坂本美佳 (Mika Sakamoto) - マイポータル

基本情報

所属: 国立遺伝学研究所大量遺伝情報研究室特任研究員

学位: 博士（理学）

J-GLOBAL ID: 201901010486229870
researchmap会員ID: B000364041

研究分野

経歴

2024年10月 - 現在

高知大学, 理工学部情報科学科, 非常勤講師
2019年4月 - 現在

国立遺伝学研究所, 情報研究系大量遺伝情報研究室, 特任研究員
2017年7月 - 2019年3月

国立成育医療研究センター研究所, メディカルゲノムセンター
2015年4月 - 2017年6月

（株）日本バイオデータ
2011年10月 - 2015年3月

中央大学, 理工学部生命科学科（原山研究室）, 技術員
2010年9月 - 2011年9月

日本大学, 医学部整形外科学系, 臨時職員（実験助手）
2008年4月 - 2010年8月

埼玉大学大学院, 理工学研究科, 技術補佐員
1992年4月 - 1997年7月

埼玉県警察本部, 刑事部科学捜査研究所法医科

学歴

2015年4月 - 2019年3月

お茶の水女子大学大学院, 人間文化創成科学研究科, ライフサイエンス専攻疾患予防科学領域（博士）
2013年4月 - 2015年3月

放送大学大学院, 文化科学研究科, 自然環境科学プログラム（修士）
1987年4月 - 1991年3月

埼玉大学, 理学部, 生化学科

受賞

2017年

第4回IT創薬コンテスト学生奨励賞, 「Sirt1阻害剤（候補）の探索」, 特定非営利活動法人並列生物情報処理イニシアティブ

坂本美佳, 樋口明子, 三浦信明, 由良敬(TorIs)

論文

MarpolBase: Genome database for Marchantia polymorpha featuring high quality reference genome sequences

Yasuhiro Tanizawa, Takako Mochizuki, Masaru Yagura, Mika Sakamoto, Takatomo Fujisawa, Shogo Kawamura, Eita Shimokawa, Shohei Yamaoka, Ryuichi Nishihama, John L Bowman …

2025年4月3日
Resveratrol, a food-derived polyphenol, promotes Melanosomal degradation in skin fibroblasts through coordinated activation of autophagy, lysosomal, and antioxidant pathways

Saki Okamoto, Saya Kakimaru, Mayuko Koreishi, Mika Sakamoto, Yoshimasa Nakamura, Hideya Ando, Yoshio Tsujino, Ayano Satoh

Journal of Functional Foods 125 2025年2月査読有り
Chromosome-scale assembly with improved annotation provides insights into breed-wide genomic structure and diversity in domestic cats.

Yuki Matsumoto, Claire Yik-Lok Chung, Sachiko Isobe, Mika Sakamoto, Xiao Lin, Ting-Fung Chan, Hideki Hirakawa, Genki Ishihara, Hon-Ming Lam, Shinobu Nakayama …

Journal of advanced research 2024年10月25日査読有り筆頭著者
Gene expression profiles associated with early relapse during first remission induction in canine multicentric high-grade B-cell lymphoma.

Hiroto Toyoda, Akiyoshi Tani, Yuko Goto-Koshino, Tomoki Motegi, Mika Sakamoto, Takako Mochizuki, Kei Harada, Tetsuya Kobayashi, Asuka Setoguchi, Yohei Shizuta …

The Journal of veterinary medical science 2023年11月13日査読有り
A practical assembly guideline for genomes with various levels of heterozygosity

Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Takuro Nakayama, Goro Tanifuji, Ryoma Kamikawa, Yasukazu Nakamura

Briefings in Bioinformatics 24(6) 2023年9月22日査読有り
Large-scale epidemiological study on feline autosomal dominant polycystic kidney disease and identification of novel PKD1 gene variants.

