中込滋樹

J-GLOBALへ         更新日: 19/02/15 18:41
 
アバター
研究者氏名
中込滋樹
 
ナカゴメ シゲキ
eメール
nakagomstcd.ie
URL
https://shigekinakagomelab.com
所属
金沢大学人間社会研究域附属国際文化資源学研究センター
職名
客員研究員
学位
生命科学(東京大学)
その他の所属
Trinity College Dublin

プロフィール

I received my Ph.D. at The University of Tokyo in 2010 with a focus on the evolutionary model in which high risk variants associated with Crohn's disease at the NOD2 locus may have exclusively spread into European populations by natural selection. As a postdoctoral researcher, I first joined The Institute of Statistical Mathematics from 2011 to 2014 where I was awarded a competitive Research Fellowship of the Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) for Young Scientists and developed a new statistical method that incorporates kernel methods into Approximate Bayesian Computation (kernel ABC). I obtained further postdoctoral training on experimental aspects of functional genomics at The University of Chicago from 2013 to 2016 as JSPS Overseas Research Fellow. During this training, I have acquired expertise in population and functional genomics to develop statistical approaches for understanding selective pressures on immunity genes and to connect genetic polymorphisms to their functional consequences in the immune system. My general area of research interest is in applying high-throughput sequencing technology to understanding impacts of human evolution on biological roles of genetic variants associated with complex disease. I am currently leading two major projects: one is modern and ancient human genomics on the history of peopling into East Eurasia and Americas, and the other is gene by environment interactions (GEIs) that result in dysregulation of host immune response to commensal bacterial flora and contribute to the susceptibility to inflammatory bowel diseases (IBD).

研究分野

 
 

経歴

 
2018年4月
 - 
現在
金沢大学 国際文化資源学研究センター 客員研究員
 
2016年9月
 - 
現在
Trinity College Dublin School of Medicine Ussher Assistant Professor in Genomic Medicine
 
2014年9月
 - 
2016年8月
University of Chicago Department of Human Genetics JSPS Overseas Research Fellow
 
2013年4月
 - 
2014年8月
University of Chicago Department of Human Genetics JSPS Research Fellow (PD)
 

