山村雅幸 (MASAYUKI YAMAMURA) - マイポータル

基本情報

所属: 東京科学大学情報理工学院教授 (情報工学系主任)

学位: 工学博士(東京工業大学)

研究者番号: 00220442
J-GLOBAL ID: 200901055793567607
researchmap会員ID: 1000222078

研究分野

情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /

経歴

2026年4月 - 現在

東日本国際大学, 経済経営学部, 教授
2024年10月 - 2026年3月

東京科学大学, 情報理工学院, 教授
2006年12月 - 2026年3月

特定国立研究開発法人理化学研究所, 横浜研究所, 客員主幹研究員
2016年4月 - 2024年9月

東京工業大学, 情報理工学院, 教授
2004年1月 - 2016年3月

東京工業大学, 大学院総合理工学研究科, 教授
2009年4月 - 2012年3月

東京医科歯科大学, 大学院疾患生命科学研究部・生命情報科学教育部, 客員教授
2003年4月 - 2009年3月

東京医科歯科大学, 大学院疾患生命科学研究部・生命情報科学教育部, 客員助教授
2003年9月 - 2005年3月

特定国立研究開発法人理化学研究所, 播磨研究所, 客員研究員
1996年5月 - 2003年12月

東京工業大学, 大学院総合理工学研究科, 助教授
2000年1月 - 2000年7月

ニューヨーク州立大学, ビンガムトン校, 客員准教授
1989年4月 - 1996年4月

東京工業大学, 大学院総合理工学研究科, 助手

学歴

1985年4月 - 1989年3月

東京工業大学, 大学院総合理工学研究科, システム科学専攻
1983年4月 - 1985年3月

東京工業大学, 総合理工学研究科, システム科学専攻
1979年4月 - 1983年3月

東京工業大学, 工学部, 制御工学科

委員歴

1995年 - 1997年

人工知能学会, 会誌編集委員・論文委員、分子生命情報研究会委員、全国大会プログラム委員
1996年

ソフトウエア科学会, 企画委員
1995年

計測自動制御学会, 部会運営委員

受賞

2001年

人工知能学会2001年度全国大会優秀論文
1996年

IIZUKA'96優秀論文(Best Paper Award at IIZUKA96)
1995年

人工知能学会1995年度全国大会優秀論文
1994年

人工知能学会1994年度論文賞
1994年

人工知能学会1994年度全国大会優秀論文

論文

The role of bacteria in wastewater treatment and the impact of treated wastewater on riverine bacterial ecosystems

Akifumi Nishida, Mayuko Nakagawa, Masayuki Yamamura

PLOS One 21(4) e0346342-e0346342 2026年4月15日
Hierarchical Graph Learning with Cross-Layer Information Propagation for Next Point of Interest Recommendation

Qiuhan Han, Atsushi Yoshikawa, Masayuki Yamamura

Applied Sciences 15(9) 4979 2025年4月30日査読有り
Genetic Algorithm-based Reproduction of Certainty Effect: From the perspective of survival environments

Jiateng Pan, Atsushi Yoshikawa, Masayuki Yamamura

2022 4th International Conference on Communications, Information System and Computer Engineering (CISCE) 2022年5月27日査読有り
A New Model for Bias-Generating Agent-Based Simulation and Its Application to Election Systems: Allowing Agents to Make Mistakes for a Reason

Jiateng Pan, Atsushi Yoshikawa, Masayuki Yamamura

Mathematical Problems in Engineering Volume 2022 1-12 2022年4月13日査読有り
Alternative state transition control by regulating the spatial arrangement of organisms using a lattice model

Shuuki Takizawa, Akifumi Nishida, Masayuki Yamamura

Ecosphere 13(3) 2022年3月
Determinism of microbial community assembly by drastic environmental change

Akifumi Nishida, Mayuko Nakagawa, Masayuki Yamamura

PLOS ONE 16(12) e0260591-e0260591 2021年12月2日
Overfitting-based Bias-generating Neural-network : Simulation of Pavlov’s Dog

Jiateng Pan, Atsushi Yoshikawa, Masayuki Yamamura

2021 International Symposium on Artificial Intelligence and its Application on Media (ISAIAM) 78-81 2021年5月査読有り
Analysis of the Causes and Solutions of Apartheid Based on Schelling Model with Welfare Policy

Jiateng Pan, Atsushi Yoshikawa, Masayuki Yamamura

IOP Conference Series: Earth and Environmental Science 608(1) 012018-012018 2020年12月1日査読有り
Tensegrity representation of microtubule objects using unified particle objects and springs

Pramudwiatmoko Arif, Gutmann Gregory, Ueno Yutaka, Kakugo Akira, Yamamura Masayuki, Konagaya Akihiko

ＣＢＩジャーナル 20 19-43 2020年
Enhancement of Binding Affinity of Folate to Its Receptor by Peptide Conjugation.

