これまで自己反応性T細胞の負の選択においてAireが、1)どの細胞種の抗原提示を制御しているか、2)それはどのような機構であるか、について検討を行ってきた。その結果、Aire欠損下においても胸腺髄質上皮細胞（medullary Thymic Epithelial Cell : mTEC）は正常に抗原提示できること、そしてAireは骨髄由来抗原提示細胞（BM-APC）の抗原提示に影響することが示唆されている。
我々が用いているRat insulin promoter（RIP）下でOvalbumin（OVA）を発現するRIP-OVAモデルは、mTECがOVA抗原を発現している。また、OT-2 T細胞の負の選択にAireおよびBM-APCの抗原提示を必要とすることから、mTECからBM-APCへの抗原受け渡しにAireが関与することが予想されてきた。しかし、このモデルで抗原受け渡しが実際に起こっているかどうかは不明である。そこで、骨髄移植によってmTECがRIP-OVAを発現し、BM-APCのみが抗原提示できる状態（正常骨髄 → MHC II欠損RIP-OVA）を作製し、このキメラマウスの胸腺スライス上におけるOT-2 制御性T細胞（Treg）産生を検討した。mTEC・BM-APCが共に抗原提示できる状態では、正常にTregが産生された。これに対し、mTECが抗原を発現しており、BM-APCのみが抗原提示できる状態では、正常なTreg産生は起きなかった。このことは、RIP-OVAモデルではmTEC・BM-APC双方の抗原提示が負の選択・Treg産生に必要であることを示唆している。以上の結果は、これまで想定されてきた抗原発現・抗原の受け渡しの制御とは異なるメカニズムで、Aireが負の選択におけるmTEC・BM-APCの強調作用を制御している可能性を示唆している。