宮崎亮次 (Ryoji Miyazaki) - マイポータル

基本情報

所属: 奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス領域　構造生命科学研究室助教

学位: 博士（理学）(京都大学)

研究者番号: 30827564
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-1626-2569
J-GLOBAL ID: 202101013090589731
researchmap会員ID: R000016850

研究分野

経歴

2021年3月 - 現在

奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス領域構造生命科学研究室, 助教
2018年4月 - 2021年2月

京都大学, ウイルス・再生医科学研究所, 特定研究員

論文

Cryo-EM structures of the BAM–P2-visible SurA complex reveal dynamic and cooperative interactions in outer membrane protein assembly

Ryoji Miyazaki, Hidetaka Kohga, Nami Matsuoka, Yuki Maruno, Wataru Yoshimoto, Yutaro S. Takahashi, Dede Heri Yuli Yanto, Yudhi Nugraha, Hideki Shigematsu, Takuya Shiota …

2025年11月10日筆頭著者責任著者
Structural basis for MurJ inhibition by phage lysis protein Sgl^PP7 suggesting convergence

Kaito Hosoda, Hidetaka Kohga, Sixian Wu, Hiroyuki Tanaka, Hideki Shigematsu, Ryoji Miyazaki, Tomoya Tsukazaki

2025年10月16日
Phage lysis protein LysM acts as a wedge to block MurJ conformational changes.

Hidetaka Kohga, Napathip Lertpreedakorn, Ryoji Miyazaki, Sixian Wu, Kaito Hosoda, Hiroyuki Tanaka, Yutaro S Takahashi, Kunihito Yoshikaie, Yutetsu Kuruma, Hideki Shigematsu …

Science advances 11(41) eady8083 2025年10月10日査読有り
Structural basis of a GatC ortholog transporter in the bacterial phosphotransferase system

Yutaro S. Takahashi, Hidetaka Kohga, Min Fey Chek, Kotomi Yamamoto, Jun F. Takahashi, Hideki Shigematsu, Yoshiki Tanaka, Muneyoshi Ichikawa, Ryoji Miyazaki, Toshio Hakoshima …

FEBS Letters 2025年8月5日査読有り
Structural basis of lipopolysaccharide translocon assembly mediated by the small lipoprotein LptM

Ryoji Miyazaki, Mai Kimoto, Hidetaka Kohga, Tomoya Tsukazaki

Cell Reports 44(8) 116013-116013 2025年8月査読有り筆頭著者責任著者
Cleavage cascade of the sigma regulator FecR orchestrates TonB-dependent signal transduction

Tatsuhiko Yokoyama, Ryoji Miyazaki, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Hiroki Nagai, Tomoya Tsukazaki, Tomoko Kubori, Yoshinori Akiyama

Proceedings of the National Academy of Sciences 122(16) 2025年4月17日査読有り
AFM observation of protein translocation mediated by one unit of SecYEG-SecA complex

Yui Kanaoka, Takaharu Mori, Wataru Nagaike, Seira Itaya, Yuto Nonaka, Hidetaka Kohga, Takamitsu Haruyama, Yasunori Sugano, Ryoji Miyazaki, Muneyoshi Ichikawa …

Nature Communications 16(1) 2025年1月8日査読有り
Translation arrest cancellation of VemP, a secretion monitor in Vibrio, is regulated by multiple cis and trans factors, including SecY.

Yuki Ikeda, Ryoji Miyazaki, Tomoya Tsukazaki, Yoshinori Akiyama, Hiroyuki Mori

The Journal of biological chemistry 300(10) 107735-107735 2024年10月査読有り
YeeD is an essential partner for YeeE-mediated thiosulfate uptake in bacteria and regulates thiosulfate ion decomposition

Mai Ikei, Ryoji Miyazaki, Keigo Monden, Yusuke Naito, Azusa Takeuchi, Yutaro S. Takahashi, Yoshiki Tanaka, Keina Murata, Takaharu Mori, Muneyoshi Ichikawa …

PLOS Biology 22(40) e3002601 2024年4月24日査読有り筆頭著者
Analyzing protein intermediate interactions in living E. coli cells using site-specific photo-crosslinking combined with chemical crosslinking

Ryoji Miyazaki, Yoshinori Akiyama

STAR Protocols 4(2) 102178-102178 2023年6月査読有り筆頭著者責任著者
Inner membrane YfgM-PpiD heterodimer acts as a functional unit that associates with the SecY/E/G translocon and promotes protein translocation.

Ryoji Miyazaki, Mengting Ai, Natsuko Tanaka, Takehiro Suzuki, Naoshi Dhomae, Tomoya Tsukazaki, Yoshinori Akiyama, Hiroyuki Mori

The Journal of biological chemistry 298(11) 102572-102572 2022年10月7日査読有り筆頭著者
A Photo-Crosslinking Approach to Monitoring the Assembly of an LptD Intermediate with LptE in a Living Cell.