Roopa Dharmatti, Hideyuki Miyatake, Avanashiappan Nandakumar, Motoki Ueda, Kenya Kobayashi, Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura, Yoshihiro Ito

International journal of molecular sciences 20(9) 2019年4月30日査読有り
Comparison between Effects of Retroactivity and Resource Competition upon Change in Downstream Reporter Genes of Synthetic Genetic Circuits.

Takefumi Moriya, Tomohiro Yamaoka, Yuki Wakayama, Shotaro Ayukawa, Zicong Zhang, Masayuki Yamamura, Shinji Wakao, Daisuke Kiga

Life (Basel, Switzerland) 9(1) 2019年3月26日査読有り
A Highly Bioactive Lys-Deficient IFN Leads to a Site-Specific Di-PEGylated IFN with Equivalent Bioactivity to That of Unmodified IFN-α2b.

Takashi Imada, Koji Moriya, Masahiko Uchiyama, Naoto Inukai, Mitsuhiro Hitotsuyanagi, Akiko Masuda, Takehiro Suzuki, Shotaro Ayukawa, Yo-Ichi Tagawa, Naoshi Dohmae …

ACS synthetic biology 7(11) 2537-2546 2018年11月16日査読有り
Escherichia coli expression, purification, and refolding of human folate receptor α (hFRα) and β (hFRβ).

Roopa Dharmatti, Hideyuki Miyatake, Chen Zhang, Xueli Ren, Akiko Yumoto, Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura, Yoshihiro Ito

Protein expression and purification 149 17-22 2018年9月査読有り
Effect of light wavelength on hot spring microbial mat biodiversity

Akifumi Nishida, Vera Thiel, Mayuko Nakagawa, Shotaro Ayukawa, Masayuki Yamamura

PLOS ONE 13(1) e0191650-e0191650 2018年1月30日査読有り
High-frequency noise attenuation of a two-component system responding to short-pulse input

Akifumi Nishida, Ryoji Sekine, Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura

ACM International Conference Proceeding Series 28-35 2016年12月19日査読有り
Cascading DNA Generation Reaction for Controlling DNA Nanomachines at a Physiological Temperature

Ken Komiya, Masayuki Yamamura

NEW GENERATION COMPUTING 33(3) 213-+ 2015年7月査読有り
In vitro selection of a photoresponsive peptide aptamer to glutathione-immobilized microbeads

Seiichi Tada, Qingmin Zang, Wei Wang, Masuki Kawamoto, Mingzhe Liu, Michiru Iwashita, Takanori Uzawa, Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura, Yoshihiro Ito

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 119(2) 137-139 2015年2月査読有り
Two site genetic incorporation of varying length polyethylene glycol into the backbone of one peptide

Qingmin Zang, Seiichi Tada, Takanori Uzawa, Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura, Yoshihiro Ito

CHEMICAL COMMUNICATIONS 51(76) 14385-14388 2015年査読有り
Effects of downstream genes on synthetic genetic circuits

Takefumi Moriya, Masayuki Yamamura, Daisuke Kiga

BMC SYSTEMS BIOLOGY 8 2014年12月査読有り
General Applicability of Synthetic Gene-Overexpression for Cell-Type Ratio Control via Reprogramming

Kana Ishimatsu, Takashi Hata, Atsushi Mochizuki, Ryoji Sekine, Masayuki Yamamura, Daisuke Kiga

ACS SYNTHETIC BIOLOGY 3(9) 638-644 2014年9月査読有り

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MISC

196

人の集まりからソーシャルへの影響-選挙の例から

PAN Jiateng, 吉川厚, 山村雅幸

情報処理学会全国大会講演論文集 86th(2) 2024年
1S4p05 思いやりのある大腸菌(iGEMを通した合成生物学研究者の育成,ワークショップ)