Fumitaka Shitamori, Ayaka Nonogaki, Tomoki Motegi, Yuki Matsumoto, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Yasukazu Nakamura, Tomohiro Yonezawa, Yasuyuki Momoi, Shingo Maeda

Journal of feline medicine and surgery 25(7) 1098612X231185393 2023年7月査読有り
Prevalence of pathogenic variants in cancer-predisposing genes in second cancer after childhood solid cancers.

Masanori Yoshida, Kazuhiko Nakabayashi, Wentao Yang, Aiko Sato-Otsubo, Shin-Ichi Tsujimoto, Hiroko Ogata-Kawata, Tomoko Kawai, Keisuke Ishiwata, Mika Sakamoto, Kohji Okamura …

Cancer medicine 12(10) 11264-11273 2023年4月6日査読有り
Fucosyltransferase 8 (FUT8) and core fucose expression in oxidative stress response.

Yuki M Kyunai, Mika Sakamoto, Mayuko Koreishi, Yoshio Tsujino, Ayano Satoh

PloS one 18(2) e0281516 2023年2月13日査読有り
A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan

Keita Tamura, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Takako Mochizuki, Shuji Matsushita, Yoshihiro Kato, Takeshi Ishikawa, Keisuke Okuhara, Yasukazu Nakamura, Hidemasa Bono

DNA Research 2023年2月査読有り
Best Practices for Comprehensive Annotation of Neuropeptides of Gryllus bimaculatus

Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Hitomi Seike, Zhen Zhu, Yi Jun Zhou, Keisuke Fukumura, Shinji Nagata, Yasukazu Nakamura

Insects 14(2) 121-121 2023年1月25日査読有り責任著者
MarpolBase Expression: A Web-based, Comprehensive Platform for Visualization and Analysis of Transcriptomes in the Liverwort Marchantia polymorpha

Shogo Kawamura, Facundo Romani, Masaru Yagura, Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Shohei Yamaoka, Ryuichi Nishihama, Yasukazu Nakamura, Katsuyuki T Yamato, John L Bowman …

Plant and Cell Physiology 63(11) 1745-1755 2022年9月9日査読有り
Genome evolution of a nonparasitic secondary heterotroph, the diatom Nitzschia putrida.

Ryoma Kamikawa, Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Takuro Nakayama, Ryo Onuma, Ugo Cenci, Daniel Moog, Samuel Speak, Krisztina Sarkozi …

Science advances 8(17) eabi5075 2022年4月29日査読有り
Collection of 2429 constrained headshots of 277 volunteers for deep learning

Saki Aoto, Mayumi Hangai, Hitomi Ueno-Yokohata, Aki Ueda, Maki Igarashi, Yoshikazu Ito, Motoko Tsukamoto, Tomoko Jinno, Mika Sakamoto, Yuka Okazaki …

Scientific Reports 12(1) 2022年3月8日査読有り
NUDT15 variants confer high incidence of second malignancies in children with acute lymphoblastic leukemia

Masanori Yoshida, Kazuhiko Nakabayashi, Wentao Yang, Aiko Sato-Otsubo, Shin-ichi Tsujimoto, Hiroko Ogata-Kawata, Tomoko Kawai, Keisuke Ishiwata, Mika Sakamoto, Kohji Okamura …

Blood Advances 5(23) 5420-5428 2021年12月14日査読有り
Identification of the sex-determining factor in the liverwort Marchantia polymorpha reveals unique evolution of sex chromosomes in a haploid system

Miyuki Iwasaki, Tomoaki Kajiwara, Yukiko Yasui, Yoshihiro Yoshitake, Motoki Miyazaki, Shogo Kawamura, Noriyuki Suetsugu, Ryuichi Nishihama, Shohei Yamaoka, Dierk Wanke …

Current Biology 31(24) 5522-5532.e7 2021年12月査読有り
Robust classification of cell cycle phase and biological feature extraction by image-based deep learning.

