庄司光男 (Mitsuo Shoji) - マイポータル

基本情報

所属: 筑波大学計算科学研究センター教授

連絡先: mshojiccs.tsukuba.ac.jp
J-GLOBAL ID: 200901023471427339
researchmap会員ID: 6000013675

研究キーワード

研究分野

経歴

2019年10月 - 2023年3月

JST, さきがけ, 研究員（兼任）

受賞

論文

172

Neutron Crystallography of a Semiquinone Radical Intermediate of Copper Amine Oxidase Reveals a Substrate-Assisted Conformational Change of the Peptidyl Quinone Cofactor

Takeshi Murakawa, Kazuo Kurihara, Mitsuo Shoji, Naomine Yano, Katsuhiro Kusaka, Yoshiaki Kawano, Mamoru Suzuki, Yasuteru Shigeta, Takato Yano, Motoyasu Adachi …

ACS Catalysis 12403-12413 2023年9月7日
Enantioselective Amino Acid interactions in Solution

Watanabe, Natsuki, Shoji, Mitsuo, Miyagawa, Koichi, Hori, Yuta, Boero, Mauro, Umemura, Masayuki, Shigeta, Yasuteru

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 25(21) 15023-15029 2023年5月査読有り責任著者
Enantiomeric Excesses of Aminonitrile Precursors Determine the Homochirality of Amino Acids

Mitsuo Shoji, Yuya Kitazawa, Akimasa Sato, Natsuki Watanabe, Mauro Boero, Yasuteru Shigeta, Masayuki Umemura

The Journal of Physical Chemistry Letters 2023年4月6日
Organocatalytic-racemization reaction elucidation of aspartic acid by density functional theory

Watanabe, Natsuki, Hori, Yuta, Shoji, Mitsuo, Boero, Mauro, Shigeta, Yasuteru

CHIRALITY 35(9) 645-651 2023年4月査読有り責任著者
Biological advantage of the arrangements of C-phycocyanin chromophores in phycobilisome from the electronic energy transfer viewpoint

Mishima, Kenji, Shoji, Mitsuo, Umena, Yasufumi, Shigeta, Yasuteru

BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN 96(4) 381-393 2023年4月査読有り責任著者
有機分子触媒を用いたアミノ酸ラセミ化反応の理論的研究

渡辺, 七都稀, 堀, 優太, 庄司, 光男, 重田, 育照

The Journal of Computer Chemistry, Japan 21(4) 80-81 2023年3月査読有り
Specific zinc binding to heliorhodopsin

Masanori Hashimoto, Koichi Miyagawa, Manish Singh, Kota Katayama, Mitsuo Shoji, Yuji Furutani, Yasuteru Shigeta, Hideki Kandori

Physical Chemistry Chemical Physics 25(4) 2023年
Elucidation of a multiple S3 intermediates model for water oxidation in the oxygen evolving complex of photosystem II. Calcium-assisted concerted O-O bond formation

K. Yamaguchi, K. Miyagawa, M. Shoji, H. Isobe, T. Kawakami

Chem. Phys. Lett. 806 140042-1-140042-12 2022年9月14日査読有り
Roles of the Flexible Primary Coordination Sphere of the Mn4CaOx Cluster: What Are the Immediate Decay Products of the S-3 State?

Isobe, Hiroshi, Shoji, Mitsuo, Suzuki, Takayoshi, Shen, Jian-Ren, Yamaguchi, Kizashi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Epub 2022年9月査読有り
Molecular mechanism of a large conformational change of the quinone cofactor in the semiquinone intermediate of bacterial copper amine oxidase

Mitsuo Shoji, Takeshi Murakawa, Shota Nakanishi, Mauro Boero, Yasuteru Shigeta, Hideyuki Hayashi, Toshihide Okajima

CHEMICAL SCIENCE 13(36) 10923-10938 2022年9月
Comprehensive Search of Stable Isomers of Alanine and Alanine Precursors in Prebiotic Syntheses

Mitsuo, Shoji, Natsuki, Watanabe, Hori, Yuta, Kenji, Furuya, Masayuki, Umemura, Mauro, Boero, Yasuteru, Shigeta

ASTROBIOLOGY 22(9) 1129-1142 2022年9月査読有り
Theoretical Investigation into a Possibility of Formation of Propylene Oxide Homochirality in Space

