山中優 (Masaru Yamanaka) - マイポータル

基本情報

所属: 奈良先端科学技術大学院大学研究推進機構　産官学連携推進部門特命准教授・URA（チーフ）

学位: 博士（農学）(広島大学)

研究者番号: 60632825
J-GLOBAL ID: 201801020887226457
researchmap会員ID: B000334839

外部リンク: http://mswebs.naist.jp/LABs/hirota/ymnk/index.html

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研究分野

経歴

2024年11月 - 現在

奈良先端科学技術大学院大学, 研究推進機構産官学連携推進部門, 特命准教授・URA（チーフ）
2021年5月 - 2024年10月

奈良先端科学技術大学院大学, 研究推進機構産官学連携推進部門, URA（スタッフ）
2018年4月 - 2021年4月

奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科物質創成科学領域, 助教
2012年5月 - 2018年3月

奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 助教
2012年3月 - 2012年4月

奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 特任助教
2010年10月 - 2012年2月

自然科学研究機構, 岡崎統合バイオサイエンスセンター, 博士研究員
2010年4月 - 2010年9月

広島大学大学院, 生物圏科学研究科, 博士研究員

学歴

2007年4月 - 2010年3月

広島大学大学院, 生物圏科学研究科, 博士課程後期
2005年4月 - 2007年3月

広島大学大学院, 生物圏科学研究科, 博士課程前期
2001年4月 - 2005年3月

広島大学, 生物生産学部, 生物生産学科

論文

Construction of ligand-binding controlled hemoprotein assemblies utilizing 3D domain swapping.

Tsuyoshi Mashima, Masaru Yamanaka, Atsuki Yoshida, Naoya Kobayashi, Yui Kanaoka, Takayuki Uchihashi, Shun Hirota

Chemical communications (Cambridge, England) 60(70) 9440-9443 2024年8月27日
Anion effects on the structure and stability of 3D domain-swapped cytochrome c dimer

Kodai Fujiwara, Michiko Ryuzaki, Masaru Yamanaka, Tsuyoshi Mashima, Tomonori Saotome, Shun-ichi Kidokoro, Shun Hirota

Chemistry Letters 2024年8月2日
Resonance Raman Studies on Heme Ligand Stretching Modes in Methionine80-Depleted Cytochrome c: Fe–His, Fe–O₂, and O–O Stretching Modes

Mohan Zhang, Hulin Tai, Sachiko Yanagisawa, Masaru Yamanaka, Takashi Ogura, Shun Hirota

The Journal of Physical Chemistry B 127(11) 2441-2449 2023年3月15日
Structural region essential for amyloid fibril formation in cytochrome c elucidated by optical trapping.

Shun Hirota, Chun-Liang Chiu, Chieh-Ju Chang, Pei-Hua Lo, Tien Chen, Hongxu Yang, Masaru Yamanaka, Tsuyoshi Mashima, Cheng Xie, Hiroshi Masuhara …

Chemical Communications 58(92) 12839-12842 2022年11月17日査読有り
Construction of ferritin hydrogels utilizing subunit–subunit interactions

Masaru Yamanaka, Tsuyoshi Mashima, Michio Ogihara, Mei Okamoto, Takayuki Uchihashi, Shun Hirota

PLOS ONE 16(11) e0259052-e0259052 2021年11月3日
Thermal stability tuning without affecting gas-binding function of Thermochromatium tepidum cytochrome c'.

Sotaro Fujii, Satoru Kobayashi, Taisuke Yoshimi, Yuji Kobayashi, Satoshi Wakai, Masaru Yamanaka, Yoshihiro Sambongi

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 85(8) 1846-1852 2021年7月23日
Thermal destabilization mechanism of cytochrome c' from psychrophilic Shewanella violacea.

