熊谷真彦 (Kumagai Masahiko) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構高度分析研究センターゲノム情報大規模解析ユニット主任研究員

学位: 博士（理学）(2011年3月東京大学)

J-GLOBAL ID: 201701006496919466
researchmap会員ID: B000274535

ゲノム情報等の大規模データ解析を通して農作物品種の作出や、ゲノム情報を有効利用するためのプラットフォーム「TASUKE」の開発を行っています。また農耕史における遺伝的背景の変遷の解明に、分子進化学、集団遺伝学、古ＤＮＡの手法を用いて取り組んでいます。

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / ゲノム生物学 /

経歴

2020年4月 - 現在

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度分析研究センターゲノム情報大規模解析ユニット, 主任研究員
2017年4月 - 2020年3月

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度解析センターゲノム情報大規模解析チーム, 任期付研究員
2014年3月 - 2017年4月

東京大学, 大学院理学系研究科生物科学専攻動物発生学研究室, 特任助教
2011年4月 - 2014年3月

独立行政法人農業生物資源研究所, 農業生物先端ゲノム研究センターゲノムインフォマティックスユニット, 特別研究員
2007年4月 - 2010年3月

日本学術振興会, 特別研究員（DC1）

学歴

2005年4月 - 2011年3月

東京大学, 大学院理学系研究科, 生物科学専攻
2001年4月 - 2005年3月

東京都立大学, 理学部, 生物学科

論文

Genomic Studies on the Origin, Hybridization and Dispersal of Asian Rice

Masahiko Kumagai, Hiroaki Sakai

Evolutionary Studies 131-154 2024年10月31日
Evaluating Panicle Blast Progression in Six Rice (Oryza sativa L.) Cultivars/Lines Carrying Quantitative Resistance Genes

HAYANO-SAITO Yuriko, KUMAGAI Masahiko, NAKAMURA Mitsuru, SUZUKI Tarou, YOSHIDA Tomofumi, HAYASHI Keiko

Japan Agricultural Research Quarterly: JARQ 58(4) 197-204 2024年10月1日査読有り
High-coverage genome sequencing of Yayoi and Jomon individuals shed light on prehistoric human population history in East Eurasian

Koji Ishiya, Fuzuki Mizuno, Jun Gojobori, Masahiko Kumagai, Yasuhiro Taniguchi, Osamu Kondo, Masami Matsushita, Takayuki Matsushita, Li Wang, Kunihiko Kurosaki …

bioRxiv 2024年8月12日
Plastiome: Plastisphere-enriched mobile resistome in aquatic environments.

Keerthi S Guruge, Prasun Goswami, Kazuki Kanda, Amila Abeynayaka, Masahiko Kumagai, Mafumi Watanabe, Yukino Tamamura-Andoh

Journal of hazardous materials 471 134353-134353 2024年4月18日査読有り
Domain 3a mutation of VPS33A suppresses larval arrest phenotype in the loss of VPS45 in Caenorhabditis elegans.

Keiko Gengyo-Ando, Masahiko Kumagai, Hideki Ando, Junichi Nakai

microPublication biology 2024 2024年査読有り
Metagenomic analyses of 7000 to 5500 years old coprolites excavated from the Torihama shell-mound site in the Japanese archipelago.

Luca Nishimura, Akio Tanino, Mayumi Ajimoto, Takafumi Katsumura, Motoyuki Ogawa, Kae Koganebuchi, Daisuke Waku, Masahiko Kumagai, Ryota Sugimoto, Hirofumi Nakaoka …

PloS one 19(1) e0295924 2024年査読有り
Bioarchaeological study of ancient Teotihuacans based on complete mitochondrial genome sequences and diet isotopes.

Fuzuki Mizuno, Fuyuki Tokanai, Masahiko Kumagai, Koji Ishiya, Saburo Sugiyama, Michiko Hayashi, Kunihiko Kurosaki, Shintaroh Ueda

Annals of human biology 50(1) 390-398 2023年査読有り
A calf with hind limb paralysis and dysstasia and a genome sequence analysis of an isolated Clostridium perfringens toxinotype E strain

Takashi MADA, Yo GOTO, Masahiko KUMAGAI, Hiroaki SAKAI, Hiroyuki KANAMORI, Daisuke TAKAMATSU

Journal of Veterinary Medical Science 85(3) 279-289 2023年査読有り
Detection of non-reference porcine endogenous retrovirus loci in the Vietnamese native pig genome.

Shinya Ishihara, Masahiko Kumagai, Aisaku Arakawa, Masaaki Taniguchi, Ngo Thi Kim Cuc, Lan Doan Pham, Satoshi Mikawa, Kazuhiro Kikuchi

Scientific reports 12(1) 10485-10485 2022年6月21日査読有り
Prevotella lacticifex sp. nov., isolated from the rumen of cows.