Hirose Shoya, Motazedian Ali, Uchikoshi Eriko, Kaneko Misaki, Odera Mitsuhiko, Kitano Shohei, Nakamura Taichi, Thamamongood Thiprampai, Matsubara Toshitaka, Kinoshita Yumiko …

日本生物工学会大会講演要旨集 63 17-17 2011年
自律DNA分子計算 : in vitro インテリジェンスの構築

小宮健, ローズジョン A., 山村雅幸

計測自動制御学会論文集 = Transactions of the Society of Instrument and Control Engineers 46(11) 700-705 2010年11月30日
Experimental validation and optimization of signal dependent operation in whiplash PCR

Ken Komiya, Masayuki Yamamura, John A. Rose

NATURAL COMPUTING 9(1) 207-218 2010年3月
Experimental Validation and Optimization of Signal Dependent Operation in Whiplash PCR

Ken Komiya, Masayuki Yamamura, John A. Rose

Natural Computing 9(1) 207-218 2010年
ウェット実験に基づく人工遺伝子回路の設計と制御

関根亮二, 中谷元, 木賀大介, 山村雅幸

電子情報通信学会技術研究報告. CST, コンカレント工学 109(165) 19-24 2009年7月30日
タンパク質の新規サブドメインの提案--二次構造、モジュールを超える新たな構造単位の定義に向けて (ニューロコンピューティング)

佐々木彰吾, 山村雅幸

電子情報通信学会技術研究報告 109(53) 111-113 2009年5月25日
タンパク質の新規サブドメインの提案－二次構造、モジュールを超える新たな構造単位の定義に向けて－

佐々木彰吾, 山村雅幸

研究報告バイオ情報学（BIO） 2009(17) 1-3 2009年5月18日
A new modeling method in feature construction for the HSQC spectra screening problem

Hiromi Arai, Satoru Watanabe, Takanori Kigawa, Masayuki Yamamura

BIOINFORMATICS 25(7) 948-953 2009年4月
A design and feasibility study of reactions comprising DNA molecular machine that walks autonomously by using a restriction enzyme

Hiroyuki Sekiguchi, Ken Komiya, Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura

Natural Computing 7(3) 303-315 2008年9月
Synthetic biology

Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura

New Generation Computing 26(4) 347-364 2008年8月
Synthetic Biology, Tutorial on Programming Natural Systems: Part2. Programming Cells

Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura

New Generation Computing 26(4) 347-364 2008年
Spider Algorithm for Clustering Multivariate Time Series

Shohei KAMEDA, Masayuki YAMAMURA

WSEAS TRANSACTIONS on INFORMATION SCIENCE and APPLICATIONS 3(3) 485-492 2007年
Spider Algorithm for Clustering Multivariate Time Series

Shohei KAMEDA, Masayuki YAMAMURA

WSEAS TRANSACTIONS on INFORMATION SCIENCE and APPLICATIONS 3(3) 485-492 2007年
局所負荷に基づきエージェントのLoop-Free移動制約を適切に使い分けるAntNetの提案と評価

土居茂雄, 山村雅幸

電子情報通信学会論文誌和文A J90-A(5) 450-490 2007年
分子計算のための一点から開始される探索法

染谷博司, 山村雅幸, 坂本健作

人工知能学会論文誌 22(4) 405-415 2007年
分子メモリと分子機械の実現と利用法

山村雅幸

高分子 56(12) 986 2007年
データマイニング技術を用いた組換えタンパク質の発現量解析

吉良聡, 礒合敦, 山村雅幸

人工知能学会誌 21(1) 9-19 2006年
A design for cellular evolutionary computation by using bacteria

Kenichi Wakabayashi, Masayuki Yamamura

Natural Computing 4(3) 275-292 2005年9月
実数値GAによるタンパク質立体構造の2層比較

朴聖俊, 高田彰二, 山村雅幸

情報処理学会論文誌 46(3) 898-910 2005年3月15日

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書籍等出版物

Multitask Reinforcement Learning with Value Statistics

2003年
GA-based Generic Method for Protein Structure Comparison

2003 Congress on Evolutionary Computation (CEC 2003) 2003年
Exploiting Value Statistics for Similar Continuing Tasks

12th IEEE Workshop Robot and Human Interactive Communication (RO-MAN 2003) 2003年
Two-layer Protein Structure Comparison

