石本直偉士 (Naito Ishimoto) - マイポータル

基本情報

所属: 横浜市立大学理学部　理学科生命医科学研究科　生命医科学専攻助教

学位: 博士（理学）(2024年3月横浜市立大学)

研究者番号: 61007994
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-8976-8582
J-GLOBAL ID: 202401001836756020
researchmap会員ID: R000069699

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 構造生物化学 /

経歴

2025年4月 - 現在

横浜市立大学, 理学部理学科生命医科学研究科生命医科学専攻, 助教
2024年4月 - 2025年3月

Imperial College London, Life Sciences, Visiting Researcher
2024年4月 - 2025年3月

横浜市立大学, 大学院生命医科学研究科, 客員研究員

学歴

2021年4月 - 2024年3月

横浜市立大学, 大学院生命医科学研究科, 生命医科学専攻博士後期課程
2019年4月 - 2021年3月

横浜市立大学, 大学院生命医科学研究科, 生命医科学専攻博士前期課程
2015年4月 - 2019年3月

横浜市立大学, 国際総合科学部, 生命医科学コース

受賞

2025年12月

AsCA2025 Rising Star Award, アジア結晶学会

石本直偉士
2025年9月

若手奨励賞, 日本生物物理学会

石本直偉士
2024年3月

YCU Best Student Award （旧学長賞）, 横浜市立大学

石本直偉士
2023年11月

生理研研究会 2023「クライオ電子顕微鏡とその周辺」優秀ポスター賞, 生理研研究会

石本直偉士
2022年3月

2022年度（令和4年度）奨学生, ケモカイン受容体CXCR1におけるインターロイキン8の選択的認識に関する構造生物学的研究, 首藤奨学財団

石本直偉士
2021年4月

2021年度（令和3年度）第32期奨学生, 山田長満奨学会

石本直偉士

論文

Crystal and Cryo-EM structure of PPL, a novel hexameric R-type lectin from the poisonous mushroom Pleurocybella porrigens.

Daisuke Adachi, Naito Ishimoto, Kenji Mizutani, Katsuya Takahashi, Reiji Kubota, Haruka Kawabata, Sam-Yong Park, Laurens Vandebroek, Arnout R D Voet, Masao Yamada …

Glycobiology 2025年12月4日筆頭著者
R27 pilus biogenesis is promiscuous and electrostatic perturbations impair functionality

Shan He, Naito Ishimoto, Joshua L.C. Wong, Sophia David, Konstantinos Beis, Gad Frankel

BioRxiv 2025年7月15日筆頭著者
Phospholipid-independent biogenesis of a functional RP4 conjugation pilus

Naito Ishimoto, Gad Frankel, Konstantinos Beis

BioRxiv 2025年6月28日筆頭著者
Cryo-EM structure of the conjugation H-pilus reveals the cyclic nature of the TrhA pilin.

Naito Ishimoto, Joshua L C Wong, Shan He, Sally Shirran, Olivia Wright-Paramio, Chloe Seddon, Nanki Singh, Carlos Balsalobre, Ravi R Sonani, Abigail Clements …

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 122(16) e2427228122 2025年4月17日査読有り筆頭著者
Cryo-EM structure and evolutionary history of the conjugation surface exclusion protein TraT

Chloe Seddon, Sophia David, Joshua L. C. Wong, Naito Ishimoto, Shan He, Jonathan Bradshaw, Wen Wen Low, Gad Frankel, Konstantinos Beis

Nature Communications 2025年1月14日査読有り
Structural insights into Influenza A virus RNA polymerase PB1 binding to nuclear import host factor RanBP5

Tomomi Uchikubo-Kamo, Naito Ishimoto, Haruka Umezawa, Mikako Hirohama, Maasa Ono, Haruka Kawabata, Kenichi Kamata, Mio Ohki, Hisashi Yoshida, Jae-Hyun Park …

Biochemical and Biophysical Research Communications 2024年11月査読有り筆頭著者
Structural basis for hepatitis B virus restriction by a viral receptor homologue

Kaho Shionoya, Jae-Hyun Park, Toru Ekimoto, Junko S. Takeuchi, Junki Mifune, Takeshi Morita, Naito Ishimoto, Haruka Umezawa, Kenichiro Yamamoto, Chisa Kobayashi …

Nature Communications 2024年10月25日査読有り
Structural basis of hepatitis B virus receptor binding

Jinta Asami, Jae-Hyun Park, Yayoi Nomura, Chisa Kobayashi, Junki Mifune, Naito Ishimoto, Tomoko Uemura, Kehong Liu, Yumi Sato, Zhikuan Zhang …

Nature Structural & Molecular Biology 2024年3月査読有り
Structural basis for ligand recognition and signaling of hydroxy-carboxylic acid receptor 2

Jae-Hyun Park, Kouki Kawakami, Naito Ishimoto, Tatsuya Ikuta, Mio Ohki, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi, Dong-Sun Lee, Young-Ho Lee, Jeremy R. H. Tame …

Nature Communications 2023年11月6日査読有り
Structural basis of CXC chemokine receptor 1 ligand binding and activation

Naito Ishimoto, Jae-Hyun Park, Kouki Kawakami, Michiko Tajiri, Kenji Mizutani, Satoko Akashi, Jeremy R. H. Tame, Asuka Inoue, Sam-Yong Park

Nature Communications 2023年7月11日査読有り筆頭著者
Structure of the human galanin receptor 2 bound to galanin and Gq reveals the basis of ligand specificity and how binding affects the G-protein interface