Takumi Shinkai, Nao Ikeyama, Masahiko Kumagai, Hideyuki Ohmori, Mitsuo Sakamoto, Moriya Ohkuma, Makoto Mitsumori

International journal of systematic and evolutionary microbiology 72(3) 2022年3月査読有り
Population dynamics in the Japanese Archipelago since the Pleistocene revealed by the complete mitochondrial genome sequences.

Fuzuki Mizuno, Jun Gojobori, Masahiko Kumagai, Hisao Baba, Yasuhiro Taniguchi, Osamu Kondo, Masami Matsushita, Takayuki Matsushita, Fumihiko Matsuda, Koichiro Higasa …

Scientific reports 11(1) 12018-12018 2021年6月13日査読有り
CTCF looping is established during gastrulation in medaka embryos

Ryohei Nakamura, Yuichi Motai, Masahiko Kumagai, Candice L. Wike, Haruyo Nishiyama, Yoichiro Nakatani, Neva C. Durand, Kaori Kondo, Takashi Kondo, Tatsuya Tsukahara …

Genome Research 31(6) 968-980 2021年6月査読有り
Antimicrobial Resistance Genes in Bacteria Isolated From Japanese Honey, and Their Potential for Conferring Macrolide and Lincosamide Resistance in the American Foulbrood Pathogen Paenibacillus larvae

Mariko Okamoto, Masahiko Kumagai, Hiroyuki Kanamori, Daisuke Takamatsu

Frontiers in Microbiology 12 667096-667096 2021年4月29日査読有り
Investigation of the Genetic Diversity of a Rice Core Collection of Japanese Landraces using Whole-Genome Sequencing.

Nobuhiro Tanaka, Matthew Shenton, Yoshihiro Kawahara, Masahiko Kumagai, Hiroaki Sakai, Hiroyuki Kanamori, Jun-Ichi Yonemaru, Shinichi Fukuoka, Kazuhiko Sugimoto, Masao Ishimoto …

Plant & cell physiology 61(12) 2087-2096 2021年2月4日査読有り
Development of an SSR marker-based genetic linkage map and identification of a QTL associated with flowering time in Eustoma

Kyoko Kawakatsu, Masafumi Yagi, Taro Harada, Hiroyasu Yamaguchi, Takeshi Itoh, Masahiko Kumagai, Ryutaro Itoh, Hisataka Numa, Yuichi Katayose, Hiroyuki Kanamori …

Breeding Science 71(3) 344-353 2021年査読有り
Draft Genome Sequence of Brucella ceti Isolated in the Western Pacific Ocean.

Yuichi Ueno, Masahiko Kumagai, Hiroyuki Kanamori, Makio Yanagisawa, Sayuri Kino, Satoru Shigeno, Makoto Osaki, Daisuke Takamatsu, Ken Katsuda, Tadashi Maruyama …

Microbiology resource announcements 9(39) 2020年9月24日査読有り
Whole-Genome Sequencing of the NARO World Rice Core Collection (WRC) as the Basis for Diversity and Association Studies

N Tanaka, M Shenton, Y Kawahara, M Kumagai, H Sakai, H Kanamori, J Yonemaru, S Fukuoka, K Sugimoto, M Ishimoto …

Plant and Cell Physiology 61(5) 922-932 2020年5月1日査読有り
Same Locus for Non-shattering Seed Pod in Two Independently Domesticated Legumes, Vigna angularis and Vigna unguiculata.

Yu Takahashi, Alisa Kongjaimun, Chiaki Muto, Yuki Kobayashi, Masahiko Kumagai, Hiroaki Sakai, Kazuhito Satou, Kuniko Teruya, Akino Shiroma, Makiko Shimoji …

Frontiers in genetics 11 748-748 2020年査読有り
Genetic factor for twisting legume pods identified by fine-mapping of shattering-related traits in azuki bean and yard-long bean

Yu Takahashi, Alisa Kongjaimun, Chiaki Muto, Yuki Kobayashi, Masahiko Kumagai, Hiroaki Sakai, Kazuhito Satou, Kuniko Teruya, Akino Shiroma, Makiko Shimoji …

2019年9月28日
TASUKE+: a web-based platform for exploring GWAS results and large-scale resequencing data.