Riku Sakaguchi, So Fujiyoshi, Satoshi Wakai, Masaru Yamanaka, Yoshihiro Sambongi

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 85(5) 1121-1127 2021年4月24日
Experimental and theoretical study on converting myoglobin into a stable domain-swapped dimer by utilizing a tight hydrogen bond network at the hinge region

Cheng Xie, Hiromitsu Shimoyama, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Hirofumi Komori, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Yasuteru Shigeta, Shun Hirota

RSC Advances 11(59) 37604-37611 2021年
3D Domain Swapping of Azurin from Alcaligenes xylosoxidans

Robby Noor Cahyono, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota

Metallomics 12(3) 337-345 2020年3月査読有り
Protein Surface Charge Effect on 3D Domain Swapping in Cells for c-Type Cytochromes

Yang Hongxu, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Kazuma Yasuhara, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota

Biochim Biophys Acta Proteins Proteom 1867(11) 2019年11月査読有り
Domain-Swapping Design by Polyproline Rod Insertion

Shota Shiga, Masaru Yamanaka, Wataru Fujiwara, Shun Hirota, Shuichiro Goda, Koki Makabe

Chembiochem 2019年5月15日査読有り
Conferment of CO-controlled Dimer–Monomer Transition Property to Thermostable Cytochrome c' by Mutation in the Subunit–Subunit Interface

Masaru Yamanaka, Ryoko Nakayama, Sotaro Fujii, Satoshi Wakai, Yoshihiro Sambongi, Shun Hirota

Bulletin of the Chemical Society of Japan 92 702-709 2019年査読有り筆頭著者
Oxidative modification of methionine80 in cytochrome c by reaction with peroxides

Ari Dwi Nugraheni, Chunguang Ren, Yorifumi Matsumoto, Satoshi Nagao, Masaru Yamanaka, Shun Hirota

Journal of Inorganic Biochemistry 182 200-207 2018年5月査読有り
Construction of a Triangle-Shaped Trimer and a Tetrahedron Using an α-Helix-Inserted Circular Permutant of Cytochrome c 555

Akiya Oda, Satoshi Nagao, Masaru Yamanaka, Ikki Ueda, Hiroki Watanabe, Takayuki Uchihashi, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota

Chemistry - An Asian Journal 13(8) 964-967 2018年4月16日査読有り
Front Cover: Construction of a Triangle-Shaped Trimer and a Tetrahedron Using an α-Helix-Inserted Circular Permutant of Cytochrome c 555 (Chem. Asian J. 10/2018)

Akiya Oda, Satoshi Nagao, Masaru Yamanaka, Ikki Ueda, Hiroki Watanabe, Takayuki Uchihashi, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota

Chemistry - An Asian Journal 13(10) 1229 2018年4月査読有り
Stabilization of mesophilic Allochromatium vinosum cytochrome c′ through specific mutations modeled by a thermophilic homologue

Daisuke Yamane-Koshizawa, Sotaro Fujii, Takahiro Maruno, Yuji Kobayashi, Masaru Yamanaka, Satoshi Wakai, Yoshihiro Sambongi

Bioscience, Biotechnology and Biochemistry 82(2) 304-311 2018年査読有り
タンパク質ドメインスワッピングの構造・機構解析 (特集社会生活に密接にかかわる生体高分子・機能性高分子と分析化学)

廣田俊, 長尾聡, 山中優

ぶんせき 2017(10) 464-467 2017年10月
Rational Design of Domain-Swapping-Based c-Type Cytochrome Heterodimers by Using Chimeric Proteins

Mohan Zhang, Tsukasa Nakanishi, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Sachiko Yanagisawa, Yasuhito Shomura, Naoki Shibata, Takashi Ogura, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota

CHEMBIOCHEM 18(17) 1712-1715 2017年9月査読有り
Structural and functional insights into thermally stable cytochrome c' from a thermophile

Sotaro Fujii, Hiroya Oki, Kazuki Kawahara, Daisuke Yamane, Masaru Yamanaka, Takahiro Maruno, Yuji Kobayashi, Misa Masanari, Satoshi Wakai, Hirofumi Nishihara …

