林田守広 (Morihiro Hayashida) - マイポータル

基本情報

所属: 松江工業高等専門学校電気情報工学科教授

学位: 博士（情報学）

J-GLOBAL ID: 200901034930838314
researchmap会員ID: 5000031911

外部リンク: https://hayashida.matsue-ct.ac.jp/

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研究分野

経歴

2022年4月 - 現在

松江工業高等専門学校, 電気情報工学科, 教授
2017年4月 - 2022年3月

松江工業高等専門学校, 電気情報工学科, 准教授
2005年4月 - 2017年3月

京都大学, 化学研究所, 助教

学歴

2002年4月 - 2005年3月

京都大学, 情報学研究科, 知能情報学専攻
2000年4月 - 2002年3月

東京大学, 理学系研究科, 情報科学専攻
- 2000年3月

東京大学, 理学部, 情報科学科

受賞

2014年3月

山下記念研究賞, 情報処理学会
2000年7月

最優秀論文賞, 画像の認識・理解シンポジウムMIRU2000

論文

Volume formula and growth rates of the balls of strings under the edit distances

Hitoshi Koyano, Morihiro Hayashida

Applied Mathematics and Computation 458 128202-128202 2023年12月査読有り
新型コロナウィルス禍における学生寮点呼の見直しと点呼システムの新規開発およびその効果について

川見昌春, 加藤健一, 林田守広, 高見昭康

日本高専学会誌 27(3) 1-7 2022年査読有り
Computational prediction and interpretation of both general and specific types of promoters in Escherichia coli by exploiting a stacked ensemble-learning framework

Fuyi Li, Jinxiang Chen, Zongyuan Ge, Ya Wen, Yanwei Yue, Morihiro Hayashida, Abdelkader Baggag, Halima Bensmail, Jiangning Song

Briefings in Bioinformatics 22(2) 2126-2140 2021年3月22日査読有り
Measuring the Similarity of Proteomes using Grammar-based Compression via Domain Combinations.

Morihiro Hayashida, Hitoshi Koyano, Jose C. Nacher

Proceedings of the 13th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies (BIOSTEC 2020) - Volume 3: BIOINFORMATICS(BIOINFORMATICS) 117-122 2020年
Optimal string clustering based on a Laplace-like mixture and EM algorithm on a set of strings

Hitoshi Koyano, Morihiro Hayashida, Tatsuya Akutsu

Journal of Computer and System Sciences 106 94-128 2019年12月査読有り
Bastion3: a two-layer ensemble predictor of type III secreted effectors.

Wang J, Li J, Yang B, Xie R, Marquez-Lago TT, Leier A, Hayashida M, Akutsu T, Zhang Y, Chou KC …

Bioinformatics (Oxford, England) 35(12) 2017-2028 2019年6月査読有り
Convolutional neural network approach to lung cancer classification integrating protein interaction network and gene expression profiles

Teppei Matsubara, Tomoshiro Ochiai, Morihiro Hayashida, Tatsuya Akutsu, Jose C. Nacher

Journal of Bioinformatics and Computational Biology 17(03) 1940007-1940007 2019年6月査読有り
Artificial neural network approach to prediction of protein-RNA residue-base contacts

M. Hayashida, J. Nacher, H. Koyano

Proceedings of the 12th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies 3 163-167 2019年2月査読有り
Systematic analysis and prediction of type IV secreted effector proteins by machine learning approaches.

Jiawei Wang, Bingjiao Yang, Yi An, Tatiana T. Marquez-Lago, André Leier, Jonathan Wilksch, Qingyang Hong, Yang Zhang 0010, Morihiro Hayashida, Tatsuya Akutsu …

Briefings Bioinform. 20(3) 931-951 2019年査読有り
Artificial Neural Network Approach to Prediction of Protein-RNA Residue-base Contacts.

Morihiro Hayashida, Jose C. Nacher, Hitoshi Koyano

Proceedings of the 12th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies (BIOSTEC 2019) - Volume 3: BIOINFORMATICS(BIOINFORMATICS) 163-167 2019年
Analysis of critical and redundant vertices in controlling directed complex networks using feedback vertex sets

Bao Y, Hayashida M, Liu P, Ishitsuka M, Nacher JC, Akutsu T

Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology 25(10) 1071-1090 2018年10月査読有り
Bastion6: a bioinformatics approach for accurate prediction of type VI secreted effectors.

