難波里子 (SATOKO NAMBA) - マイポータル

基本情報

所属: 名古屋大学高等研究院特任助教 (YLC特任助教, テニュアトラック)
: (兼任)大学院情報学研究科特任助教 (YLC特任助教, テニュアトラック)

学位: 生命医科学（学士）(2020年3月九州大学)
情報工学（修士）(2022年3月九州工業大学)
情報工学（博士）(2024年3月九州工業大学)

研究者番号: 01007576
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-1873-8639
J-GLOBAL ID: 202401015767359074
researchmap会員ID: R000069154

外部リンク: https://satoko-namba.github.io/

研究キーワード

研究分野

経歴

2026年4月 - 現在

名古屋大学, 大学院情報学研究科, 特任助教 (YLC特任助教, テニュアトラック)
2026年4月 - 現在

名古屋大学, 高等研究院, 特任助教 (YLC特任助教, テニュアトラック)
2025年4月 - 2026年3月

名古屋大学, 大学院情報学研究科, 研究員 (日本学術振興会特別研究員（PD）)
2024年4月 - 2025年3月

名古屋大学, 大学院情報学研究科, 研究員 (日本学術振興会特別研究員（DC1→PD資格変更）)
2022年4月 - 2024年3月

九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 研究員 (日本学術振興会特別研究員（DC1）)

学歴

2022年4月 - 2024年3月

九州工業大学, 大学院情報工学府, 博士後期課程早期修了
2020年4月 - 2022年3月

九州工業大学, 大学院情報工学府, 博士前期課程
2016年4月 - 2020年3月

九州大学, 医学部

委員歴

2025年8月 - 現在

エイジング若手研究者連盟—SAKRA—, 海外部スタッフ
2025年7月 - 現在

International Society for Computational Biology (ISCB) Student Council (SC) Regional Student Group (RSG)-Japan, 代表
2021年1月 - 2023年7月

生化学若い研究者の会九州支部, スタッフ（広報）

受賞

2026年3月

日本薬理学会100周年記念博士研究奨励賞, 遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた疾患横断的な治療標的予測, 第99回日本薬理学会年会

難波里子
2025年9月

優秀ハイライトトラック賞, TRESOR: GWASとTWASの融合による希少疾患に対する創薬標的分子の網羅的探索, 第13回生命医薬情報学連合大会

難波里子
2025年3月

Young Investigator Award, 遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた半教師あり深層学習による治療標的分子の予測と希少疾患への応用, 第130回日本解剖学会／第102回日本生理学会／第98回日本薬理学会合同大会

難波里子
2023年9月

優秀ポスター賞, Therapeutic target prediction for rare diseases integrating GWAS and TWAS data, 第12回生命医薬情報学連合大会

難波里子
2022年9月

Best NGS awards, スペースゲノム解析とその活用についての諸考察, 生命情報科学若手の会の第14回研究会

難波里子, 小川友希, 横山源太郎, 濱谷和, 下河舞子, 武田淳志
2021年10月

口頭発表賞, From drug repositioning to target repositioning: omics-based prediction of therapeutic targets for a variety of diseases, CBI学会2021年大会

難波里子
2021年9月

優秀ポスター賞, ターゲットリポジショニング：遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた創薬標的予測, 第10回生命医薬情報学連合大会

難波里子

論文

Mechanism-based prediction of drug synergy via network controllability analysis of therapeutic pathways in intractable diseases

Satoko Namba, Mitsuhiro Goda, Yurika Kuniki, Keisuke Ishizawa, Midori Iida, Jun-ichi Takeshita, Yoshihiro Yamanishi

iScience 29(4) 115339-115339 2026年4月17日査読有り筆頭著者
Therapeutic target prediction for orphan diseases integrating genome-wide and transcriptome-wide association studies

Satoko Namba, Michio Iwata, Shin-Ichi Nureki, Noriko Yuyama Otani, Yoshihiro Yamanishi

Nature Communications 16(1) 2025年4月18日査読有り筆頭著者
SSL-VQ: Vector-quantized variational autoencoders for semi-supervised prediction of therapeutic targets across diverse diseases

Satoko Namba, Chen Li, Noriko Otani, Yoshihiro Yamanishi

Bioinformatics 41(2) btaf039 2025年1月28日査読有り筆頭著者
A network-based trans-omics approach for predicting synergistic drug combinations

Midori Iida, Yurika Kuniki, Kenta Yagi, Mitsuhiro Goda, Satoko Namba, Jun-ichi Takeshita, Ryusuke Sawada, Michio Iwata, Yoshito Zamami, Keisuke Ishizawa …

Communications Medicine 4(1) 2024年7月29日査読有り
Galectin-10 in serum extracellular vesicles reflects asthma pathophysiology

Hanako Yoshimura, Yoshito Takeda, Yuya Shirai, Makoto Yamamoto, Daisuke Nakatsubo, Saori Amiya, Takatoshi Enomoto, Reina Hara, Yuichi Adachi, Ryuya Edahiro …

