池口満徳, 山本恵子

日本薬学会関東支部大会講演要旨集 59th 2015年
7aAM-5 マニフォールドに基づく新規画像分類法を用いた画像解析(7aAM 生物物理一般,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

吉留崇, 苙口友隆, 中迫雅由, 池口満徳

日本物理学会講演概要集 69(2) 188-188 2014年8月22日

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書籍等出版物

実験医学増刊構造生命科学で何がわかるのか何ができるのか

池口満徳, 山根努 (担当:分担執筆, 範囲:生体系の分子シミュレーションと多剤排出トランスポーターへの応用)

羊土社 2014年
Protein Conformational Dynamics

Y. Ito, M. Ikeguchi (担当:分担執筆, 範囲:Molecular dynamics simulations of F1-ATPase)

Springer Cham Heidelberg New York Dordrecht London 2014年
1分子ナノバイオ計測

伊藤祐子, 池口満徳 (担当:分担執筆, 範囲:全原子分子動力学計算が解き明かす回転分子モーターの作用機構)

化学同人 2014年
最新分子マシンナノで働く“高度な機械”を目指して

池口満徳 (担当:分担執筆, 範囲:水を輸送する分子マシンアクアポリンの分子シミュレーション)

化学同人 2008年

講演・口頭発表等

Finite-size effect on the charging free energy in the alchemical perturbation and “Warp Drive” method

浴本亨, 山根努, 池口満徳

Biophysical society 62th Annual Meeting 2018年
In silico binding affinity analysis for phosphodiesterase-10A inhibitors

湯浅千紗, 浴本亨, 山根努, 池口満徳

情報計算科学生物学会2017年大会 2017年
In silico protein design for functional modification of the photoactivated adenylate cyclase

田中真結, 浴本亨, 大木規央, 山根努, 朴三用, 池口満徳

情報計算科学生物学会2017年大会 2017年
Finite-size effect on the charging free energy in the alchemical perturbation and ``warp drive'' method

浴本亨, 山根努, 池口満徳

情報計算科学生物学会2017年大会 2017年
Apo- and antagonist-binding structures of vitamin D receptor ligand-binding domain elucidated by SAXS experiments and MD simulations

穴見康昭, 清水伸隆, 浴本亨, 江川大地, 伊藤俊将, 池口満徳, 山本恵子

第55回日本生物物理学会年会 2017年
Protein dynamics revealed by a combination analysis of molecular dynamics (MD) simulations and small-angle x-ray scattering (SAXS) experiments

浴本亨, 池口満徳

第55回日本生物物理学会年会 2017年
Apo- and antagonist-binding structures of vitamin D receptor ligand-binding domain in solution revealed by MD and SAXS hybrid approach

浴本亨, 池口満徳

第17回日本蛋白質科学会年会 2017年
神経軸索ガイダンス分子セマフォリンと受容体の相互作用のin silico解析

下地恵令奈, 山根努, 浴本亨, 禾晃和, 池口満徳

第17回日本蛋白質科学会年会 2017年
ホスホジエステラーゼ(PDE)-10Aのin silicoリガンド結合解析

湯浅千紗, 浴本亨, 山根努, 池口満徳

第17回日本蛋白質科学会年会 2017年
X線小角散乱実験と分子動力学計算を組み合わせた相関構造解析による蛋白質の溶液構造解析

浴本亨, 池口満徳

第17回日本蛋白質科学会年会 2017年
F1-ATPaseの回転のメカニズムにおける水のエントロピーの重要性

日本物理学会秋季大会 2010年
分子シミュレーションで探るDNA結合タンパク質の揺らぎと機能

日本物理学会秋季大会 2010年
X線小角散乱を用いたタンパク質複合体の構造モデリング

日本生物物理学会第48回年会 2010年
MD-SAXSプロファイルにおけるイオン効果

日本生物物理学会第48回年会 2010年
全原子分子動力学シミュレーションによる多剤排出トランスポーターAcrBの解析

日本生物物理学会第48回年会 2010年
二面角空間における蛋白質分子の補償的ダイナミクス

日本生物物理学会第48回年会 2010年
イヌミルクリゾチームのアンフォールディング経路についての理論的研究：ヤギαラクトアルブミンとの比較

日本生物物理学会第48回年会 2010年
MD-SAXS法によるジユビキチンの動的構造解析：結合様式による違い

日本生物物理学会第48回年会 2010年
多次元レプリカ交換分子動力学法プログラム（REIN）の開発

日本生物物理学会第48回年会 2010年
腸内ビブリオの算出する耐熱性溶血毒TDHの構造

日本生物物理学会第48回年会 2010年

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

生体発動分子の機能発現に関する構造ダイナミクス研究

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年6月 - 2023年3月

池口満徳, 高橋栄夫
分子シミュレーションによるV型ATPaseの回転機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2013年4月 - 2016年3月

池口満徳, 村田武士
Ｐループ型ＡＴＰ加水分解酵素の機能発現機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2013年3月

池口満徳
相同組換えに関わる分裂酵母Rad51‐Swi5‐Sfr1複合体の構造生物学的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2011年 - 2012年

桑原直之, 佐藤衛, 池口満徳, 岩崎博史, 清水敏之
分子シミュレーションによる F1 分子モーターの回転機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2010年 - 2012年

池口満徳
Pループ型ATP加水分解酵素の機能発現機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2009年 - 2010年

池口満徳
分子シミュレーションによるF_1_分子モーターの化学-力学エネルギー変換機構の解

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2006年 - 2010年

林重彦, 池口満徳
トランスポーチンによるタンパク質の核内輸送の構造生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2008年 - 2009年

佐藤衛, 池口満徳
タンパク質フォールディングの大規模シミュレーションと大量軌道データ解析法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2007年 - 2009年

太田元規, 池口満徳, 池口満徳
分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2007年 - 2008年

木寺詔紀, 池口満徳, 渕上壮太郎
分子シミュレーションによる蛋白質フォールディング・分子認識機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2007年

池口満徳, 木寺詔紀, 渕上壮太郎
分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2006年

木寺詔紀, 池口満徳, 渕上壮太郎
タンパク質複合体の立体構造と機能の予測

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2001年 - 2004年

木寺詔紀, 池口満徳, 北尾彰朗
タンパク質における分子内振動エネルギー移動の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2002年 - 2003年

木寺詔紀, 池口満徳
蛋白質化学機能の立体構造からの第一原理的予測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(C) 2001年 - 2001年

池口満徳, 木下賢吾
蛋白質のレアイベントに対する準平衡論的分子シミュレーション法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業奨励研究(A) 2000年 - 2001年

池口満徳
動的資源管理機能を備えた大規模並列プログラミング環境の開発と計算化学への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 1999年 - 2001年

清水謙多郎, 中村周吾, 池口満徳
蛋白質化学機能の立体構造からの第一原理的予測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(C) 2000年 - 2000年

池口満徳, 木下賢吾
大規模並列システムのための効率的なプロセッサ割当て方針に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 1998年 - 2000年

清水謙多郎, 中村周吾, 池口満徳
蛋白質の安定性・折れたたみ機構における水・変性剤の分子メカニズム

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(A) 1998年 - 1998年

池口満徳, 中村周吾, 清水謙多郎

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論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

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