Wang J, Yang B, Leier A, Marquez-Lago TT, Hayashida M, Rocker A, Zhang Y, Akutsu T, Chou KC, Strugnell RA …

Bioinformatics (Oxford, England) 34(15) 2546-2555 2018年8月査読有り
Analyzing order of domains in grammar-based compression of proteomes

M.Hayashida, K.Ishibashi, H.Koyano

Proceedings of the 24th International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications 278-281 2018年8月査読有り
Improving conditional random field model for prediction of protein-RNA residue-base contacts

Morihiro Hayashida, Noriyuki Okada, Mayumi Kamada, Hitoshi Koyano

Quantitative Biology 6(2) 1-8 2018年5月10日査読有り
ncRNA-disease association prediction based on sequence information and tripartite network

Takuya Mori, Hayliang Ngouv, Morihiro Hayashida, Tatsuya Akutsu, Jose C. Nacher

BMC Systems Biology 12(Suppl 1) 37 2018年4月11日査読有り
Determining the minimum number of protein-protein interactions required to support known protein complexes

Natsu Nakajima, Morihiro Hayashida, Jesper Jansson, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu

PLoS ONE 13(4) e0195545 2018年4月1日査読有り
Improving prediction of heterodimeric protein complexes using combination with pairwise kernel

Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Tatsuya Akutsu, Jean-Philippe Vert

BMC Bioinformatics 19(Suppl 1) 39 2018年2月19日査読有り
Grammar-based compression for directed and undirected generalized series-parallel graphs using integer linear programming

Morihiro Hayashida, Hitoshi Koyano, Tatsuya Akutsu

BIOINFORMATICS 2018 - 9th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Proceedings; Part of 11th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies, BIOSTEC 2018 3 105-111 2018年
Euler string-based compression of tree-structured data and its application to analysis of RNAs

Liu Liwei, Mori Tomoya, Zhao Yang, Hayashida Morihiro, Akutsu Tatsuya

CURRENT BIOINFORMATICS 13(1) 25-33 2018年査読有り
SecretEPDB: a comprehensive web-based resource for secreted effector proteins of the bacterial types III, IV and VI secretion systems

Yi An, Jiawei Wang, Chen Li, Jerico Revote, Yang Zhang, Thomas Naderer, Morihiro Hayashida, Tatsuya Akutsu, Geoffrey I. Webb, Trevor Lithgow …

SCIENTIFIC REPORTS 7 41031 2017年1月査読有り

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講演・口頭発表等

発現量からの遺伝子選択とタンパク質クラスタリングを用いた勾配ブースティングによる肺がん予測

川上瞬汰, 林田守広, ナチェルホセ, 丸山修

2025年電子情報通信学会総合大会 2025年3月26日
ProtT5を用いたタンパク質クラスタリングと勾配ブースティングによる遺伝子発現データからの肺がん予測

川上瞬汰, 林田守広, ナチェルホセ, 丸山修

情報処理学会研究報告 2024年6月22日
整数線形計画法による文字列の集合上の確率分布における中心文字列探索の高速化の一検討

槇原このか, 林田守広, 小谷野仁, 村上享, 桑野淳一郎

情報処理学会研究報告 2023年3月
Sentence BERT を用いた有価証券報告書からの企業の事業内容の比較

安部築平, 林田守広

情報処理学会研究報告 2023年3月
敵対的生成ネットワークとグラフ畳み込みニューラルネットワークを用いた遺伝子発現データからの肺がん予測

川上瞬汰, 林田守広, 藤嶋教彰, ナチェルホセ

情報処理学会研究報告 2023年3月
整数線形計画法による文字列の集合上の確率分布における中央文字列探索の高速化

槇原このか, 林田守広, 小谷野仁

情報処理学会第84回全国大会講演論文集 2022年3月
畳み込みオートエンコーダを用いたタンパク質構造モチーフ探索の一検討

大塚竜星, 林田守広

情報処理学会第84回全国大会講演論文集 2022年3月
Laplace 様混合モデルの基準化定数の計算

小谷野仁, 林田守広

情報処理学会研究報告 2021年3月
一般化Series-Parallelグラフの文法圧縮と時間計算量の実験的解析

小村亘平, 林田守広, 小谷野仁, 阿久津達也

情報処理学会研究報告 2020年3月
勾配ブースティング木を用いた kyoto 2016 dataset に対する攻撃検知精度の向上に関する研究

寺戸綾佑, 林田守広

情報処理学会第122回数理モデル化と問題解決研究会 2019年2月
Convolutional neural network approach to lung cancer classification integrating protein interaction network and gene expression profiles