Journal of Allergy and Clinical Immunology 2024年3月査読有り
From drug repositioning to target repositioning: prediction of therapeutic targets using genetically perturbed transcriptomic signatures

Satoko Namba, Michio Iwata, Yoshihiro Yamanishi

Bioinformatics 38(Supplement_1) i68-i76 2022年6月24日査読有り筆頭著者

MISC

国際会議参加報告第33回Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology（ISMB）

難波里子

日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター第48号 2026年1月招待有り筆頭著者
Prediction of therapeutic target molecules for rare diseases using gene perturbation transcriptome and semi-supervised deep learning

Satoko Namba, Chen Li, Noriko Yuyama Otani, Yoshihiro Yamanishi

The Journal of Physiological Sciences 1(75) 234-234 2025年9月査読有り筆頭著者
2024年第5回名古屋大学研究者リーダーシップ・プログラム

難波里子

2025年1月22日筆頭著者
抗老化効果を持つ化合物の化学的特徴や作用機序の情報解析

阪口双葉, 田中未来, 難波里子, 上條陽平, 庄司竜麻, 菊池紀広, 山西芳裕

日本薬学会年会要旨集(Web) 145th 2025年
抗老化再プログラミングを誘導する低分子化合物の分析及び予測【JST機械翻訳】|||

阪口双葉, 田中未来, 難波里子, 上條陽平, 山西芳裕

日本解剖学会総会・全国学術集会抄録集(CD-ROM) 130th 2025年
機械学習による薬剤標的分子予測と薬剤組み合わせ効果の検討

亀淵由乃, 難波里子, 関谷拓海, 大谷則子, 大谷則子, 岩田通夫, 山西芳裕, 山西芳裕

日本薬学会年会要旨集(Web) 144th 2024年
国際会議参加報告 ISMB2022

難波里子

日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター第42号 2023年1月招待有り筆頭著者責任著者

書籍等出版物

AI・データ駆動型創薬研究

難波里子, 山西芳裕 (担当:分担執筆, 範囲:希少疾患の創薬標的分子を予測するAI技術―ゲノムとトランスクリプトームの融合が拓く新しい治療戦略)

羊土社 2026年3月5日 (ISBN: 9784758104333)
特集1：多細胞の合成生物学発生・分化機構を知って、創って、利用する／特集2：まずはCondaではじめよう仮想環境で試せるバイオインフォマティクス

難波里子 (担当:分担執筆, 範囲:Conference & Workshop AIが解き明かす生命科学の未来：1st Asia & Paciﬁc Bioinformatics Joint Conference)

羊土社 2025年3月19日 (ISBN: 9784758125901)
ポストGWAS時代の遺伝統計学 : オミクス解析と機械学習でヒト疾患を俯瞰する

難波里子 (担当:分担執筆, 範囲:遺伝子摂動応答オミクスデータを用いた治療標的予測―疾患横断解析によるターゲットリポジショニング)

羊土社 2023年5月 (ISBN: 9784758104104)

講演・口頭発表等

ゲノムとトランスクリプトームの融合による希少疾患の治療標的分子予測

難波里子

NGS EXPO 2026 2026年10月招待有り
がん組織の生物学的年齢に基づく患者の予後予測

上條陽平, 難波里子, 鍋倉宰, 井本逸勢, 山西芳裕

第14回生命医薬情報学連合大会 2026年8月27日
SYNERGIE: マルチオミクスネットワーク統合と可制御性解析の融合による難治性疾患の薬剤シナジー探索基盤

難波里子, 合田光寛, 國木悠理香, 石澤啓介, 飯田緑, 竹下潤一, 山西芳裕

第14回生命医薬情報学連合大会 2026年8月27日
ISCB Student Council RSG-Japan：日本から世界へつながる若手研究者コミュニティ」

難波里子

第14回生命医薬情報学連合大会 2026年8月26日
SYNERGIE: A mechanism-aware framework for identifying clinically actionable drug synergies via multi-layer modeling and network controllability

Satoko Namba, Mitsuhiro Goda, Yurika Kuniki, Keisuke Ishizawa, Midori Iida, Jun-ichi Takeshita, Yoshihiro Yamanishi

The 34nd International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2026) 2026年7月14日
Therapeutic Target Discovery for Rare Diseases via Machine Learning Integrating GWAS and TWAS

Satoko Namba, Michio Iwata, Shin-Ichi Nureki, Noriko Yuyama Otani, and Yoshihiro Yamanishi

The 34nd International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2026) 2026年7月12日
創薬標的分子の探索AI

難波里子

日本学術会議化学委員会主催分子科学研究所所長招聘会議公開シンポジウム『AI for Chemical Sciences』 2026年6月11日日本学術会議化学委員会招待有り
遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた疾患横断的な治療標的予測