Yukiko Nagao, Mika Sakamoto, Takumi Chinen, Yasushi Okada, Daisuke Takao

Molecular biology of the cell 31(13) 1346-1354 2020年6月15日査読有り
A prospective compound screening contest identified broader inhibitors for Sirtuin 1

Shuntaro Chiba, Masahito Ohue, Anastasiia Gryniukova, Petro Borysko, Sergey Zozulya, Nobuaki Yasuo, Ryunosuke Yoshino, Kazuyoshi Ikeda, Woong-Hee Shin, Daisuke Kihara …

Scientific Reports 9(1) 19585 2019年12月査読有り
Relationship between conformation shift and disease related variation sites in ATP-binding cassette transporter proteins

Mika Sakamoto, Hirofumi Suzuki, Kei Yura

Biophysics and Physicobiology 16 68-79 2019年1月査読有り筆頭著者
Passive Cigarette Smoking Changes the Circadian Rhythm of Clock Genes in Rat Intervertebral Discs

Shumpei Numaguchi, Mariko Esumi, Mika Sakamoto, Michiko Endo, Takayuki Ebihara, Hirotoki Soma, Akio Yoshida, Yasuaki Tokuhashi

JOURNAL OF ORTHOPAEDIC RESEARCH 34(1) 39-47 2016年1月査読有り
受動喫煙下にプロスタグランジンを投与したラットにおいて,発現変化する椎間板遺伝子の網羅的解析

沼口俊平, 江角眞理子, 海老原貴之, 坂本美佳, 楠美嘉晃, 尾花ゆかり, 徳橋泰明

Journal of Spine Research 3(3) 2012年

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MISC

獣医療に役立つ高品質ゲノム配列と遺伝子情報

坂本美佳, 中村保一

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024年
強耐塩性野生イネOryza coarctataのゲノム解析

西山典秀, 望月孝子, 坂本美佳, 谷澤靖洋, 津田勝利, 佐藤(志水)佐江, 吉川貴徳, 中村保一, 豊田敦, 佐藤豊

育種学研究 26 2024年
ヒト以外の遺伝子に関連する研究光合成能喪失によるゲノム進化:従属栄養性珪藻を例に

神川龍馬, 坂本美佳, 中村保一

遺伝子医学 14(2) 2024年
様々なヘテロ接合性レベルを持つゲノムで検証された実用的なアセンブリガイドライン

望月孝子, 坂本美佳, 谷澤靖洋, 中山卓郎, 谷藤吾朗, 神川龍馬, 中村保一

育種学研究 26 2024年
新規遺伝子アノテーションで明らかになるスエヒロタケ複数株におけるゲノム構成の違い

坂本美佳, 松前ひろみ, 小木曽映里, 望月孝子, 谷澤靖洋, KRYUKOV Kirill, 今西規, 豊田敦, 亀井克彦, 細矢剛 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
Marpolbase:ゼニゴケのための遺伝子情報および発現量データベースの開発

谷澤靖洋, 川村省吾, ROMANI Facundo, 矢倉勝, 望月孝子, 坂本美佳, 山岡尚平, 西浜竜一, 中村保一, 大和勝幸 …

日本植物生理学会年会(Web) 64th 2023年
苔類ゼニゴケの性染色体上の性決定因子の同定

岩崎美雪, 梶原智明, 安居佑季子, 吉竹良洋, 宮崎基, 川村昇吾, 末次憲之, 末次憲之, 西浜竜一, 西浜竜一 …

日本植物学会大会研究発表記録(CD-ROM) 86th 2022年
MarpolBase Expression(MBEX):苔類ゼニゴケにおけるトランスクリプトームの可視化・解析データベース

川村昇吾, ROMANI Facundo, 矢倉勝, 望月孝子, 坂本美佳, 山岡尚平, 西浜竜一, 中村保一, 大和勝幸, BOWMAN John …

日本植物学会大会研究発表記録(CD-ROM) 86th 2022年
フタホシコオロギGryllus bimaculatusの神経ペプチドと受容体の包括的アノテーションの事例紹介

