坂本美佳 (Mika Sakamoto) - マイポータル

基本情報

所属: 国立遺伝学研究所大量遺伝情報研究室特任研究員

学位: 博士（理学）

J-GLOBAL ID: 201901010486229870
researchmap会員ID: B000364041

研究分野

経歴

2019年4月 - 現在

国立遺伝学研究所情報研究系大量遺伝情報研究室特任研究員
2017年7月 - 2019年3月

国立成育医療研究センター研究所メディカルゲノムセンター
2015年4月 - 2017年6月

（株）日本バイオデータ
2011年10月 - 2015年3月

中央大学理工学部生命科学科（原山研究室）技術員
2010年9月 - 2011年9月

日本大学医学部整形外科学系臨時職員（実験助手）
2008年4月 - 2010年8月

埼玉大学大学院理工学研究科技術補佐員
1992年4月 - 1997年7月

埼玉県警察本部刑事部科学捜査研究所法医科

学歴

2015年4月 - 2019年3月

お茶の水女子大学大学院人間文化創成科学研究科ライフサイエンス専攻疾患予防科学領域（博士）
2013年4月 - 2015年3月

放送大学大学院文化科学研究科自然環境科学プログラム（修士）
1987年4月 - 1991年3月

埼玉大学理学部生化学科

受賞

2017年

第4回IT創薬コンテスト学生奨励賞「Sirt1阻害剤（候補）の探索」特定非営利活動法人並列生物情報処理イニシアティブ

坂本美佳, 樋口明子, 三浦信明, 由良敬(TorIs)

論文

Best Practices for Comprehensive Annotation of Neuropeptides of Gryllus bimaculatus

Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Hitomi Seike, Zhen Zhu, Yi Jun Zhou, Keisuke Fukumura, Shinji Nagata, Yasukazu Nakamura

Insects 14(2) 121-121 2023年1月25日査読有り責任著者
A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan

Keita Tamura, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Takako Mochizuki, Shuji Matsushita, Yoshihiro Kato, Takeshi Ishikawa, Keisuke Okuhara, Yasukazu Nakamura, Hidemasa Bono

DNA Research 2022年11月16日査読有り
MarpolBase Expression: A Web-based, Comprehensive Platform for Visualization and Analysis of Transcriptomes in the Liverwort Marchantia polymorpha

Shogo Kawamura, Facundo Romani, Masaru Yagura, Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Shohei Yamaoka, Ryuichi Nishihama, Yasukazu Nakamura, Katsuyuki T Yamato, John L Bowman, Takayuki Kohchi, Yasuhiro Tanizawa

Plant and Cell Physiology 63(11) 1745-1755 2022年9月9日査読有り
Genome evolution of a nonparasitic secondary heterotroph, the diatom Nitzschia putrida.

Ryoma Kamikawa, Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Takuro Nakayama, Ryo Onuma, Ugo Cenci, Daniel Moog, Samuel Speak, Krisztina Sarkozi, Andrew Toseland, Cock van Oosterhout, Kaori Oyama, Misako Kato, Keitaro Kume, Motoki Kayama, Tomonori Azuma, Ken-Ichiro Ishii, Hideaki Miyashita, Bernard Henrissat, Vincent Lombard, Joe Win, Sophien Kamoun, Yuichiro Kashiyama, Shigeki Mayama, Shin-Ya Miyagishima, Goro Tanifuji, Thomas Mock, Yasukazu Nakamura

Science advances 8(17) eabi5075 2022年4月29日査読有り
NUDT15 variants confer high incidence of second malignancies in children with acute lymphoblastic leukemia

Masanori Yoshida, Kazuhiko Nakabayashi, Wentao Yang, Aiko Sato-Otsubo, Shin-ichi Tsujimoto, Hiroko Ogata-Kawata, Tomoko Kawai, Keisuke Ishiwata, Mika Sakamoto, Kohji Okamura, Kaoru Yoshida, Ryota Shirai, Tomoo Osumi, Takaya Moriyama, Rina Nishii, Hiroyuki Takahashi, Chikako Kiyotani, Yoko Shioda, Keita Terashima, Sae Ishimaru, Yuki Yuza, Masatoshi Takagi, Yuki Arakawa, Akitoshi Kinoshita, Moeko Hino, Toshihiko Imamura, Daisuke Hasegawa, Yozo Nakazawa, Mayuko Okuya, Harumi Kakuda, Nao Takasugi, Akiko Inoue, Kentaro Ohki, Takako Yoshioka, Shuichi Ito, Daisuke Tomizawa, Katsuyoshi Koh, Kimikazu Matsumoto, Masashi Sanada, Nobutaka Kiyokawa, Akira Ohara, Seishi Ogawa, Atsushi Manabe, Akira Niwa, Kenichiro Hata, Jun J. Yang, Motohiro Kato