Hori, Yuta, Nakamura, Honami, Sakawa, Takahide, Natsuki, Watanabe, Kayanuma, Megumi, Mitsuo, Shoji, Masayuki, Umemura, Yasuteru, Shigeta

ASTROBIOLOGY 22(11) 1330-1336 2022年9月査読有り
Heme-bound tyrosine vibrations in hemoglobin M: Resonance Raman, crystallography, and DFT calculation

Nagatomo, Shigenori, Shoji, Mitsuo, Terada, Takuto, Nakatani, Kiyoharu, Shigeta, Yasuteru, Hirota, Shun, Yanagisawa, Sachiko, Kubo, Minoru, Kitagawa, Teizo, Nagai, Masako …

Biophysical Journal 121(14) 2767-2780 2022年6月査読有り
Relative energies among S3 intermediates in the photosystem II revealed by DLPNO coupled cluster and hybrid DFT calculations. Possible pathways of water insertion in the S2 to S3 transition

K. Miyagawa, M. Shoji, H. Isobe, T. Kawakami, T. Nakajima, K. Yamaguchi

Chem. Phys. Lett. 793 139439-1-139439-12 2022年2月4日査読有り
Relative energies among proton-shifted S2 isomers in the photosystem II revealed by DLPNO coupled cluster and hybrid DFT calculations. Proton transfer coupled spin transitions of the CaMn4Ox cluster in OEC of PSII

Miyagawa, Koichi, Shoji, Mitsuo, Isobe, Hiroshi, Kawakami, Takashi, Nakajima, Takahito, Yamaguchi, Kizashi

Chemical Physics Letters 790 139357 2022年1月査読有り
Mechanism of Water Oxidation in Photosynthesis Elucidated by Interplay Between Experiment and Theory

K. Yamaguchi, S. Yamanaka, H. Isobe, M. Shoji, T. Kawakami, K. Miyagawa

Advances in Photosynthesis and Respiration 47 39-80 2021年9月10日査読有り
pyProGA-A PyMOL plugin for protein residue network analysis

Sladek, Vladimir, Yamamoto, Yuta, Harada, Ryuhei, Shoji, Mitsuo, Shigeta, Yasuteru, Sladek, Vladimir

PLOS ONE 16(7) 2021年7月査読有り
Isolobal and isospin analogy between organic and inorganic open-shell molecules Application to oxygenation reactions by active oxygen and oxy-radicals and water oxidation in the native and artificial photosynthesis

K. Yamaguchi, K. Miyagawa, H. Isobe, M. Shoji, T. Kawakami, S. Yamanaka

Advances in Quantum Chemistry 84 425-564 2021年4月1日査読有り
Estimation of the relative contributions to the electronic energy transfer rates based on Forster theory: The case of C-phycocyanin chromophores

Mishima, Kenji, Shoji, Mitsuo, Umena, Yasufumi, Boero, Mauro, Shigeta, Yasuteru

Biophysics and physicobiology 18 196-214 2021年査読有り
Exploring reaction pathways for the structural rearrangements of the Mn cluster induced by water binding in the S-3 state of the oxygen evolving complex of photosystem II

Isobe, Hiroshi, Shoji, Mitsuo, Suzuki, Takayoshi, Shen, Jian-Ren, Yamaguchi, Kizashi

JOURNAL OF PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY A-CHEMISTRY 405 2021年1月査読有り

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MISC

Geometric, electronic and spin structures of the CaMn4O5 catalyst for water oxidation in oxygen-evolving photosystem II. Interplay between experiments and theoretical computations

Kizashi Yamaguchi, Mitsuo Shoji, Hiroshi Isobe, Takashi Kawakami, Koichi Miyagawa, Michihiro Suga, Fusamichi Akita, Jian-Ren Shen

COORDINATION CHEMISTRY REVIEWS 471 2022年11月
Theoretical Elucidation of Geometrical Structures of the CaMn4O5 Cluster in Oxygen Evolving Complex of Photosystem II Scope and Applicability of Estimation Formulae of Structural Deformations via the Mixed-Valence and Jahn-Teller Effects

Mitsuo Shoji, Hiroshi Isobe, Shusuke Yamanaka, Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Nobuo Kamiya, Kizashi Yamaguchi

QUANTUM SYSTEMS IN PHYSICS, CHEMISTRY AND BIOLOGY - THEORY, INTERPRETATION, AND RESULTS 78 307-451 2019年
ウリジンシチジンキナーゼの基質特異性の理論的解明

