小井土 大

専門はデータサイエンス。博士（医科学、2018年3月）。特任准教授。

WET・DRY両方からのがん研究（マイクロ流体デバイスの開発基盤研究や代謝・薬剤ストレス応答などの分子細胞生物学研究）やiPS細胞由来肝オルガノイドを用いた創薬応用・発生生物学研究を経て，

現在は統計解析・機械学習を用いたゲノミクス研究に従事（DRY100%）。

研究コンセプトは「予測から生命を理解する」。

金融系シンクタンク（民間企業）にて、リスク予測やマーケティングのための統計解析を用いたデータ分析コンサルタント歴あり（3年）。

統計解析から機械学習まで、教育歴あり（授業、講演、学生指導など）。

国内大手製薬企業にて大規模ゲノム解析に関する統計解析・機械学習に関するアドバイザリー経験あり（継続中, 4年目）。

 
[主な研究業績]

• DNA配列から選択圧下にある"機能的"オープンクロマチン領域を予測する方法とその応用 (共同筆頭・責任著者）; Tomizuka, Koido, Suzuki et al. bioRxiv. 2024. (査読前プレプリント）
• DNA配列から転写を予測する機械学習法に関する総説 (筆頭・共同責任著者）; Koido et al. J Hum Genet. 2024. 論文(レビュー).
• 遺伝型imputationの推定精度のバイアスとその原因に関する研究（共同責任著者）; Shi et al. Brief Bioinform. 2024. 論文.
• ファーマコゲノミクスにおけるポリジェニックモデルと機械学習の応用に関する総説 (筆頭・責任著者）; Koido et al. Br J Clin Pharmacol. 2023. 論文(レビュー).
• MENTR: DNA配列機械学習による非翻訳RNA発現予測 (筆頭著者); Koido et al. Nat Biomed Eng. 2023. 論文, News&views, GitHub, 日本語プレスリリース.
  • 応用例1: 頚椎後縦靭帯骨化症 (Nakajima, Koido, et al. Am J Hum Genet. 2023)
  • 応用例2: アトピー性皮膚炎 (Tanaka, Koido, et al. J Allergy Clin Immunol. 2021)
  • 応用例3: 脳梗塞 (Mishra, ..., Koido et al. Nature. 2022)
  • 応用例4: ヘルパーT細胞のエンハンサー (Oguchi, ..., Koido et al. Science. 2024)
• DeepSpaCE: 組織染色画像機械学習による空間的遺伝子発現予測 (共同筆頭著者, 共同責任著者); Monjo*, Koido*^,‡, et al. Sci Rep. 2022. 論文, GitHub(tmonjo), 日本語プレスリリース [Sci Rep誌 2022年Cancer論文のダウンロード数Top9].
• 薬剤性肝障害の遺伝的リスクスコア開発とiPS細胞由来肝オルガノイドによる生物学的解釈 (共同筆頭著者); Koido et al. Nat Med. 2020. 論文, 日本語プレスリリース.

[Link]

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