Kumagai M, Nishikawa D, Kawahara Y, Wakimoto H, Itoh R, Tabei N, Tanaka T, Itoh T

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 2019年9月査読有り

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MISC

ミニレビュー大規模ゲノム情報を活かすプラットフォームTASUKE の開発と活用の現状

熊谷真彦, 坂井寛章

農研機構研究報告 2023(13) 89-97 2023年3月
低メタン産生牛に特徴的な新規の第一胃内細菌を発見

真貝拓三, 池山菜緒, 熊谷真彦, 大森英之, 坂本光央, 大熊盛也, 三森眞琴

農研機構畜産研究部門成果情報(Web) 2021 2021年
西太平洋で初めて分離されたバンドウイルカ由来ブルセラ菌(Brucella ceti)

上野勇一, 柳澤牧央, 木野紗由莉, 茂野悟, 熊谷真彦, 金森裕之, 大崎慎人, 高松大輔, 勝田賢, 丸山正 …

農研機構動物衛生研究部門成果情報(Web) 2020 2020年
大規模ゲノム情報比較のためのブラウザ TASUKE+

熊谷真彦, 西川大貴, 川原善浩, 脇本泰暢, 伊藤龍太郎, 田部井紀雄, 田中剛, 伊藤剛

農研機構高度解析センター成果情報（Web） 2019年3月
アズキ裂莢性因子およびジュウロクササゲ莢軟化因子の同定

高橋有, ALISA Kongjaimun, 小林優生, 熊谷真彦, 坂井寛章, 佐藤万仁, 平野隆, 伊勢村武久, 齊藤大樹, 加賀秋人 …

育種学研究 21 2019年
次世代シーケンシング技術がもたらす古DNA分析の新地平

熊谷真彦

季刊考古学「植生史と考古学ー人と植物の関係史を探る」（工藤雄一郎編） (145) 83-86 2018年11月筆頭著者責任著者
トルコギキョウSSRマーカー開発と早晩性に関するQTL探索

川勝恭子, 八木雅史, 原田太郎, 原田太郎, 伊藤剛, 熊谷真彦, 伊藤龍太郎, 沼寿隆, 片寄裕一, 金森裕之 …

園芸学研究別冊 16(2) 544 2017年9月2日
遺伝情報から見た家畜化と栽培化〜人類史における動植物〜、植田信太郎監修「古代ゲノムでたどる人類史」

熊谷真彦

細胞工学 35(1) 70-73 2016年1月招待有り
日欧トマトF₁品種の全ゲノム配列比較による網羅的SNP検索

福岡浩之, 大山暁男, 熊谷真彦, 伊藤龍太郎, 水野聖士, 根来里美, 布目司, 宮武宏治, 山口博隆, 小林裕子 …

育種学研究 15 31 2013年10月12日
イネ科植物のデータベース:レファレンスから品種間比較へ

伊藤剛, 熊谷真彦, 金重石, 伊藤龍太郎, 川原善浩, 坂井寛章, 李城信, 沼寿隆, 田中剛, 松本隆

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 31st 58 2013年8月20日
ネギにおけるESTマーカーの開発

塚崎光, 谷口成紀, 佐藤修正, 片寄裕一, 金森裕之, 栗田加奈子, 伊藤剛, 熊谷真彦, 福岡浩之, 山下謙一郎 …

園芸学研究別冊 12(1) 128 2013年3月23日
ジーンターゲッティングイネにおける“ゲノムのきれいさ”の証明

遠藤真咲, 熊谷真彦, 本山立子, 金森裕之, 濱田昌雄, 森聡美, 佐々木晴美, 松本隆, 長村吉晃, 片寄裕一 …

日本植物生理学会年会要旨集 54th 298 2013年3月14日
ゲノムワイドな系統解析によるイネ栽培史における遺伝子移入パターンの解明

熊谷真彦, 川原善浩, 呉健忠, 伊藤剛

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 14th 2012年

書籍等出版物

日中共同研究成果報告書Ⅲ 動物・植物・鉱物から探る古代中国（中村慎一編）

熊谷真彦, 水野文月, 王瀝 (担当:分担執筆, 範囲:田螺山遺跡出土のチャノキとみられる遺物の DNA 分析にむけて)

六一書房 2024年3月
東アジア考古科学の新展開（中村慎一監修、米田穣・佐々木由香・覚張隆史編）

熊谷真彦 (担当:分担執筆, 範囲:植物遺物の古 DNA・古ゲノミクス研究)

雄山閣 2024年3月
日中共同研究成果報告書中国江南の考古学（中村慎一編）

熊谷真彦, 水野文月, 王瀝 (担当:分担執筆, 範囲:良渚遺跡群出土炭化米の古ゲノミクス解析の試み)