MATSUBARA Teppei, OCHIAI Tomoshiro, HAYASHIDA Morihiro, AKUTSU Tatsuya, NACHER Jose

The 18th IEEE International Conference on Bioinformatics and BioEngineering 2018年10月29日
ncRNA-疾患関連性の予測法の改良

母里卓也, 林田守広, 阿久津達也, ナチェルホセ

情報処理学会第55回バイオ情報学研究会 2018年9月
Analyzing order of domains in grammar-based compression of proteomes

HAYASHIDA Morihiro, ISHIBASHI Kousei, KOYANO Hitoshi

The 24th International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications 2018年7月30日
Grammar-based compression for directed and undirected generalized series-parallel graphs using integer linear programming

HAYASHIDA Morihiro, KOYANO Hitoshi, AKUTSU Tatsuya

The 9th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms 2018年1月20日
ncRNA-disease association prediction based on sequence information and tripartite network

林田守広

The 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference 2018年1月17日
Improving prediction of heterodimeric protein complexes using combination with pairwise kernel

RUAN Peiying, HAYASHIDA Morihiro, AKUTSU Tatsuya, VERT Jean-Philippe

The 28th International Conference on Genome Informatics 2017年11月1日
Improving conditional random field model for prediction of protein-RNA residue-base contacts

HAYASHIDA Morihiro, OKADA Noriyuki, KAMADA Mayumi, KOYANO Hitoshi

The 11th International Conference on Computational Systems Biology 2017年8月20日
Predicting strengths of protein-protein interactions through online regression algorithms

HAYASHIDA Morihiro, KAMADA Mayumi, KOYANO Hitoshi

The 23rd International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications 2017年7月17日
Online regression algorithm with nonlinear transformation and its application to prediction of protein-protein interaction strengths

Morihiro Hayashida, Mayumi Kamada, Hitoshi Koyano

2017年7月
Host-pathogen protein interaction prediction based on local topology structures of a protein interaction network

JINDALERTUDOMDEE Jira, HAYASHIDA Morihiro, SONG Jiangning, AKUTSU Tatsuya

IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and BioEngineering 2016年10月31日

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所属学協会

Works(作品等)

stringsphere

Morihiro Hayashida, Hitoshi Koyano

2023年コンピュータソフト
ilpmedian

Morihiro Hayashida, Hitoshi Koyano

コンピュータソフト

共同研究・競争的資金等の研究課題

タンパク質機能予測法とバイオマーカー探索への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2024年4月 - 2028年3月

林田守広
タンパク質立体構造の進化的保存部位の解析と機能予測への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2019年4月 - 2023年3月

林田守広, 小谷野仁
大域的構造抽出と相互作用確率モデルによるタンパク質機能予測法

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2016年4月 - 2020年3月

林田守広, 小谷野仁
文字列の非可換位相半群上の確率・統計理論とそれらの環境再生生物工学への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2016年7月 - 2019年3月

小谷野仁, 緒方博之, 矢野孝次, 林田守広
離散的手法と統計的手法の融合による構造設計法

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2014年4月 - 2019年3月

阿久津達也, 林田守広, 永持仁, 細川浩, 前川真吾
文字列解析のための統計理論とその計算生化学への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2017年3月

小谷野仁, 林田守広
タンパク質部分構造のモデル化による相互作用予測法

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2012年4月 - 2016年3月

林田守広
離散的手法とカーネル法の融合による構造設計法

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2010年4月 - 2015年3月

阿久津達也, 永持仁, 川端猛夫, 林田守広
タンパク質立体構造における類似部分構造の大域的抽出と解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2009年 - 2012年

林田守広
グラフ理論とカーネル法の融合による化学構造設計法

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2007年 - 2009年

阿久津達也, 川端猛夫, 林田守広, 永持仁
構造を持つ生物情報データからの共通パターン抽出法

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2004年 - 2006年

阿久津達也, 宮野悟, 丸山修, 上田展久, 林田守広