難波里子 (SATOKO NAMBA) - マイポータル

基本情報

所属: 名古屋大学大学院情報学研究科博士研究員 (日本学術振興会特別研究員（PD）)

学位: 生命医科学（学士）(2020年3月九州大学)
情報工学（修士）(2022年3月九州工業大学)
情報工学（博士）(2024年3月九州工業大学)

研究者番号: 01007576
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-1873-8639
J-GLOBAL ID: 202401015767359074
researchmap会員ID: R000069154

外部リンク: https://satoko-namba.github.io/

研究キーワード

研究分野

経歴

2025年4月 - 現在

名古屋大学, 大学院情報学研究科, 研究員 (日本学術振興会特別研究員（PD）)
2024年4月 - 2025年3月

名古屋大学, 大学院情報学研究科, 研究員 (日本学術振興会特別研究員（DC1→PD資格変更）)
2022年4月 - 2024年3月

九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 研究員 (日本学術振興会特別研究員（DC1）)

学歴

2022年4月 - 2024年3月

九州工業大学, 大学院情報工学府, 博士後期課程早期修了
2020年4月 - 2022年3月

九州工業大学, 大学院情報工学府, 博士前期課程
2016年4月 - 2020年3月

九州大学, 医学部

委員歴

2021年1月 - 現在

生化学若い研究者の会九州支部, スタッフ（広報）

受賞

2025年3月

Young Investigator Award, 遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた半教師あり深層学習による治療標的分子の予測と希少疾患への応用, 第130回日本解剖学会／第102回日本生理学会／第98回日本薬理学会合同大会

難波里子, 李晨, 大谷則子, 山西芳裕
2023年9月

優秀ポスター賞, Therapeutic target prediction for rare diseases integrating GWAS and TWAS data, 第12回生命医薬情報学連合大会

Satoko Namba, Michio Iwata, Shin-Ichi Nureki, Noriko Otani, Yoshihiro Yamanishi
2021年10月

口頭発表賞, From drug repositioning to target repositioning: omics-based prediction of therapeutic targets for a variety of diseases, CBI学会2021年大会

Satoko Namba, Michio Iwata, Yoshihiro Yamanishi
2021年9月

優秀ポスター賞, ターゲットリポジショニング：遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた創薬標的予測, 第10回生命医薬情報学連合大会

Satoko Namba, Michio Iwata, Yoshihiro Yamanishi

論文

Therapeutic target prediction for orphan diseases integrating genome-wide and transcriptome-wide association studies

Satoko Namba, Michio Iwata, Shin-Ichi Nureki, Noriko Yuyama Otani, Yoshihiro Yamanishi

16(1) 2025年4月18日査読有り筆頭著者
SSL-VQ: Vector-quantized variational autoencoders for semi-supervised prediction of therapeutic targets across diverse diseases

Satoko Namba, Chen Li, Noriko Otani, Yoshihiro Yamanishi

Bioinformatics 41(2) btaf039 2025年1月28日査読有り筆頭著者
A network-based trans-omics approach for predicting synergistic drug combinations

Midori Iida, Yurika Kuniki, Kenta Yagi, Mitsuhiro Goda, Satoko Namba, Jun-ichi Takeshita, Ryusuke Sawada, Michio Iwata, Yoshito Zamami, Keisuke Ishizawa …

Communications Medicine 4(1) 2024年7月29日査読有り
Galectin-10 in serum extracellular vesicles reflects asthma pathophysiology

Hanako Yoshimura, Yoshito Takeda, Yuya Shirai, Makoto Yamamoto, Daisuke Nakatsubo, Saori Amiya, Takatoshi Enomoto, Reina Hara, Yuichi Adachi, Ryuya Edahiro …

Journal of Allergy and Clinical Immunology 2024年3月査読有り
From drug repositioning to target repositioning: prediction of therapeutic targets using genetically perturbed transcriptomic signatures