Blood Advances 5(23) 5420-5428 2021年12月14日査読有り
Collection of 2429 constrained headshots of 277 volunteers for deep learning

Saki Aoto, Mayumi Hangai, Hitomi Ueno-Yokohata, Aki Ueda, Maki Igarashi, Yoshikazu Ito, Motoko Tsukamoto, Tomoko Jinno, Mika Sakamoto, Yuka Okazaki, Fuyuki Hasegawa, Hiroko Ogata-Kawata, Saki Namura, Kazuaki Kojima, Masao Kikuya, Keiko Matsubara, Kosuke Taniguchi, Kohji Okamura

Scientific Reports 12(1) 3730-3730 2021年12月査読有り
Identification of the sex-determining factor in the liverwort Marchantia polymorpha reveals unique evolution of sex chromosomes in a haploid system

Miyuki Iwasaki, Tomoaki Kajiwara, Yukiko Yasui, Yoshihiro Yoshitake, Motoki Miyazaki, Shogo Kawamura, Noriyuki Suetsugu, Ryuichi Nishihama, Shohei Yamaoka, Dierk Wanke, Kenji Hashimoto, Kazuyuki Kuchitsu, Sean A. Montgomery, Shilpi Singh, Yasuhiro Tanizawa, Masaru Yagura, Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Yasukazu Nakamura, Chang Liu, Frédéric Berger, Katsuyuki T. Yamato, John L. Bowman, Takayuki Kohchi

Current Biology 31(24) 5522-5532.e7 2021年12月査読有り
Robust classification of cell cycle phase and biological feature extraction by image-based deep learning.

Yukiko Nagao, Mika Sakamoto, Takumi Chinen, Yasushi Okada, Daisuke Takao

Molecular biology of the cell 31(13) 1346-1354 2020年6月15日査読有り
AnAms1.0: A high-quality chromosome-scale assembly of a domestic cat Felis catus of American Shorthair breed

Sachiko Isobe, Yuki Matsumoto, Claire Chung, Mika Sakamoto, Ting-Fung Chan, Hideki Hirakawa, Genki Ishihara, Hon-Ming Lam, Shinobu Nakayama, Shigemi Sasamoto, Yasuhiro Tanizawa, Akiko Watanabe, Kei Watanabe, Masaru Yagura, Yasukazu Nakamura

bioRxiv 2020年5月19日
A prospective compound screening contest identified broader inhibitors for Sirtuin 1

Shuntaro Chiba, Masahito Ohue, Anastasiia Gryniukova, Petro Borysko, Sergey Zozulya, Nobuaki Yasuo, Ryunosuke Yoshino, Kazuyoshi Ikeda, Woong-Hee Shin, Daisuke Kihara, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Takaaki Ichikawa, Reiji Teramoto, Kun-Yi Hsin, Vipul Gupta, Hiroaki Kitano, Mika Sakamoto, Akiko Higuchi, Nobuaki Miura, Kei Yura, Masahiro Mochizuki, Chandrasekaran Ramakrishnan, A. Mary Thangakani, D. Velmurugan, M. Michael Gromiha, Itsuo Nakane, Nanako Uchida, Hayase Hakariya, Modong Tan, Hironori K. Nakamura, Shogo D. Suzuki, Tomoki Ito, Masahiro Kawatani, Kentaroh Kudoh, Sakurako Takashina, Kazuki Z. Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Daisuke Kobayashi, Tatsuya Okuno, Shintaro Minami, George Chikenji, Philip Prathipati, Chioko Nagao, Attayeb Mohsen, Mari Ito, Kenji Mizuguchi, Teruki Honma, Takashi Ishida, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama, Masakazu Sekijima