15th IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI 2003) 2003年
Asynchronous Real-coded Genetic Algorithms for Simultaneous Protein Structure-based Alignment

Proc. GECCO2003: Proceedings of the Bird of a Feather Workshops 2003年
Real-Coded Genetic Algorithm to Reveal Biological Significant Sites of Remotely Homologous Proteins

Proc. GECCO2003 2003年
Multitask Reinforcement Learning on the Distribution of MDPs

Proc. IEEE International Conference in Robotics and Automation (CIRA2003) 2003年
代謝経路に着目したタンパク群の進化系統解析

計測自動制御学会第30回知能システムシンポジウム資料 2003年
PAGEを利用したDNA分子メモリの実装

計測自動制御学会第30回知能システムシンポジウム資料 2003年
リンクの相対負荷とノードの結合度を考慮したフェロモン揮発法の提案

計測自動制御学会システム・情報部門学術講演会2003(SSI2003)講演論文集 2003年
Multitask Reinforcement Learning with Value Statistics

2003年
GA-based Generic Method for Protein Structure Comparison

2003 Congress on Evolutionary Computation (CEC 2003) 2003年
Exploiting Value Statistics for Similar Continuing Tasks

12th IEEE Workshop Robot and Human Interactive Communication (RO-MAN 2003) 2003年
Two-layer Protein Structure Comparison

15th IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI 2003) 2003年
Asynchronous Real-coded Genetic Algorithms for Simultaneous Protein Structure-based Alignment

Proc. GECCO2003: Proceedings of the Bird of a Feather Workshops 2003年
Real-Coded Genetic Algorithm to Reveal Biological Significant Sites of Remotely Homologous Proteins

Proc. GECCO2003 2003年
Multitask Reinforcement Learning on the Distribution of MDPs

Proc. IEEE International Conference in Robotics and Automation (CIRA2003) 2003年
力学モデルを用いた線虫C. elegansの初期胚における細胞配置シミュレーション

計測自動制御学会第30回知能システムシンポジウム資料 2003年
人工生命

北川高嗣他編, 情報学事典, 弘文堂 2002年
Aqueous Computing - Mathematical Principle of Molecular Memory and Biological Realization

Genetic Algorithms 4 2000年

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講演・口頭発表等

Experimental Validation of Signal Dependent Operation in Whiplash PCR

Fourteenth International Meeting on DNA Based Computers (DNA14) 2009年
Experimental Validation of Signal Dependent Operation in Whiplash PCR

Fourteenth International Meeting on DNA Based Computers (DNA14) 2009年
自律DNA分子計算 ‐ in vitro インテリジェンスの構築

システム・情報部門学術講演会 2009 (SSI2009) 2009年
A realization of DNA molecular machine that walks autonomously by using a restriction enzyme

Thirteenth International Meeting on DNA Based Computers (DNA13) 2008年
An Interface for a Computing Model Using Methylation to Allow Precise Population Control by Quantitative Monitoring

Thirteenth International Meeting on DNA Based Computers (DNA13) 2008年
A realization of DNA molecular machine that walks autonomously by using a restriction enzyme

Thirteenth International Meeting on DNA Based Computers (DNA13) 2008年
An Interface for a Computing Model Using Methylation to Allow Precise Population Control by Quantitative Monitoring

Thirteenth International Meeting on DNA Based Computers (DNA13) 2008年
細胞ウェアの理論的・システム科学的側面

2008年
An Implementation of Aqueous Memory Molecules with Light Responsive DNAs

2007 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC2007) 2007年
An Implementation of Aqueous Memory Molecules with Light Responsive DNAs

2007 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC2007) 2007年
Predicting protein disordered region from classified data

EABS&BSJ2006 (Fifth East Asian Biophysics Symposium & Forty-Fourth Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan) 2006年
リズム運動の強化学習における有効な状態構成法

第33回知能システムシンポジウム 2006年
Simplexスライディングモード制御における制御ベクトルの設計法

第33回知能システムシンポジウム 2006年
光結合DNAを用いたアクエアスメモリーの作成

第33回知能システムシンポジウム 2006年
NMR測定データのマイニングによるタンパク質不安定性予測

第33回知能システムシンポジウム 2006年
時系列クラスタリングのためのスパイダーアルゴリズム

バイオ情報学研究会 2006年
Predicting protein disordered region from classified data

EABS&BSJ2006 (Fifth East Asian Biophysics Symposium & Forty-Fourth Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan) 2006年
Congestion Detection and Clearing History of Trip Time in AntNet

IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC2005) 2005年
Predicting the Expression Levels of Recombinant Protein by using Reinforcement Learning

the 8th IASTED International Conference on Intelligence Systems and Control (ISC2005) 2005年
分子強化学習の実現に関する研究

第32回知能システムシンポジウム 2005年

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

元素特異的ナノスケールCTで迫る微生物と生息空間―ナノ空間地球微生物学の幕開け

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2020年7月 - 2023年3月

諸野祐樹, 山村雅幸, 浦本豪一郎, 谷川亘
生命の生存限界を探る：海底下高温高圧環境での活動的生命圏の限界と生き残り戦略

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2019年4月 - 2022年3月

諸野祐樹, 伊藤民武, 伊藤元雄, 井尻暁, 阪口昌彦, 星野辰彦, 山村雅幸, 若松泰介
ウェットＧＡ型高度並列進化計算による人工遺伝子回路および微生物ネットワークの設計

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2017年4月 - 2020年3月

山村雅幸
合成生物学的に実証可能な隣接細胞間通信系による多細胞アナログ／デジタル計算

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2015年4月 - 2018年3月

山村雅幸, 鈴木泰博, 野村慎一郎, 伊藤浩史, 関根亮二
ウエットＧＡの生物学実験データの分析に基づく高度並列型進化計算の実現

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2014年4月 - 2018年3月

山村雅幸, 坂本健作, 染谷博司, 小宮健
オルガネラ計算

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2013年4月 - 2016年3月

山村雅幸, 鈴木泰博
数理モデルを用いた動的な人工遺伝子回路の設計と解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2016年3月

山村雅幸, 小長谷明彦, 鈴木泰博, 小林徹也, 望月敦史, 高安美佐子, 小野功, 伊藤浩史, 関根亮二
合成生物学の技術基盤構築

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2016年3月

岡本正宏, 花井泰三, 田川陽一, 柘植謙爾, 木賀大介, ロンデレーズヤニック, 陶山明, 山村雅幸, 伊庭斉志
ウェットＧＡの分子実現に基づく高度並列型進化計算理論の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2011年4月 - 2014年3月

山村雅幸, 坂本健作, 染谷博司, 小宮健
糖鎖計算～第三の生命鎖の潜在能力

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2011年 - 2012年

山村雅幸, 鈴木泰博
分子プログラミング

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2002年 - 2007年

萩谷昌己, 有川節夫, 小林重信, 米澤明憲, 佐藤雅彦, 小長谷明彦, 塩谷光彦, 陶山明, 横森貴, 山村雅幸, 小野治, 都甲潔
計算機科学における離散と連続に関する調査と新しい展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2006年 - 2006年

山下雅史, 萩谷昌巳, 上田和紀, 渡辺治, 山村雅幸, 増澤利光
光結合性DNAとマイクロリアクタによる大規模高速アクエアスコンピューティング

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2005年 - 2006年

山村雅幸, 清尾康志, 藤井輝夫, 藤本健造
ナチュラルコンピューティングの分子実現とその設計論

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2002年 - 2006年

山村雅幸, 樺島祥介, 木賀大介, 伏見譲, 春木満, 染谷博司, 新田克巳, 太田元規, 喜多一, 井上真郷, 坂本健作
アクエアスコンピューティングのドロップレット実装と分子強化学習への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2002年 - 2004年

山村雅幸, 藤井輝夫, 山本貴富喜
アクエリアスコンピューティングにおける大容量分子生物学的実装と応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2000年 - 2001年

山村雅幸
知識を持った強化学習の実現と解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 1998年 - 1999年

山村雅幸
進化的探索の理論

日本学術振興会科学研究費助成事業重点領域研究 1995年 - 1997年

小林重信, 椹木哲夫, 寺野隆雄, 玉置久, 小圷成一, 筒井茂義, 片井修, 出口弘, 山村雅幸
不確実かつ報酬に遅れのある環境下での強化学習

日本学術振興会科学研究費助成事業一般研究(C) 1994年 - 1994年

山村雅幸, 小林重信
遺伝的進化に基づく発見的探索と機械学習

日本学術振興会科学研究費助成事業一般研究(B) 1993年 - 1994年

小林重信, 山村雅幸

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山村雅幸

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受賞

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