PROTEIN SCIENCE 26(4) 737-748 2017年4月査読有り
Formation and carbon monoxide-dependent dissociation of Allochromatium vinosum cytochrome c ' oligomers using domain-swapped dimers

Masaru Yamanaka, Makoto Hoshizumi, Satoshi Nagao, Ryoko Nakayama, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota

PROTEIN SCIENCE 26(3) 464-474 2017年3月査読有り

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MISC

円順列変異とαヘリックス挿入を用いた3ユニット環状ヘムタンパク質の構築と構造解析

藤原綱大, 真島剛史, 小林直也, 山中優, 米澤健人, 上久保裕生, 内橋貴之, 廣田俊

日本蛋白質科学会年会(Web) 23rd (CD-ROM) 2023年
αヘリックスで連結した3ユニット環状ヘムタンパク質の溶液構造の評価

藤原綱大, 大西遥喜, 真島剛史, 小林直也, 山中優, 米澤健人, 上久保裕生, 内橋貴之, 廣田俊

日本化学会春季年会講演予稿集(Web) 102nd 2022年
αヘリックスで連結した3ユニット環状ヘムタンパク質の構築と構造解析

藤原綱大, 大西遥喜, 真島剛史, 小林直也, 山中優, 米澤健人, 上久保裕生, 内橋貴之, 廣田俊

生体分子科学討論会講演要旨集 48th 2022年
センサータンパク質を駆動系として組み込んだビルディングブロックタンパク質の二量体の性質と挙動

山中優, 内橋貴之, 廣田俊

日本化学会春季年会講演予稿集(Web) 101st 2021年
Formation and carbon monoxide-dependent dissociation of Allochromatium vinosum cytochrome c' oligomers using domain-swapped dimers

Yamanaka Masaru, Hoshizumi Makoto, Nagao Satoshi, Nakayama Ryoko, Shibata Naoki, Higuchi Yoshiki, Hirota Shun

2017年2月14日
Structure and function of heme-responsive transcriptional regulator HrtR

S. Aono, H. Sawai, M. Yamanaka, H. Sugimoto, Y. Shiro

FEBS JOURNAL 282 73-74 2015年7月
Change in structure and ligand binding properties of hyperstable cytochrome c555 from Aquifex aeolicus by domain swapping

Yamanaka Masaru, Nagao Satoshi, Komori Hirofumi, Higuchi Yoshiki, Hirota Shun

2015年3月1日
TRANSCRIPTIONAL REGULATION OF HEME HOMEOSTASIS IN LACTOCOCCUS LACTIS

Shigetoshi Aono, Hitomi Sawai, Masaru Yamanaka, Hiroshi Sugimoto, Yoshitsugu Shiro

AMERICAN JOURNAL OF HEMATOLOGY 88(5) E21-E22 2013年5月

講演・口頭発表等

112

The design of artificial domain-swapped dimers by polyproline rodinsertion

Shota Shiga, Masaru Yamanaka, Wataru Fujiwara, Shun Hirota, Shuichiro Goda, Koki Makabe

第20回日本蛋白質科学会年会 2020年7月28日
Construction of Structure-Switchable Protein Supramolecules using Fusion Proteins Designed Based on 3D Domain Swapping

Masaru Yamanaka, Takayuki Uchihashi, Shun Hirota

第20回日本蛋白質科学会年会 2020年7月28日
The Design of Artificial Domain-Swapped Proteins by Polyproline-Rod Insertion

Shota Shiga, Masaru Yamanaka, Wataru Hujiwara, Shun Hirota, Shuichiro Goda, Koki Makabe

The 100th Chemical Society of Japan Annual Meeting 2020年3月25日
ドメインスワップ構造を基に設計した融合タンパク質による可動型超分子の構築

山中優, 廣田俊

日本化学会第100春季大会 2020年3月23日
ポプラプラストシアニンの多量化と2量体の性質

猪俣惇平, Le MOUEL Korantin, 山中優, 廣田俊

日本化学会第100春季大会 2020年3月23日
Domain Swapping of Azurin from Alcaligenes xylosoxidans and Characterization of Its Dimer

