黒田正孝 (Masataka Kuroda) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター研究調整専門員

研究者番号: 40893863
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-3260-9630
J-GLOBAL ID: 202101003153524443
researchmap会員ID: R000027817

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研究分野

経歴

2019年4月 - 現在

国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, AI健康･医薬研究センター (研究調整専門員)
2007年10月 - 2019年3月

田辺三菱製薬株式会社 (研究者)
1999年10月 - 2007年9月

田辺製薬株式会社 (研究者)
1997年7月 - 1999年9月

株式会社生物分子工学研究所 (研究者)
1996年4月 - 1997年6月

田辺製薬株式会社 (研究者)

学歴

1991年4月 - 1995年9月

京都大学, 薬学研究科博士課程
1989年4月 - 1991年3月

京都大学, 薬学研究科修士課程
1985年4月 - 1989年3月

京都大学, 薬学部

論文

Improving ADME Prediction with Multitask Graph Neural Networks and Assessing Explainability in Lead Optimization

Shoma Ito, Takuto Koyama, Shigeyuki Matsumoto, Ryosuke Kojima, Yuji Okamoto, Masataka Kuroda, Hitoshi Kawashima, Reiko Watanabe, Tomoki Yonezawa, Takaaki Sumiyoshi …

Journal of Chemical Information and Modeling 65(21) 11796-11803 2025年10月22日査読有り
Monoclonal antibodies against jellyfish collagen

Keiko Momma, Takeyuki Shimizu, Takahiro Hayashi, Yuki Hirakawa, Masataka Kuroda, Masayuki Oda

Journal of Biomaterials Applications 2024年11月22日
Construction of a Tm-value prediction model and molecular dynamics study of AmNA-containing gapmer antisense oligonucleotide

Masataka Kuroda, Yuuya Kasahara, Masako Hirose, Harumi Yamaguma, Masayuki Oda, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi

Molecular Therapy - Nucleic Acids 35(3) 102272-102272 2024年9月筆頭著者
Lantern-type G-quadruplex fluorescent sensors for detecting divalent metal ions

Tomoko Wariishi, Yuka Kataoka, Tomoaki Nakamura, Yuuya Kasahara, Masataka Kuroda, Satoshi Obika, Masayasu Kuwahara

Analytical Biochemistry 690 115525-115525 2024年7月
Idiopathic pulmonary fibrosis-specific Bayesian network integrating extracellular vesicle proteome and clinical information

Mei Tomoto, Yohei Mineharu, Noriaki Sato, Yoshinori Tamada, Mari Nogami-Itoh, Masataka Kuroda, Jun Adachi, Yoshito Takeda, Kenji Mizuguchi, Atsushi Kumanogoh …

Scientific Reports 14(1) 2024年1月15日
Data-driven processing of electronic medical record (EMR) and serum exosome proteomics data of idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) patients identified pathological networks and its regulatory molecules

Mari Nogami-Itoh, Masataka Kuroda, Yoshito Takeda, Yuya Shirai, Takatoshi Enomoto, Jun Adachi, Sadao Kurohashi, Eiji Aramaki, Toshihiro Takeda, Yasushi Matsumura …

Idiopathic interstitial pneumonias 2023年9月9日
DruMAP: A Novel Drug Metabolism and Pharmacokinetics Analysis Platform

Hitoshi Kawashima, Reiko Watanabe, Tsuyoshi Esaki, Masataka Kuroda, Chioko Nagao, Yayoi Natsume-Kitatani, Rikiya Ohashi, Hiroshi Komura, Kenji Mizuguchi

Journal of Medicinal Chemistry 66(14) 9697-9709 2023年7月14日
Role of Cys residues of C-terminal SH2 domain of phosphoinositide 3-kinase in its conformational stability and CD28-binding ability

Momoka Iiyama, Yoshiji Hantani, Rene H. Wink, Masataka Kuroda, Masayuki Oda

Chemical Thermodynamics and Thermal Analysis 8 100080-100080 2022年12月
Structural dynamics of the N‐terminal SH2 domain of PI3K in its free and CD28‐bound states

Yuhi Hosoe, Yohei Miyanoiri, Suyong Re, Saki Ochi, Yuya Asahina, Toru Kawakami, Masataka Kuroda, Kenji Mizuguchi, Masayuki Oda

The FEBS Journal 290(9) 2366-2378 2022年11月4日
Utilizing public and private sector data to build better machine learning models for the prediction of pharmacokinetic parameters

Masataka Kuroda, Reiko Watanabe, Tsuyoshi Esaki, Hitoshi Kawashima, Rikiya Ohashi, Tomohiro Sato, Teruki Honma, Hiroshi Komura, Kenji Mizuguchi

Drug Discovery Today 27(11) 103339-103339 2022年11月筆頭著者責任著者
Data-driven patient stratification and drug target discovery by using medical information and serum proteome data of idiopathic pulmonary fibrosis patients

Yayoi Natsume-Kitatani, Mari N Itoh, Yoshito Takeda, Masataka Kuroda, Haruhiko Hirata, Kohtaro Miyake, Takayuki Shiroyama, Yuya Shirai, Yoshimi Noda, Yuichi Adachi …

Research Square 2022年3月29日
Structure–Activity Relationships of Anti-microRNA Oligonucleotides Containing Cationic Guanidine-Modified Nucleic Acids

