研究ブログ
Homology Moldeing Professional for HyperChem（HMHC） vs AlphaFold2
辻 一徳アミノ酸配列が報告されてから20年以上もファミリーも含めて立体構造が不明なタンパク質についてHomology Modeling Professional for HyperChem（HMHC）とAlphaFold2で立体構造を予測してみました。
HMHC（2005年公開）はAlphaFold2（2021年公開）より16年も前に公開していますが、膜貫通部分のアラインメントは一致しており、HMHCとAlphaFold2から得られたホモロジーモデルは熱力学的に複数のコンフォメーションを採用すると予測される膜外ループ構造が異なる程度でした。
本蛋白質は立体構造未知のため、どちらのホモロジーモデルが正解に近いかは現時点では不明ですが、HMHCはAlphaFold2と同様のモデルを提供できます。HMHCは側鎖ロータマーや生体高分子に含まれる結晶水や低分子までも高精度にモデリングできる点でアドバンテージがあります。加えて、HMHCではヘテロダイマーなどの高次構造や核酸との複合体モデルなども簡単にモデリングでき、量子化学計算プログラムGaussian（ONIOM計算）や分子動力学シミュレーションプログラムNAMDともシームレスに連携できます。AlphaFold2で主鎖構造を予測しておき、HMHCで側鎖立体配座や全体構造を精密化するといった方法論も有効と考えられます。
HMHCの詳細は以下の分子機能研究所Webページを参照してください。
Homology Modeling Professional for HyperChem：
https://www.molfunction.com/jp/software1.htm
ホモロジーモデリングモジュールプログラム：
https://www.molfunction.com/jp/module4.htm
ホモロジーモデリング原理：
https://www.molfunction.com/jp/homologymodel.htm
タンパク二次構造予測技術とab initio立体構造予測モデリング技術：
https://www.molfunction.com/jp/bioinformatics.htm
新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）感染症（COVID-19）治療薬の医薬品候補の評価研究機関を探しています
インシリコスクリーニングで見出した抗新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）薬の医薬品候補（既存の承認薬など）を評価していただけるCOVID-19に関係する研究機関を探しています。添付の記事を見て少しでもご興味がありましたら辻一徳までご連絡ください。見出した医薬品候補には、安全性が確認されている承認済み低用量経口投与薬の短時間作用型睡眠薬、国内製薬メーカーが別疾患の治療薬として開発臨床段階にある医薬品、国内大学研究機関で新型コロナウイルスへの有効性が報告されつつある医薬品と同じ系統の医薬品、海外で新型コロナウイルスへの有効性が報告されつつある医薬品なども含まれており、一刻も早い日本国内での検証を希望しています。日本発の新型コロナウイルス特効薬発見にご協力いただくとともに、新型コロナウイルス感染症の治療薬開発に関わっている研究機関についての情報提供をお願いします。
新型コロナウイルス（SARS-CoV-2, 2019-nCoV）主要プロテアーゼを阻害する既知医薬品のインシリコスクリーニングについて
新型コロナウイルス（SARS-CoV-2, 2019-nCoV）主要プロテアーゼを標的とした阻害剤の既知医薬品、医薬候補化合物、ドロップアウト薬、生物活性化合物からなる化合物データベース（ChEMBL）からのインシリコスクリーニングを実施しています。本研究成果（ヒット化合物情報）を提供しますので、有機合成とアッセイ評価できる研究者の方はお気軽にご連絡ください。
新型コロナウイルス構造タンパクのエンベロープ糖タンパクエピトープを認識する抗体設計について
新型コロナウイルス（SARS-CoV-2, 2019-nCoV）のウイルス構造タンパク、エンベロープ糖タンパクエピトープを認識する抗体設計について、ホモロジーモデリング、ポイントミューテーション、ドッキングシミュレーションなどのコンピュータシミュレーション技術で取り組んでいます。本研究手法はチクングニアウイルスで、すでに実績があります。本研究の成果や研究手法を提供しますので、ウエット実験やアッセイ評価ができる研究者の方は、お気軽にご連絡ください。