田中弥, 田中弥, 庄司光男, 庄司光男, 友池史明, 氏家謙, 花岡恭平, 原田隆平, 栢沼愛, 栢沼愛 …

分子シミュレーション討論会講演要旨集 30th 2016年
Chemical Equilibrium Models for the S3 State of the Oxygen-Evolving Complex of Photosystem II

Hiroshi Isobe, Mitsuo Shoji, Jian Ren Shen, Kizashi Yamaguchi

Inorganic Chemistry 55(2) 502-511 2016年
Geometric and electronic structures of the synthetic Mn4CaO4 model compound mimicking the photosynthetic oxygen-evolving complex

Mitsuo Shoji, Hiroshi Isobe, Jian Ren Shen, Kizashi Yamaguchi

Physical Chemistry Chemical Physics, Journal of the Chemical Society - Faraday Transactions, Journal of the Chemical Society, Faraday Transactions I, Transactions of the Faraday Society, Journal of the Chemical Society, Faraday Transactions 1: Physical・・・ 18(16) 11330-11340 2016年
化学反応における対称性の破れの理論(6)光合成水分解CaMn₄O₅クラスターのX線自由電子レーザー(XFEL)法による無損傷X線結晶構造とその理論的解析

山口兆, 庄司光男, 磯部寛

豊田研究報告 = Reports of Toyota Physical and Chemical Research Institute (68) 63-84 2015年5月
Strong coupling between hydrogen bonding environment and redox chemistry during S2 to S3 transition in oxygen-evolving complex of photosystem II

Hiroshi Isobe, Mitsuo Shoji, Jian-Ren Shen, Kizashi Yamaguchi

J. Phys. Chem. 119(43) 13922-13933 2015年
Large-scale QM/MM calculations of hydrogen bonding networks for proton transfer and water inlet channels for water oxidation—Theoretical system models of the oxygen-evolving complex of Photosystem II

Mitsuo Shoji, Hiroshi Isobe, Shusuke Yamanaka, Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Nobuo Kamiya, Jian-Ren Shen, Takahito Nakajima, Kizashi Yamaguchi

Advances in Quantum Chemistry 70 325-413 2015年
Theoretical modeling of biomolecular systems I. Large scale QM/MM calculations of hydrogen bonding networks of oxygen evolving complex of Photosystem II.

Mitsuo Shoji, Hiroshi Isobe, Shusuke Yamanaka, Yasufumi Umena, Keisuke Kawakami, Nobuo Kamiya, Jian-Ren Shen, Takahito Nakajima, Kizashi Yamaguchi

Mol. Phys. 113(3-4) 359-384 2015年
ウリジンシチジンキナーゼの特異的基質認識機構の理論的解明

田中弥, 氏家謙, 花岡恭平, 友池史明, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 倉光成紀, 白石賢二

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 13th 2013年
トレオニン合成酵素における反応特異性決定過程の理論解明

庄司光男, 庄司光男, 花岡恭平, 氏家謙, 田中弥, 梅田宏明, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 13th 2013年
ビタミンD受容体のコンフォメーションアンサンブルと細胞応答

花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二

日本生化学会大会(Web) 86th 2013年
ウリジンシチジンキナーゼ(ttCK)の基質認識機構についての分子動力学解析

田中弥, 氏家謙, 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 友池史明, 倉光成紀, 白石賢二

日本生化学会大会(Web) 86th 2013年
トレオニン合成酵素における反応特異性についての理論的解明

庄司光男, 氏家謙, 田中弥, 花岡恭平, 梅田梅田, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志 …

日本生化学会大会(Web) 86th 2013年
分子動力学法によるトレオニン合成酵素の基質結合自由エネルギー計算

氏家謙, 田中弥, 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志, 林秀行

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 13th 2013年
トレオニン合成酵素における反応特異性決定過程の理論解明

庄司光男, 庄司光男, 花岡恭平, 氏家謙, 田中弥, 梅田宏明, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 13th 2013年
分子動力学法によるトレオニン合成酵素の反応特異性についての理論的解明