受賞

 
2011年7月
国際分子進化学会 Postdoctoral Travel Award SMBE2011
 
2009年3月
東京大学大学院新領域創成科学研究科 研究科長賞国際交流部門
受賞者: TJYoung2組織委員
 
2005年3月
日本大学生物資源科学部 学部長賞
 

論文

 
Shigeki Nakagome, Richard R. Hudson, Anna Di Rienzo
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences   286 20182541   2019年2月   [査読有り]
Lin M., Siford R.L., Martin A.R., Nakagome S., Moller, M., Hoal E.G., Bustamante C.D., Gignoux C.R., Henn B.M.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   115(52) 13324-13329   2018年12月   [査読有り]
Cooke N., Nakagome S.
Current Opinion in Genetics & Development   53 60-69   2018年7月   [査読有り]
McColl H., Racimo F., Vinner L., Demeter F., Gakuhari T., Moreno-Mayar J., van Driem G., Gram Wilken U., Seguin-Orlando A., de la Fuente C., Wasef S., Shoocongdej R., Souksavatdy V., Sayavongkhamdy T., Saidin M., Allentoft M., Sato T., Korneliussen T., Prohaska A., Margarayan A., de Barros Damgaard P., Kaewsutthi S., Lertrit P., Nguyen T., Hung H., Minh Tran T., Nghia Truong H., Nguyen G., Shahidan S., Wiradnyana K., Matsumae H., Shigehara N., Yoneda M., Ishida H., Masuda Y., Yamada Y., Tajima A., Shibata H., Toyoda A., Hanihara T., Nakagome S., Deviese T., Bacon A., Duringer P., Ponche J., Shackelford L., Patole-Edoumba E., Nguyen T., Bellina-Pryce B., Galipaud J., Kinaston R., Buckley H., Pottier C., Rasmussen S., Higham T., Foley R.A., Mirazón Lahr M., Orlando L., Sikora M., Oota H., Higham C., Lambert D.M., Willerslev E.
Science   361 88-92   2018年7月   [査読有り]
Foley C., Corvin A., Nakagome S.
Current Psychiatry Reports   19(6) 61   2017年9月   [査読有り]
Akiyama T., Katsumura T., Nakagome S., Lee S., Joh K., Soejima H., Fujimoto K., Kimura R., Ishida H., Hanihara T., Yasukouchi A., Satta Y., Higuchi S., Oota H.
PLOS ONE   12(6) e0178373   2017年6月   [査読有り]
Nakagome S., Chinen H., Iraha A., Hokama A., Takeyama Y., Sakisaka S., Matsui T., Kidd J.R., Kidd K.K., Said H.S., Suda W., Morita H., Hattori M., Hanihara T., Kimura R., Ishida H., Fujita J., Kinjo F., Mano S., Oota H.
Human Genetics   136(4) 387-397   2017年4月   [査読有り]
Alleyne D., Witonsky D.B., Mapes B., Nakagome S., Sommars M., Hong E., Muckala K.A., Di Rienzo A., Kupfer S.
The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology   168 49-59   2017年4月   [査読有り]
Lindo J., Huerta-Sanchez E., Nakagome S., Rasmussen M., Petzelt B., Mitchell J., Cybulski J.S., Willerslev E., DeGiorgio M., Malhi R.S.
Nature Communications   7 13175   2016年11月   [査読有り]
Kariuki S.N., Maranville J.C., Baxter S.S., Jeong C., Nakagome S., Hrusch C.L., Witonsky D.B., Sperling A.I., Di Rienzo A.
PLOS ONE   11(7) e0159779   2016年7月   [査読有り]

書籍等出版物

 
ゲノムワイドなSNPデータから探る現代日本人のルーツ
中込滋樹
JBA バイオサイエンスとインダストリー   2015年   
ヒトは病気とともに進化した
中込滋樹、太田博樹 (担当:共著, 範囲:第4章『出アフリカはゲノムに何をもたらしたか』)
勁草書房   2013年12月   
炎症性腸疾患のリスク変異の進化
中込滋樹
NTS「生物の科学 遺伝 2013年5月号」   2013年5月   
総説『アボリジニーの全ゲノム配列から探る現生人類の「出アフリカ」拡散』
中込滋樹、太田博樹
NTS「生物の科学 遺伝 2012年7月号」   2012年7月   
Evolutionary insights into the “population-specificity” of genetic factors associated with inflammatory bowel diseases.
Nakagome S. and Oota H.
Book Chapter in Ulcerative Colitis from Genetics to Complications Mustafa M. Shennak (Editor) Rijeka: InTech   

講演・口頭発表等

 
Application of kernel approximate Bayesian computation for population genetic study [招待有り]
中込滋樹、福水健次、間野修平
Mathematical Ecology & Evolution seminar in Meiji University Ikuta campus   2012年12月   
琉球諸島と北部九州におけるクローン病の遺伝と環境の相互作用に関する人類学的考察
中込滋樹、間野修平、知念寛、伊良波淳、金城福則、藤田次郎、石田肇、木村亮介、竹山康章、向坂彰太郎、松井敏幸、Kidd J. R.、Kidd K. K.、森田英利、Said H. S.、須田亙、河村正二、服部正平、西槇俊之、埴原恒彦、太田博樹
第66回日本人類学会大会   2012年11月   
NOD2遺伝子座におけるクローン病原因変異の地域特異性
中込滋樹、間野修平、Kozlowski, L.、Bujnicki, J. M.、柴田弘紀、服巻保幸、Kidd, J. R.、Kidd, K. K.、河村正二、太田博樹
第57回日本人類遺伝学会   2012年10月   
Kernel Bayesian Computation
Nakagome S., Fukumizu K., Mano S.
XXVIth International Biometric Conference, Kobe, Japan   2012年8月   
Kernel Approximate Bayesian Computation
Nakagome S., Fukumizu K., Mano S.
Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution, Dublin, Ireland   2012年6月