Scientific Reports 9(1) 19585 2019年12月査読有り
Relationship between conformation shift and disease related variation sites in ATP-binding cassette transporter proteins

Mika Sakamoto, Hirofumi Suzuki, Kei Yura

Biophysics and Physicobiology 16 68-79 2019年査読有り
Passive Cigarette Smoking Changes the Circadian Rhythm of Clock Genes in Rat Intervertebral Discs

Shumpei Numaguchi, Mariko Esumi, Mika Sakamoto, Michiko Endo, Takayuki Ebihara, Hirotoki Soma, Akio Yoshida, Yasuaki Tokuhashi

JOURNAL OF ORTHOPAEDIC RESEARCH 34(1) 39-47 2016年1月査読有り
α-L-arabinofuranosidase from radish (Raphanus sativus L.) seeds

Keishi Hata, Mika Tanaka, Yoichi Tsumuraya, Yohichi Hashimoto

Plant Physiology 100(1) 388-396 1992年査読有り

MISC

集団遺伝学のモデル菌類としてのスエヒロタケのゲノム解析

松前ひろみ, 坂本美佳, 小木曽映里, 須藤恵美, クリュコフキリル, 望月孝子, 谷澤靖洋, 今西規, 今西規, 豊田敦, 中村保一, 亀井克彦, 細矢剛

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 24th 2022年
ゲノム進化のモデル生物と疾患の解明を目指すスエヒロタケの全ゲノム解析

松前ひろみ, 坂本美佳, 小木曽映里, 須藤恵美, KRYUKOV K., 望月孝子, 谷澤靖洋, 今西規, 今西規, 豊田敦, 中村保一, 亀井克彦, 細矢剛

日本菌学会大会講演要旨集 66th 2022年
イエネコの高精度な参照ゲノム配列AnAms1.0の構築

松本悠貴, 磯部祥子, 坂本美佳, CHUNG Claire, CHAN Ting-Fung, 平川英樹, 石原玄基, LAM Hon-Ming, 中山しのぶ, 笹本茂美, 谷沢靖洋, 渡辺安希子, 渡部桂, 矢倉勝, 中村保一

日本哺乳類学会大会プログラム・講演要旨集 2021 2021年
Cats’-I:アメリカンショートヘア種ネコゲノムAnAms1.0アノテーションデータベース

坂本美佳, 松本悠貴, 磯部祥子, CHUNG Claire, LIN Xiao, CHAN Ting-Fung, 平川英樹, 石原玄基, LAM Hon-Ming, 中山しのぶ, 笹本茂美, 谷澤靖洋, 渡辺安希子, 渡部桂, 矢倉勝, 中村保一

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
珪藻のゲノム解析支援:Nitzschia sp.PL1-4株のゲノムアセンブリ

望月孝子, 坂本美佳, 谷澤靖洋, 矢倉勝, 中山卓郎, 谷藤吾朗, 神川龍馬, 中村保一

日本植物生理学会年会(Web) 62nd 2021年
ユーストマの全ゲノム解読とDNAマーカー開発

川勝恭子, 豊田敦, 永野惇, 川勝泰二, 中野善公, 今村仁, 福田直子, 久松完, 山口博康, 望月孝子, 谷澤靖洋, 坂本美佳, 中村保一

育種学研究 23 2021年

書籍等出版物

独習Pythonバイオ情報解析 : Jupyter、NumPy、pandas、Matplotlibを理解し、実装して学ぶシングルセル、RNA-Seqデータ解析

先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム (担当:分担執筆, 範囲:第6章、第7章)

羊土社 2021年3月 (ISBN: 9784758122498)

講演・口頭発表等

ゲノム情報の整備レベルから考える非モデル生物のデータ解析

坂本美佳, 谷澤靖洋, 望月孝子, 中村保一

ROIS-DS-JOINT共同研究集会「昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データベース利用」 2022年9月2日
Cats-I:アメリカンショートヘア種ネコゲノムAnAms1.0アノテーションデータベース

坂本美佳, 松本悠貴, 磯部祥子, Claire Chung, Ting-Fung Chan, 平川英樹, 石原玄基, Hon-Ming Lam, 中山しのぶ, 笹本茂美, 谷澤靖洋, 渡辺安希子, 渡部桂, 矢倉勝, 中村保一