氏家謙, 田中弥, 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志, 林秀行

日本生化学会大会(Web) 86th 2013年
系外惑星における光合成の痕跡の指標構築のための光捕集計算

小松勇, 梅村雅之, 庄司光男, 矢花一浩, 白石賢二, 神谷克政, 栢沼愛, 佐藤皓允

日本天文学会年会講演予稿集 2013 2013年
系外惑星バイオマーカー検出を目指した光合成機構のエネルギー移動計算

小松勇, 梅村雅之, 庄司光男, 矢花一浩, 白石賢二, 神谷克政, 栢沼愛, 田口真彦, 佐藤皓允, 蘇垠成

日本天文学会年会講演予稿集 2013 2013年
生命指標となりうる光合成の光吸収スペクトル帰属についての理論的研究

田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二

日本天文学会年会講演予稿集 2013 2013年

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書籍等出版物

ADVANCES IN QUANTUM CHEMISTRY, VOL 84

Yamaguchi, Kizashi, Miyagawa, Koichi, Isobe, Hiroshi, Shoji, Mitsuo, Kawakami, Takashi, Yamanaka, Shusuke

ELSEVIER ACADEMIC PRESS INC 2021年 (ISBN: 9780128238776)
環境技術

庄司,光男 (担当:分担執筆, 範囲:量子化学計算ビギナーズガイド)

2020年10月
量子化学計算ビギナーズガイド

庄司光男

環境技術, 環境技術学会 2020年10月
Gaussian16で始める量子化学超入門

庄司, 光男

Amazon Kindle direct publishing 2020年4月
フリーソフトで始める分子モデリング

庄司, 光男

Amazon Kindle direct publishing 2020年4月

講演・口頭発表等

星間空間におけるホモキラリティー発生の理論的研究

堀, 優太, 渡辺, 七都稀, 庄司, 光男, 重田, 育照

第17回分子科学討論会
ヘモグロビンM IwateとM BostonのFe-O伸縮振動の理論計算の改良およびヘモグロビンAとの構造の比較

長友重紀, 寺田拓人, 庄司光男, 重田育照, 中谷清治, 廣田俊, 柳澤幸子, 久保稔, 北川禎三, 長井雅子, 大木規央, 朴三用, 柴山修哉

第49回生体分子科学討論会第49回生体分子科学討論会実行委員会
Unique reaction mechanism of copper amine oxidase revealed by theoretical QM/MM and experimental approaches

Shoji, Mitsuo

CCS-KISTI workshop 招待有り
酵素反応のQM/MM解析

Shoji, Mitsuo

スーパーコンピュータワークショップ2022「複雑電子状態の理論・計算科学」
Chiral symmetry breaking for amino acid homochirality by dimerization

渡辺, 七都稀, 庄司光男, 堀, 優太, 重田, 育照

Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
heoretical prediction into a possibility of the formation of propylene oxide homochirality

堀, 優太, 渡辺, 七都稀, 庄司光男, 重田, 育照

Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022 2022年11月29日
有機分子触媒を用いたアミノ酸ラセミ化反応の理論的研究

渡辺, 七都稀, 庄司, 光男, 堀, 優太, 重田, 育照

日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
A Large Conformational Change of the Quinone Cofactor in Bacterial Copper Amine Oxidase

Shoji, Mitsuo

ICPAC Kota Kinabalu 2022 招待有り
分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析

渡辺, 七都稀, 庄司, 光男, 堀, 優太, 重田, 育照

日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月25日
酵素反応における構造変化の重要性

Shoji, Mitsuo

令和４年度新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム招待有り
アミノ酸ホモキラリティ起源についての電子状態探査

Shoji, Mitsuo

計算アストロバイオロジー2022
QM/MM-MD study of the role of valine 185 in the oxygen-evolving complex of photosystem II

Shoji, Mitsuo

60th Annual Meeting of BSJ 招待有り
Natural selection of the Mn cluster in the photosynthetic water oxidation

Mitsuo Shoji

Satellite Meeting to 18th International Congress on Photosynthesis Research (WOX-ICPR2022) 2022年8月7日招待有り
QM/MM study of the role of valine 185 in the oxygen-evolving center of photosystem II

M.Shoji, K.Miyagawa, H.Isobe, Y.Shigeta, K.Yamaguchi

18th International Congress on Photosynthesis Research (ICPR2022) 2022年8月4日
GLASアルゴリズムによる酵素反応機構の理論解明：新規反応経路探索手法の開発と適用

庄司光男

物性研短期研究会「理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協働」 2022年7月27日招待有り
銅含有アミン酸化酵素におけるトパキノン補酵素の構造変化機構