望月孝子, 坂本美佳, 清家瞳, ZHU Zehn, ZHOU Yijun, 永田晋治, 中村保一

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 45th 2022年
MarpolBase Expression(MBEX):苔類ゼニゴケにおけるトランスクリプトームの可視化・解析データベース

川村昇吾, FACUNDO Romani, 矢倉勝, 望月孝子, 坂本美佳, 山岡尚平, 西浜竜一, 中村保一, 大和勝幸, BOWMAN John …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 45th 2022年
集団遺伝学のモデル菌類としてのスエヒロタケのゲノム解析

松前ひろみ, 坂本美佳, 小木曽映里, 須藤恵美, クリュコフキリル, 望月孝子, 谷澤靖洋, 今西規, 今西規, 豊田敦 …

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 24th 2022年
ゲノム進化のモデル生物と疾患の解明を目指すスエヒロタケの全ゲノム解析

松前ひろみ, 坂本美佳, 小木曽映里, 須藤恵美, KRYUKOV K., 望月孝子, 谷澤靖洋, 今西規, 今西規, 豊田敦 …

日本菌学会大会講演要旨集 66th 2022年
Marpolbase:ゼニゴケのための遺伝子情報および発現量データベースの開発

谷澤靖洋, 川村昇吾, 矢倉勝, 望月孝子, 坂本美佳, 山岡尚平, 西浜竜一, 大和勝幸, 河内孝之, LIU Chang …

日本植物生理学会年会(Web) 62nd 2021年
様々なヘテロ接合度の生物を用いたハプロイドセット構築のためのゲノムアセンブリ手法の評価

望月孝子, 坂本美佳, 谷澤靖洋, 中山卓郎, 谷藤吾朗, 神川龍馬, 中村保一

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
Cats’-I:アメリカンショートヘア種ネコゲノムAnAms1.0アノテーションデータベース

坂本美佳, 松本悠貴, 磯部祥子, CHUNG Claire, LIN Xiao, CHAN Ting-Fung, 平川英樹, 石原玄基, LAM Hon-Ming, 中山しのぶ …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
イエネコの高精度な参照ゲノム配列AnAms1.0の構築

松本悠貴, 磯部祥子, 坂本美佳, CHUNG Claire, CHAN Ting-Fung, 平川英樹, 石原玄基, LAM Hon-Ming, 中山しのぶ, 笹本茂美 …

日本哺乳類学会大会プログラム・講演要旨集 2021 2021年
珪藻のゲノム解析支援:Nitzschia sp.PL1-4株のゲノムアセンブリ

望月孝子, 坂本美佳, 谷澤靖洋, 矢倉勝, 中山卓郎, 谷藤吾朗, 神川龍馬, 中村保一

日本植物生理学会年会(Web) 62nd 2021年
ユーストマの全ゲノム解読とDNAマーカー開発

川勝恭子, 豊田敦, 永野惇, 川勝泰二, 中野善公, 今村仁, 福田直子, 久松完, 山口博康, 望月孝子 …

育種学研究 23 2021年
ディープラーニングによる画像分類を応用した細胞周期特異的な特徴量の抽出(Classification of Cell Cycle Phase and Biological Feature Extraction by Image-Based Deep Learning)

高尾大輔, 長尾幸子, 坂本美佳, 岡田康志

日本細胞生物学会大会講演要旨集 72回 AW-5 2020年6月
ゼニゴケ・高密度な実験情報の集約によるモデル植物化の加速

中村保一, 谷澤靖洋, 望月孝子, 矢倉勝, 坂本美佳, 大和勝幸, 上田貴志, 金澤健彦, 西浜竜一, 山岡尚平 …

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 37th 2019年

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書籍等出版物

実験医学別冊改訂独習Pythonバイオ情報解析生成AI時代に活きるJupyter、NumPy、pandas、Matplotlib、Scanpyの基礎を身につけ、シングルセル、RNA-Seqデータ解析を自分の手で

先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム編 (担当:分担執筆, 範囲:第7章、第8章)