Rooby Noor Cahyono, 山中優, 長尾聡, 柴田直樹, 樋口芳樹, 廣田俊

第13回バイオ関連化学シンポジウム 2019年9月6日
フェリチンゲルの作製と金属吸着

山中優, 荻原理生, 廣田俊

第13回バイオ関連化学シンポジウム 2019年9月4日
ドメインスワップ機構を利用した駆動型人工タンパク質超分子の構築

山中優

農芸化学会関西支部第509例会ミニシンポジウム 2019年7月20日招待有り
Construction of Protein Supramolecules Based on Domain-Swapping Mechanism

Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Chunguang Ren, Mohan Zhang, Akiya Oda, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota

33rd Annual Symposium of the Protein Society 2019年6月30日
Construction of Protein Supramolecules Based on Domain Swapping

Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Chunguang Ren, Mohan Zhang, Akiya Oda, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota

第19回日本蛋白質科学会年会 2019年6月25日
Conferment of CO-Controlled Dimer–Monomer Transition Property to Thermostable Cytochrome c′ by Mutation in the Subunit Interface

Masaru Yamanaka, Ryoko Nakayama, Sotaro Fujii, Satoshi Wakai, Yoshihiro Sambongi, Shun Hirota

15th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry (ISABC15) 2019年6月4日
Oligomerization of azurin from Alcaligenes xylosoxidans and characterization of its dimer

Robby Noor Cahyono, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Shun Hirota

99th Chemical Society of Japan Annual Meeting 2019年3月19日
耐熱性シトクロムcのサブユニット界面変異によるCO応答性2量体-単量体変換特性の付与

山中優, 中山諒子, 若井暁, 藤井創太郎, 三本木至宏, 廣田俊

日本化学会第99春季大会 2019年3月17日
Construction of a two-dimensional protein array utilizing a cytochrome c555-based protein

Cheng Xie, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota

99th Chemical Society of Japan Annual Meeting 2019年3月17日
サブユニット界面変異による耐熱性シトクロムc′へのCo依存的2量体-単量体遷移特性の付与

山中優, 中山諒子, 藤井, 岩井暁, 三本木至宏, 廣田俊

第12回バイオ関連化学シンポジウム 2018年9月9日
Domain Swapping-Based Assemblies of c-Type Cytochromes

Shun Hirota, Satoshi Nagao, Masaru Yamanaka, Yoshiki Higuchi

Tenth International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines (ICPP-10) 2018年7月6日招待有り
球状蛋白質のドメインスワッピングを実現するループのリデザイン

志賀翔多, 山中優, 廣田俊, 真壁幸樹

第18回蛋白質科学会年会 2018年6月26日
Formation of cytochrome c' tetramer using domain-swapping and carbon monoxide-dependent control of oligomer association/dissociation

Masaru Yamanaka

International seminar on protein structure and engineering 2018年5月14日招待有り
球状タンパク質のドメインスワッピングを実現するミニマルなデザイン

志賀翔多, 山中優, 廣田俊, 真壁幸樹

日本化学会第98春季年会 2018年3月22日
Construction of a supramolecule with an artificial protein based on cytochrome c555

Akiya Oda, Satoshi Nagao, Masaru Yamanaka, Ikki Ueda, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota

98th Chemical Society of Japan Annual Meeting 2018年3月20日

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

タンパク質の動きが連携して機能発現するバイオナノマシンの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

山中優, 廣田俊, 松尾貴史
センサータンパク質を駆動系とする人工タンパク質超分子マシンの構築

日本学術振興会基盤研究（C） 2018年4月 - 2021年3月

山中優
ドメインスワッピングを利用したタンパク質の超分子化技術の開発と機能化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2014年4月 - 2017年3月

廣田俊, 樋口芳樹, 長尾聡, 山中優

山中優

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研究分野

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学歴

論文

MISC

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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