Tomo Takegawa-Araki, Shinji Kumagai, Kai Yasukawa, Masataka Kuroda, Takashi Sasaki, Satoshi Obika

Journal of Medicinal Chemistry 65(3) 2139-2148 2022年1月27日
A public–private partnership to enrich the development of in silico predictive models for pharmacokinetic and cardiotoxic properties

Hiroshi Komura, Reiko Watanabe, Hitoshi Kawashima, Rikiya Ohashi, Masataka Kuroda, Tomohiro Sato, Teruki Honma, Kenji Mizuguchi

Drug Discovery Today 26(5) 1275-1283 2021年5月
Molecular interactions of the CTLA-4 cytoplasmic region with the phosphoinositide 3-kinase SH2 domains

Momoka Iiyama, Nobutaka Numoto, Shuhei Ogawa, Masataka Kuroda, Hisayuki Morii, Ryo Abe, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

Molecular Immunology 131 51-59 2021年3月
Development of an In Silico Prediction Model for P-glycoprotein Efflux Potential in Brain Capillary Endothelial Cells toward the Prediction of Brain Penetration

Reiko Watanabe, Tsuyoshi Esaki, Rikiya Ohashi, Masataka Kuroda, Hitoshi Kawashima, Hiroshi Komura, Yayoi Natsume-Kitatani, Kenji Mizuguchi

Journal of Medicinal Chemistry 64(5) 2725-2738 2021年2月23日
Discovery of evocalcet, a next-generation calcium-sensing receptor agonist for the treatment of hyperparathyroidism

Hiroshi Miyazaki, Yousuke Ikeda, Osamu Sakurai, Tsutomu Miyake, Rie Tsubota, Jyunko Okabe, Masataka Kuroda, Yutaka Hisada, Tetsuya Yanagida, Hikaru Yoneda …

Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 28(11) 2055-2060 2018年6月
A novel descriptor based on atom-pair properties

Masataka Kuroda

Journal of Cheminformatics 9(1) 2017年1月5日筆頭著者最終著者責任著者
Molecular dynamics simulations of inclusion complexation of glycyrrhizic acid and cyclodextrins (1:1) in water

Masayuki Oda, Masataka Kuroda

Journal of Inclusion Phenomena and Macrocyclic Chemistry 85(3-4) 271-279 2016年5月25日
A role for the P1 anchor residue in the thermal stability of MHC class II molecule I-Ab

Toranosuke Tobita, Masayuki Oda, Hisayuki Morii, Masataka Kuroda, Atsuko Yoshino, Takachika Azuma, Haruo Kozono

Immunology Letters 85(1) 47-52 2003年1月
Calibration of force‐field dependency in free energy landscapes of peptide conformations by quantum chemical calculations

Satoshi Ono, Masataka Kuroda, Junichi Higo, Nobuyuki Nakajima, Haruki Nakamura

Journal of Computational Chemistry 23(4) 470-476 2002年1月24日

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MISC

「新薬創出を加速する人工知能の開発」 IPF患者臨床データから創薬標的への知識処理

伊藤眞里, 武田吉人, 黒田正孝, 荒牧英治, 黒橋禎夫, 武田理宏, 梁川雅弘, 富山憲幸, 松村泰志, 足立淳 …

日本呼吸器学会誌 12(増刊) 293-293 2023年3月
「新薬創出を加速する人工知能の開発」特発性肺線維症臨床情報収集と創薬標的探索手法の構築

伊藤眞里, 黒田正孝, 夏目やよい, 武田吉人, 武田理宏, 松村泰志, 黒橋禎夫, 荒牧英治, 北村英也, 小倉高志 …

医療情報学連合大会論文集 42回 1067-1069 2022年11月
臨床データの匿名加工情報作成に向けた検討新薬創出を加速する人工知能の開発におけるデータ利用促進に向けて

黒田正孝, 伊藤眞里, 夏目やよい, 鎌田英世, 深川明子, 武田吉人, 武田理宏, 松村泰志, 北村英也, 丹羽崇 …

医療情報学連合大会論文集 42回 1070-1072 2022年11月
PRISM成果利用システム「峰」の構築新薬創出を加速する人工知能の開発

樋口千洋, 黒田正孝, 伊藤眞里, 長尾知生子, 浜本隆二, 黒橋禎夫, 高村大也, 奥野恭史, 山西芳裕, 水口賢司 …

医療情報学連合大会論文集 42回 1064-1066 2022年11月
化学構造情報を用いた薬物動態パラメータ評価のためのインシリコ予測モデルの開発

渡邉怜子, 大橋力也, 黒田正孝, 小村弘, 川島和, 江崎剛史, 夏目やよい[北谷], 水口賢司

The Journal of Toxicological Sciences 46(Suppl.) S165-S166 2021年7月
新薬創出を加速する人工知能(AI)の開発大阪大学IPFコホートデータ収集と知識処理

伊藤眞里, 夏目やよい, 黒田正孝, 松村泰志, 武田吉人, 熊ノ郷淳, 水口賢司

日本呼吸器学会誌 10(増刊) 184-184 2021年4月

担当経験のある科目(授業)

- 現在

分子構造学特論 (東京医科歯科大学)
- 現在

生命反応化学特論 (京都府立大学)

黒田正孝

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担当経験のある科目(授業)

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