羊土社 2025年1月24日 (ISBN: 9784758122788)
実験医学別冊独習Pythonバイオ情報解析 : Jupyter、NumPy、pandas、Matplotlibを理解し、実装して学ぶシングルセル、RNA-Seqデータ解析

先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム (担当:分担執筆, 範囲:第6章、第7章)

羊土社 2021年3月 (ISBN: 9784758122498)

講演・口頭発表等

獣医療に役立つ高品質ゲノム配列と遺伝子情報

坂本美佳, 中村保一

第47回日本分子生物学会年会 2024年11月28日招待有り
新規遺伝子アノテーションで明らかになるスエヒロタケ複数株におけるゲノム構成の違い

坂本美佳, 松前ひろみ, 小木曽映里, 望月孝子, 谷澤靖洋, クリュコフ・キリル, 今西規, 豊田敦, 亀井克彦, 細矢剛, 中村保一

第46回日本分子生物学会年会 2023年12月7日
アノテーションソースの裏側（仮）

坂本美佳

遺伝研研究会「アノテーソン2023」 2023年11月16日招待有り
細胞内共生画像におけるクロレラ検出 AI の構築

坂本尚子, 岡田薫, 宮城島進也, 神沼英里, 坂本美佳, 中村保一

第6回植物インフォマティクス研究会 2023年10月28日
Development of a mammalian genome annotation database

坂本美佳, 堀口晃一郎, 望月孝子, 谷澤靖洋, 三澤拓真, 松本悠貴, 中村保一

ワークショップ ThermusQ 高度好熱菌研究を切り拓くネオテクノロジー 2023年10月27日
Genome Analysis of Eukaryotes ~Chromosome-level assembly of domestic cat genome~

Mika Sakamoto

Thailand-Japan Bilateral Workshop on Bioinformatics and Bioresources 2022 2023年1月23日招待有り
フタホシコオロギ神経ペプチドの包括的アノテーション

望月孝子, 坂本美佳, 中村保一

2022年度「先進ゲノム支援」拡大班会議 2023年1月19日
イエネコゲノムアノテーションデータベースCats-Iの新規開発

坂本美佳, 堀口晃一郎, 望月孝子, 谷澤靖洋, 三澤拓真, 松本悠貴, 中村保一

第11回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2022） 2022年9月13日
ゲノム情報の整備レベルから考える非モデル生物のデータ解析

坂本美佳, 谷澤靖洋, 望月孝子, 中村保一

ROIS-DS-JOINT共同研究集会「昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データベース利用」 2022年9月2日
Cats-I:アメリカンショートヘア種ネコゲノムAnAms1.0アノテーションデータベース

坂本美佳, 松本悠貴, 磯部祥子, Claire Chung, Ting-Fung Chan, 平川英樹, 石原玄基, Hon-Ming Lam, 中山しのぶ, 笹本茂美, 谷澤靖洋, 渡辺安希子, 渡部桂, 矢倉勝, 中村保一

第 44 回日本分子生物学会年会 2021年12月1日
長めの配列をAlphaFold2に入れてみた

坂本美佳

第4回植物インフォマティクス研究会年会 2021年10月4日
Genome Analysis of Eukaryotes ~ Gene structural annotation and functional annotation~

Mika Sakamoto

Vietnam-Japan Bilateral Workshop on Bioinformatics and Bioresources 2021年8月25日招待有り
Genome Analysis of Eukaryotes: Chromosome-level assembly of domestic cat genome

Mika Sakamoto

Indonesia-Japan Bilateral Workshop on Bioinformatics and Bioresources 2020年10月22日招待有り
データサイエンティスト養成セッション：実践的次世代シークエンス解析「真核生物ゲノム解析」