Satoko Namba, Michio Iwata, Yoshihiro Yamanishi

Bioinformatics 38(Supplement_1) i68-i76 2022年6月24日査読有り筆頭著者

MISC

2024年第5回名古屋大学研究者リーダーシップ・プログラム

難波里子

2025年1月22日筆頭著者

書籍等出版物

特集1：多細胞の合成生物学発生・分化機構を知って、創って、利用する／特集2：まずはCondaではじめよう仮想環境で試せるバイオインフォマティクス

難波里子 (担当:分担執筆, 範囲:Conference & Workshop AIが解き明かす生命科学の未来：1st Asia & Paciﬁc Bioinformatics Joint Conference)

羊土社 2025年3月19日 (ISBN: 9784758125901)
ポストGWAS時代の遺伝統計学 : オミクス解析と機械学習でヒト疾患を俯瞰する

難波里子 (担当:分担執筆, 範囲:遺伝子摂動応答オミクスデータを用いた治療標的予測―疾患横断解析によるターゲットリポジショニング)

羊土社 2023年5月 (ISBN: 9784758104104)

講演・口頭発表等

TRESOR: a disease signature integrating GWAS and TWAS for therapeutic target discovery in rare diseases

Satoko Namba, Michio Iwata, Shin-Ichi Nureki, Noriko Yuyama Otani, Yoshihiro Yamanishi

The 33rd International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2025) 2025年7月22日
深層学習による遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた創薬標的分子の予測と希少疾患への応用

難波里子, 李晨, 大谷則子, 山西芳裕

日本薬学会第145回 2025年3月28日
In silicoによる代謝異常性統合失調症の新規治療標的と治療薬候補の予測

吉本修人, 亀淵由乃, 難波里子, 山西芳裕, 古屋茂樹, 濱野桃子

日本薬学会第145回 2025年3月28日
抗老化効果を持つ化合物の化学的特徴や作用機序の情報解析

阪口双葉, 田中未来, 難波里子, 上條陽平, 庄司竜麻, 菊池紀広, 山西芳裕

日本薬学会第145回 2025年3月27日
遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた半教師あり深層学習による治療標的分子の予測と希少疾患への応用

難波里子, 李晨, 大谷則子, 山西芳裕

第130回日本解剖学会／第102回日本生理学会／第98回日本薬理学会合同大会 2025年3月18日
抗老化リプログラミングを誘導する低分子化合物の解析と予測

阪口双葉, 田中未来, 難波里子, 上條陽平, 庄司竜麻, 菊池紀広, 山西芳裕

第130回日本解剖学会／第102回日本生理学会／第98回日本薬理学会合同大会 2025年3月18日
A trans-disease approach for predicting therapeutic target proteins using large-scale omics data

Satoko Namba, Michio Iwata, Yoshihiro Yamanishi

1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC2024) 2024年10月24日
A Computational Method for Predicting Synergistic Drug Combinations Using Network Propagation and Trans-Omics Analysis

Midori Iida, Yurika Kuniki, Kenta Yagi, Mitsuhiro Goda, Satoko Namba, Jun-ichi Takeshita, Ryusuke Sawada, Michio Iwata, Yoshito Zamami, Keisuke Ishizawa, Yoshihiro Yamanishi

1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC2024) 2024年10月23日
A trans-disease approach for omics-based prediction of therapeutic target proteins

Satoko Namba, Michio Iwata, Yoshihiro Yamanishi

The 32th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2024) 2024年7月15日
統合失調症様モデルマウスに対する新規治療標的と新薬の予測