中国文明起源プロジェクト 2022年3月
河姆渡と良渚 : 中国稲作文明の起源（劉斌、中村慎一編）

熊谷真彦, 水野文月, 王瀝 (担当:分担執筆, 範囲:Column 次世代シーケンサーを用いた植物遺存体のDNA分析)

雄山閣 2020年12月 (ISBN: 9784639026990)
アフロ・ユーラシアの考古植物学（庄田慎矢編）

熊谷真彦、庄田慎矢、王瀝 (担当:分担執筆, 範囲:炭化米DNA分析から明らかになった古代東北アジアにおける栽培イネの遺伝的多様性)

クバプロ 2019年5月 (ISBN: 9784878051616)
『考古学を科学する』中條・石田・酒井編

熊谷真彦 (担当:分担執筆, 範囲:DNA分析による研究：イネの遺伝的多様性)

臨川書店 2011年

講演・口頭発表等

ヤポネシアにおけるイネ受容の歴史をゲノム情報から探る

熊谷真彦, 坂井寛章

日本遺伝学会大会シンポジウム「遺伝学で明らかにする日本列島におけるヒトと動植物の共生の歴史」 2022年9月
縄文糞石のDNAメタバーコーディングによる植物性摂食物の同定

熊谷真彦, 谷野彰勇, 若林賢, 塩野貴之, 高木世里, 片岡新, 鵜野愛美, 稲田健一, 鯵本眞友美, 和久大介, 覚張隆史, 澤藤りかい, 小金渕佳江, 勝村啓史, 小川元之, 米田穣, 太田博樹

日本人類学会大会 2022年9月
ヤポネシアにおけるイネ受容の歴史をゲノム情報から探る

熊谷真彦, 坂井寛章

日本進化学会大会シンポジウム「ヤポネシア人が食べてきた植物のゲノム解析」 2022年8月
Genomics studies on Asian and African rice

Masahiko Kumagai

Studies in Asian and African Geolinguistics 4th meeting 2022年3月
Multidisciplinary approach for tracing the intertangle spread of rice and millet in Northeast Asia.

Shinya Shoda, Masahiko Kumagai

Transeurasian millets and beans, languages and genes 2019年1月
Domestication history of rice inferred by ancient DNA and modern genomics

熊谷真彦

Chile-Japan Academic Forum in UTokyo, Workshop on Genes, Cells and Organisms. 2014年10月
Domestication history of rice inferred by ancient DNA and modern genomics

熊谷真彦

SOKENDAI Symposium, Modern Human Diversity on Genes and Culture - with special reference to Asia and Oceania 2014年2月
Significant contribution of gene introgression for formation of varietal groups of Asian cultivated rice

熊谷真彦

11th International Symposium on Rice Functional Genomics 2013年11月
Construction of rice chloroplast DNA reference data and its application for ancient DNA analysis of over 2,000 years old rice seed remains

Kumagai M, Wang L, Ueda S

The 2011 SMBE conference 2011年7月

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

イネと雑穀の関係史ー縄文から近世までの古ゲノム分析から読み解く穀物の利用と進化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2024年4月 - 2029年3月

熊谷真彦, 水野文月, 植田信太郎, 田中真生
植物考古学から探るイネ、雑穀、ムギ食文化の交流と変容

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2020年11月 - 2025年3月

庄田慎矢, 遠藤英子, 熊谷真彦, 竹井惠美子, 村上夏希, 西内巧
古ゲノム分析による日本列島の穀物利用史の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

熊谷真彦, 植田信太郎, 水野文月, 石谷孔司
糞石ゲノム解析による縄文人の栄養・衛生・健康状態のマルチプロファイリング

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2023年3月

太田博樹, 梅崎昌裕, 澤藤りかい, 和久大介, 熊谷真彦
先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2017年4月 - 2020年3月

太田博樹, 勝村啓史, 植田信太郎, 須田亙, 水野文月, 熊谷真彦
本土日本人の起源の解明：弥生時代人のゲノム分析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2017年4月 - 2020年3月

水野文月, 大橋順, 熊谷真彦
古環境の変遷と動・植物利用の諸段階

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年6月 - 2020年3月

金原正明, 丸山真史, 菊地大樹, 渡部展也, 鈴木三男, 黒住耐二, 小畑弘己, 熊谷真彦
大規模ゲノム配列情報解析による作物栽培化過程の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

伊藤剛, 坂井寛章, 熊谷真彦
古代遺跡出土イネ遺物のゲノム解読：実験系と情報基盤の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業研究活動スタート支援 2014年8月 - 2016年3月

熊谷真彦
古代イネDNA分析による栽培イネにおける人為選択標的遺伝子の進化的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2007年 - 2009年

熊谷真彦

熊谷真彦

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学歴

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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