坂本美佳

第9回生命医薬情報学連合大会 2020年9月2日招待有り
チャノコカクモンハマキddRAD-seq解析支援

坂本美佳, 矢倉勝, 谷澤靖洋, 嶋倉直也, 仲井まどか, 中村保一

「先進ゲノム支援」拡大班会議 2019年12月16日
珪藻のゲノム解析支援：ゲノムアセンブリからデータベース公開まで

坂本美佳, 望月孝子, 谷澤靖洋, 矢倉勝, 谷藤吾朗, 神川龍馬, 中村保一

第2回植物インフォマティクス研究会 2019年9月2日
珪藻のゲノム解析支援：ゲノムアセンブリからデータベース公開まで

坂本美佳, 望月孝子, 谷澤靖洋, 矢倉勝, 谷藤吾朗, 神川龍馬, 中村保一

「先進ゲノム支援」班員会議 2019年8月27日
大規模変異データベース利用によるヒト集団に特異的なSNVの探索とタンパク質立体構造に対する影響推定

坂本美佳, 由良敬

2017年度生命科学系合同年次大会 2017年
Sirt1阻害剤（候補）の探索

坂本美佳, 樋口明子, 三浦信明, 由良敬(TorIs

特定非営利活動法人並列生物情報処理イニシアティブ主催 2017年第4回IT創薬コンテスト「コンピューターで薬のタネを創る4」 2017年
Sirt1阻害剤（候補）の探索

坂本美佳, 樋口明子, 三浦信明, 由良敬(TorIs

CBI学会2016年大会フォーカストセッション「特定非営利活動法人並列生物情報処理イニシアティブ主催第3回IT創薬コンテストコンピューターで薬のタネを創る3」 2016年招待有り

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担当経験のある科目(授業)

2025年4月 - 現在

バイオインフォマティクス特論 (高知大学)
2025年2月 - 2025年2月

バイオインフォマティクスワークショップ（ハンズオン実習） (岡山大学)
2025年2月 - 2025年2月

2024年度 PAGS・DDBJ合同中級者情報解析講習会「RNA-seqデータの処理」 (国立遺伝学研究所)
2024年10月 - 2025年2月

データベース論特論 (高知大学)
2024年11月 - 2024年11月

2024年度 PAGS・DDBJ合同初級者情報解析講習会「解析環境の構築」 (国立遺伝学研究所)
2024年2月 - 2024年2月

2023年度 PAGS中級者情報解析講習会「表形式ファイルの処理（Pandas）」 (国立遺伝学研究所)
2024年2月 - 2024年2月

バイオインフォマティクスワークショップ（ハンズオン実習） (岡山大学)
2023年10月 - 2023年10月

2023年度 PAGS・DDBJ合同初級者情報解析講習会「解析環境の構築」 (国立遺伝学研究所)
2022年12月 - 2022年12月

2022年度 PAGS・DDBJ合同中級者情報解析講習会「表形式ファイルの処理（Pandas）」 (国立遺伝学研究所)
2022年10月

2022年度 PAGS・DDBJ合同初級者情報解析講習会「解析環境の構築」 (国立遺伝学研究所)
2019年10月

2019年度第1回PAGS・DDBJ・DBCLS合同情報解析講習会（表形式ファイルの処理（Pandas）、RNA-seqデータの補正） (先進ゲノム支援(PAGS))

所属学協会

Works(作品等)

DockerとRでMariaDBを使う

坂本美佳

2021年12月 - 現在教材
Rで表形式データを扱ってみる

坂本美佳

2021年12月 - 現在教材

共同研究・競争的資金等の研究課題

ラフィド藻ヘテロシグマをモデルとした赤潮形成を支える増殖加速と代謝機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2025年4月 - 2029年3月

植木尚子, 中根大介, 坂本美佳
赤潮原因藻ヘテロシグマの赤潮形成期における増殖加速機構の解明を目指した研究

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2024年6月 - 2026年3月

植木尚子, 坂本美佳, 佐藤あやの
ヒト薬物代謝関連遺伝子変異がタンパク質機能と構造に及ぼす影響の生命情報学解析

生涯学習開発財団博士号取得支援事業

坂本美佳

坂本美佳

基本情報

研究分野

経歴

学歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

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共著者の一覧