吉本修人, 亀淵由乃, 難波里子, 山西芳裕, 古屋茂樹, 濱野桃子

第61回化学関連支部合同九州大会 2024年6月29日
機械学習による薬剤標的分子予測と薬剤組み合わせ効果の検討

亀淵由乃, 難波里子, 関谷拓海, 大谷則子, 岩田通夫, 山西芳裕

日本薬学会第144年会 2024年3月30日
機械学習による治療標的分子の予測と希少疾患への応用

難波里子, 李晨, 大谷則子, 山西芳裕

第10回CBI学会個別化医療研究会 2024年2月27日
シナジー効果を高める薬物の組み合わせを予測する情報技術の開発

亀淵由乃, 難波里子, 関谷拓海, 大谷則子, 岩田通夫, 山西芳裕

第97回日本薬理学会年会 2023年12月15日
GWAS とTWAS の融合による希少疾患に対する治療標的分子の予測

Satoko Namba, Michio Iwata, Shin-Ichi Nureki, Noriko Otani, Yoshihiro Yamanishi

第12回生命医薬情報学連合大会 2023年9月8日
GWAS とTWAS の融合による希少疾患に対する治療標的分子の予測

Satoko Namba, Michio Iwata, Shin-Ichi Nureki, Noriko Otani, Yoshihiro Yamanishi

第12回生命医薬情報学連合大会 2023年9月7日
Target repositioning to predict therapeutic target proteins using genetically perturbed transcriptome data

Satoko Namba, Michio Iwata, Yoshihiro Yamanishi

The 31th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2023) 2023年7月24日
Target repositioning to predict therapeutic target proteins using genetically perturbed transcriptome data

Satoko Namba, Michio Iwata, Yoshihiro Yamanishi

The 31th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2023) 2023年7月19日
Developing a network-based combination therapy approach for complex diseases

Midori Iida, Yurika Kuniki, Kenta Yagi, Mitsuhiro Goda, Satoko Namba, Jun-ichi Takeshita, Ryusuke Sawada, Michio Iwata, Yoshito Zamami, Keisuke Ishizawa, Yoshihiro Yamanishi

CBI学会2022年大会 2022年10月25日
ターゲットリポジショニング：遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた治療標的予測

Satoko Namba, Michio Iwata, Yoshihiro Yamanishi

第11回生命医薬情報学連合大会 2022年9月14日
ターゲットリポジショニング：遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた治療標的予測

難波里子, 岩田通夫, 山西芳裕

生命情報科学若手の会の第14回研究会 2022年9月10日

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共同研究・競争的資金等の研究課題

GWASとTWASの融合による治療標的分子の組み合わせを予測する情報技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費（PD） 2025年4月 - 2028年3月

難波里子
治療効果を高める薬剤組み合わせを予測する情報技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費（DC1） 2023年3月 - 2025年3月

難波里子
From drug repositioning to target repositioning: prediction of therapeutic targets using genetically perturbed transcriptomic signatures

The 30th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2022) Travel Fellowship 2022年7月 - 2022年7月

難波里子

メディア報道

創薬の宝さがしAI、誕生！

名古屋大学フロントライン 2025年6月27日インターネットメディア
遺伝子の異常、病気ごとに学習名古屋大グループが創薬AI開発、希少疾患に威力発揮

中日新聞朝刊 2025年5月26日新聞・雑誌
遺伝子の異常、病気ごとに学習名古屋大グループが創薬AI開発、希少疾患に威力発揮

中日新聞web 医療 2025年5月25日新聞・雑誌
希少疾患の創薬標的分子を予測するAIを開発

難病・希少疾患情報サイト RareS. 2025年5月15日インターネットメディア
希少疾患の創薬標的分子を予測できるAIを開発～ゲノムと遺伝子発現を融合し、難治性疾患の治療法の開拓へ～

名古屋大学研究成果発信サイト 2025年4月21日インターネットメディア
希少疾患の創薬標的分子を予測できるAIを開発～ゲノムと遺伝子発現を融合し、難治性疾患の治療法の開拓へ～

日本の研究.com 2025年4月21日インターネットメディア
国際会議参加報告 ISMB2022

日本バイオインフォマティクス学会日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター第42号 2023年1月31日会誌・広報誌
生体分子と疾患のビッグデータから治療標的分子を高精度で予測するAIを開発

日本最大の化学ポータルサイトChem-Station スポットライトリサーチ第408回 2022年8月16日インターネットメディア
生体分子と疾患のビッグデータから治療標的分子を高精度で予測するAIを開発

九州工業大学プレスリリース 2022年7月4日インターネットメディア