Yunseok Heo, Naito Ishimoto, Ye-Eun Jeon, Ji-Hye Yun, Mio Ohki, Yuki Anraku, Mina Sasaki, Shunsuke Kita, Hideo Fukuhara, Tatsuya Ikuta …

PLOS Biology 20(8) 2022年8月1日査読有り筆頭著者
Structural insights into the HBV receptor and bile acid transporter NTCP

Jae-Hyun Park, Masashi Iwamoto, Ji-Hye Yun, Tomomi Uchikubo-Kamo, Donghwan Son, Zeyu Jin, Hisashi Yoshida, Mio Ohki, Naito Ishimoto, Kenji Mizutani …

Nature 2022年5月17日査読有り
Cryo-EM structure of the human somatostatin receptor 2 complex with its agonist somatostatin delineates the ligand-binding specificity.

Yunseok Heo, Eojin Yoon, Ye-Eun Jeon, Ji-Hye Yun, Naito Ishimoto, Hyeonuk Woo, Sam-Yong Park, Ji-Joon Song, Weontae Lee

eLife 11 2022年4月21日査読有り
Pumping mechanism of NM-R3, a light-driven bacterial chloride importer in the rhodopsin family

Ji-Hye Yun, Mio Ohki, Jae-Hyun Park, Naito Ishimoto, Ayana Sato-Tomita, Wonbin Lee, Zeyu Jin, Jeremy R. H. Tame, Naoya Shibayama, Sam-Yong Park …

Science Advances 6(6) 2020年2月7日査読有り

MISC

特集高速分子動画:動的構造からタンパク質分子制御へ Ⅵ.高速分子動画の実例:光作動性タンパク質光活性化アデニル酸シクラーゼ合成酵素の活性化機構の解明

石本直偉士, 朴三用

生体の科学 75(3) 257-262 2024年6月15日

講演・口頭発表等

Structural insight into cyclised pilin subunits in bacterial conjugation (Rising Star Session)

Naito Ishimoto, Gad Frankel, Konstantinos Beis

第19回アジア結晶学会（AsCA 2025） 2025年12月5日
性繊毛H-Pilusの構造が明らかにしたTrhA pilinの環状化

石本直偉士

第63回日本生物物理学会 2025年9月24日招待有り
ケモカイン受容体CXCR1におけるインターロイキン8の選択的認識に関する構造生物学的研究

石本直偉士

生物無機化学シンポジウム2024 2024年1月31日
Structural basis of CXC chemokine receptor 1 ligand binding and activation.

Naito Ishimoto, Jae-Hyun Park, Kouki Kawakami, Michiko Tajiri, Kenji Mizutani, Satoko Akashi, Jeremy R.H. Tame, Asuka Inoue, Sam-Yong Park

生理研研究会2023「クライオ電子顕微鏡とその周辺」 2023年11月28日
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創薬・新規治療法の基盤となる対象タンパク質の構造生物学的研究

石本直偉士

未来の博士フェス2023 2023年9月13日
Structure of the human galanin receptor 2 bound to galanin and Gq reveals the basis of ligand specificity and how binding affects the G-protein interface.

Naito Ishimoto, Yunseok Heo, Ye-Eun Jeon, Ji-Hye Yun, Mio Ohki, Yuki Anraku, Mina Sasaki, Shunsuke Kita, Hideo Fukuhara, Tatsuya Ikuta, Koki Kawakami, Asuka Inoue, Katsumi Maenaka, Jeremy R.H. Tame, Weontae Lee, Sam-Yong Park

令和5年度新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム 2023年5月10日
Structural basis of CXC chemokine receptor 1 ligand binding and activation.

Naito Ishimoto, Jae-Hyun Park, Kouki Kawakami, Michiko Tajiri, Kenji Mizutani, Satoko Akashi, Jeremy R.H. Tame, Asuka Inoue, Sam-Yong Park

令和5年度新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム 2023年5月10日
光活性化アデニル酸シクラーゼ OaPAC の動的構造解析による反応機構の解明

石本直偉士, 梅名泰史, Trampari Sofia, 辻野壮一郎, 富崎孝司, 朴三用

日本生物物理学会 2022年9月30日
海洋微生物塩化物イオンポンプロドプシンNM-R3の機構解明

石本直偉士, 水野操, 川瀬眞吾, 明石知子, 竹田一旗, Ji-Hye Yun, 村岡貴博, 水谷泰久, 朴三用

第44回日本分子生物学会年会 2021年12月2日

所属学協会

2025年 - 現在

日本生物物理学会
2023年 - 現在

日本結晶学会
2023年 - 現在

日本生化学会
2021年 - 現在

日本分子生物学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

ヒト嗅覚受容体による香気寄与成分の匂い認識機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2025年4月 - 2028年3月

朴三用, 寺山慧, 石本直偉士
インフルエンザウイルスNPタンパク質の核内輸送の機構解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2025年4月 - 2027年3月

石本直偉士
脂肪酸受容体GPCRの立体構造の解明と機能解析

内藤記念科学振興財団 2023年度内藤記念海外研究留学助成金 2024年4月 - 2025年3月
光活性化アデニル酸シクラーゼ蛋白分子の光遺伝学による細胞内での情報伝達分子の制御

サントリー生命医科学財団 SUNBOR SCHOLARSHIP 2021年4月 - 2024年3月
創薬・新規治療法の基盤となる対象タンパク質の構造生物学的研究

横浜市立大学データ思考イノベーティブ人材フェローシップ 2021年4月 - 2024年3月