難波里子

第99回日本薬理学会年会 2026年3月18日招待有り
GWASとTWASの融合に基づく機械学習による希少疾患の創薬標的探索

難波里子, 岩田通夫, 濡木真一, 大谷則子, 山西芳裕

第48回日本分子生物学会 2025年12月4日
GWASとTWASの融合に基づく機械学習による希少疾患の創薬標的探索

難波里子, 岩田通夫, 濡木真一, 大谷則子, 山西芳裕

第48回日本分子生物学会 2025年12月4日
TRESOR: GWASとTWASの融合による希少疾患に対する創薬標的分子の網羅的探索

難波里子

バイオインフォマティクス若手ワークショップ〜ISCB-SC-RSG-Japanの設立に向けて〜 2025年9月17日招待有り
TRESOR: GWASとTWASの融合による希少疾患に対する創薬標的分子の網羅的探索

難波里子, 岩田通夫, 濡木真一, 大谷則子, 山西芳裕

第13回生命医薬情報学連合大会 2025年9月4日
TRESOR: GWASとTWASの融合による希少疾患に対する創薬標的分子の網羅的探索

難波里子, 岩田通夫, 濡木真一, 大谷則子, 山西芳裕

第13回生命医薬情報学連合大会 2025年9月3日
老化細胞を若化細胞へ変換する転写因子候補の予測

田中未来, 難波里子, 山西芳裕

第13回生命医薬情報学連合大会 2025年9月3日
抗老化リプログラミングを誘導する化合物の作用機序解析

阪口双葉, 田中未来, 難波里子, 上條陽平, 菊池紀広, 山西芳裕

第13回生命医薬情報学連合大会 2025年9月3日
TWASと疾患パスウェイ情報を活用した治療標的分子の予測

郷遥香, 難波里子, 山西芳裕

第13回生命医薬情報学連合大会 2025年9月3日
TRESOR: a disease signature integrating GWAS and TWAS for therapeutic target discovery in rare diseases

Satoko Namba, Michio Iwata, Shin-Ichi Nureki, Noriko Yuyama Otani, Yoshihiro Yamanishi

The 33rd International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2025) 2025年7月22日
深層学習による遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた創薬標的分子の予測と希少疾患への応用

難波里子, 李晨, 大谷則子, 山西芳裕

日本薬学会第145回 2025年3月28日
In silicoによる代謝異常性統合失調症の新規治療標的と治療薬候補の予測

吉本修人, 亀淵由乃, 難波里子, 山西芳裕, 古屋茂樹, 濱野桃子

日本薬学会第145回 2025年3月28日
抗老化効果を持つ化合物の化学的特徴や作用機序の情報解析

阪口双葉, 田中未来, 難波里子, 上條陽平, 庄司竜麻, 菊池紀広, 山西芳裕

日本薬学会第145回 2025年3月27日

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所属学協会

2025年 - 現在

日本分子生物学会
2024年 - 現在

日本薬理学会
2022年 - 現在

International Society for Computational Biology
2020年 - 現在

日本バイオインフォマティクス学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

GWASとTWASの融合による治療標的分子の組み合わせを予測する情報技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費（PD） 2025年4月 - 2028年3月

難波里子
多階層オミクスデータを活用した難治性疾患の治療標的探索AIの開発研究

名古屋大学 YLC特任助教スタートアップ研究費 2026年4月 - 2027年3月
治療効果を高める薬剤組み合わせを予測する情報技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費（DC1） 2022年4月 - 2025年3月

難波里子
From drug repositioning to target repositioning: prediction of therapeutic targets using genetically perturbed transcriptomic signatures

The 30th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2022) Travel Fellowship 2022年7月 - 2022年7月

難波里子

学術貢献活動

若手研究者よ、世界へ羽ばたけ!：国際学会プレゼン GP

企画立案・運営等

ISCB SC RSG-Japan 2026年8月26日 - 2026年8月26日

メディア報道

創薬の宝さがしAI、誕生！

名古屋大学フロントライン 2025年6月27日インターネットメディア
遺伝子の異常、病気ごとに学習名古屋大グループが創薬AI開発、希少疾患に威力発揮

中日新聞朝刊 2025年5月26日新聞・雑誌
遺伝子の異常、病気ごとに学習名古屋大グループが創薬AI開発、希少疾患に威力発揮

中日新聞web 医療 2025年5月25日新聞・雑誌
希少疾患の創薬標的分子を予測するAIを開発

難病・希少疾患情報サイト RareS. 2025年5月15日インターネットメディア
希少疾患の創薬標的分子を予測できるAIを開発～ゲノムと遺伝子発現を融合し、難治性疾患の治療法の開拓へ～

名古屋大学研究成果発信サイト 2025年4月21日インターネットメディア
希少疾患の創薬標的分子を予測できるAIを開発～ゲノムと遺伝子発現を融合し、難治性疾患の治療法の開拓へ～

日本の研究.com 2025年4月21日インターネットメディア
生体分子と疾患のビッグデータから治療標的分子を高精度で予測するAIを開発

日本最大の化学ポータルサイトChem-Station スポットライトリサーチ第408回 2022年8月16日インターネットメディア
生体分子と疾患のビッグデータから治療標的分子を高精度で予測するAIを開発

九州工業大学プレスリリース 2022年7月4日インターネットメディア

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研究分野

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学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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