庄司光男

第22回日本蛋白質科学会年会 2022年6月8日
アミノ酸ホモキラリティ起源を紐解く結晶形成過程についての量子化学研究

渡辺, 七都稀, 庄司, 光男, 堀, 優太, 重田, 育照

量子生命科学会第4回大会 2022年5月26日
光合成水分解酸素発生におけるMnの自然選択の理由

庄司光男, 宮川晃一, 三嶋謙二, 堀優太, 重田育照

量子生命科学会第４回大会 2022年5月26日
Theoretical insights into the molecular mechanisms of dynamical biochemical reactions

Mitsuo Shoji

Molecular Movies International Symposium 2022 2022年5月13日
QM/MM study of the large conformational change of quinone cofactor during the catalytic cycle of bacterial copper amine oxidases

Shoji, Mitsuo

2022 LBNL/CSA - Tsukuba/CCS Collaboration Meeting 2022年3月 LBNL/CSA 招待有り

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担当経験のある科目(授業)

2022年12月 - 2022年12月

理工情報生命学術院共通専門基盤科目宇宙の歴史 (理工情報生命学術院)

所属学協会

2018年 - 現在

分子シミュレーション学会
2014年 - 現在

理論化学研究会
2011年 - 現在

日本生物物理学会
2002年 - 現在

日本化学会
2012年 - 2021年3月

日本蛋白質科学会
2011年 - 2021年3月

日本生化学会
2005年 - 2021年3月

日本コンピュータ化学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

光合成における光誘導水分解反応機構及び光エネルギー利用機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特別推進研究 2022年4月 - 2027年3月

沈建仁, 庄司光男, 秋田総理, 菅倫寛, 山口兆
XFEL-SFXによる化学反応解明を目指した「反応追跡結晶」の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2022年4月 - 2026年3月

上野隆史, 庄司光男, 南後恵理子
分子シミュレーションによるタンパク質化学反応ダイナミクスの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2020年4月 - 2024年3月

宮下治, 庄司光男, 篠田恵子
時分割実験のための多様な反応誘起システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年6月 - 2024年3月

南後恵理子, 清水伸隆, 大和田成起, 宮下治, 庄司光男, 篠田恵子
生体内量子多体系における特異的化学反応の機構解明

科学技術振興機構(JST) JST-PRESTO 2019年10月 - 2023年3月

庄司光男
自然・半導体・分子触媒で利用可能な多様な水分解反応機構の解明

日本学術振興会新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2020年4月 - 2022年3月

庄司光男
光化学系II酸素発生中心における再活性化機構についての理論的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年4月 - 2020年3月

庄司光男
光化学系II酸素発生中心における水分解反応の全反応経路解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(A) 2017年4月 - 2020年3月

庄司光男
酵素活性中心の構造変化とゆらぎにリンクする触媒反応遷移状態の制御機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2016年7月 - 2020年3月

岡島俊英, 中井忠志, 庄司光男, 村川武志
計算科学によるアストロバイオロジーへの理論的挑戦

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2016年4月 - 2019年3月

相川祐理, 庄司光男, 古家健次
補欠分子族含有酵素におけるプロトン・電子移動の協同的制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2015年4月 - 2019年3月

林秀行, 村川武志, 庄司光男
トレオニン合成酵素の全反応機構の理論的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2014年4月 - 2017年3月

庄司光男, 林秀行, 氏家譲, 田中弥
光合成系Ⅱにおける水分解反応の学理解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特別推進研究 2012年 - 2017年

沈建仁, 野口巧, 山口兆, 庄司光男, 菅倫寛, 秋田総理, 三野広幸, 加藤祐樹, 磯部寛
ピリドキサール酵素の反応特異性制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2012年4月 - 2016年3月

林秀行, 村川武志, 庄司光男
生体酵素における反応機構と反応制御機構解明のための理論的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2012年4月 - 2014年3月

庄司光男
酵素反応機構の解明、生物無機化学、分子動力学、分子磁性、多核金属錯体、可視化プログラム(Makiko)

メディア報道

サルコシン酸化酵素の反応機構を理論解明

CCS webリリース 2020年7月インターネットメディア
宙に浮く水素イオン？！―大型タンパク質の中性子結晶構造解析で見えた特異な世界―

７機関共同プレスリリース 2020年4月インターネットメディア

庄司光男

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

メディア報道

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