第 44 回日本分子生物学会年会 2021年12月1日
長めの配列をAlphaFold2に入れてみた

坂本美佳

第4回植物インフォマティクス研究会年会 2021年10月4日
Genome Analysis of Eukaryotes ~ Gene structural annotation and functional annotation~

Mika Sakamoto

Vietnam-Japan Bilateral Workshop on Bioinformatics and Bioresources 2021年8月25日招待有り
Genome Analysis of Eukaryotes: Chromosome-level assembly of domestic cat genome

Mika Sakamoto

Indonesia-Japan Bilateral Workshop on Bioinformatics and Bioresources 2020年10月22日招待有り
データサイエンティスト養成セッション：実践的次世代シークエンス解析「真核生物ゲノム解析」

坂本美佳

第9回生命医薬情報学連合大会 2020年9月2日招待有り
チャノコカクモンハマキddRAD-seq解析支援

坂本美佳, 矢倉勝, 谷澤靖洋, 嶋倉直也, 仲井まどか, 中村保一

「先進ゲノム支援」拡大班会議 2019年12月16日
表形式ファイルの処理（Pandas）、RNA-seqデータの補正

2019年度第1回PAGS・DDBJ・DBCLS合同情報解析講習会 2019年10月10日招待有り
珪藻のゲノム解析支援：ゲノムアセンブリからデータベース公開まで

坂本美佳, 望月孝子, 谷澤靖洋, 矢倉勝, 谷藤吾朗, 神川龍馬, 中村保一

第2回植物インフォマティクス研究会 2019年9月2日
珪藻のゲノム解析支援：ゲノムアセンブリからデータベース公開まで

坂本美佳, 望月孝子, 谷澤靖洋, 矢倉勝, 谷藤吾朗, 神川龍馬, 中村保一

「先進ゲノム支援」班員会議 2019年8月27日
大規模変異データベース利用によるヒト集団に特異的なSNVの探索とタンパク質立体構造に対する影響推定

坂本美佳, 由良敬

2017年度生命科学系合同年次大会 2017年
Sirt1阻害剤（候補）の探索

坂本美佳, 樋口明子, 三浦信明, 由良敬(TorIs

特定非営利活動法人並列生物情報処理イニシアティブ主催 2017年第4回IT創薬コンテスト「コンピューターで薬のタネを創る4」 2017年
Sirt1阻害剤（候補）の探索

坂本美佳, 樋口明子, 三浦信明, 由良敬(TorIs

CBI学会2016年大会フォーカストセッション「特定非営利活動法人並列生物情報処理イニシアティブ主催第3回IT創薬コンテストコンピューターで薬のタネを創る3」 2016年招待有り
緑藻植物門リン脂質：ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼのホモロジーモデリングにもとづく機能発現機構の予測

坂本美佳, 二河成男, 由良敬

第38回日本分子生物学会年会 2015年
受動喫煙ラット椎間板変性モデルおよびプロスタグランジン投与効果のトランスクリプトーム解析

第34回日本分子生物学会年会 2011年
受動喫煙ラット肺のトランスクリプトーム解析

第70回日本癌学会学術総会 2011年

担当経験のある科目(授業)

2022年12月 - 2022年12月

2022年度 PAGS・DDBJ合同中級者情報解析講習会「表形式ファイルの処理（Pandas）」 (国立遺伝学研究所)
2022年10月

2022年度 PAGS・DDBJ合同初級者情報解析講習会「解析環境の構築」 (国立遺伝学研究所)
2019年10月

2019年度第1回PAGS・DDBJ・DBCLS合同情報解析講習会（表形式ファイルの処理（Pandas）、RNA-seqデータの補正） (先進ゲノム支援(PAGS))

所属学協会

Works(作品等)

DockerとRでMariaDBを使う

坂本美佳

2021年12月 - 現在教材
Rで表形式データを扱ってみる

坂本美佳

2021年12月 - 現在教材

共同研究・競争的資金等の研究課題

生涯学習開発財団博士号取得支援事業

坂本美佳

基本情報

研究分野

経歴

学歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

メニュー

共著者の一覧