Ryoji Miyazaki, Hiroyuki Mori, Yoshinori Akiyama

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2548 97-107 2022年招待有り筆頭著者
Edge-strand of BepA interacts with immature LptD on the β-barrel assembly machine to direct it to on- and off-pathways

Ryoji Miyazaki, Tetsuro Watanabe, Kohei Yoshitani, Yoshinori Akiyama

eLife 10 e70541 2021年8月査読有り筆頭著者
部位特異的in vivo光架橋法を応用したPiXie法による細胞内タンパク質の迅速な相互作用・フォールディング解析

宮崎亮次, 森博幸, 秋山芳展

生物物理 61(1) 36-39 2021年筆頭著者
Fine interaction profiling of VemP and mechanisms responsible for its translocation-coupled arrest-cancelation.

Ryoji Miyazaki, Yoshinori Akiyama, Hiroyuki Mori

eLife 9 e62623 2020年12月15日査読有り筆頭著者
Reversible autoinhibitory regulation of Escherichia coli metallopeptidase BepA for selective β-barrel protein degradation.

Yasushi Daimon, Shin-Ichiro Narita, Ryoji Miyazaki, Yohei Hizukuri, Hiroyuki Mori, Yoshiki Tanaka, Tomoya Tsukazaki, Yoshinori Akiyama

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 117(45) 27989-27996 2020年11月10日査読有り
A photo-cross-linking approach to monitor protein dynamics in living cells.

Ryoji Miyazaki, Yoshinori Akiyama, Hiroyuki Mori

Biochimica et biophysica acta. General subjects 1864(2) 129317-129317 2020年2月査読有り筆頭著者
Heat shock transcription factor σ32 defective in membrane transport can be suppressed by transposon insertion into genes encoding a restriction enzyme subunit or a putative autotransporter in Escherichia coli.

Takashi Yura, Ryoji Miyazaki, Keigo Fujiwara, Koreaki Ito, Shinobu Chiba, Hiroyuki Mori, Yoshinori Akiyama

Genes & genetic systems 93(6) 229-235 2019年1月19日査読有り
A photo-cross-linking approach to monitor folding and assembly of newly synthesized proteins in a living cell.

Ryoji Miyazaki, Naomi Myougo, Hiroyuki Mori, Yoshinori Akiyama

The Journal of biological chemistry 293(2) 677-686 2018年1月12日査読有り筆頭著者
The TPR domain of BepA is required for productive interaction with substrate proteins and the β-barrel assembly machinery complex.

Yasushi Daimon, Chigusa Iwama-Masui, Yoshiki Tanaka, Takuya Shiota, Takehiro Suzuki, Ryoji Miyazaki, Hiroto Sakurada, Trevor Lithgow, Naoshi Dohmae, Hiroyuki Mori …

Molecular microbiology 106(5) 760-776 2017年12月査読有り

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MISC

細菌外膜品質管理プロテアーゼBepA可動ループ領域の機能解析

宮崎亮次, 西建留, 木元麻衣, 大門康志, 塚崎智也, 秋山芳展

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024年
改良型部位特異的in vivo光架橋法による生細胞内での翻訳途上ポリペプチド鎖の相互作用動態解析

宮崎亮次, 秋山芳展, 森博幸

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 92回 [2P-076] 2019年9月
大腸菌表層ストレス応答:インプットとアウトプットに働くプロテアーゼの機能

秋山芳展, 秋山光市郎, 岩間(舛井)千草, 大門康志, 檜作洋平, 水野慎也, 宮崎亮次, 森博幸, 禾晃和, 塩田拓也 …

Institute for Fermentation, Osaka. Research Communications (33) 2019年
大腸菌のペリプラズムプロテアーゼBepAは,TPR domainを介したタンパク質間相互作用により外膜機能を維持する

大門康志, 舛井千草, 宮崎亮次, 櫻田洋人, 田中良樹, 鈴木健裕, 堂前直, 森博幸, 塚崎智也, 成田新一郎 …

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2017 2017年
部位特異的in vivo光架橋法を用いた生細胞内の動的タンパク質間相互作用解析

森博幸, 宮崎亮次, 町田裕紀子, 三登一八, 何あゆみ, 秋山光市郎, 大門康志, 舛井千草, 塚崎智也, 堂前直 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 16th 2016年

共同研究・競争的資金等の研究課題

高度化した光架橋法による細菌外膜タンパク質の細胞内成熟動態の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2025年4月 - 2028年3月

宮崎亮次
NR, QCM-D, AFMを駆使したタンパク質輸送装置の「超」複合体の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(海外連携研究) 2024年9月 - 2027年3月

塩田拓也, 荒磯裕平, 宮崎亮次, 青木英莉子
生細胞内での膜透過途上の新生ポリペプチド鎖の相互作用動態解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2022年4月 - 2025年3月

宮崎亮次
特殊な硫黄間相互作用が要となる新奇チオ硫酸トランスポーターの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2022年6月 - 2024年3月

宮崎亮次
中性子反射率法を中心とした多角的な解析によるグラム陰性菌の膜生合成解析

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2021年10月 - 2024年3月

塩田拓也, 田岡東, 宮崎亮次, 竹田弘法
in vivo光架橋法による生細胞内での新生ポリペプチド鎖の迅速な動態変化の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2020年4月 - 2022年3月

宮崎亮次
生細胞内での翻訳途上ポリペプチド鎖の相互作用・フォールディング様態の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業研究活動スタート支援研究活動スタート支援 2019年4月 - 2020年3月

宮崎亮次
熱ショック転写因子σ３２の膜への輸送を介した新奇な機能制御機構

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2015年4月 - 2017年3月

宮﨑亮次

宮崎亮次

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