清水敏之 (Toshiyuki Shimizu) - マイポータル

基本情報

所属: 東京大学大学院薬学系研究科蛋白構造生物学教室教授

学位: 博士(薬学)

J-GLOBAL ID: 200901054348497880
researchmap会員ID: 1000193408

外部リンク: http://www.f.u-tokyo.ac.jp/~kouzou/

研究キーワード

研究分野

経歴

2010年5月 - 現在

東京大学大学院薬学系研究科, 蛋白構造生物学教室, 教授
2009年4月 - 2010年4月

横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 准教授
2005年4月 - 2009年3月

横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 準教授
2001年4月 - 2005年3月

横浜市立大学, 総合理学研究科, 助教授
1995年 - 2001年

奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス研究科助手
1989年 - 1995年

キリンビール（株）
1989年 - 1993年

蛋白工学研究所研究員

学歴

- 1989年

東京大学, 薬学系研究科
- 1987年

東京大学, 薬学部

受賞

2007年

薬学研究ビジョン部会賞

論文

187

Cryo-EM structures of the zinc transporters ZnT3 and ZnT4 provide insights into their transport mechanisms.

Hanako Ishida, Riri Yo, Zhikuan Zhang, Toshiyuki Shimizu, Umeharu Ohto

FEBS letters 2024年10月30日
RNA recognition in toll-like receptor signaling.

Toshiyuki Shimizu

Current opinion in structural biology 88 102913-102913 2024年10月
Cryo-EM analysis reveals human SID-1 transmembrane family member 1 dynamics underlying lipid hydrolytic activity.

Yoshinori Hirano, Umeharu Ohto, Ikuyo Ichi, Ryota Sato, Kensuke Miyake, Toshiyuki Shimizu

Communications biology 7(1) 664-664 2024年5月29日
Structural basis of hepatitis B virus receptor binding.

Jinta Asami, Jae-Hyun Park, Yayoi Nomura, Chisa Kobayashi, Junki Mifune, Naito Ishimoto, Tomoko Uemura, Kehong Liu, Yumi Sato, Zhikuan Zhang …

Nature structural & molecular biology 31(3) 447-454 2024年3月
Structural Perspective of the Double-Stranded RNA Transport Mechanism by SID-1 Family Proteins.

Yoshinori Hirano, Toshiyuki Shimizu

Biological & pharmaceutical bulletin 47(10) 1610-1615 2024年
Structural basis for thioredoxin-mediated suppression of NLRP1 inflammasome.

Zhikuan Zhang, Takuma Shibata, Akiko Fujimura, Jiro Kitaura, Kensuke Miyake, Umeharu Ohto, Toshiyuki Shimizu

Nature 622(7981) 188-194 2023年10月
Discovery of a cystathionine γ-lyase (CSE) selective inhibitor targeting active-site pyridoxal 5'-phosphate (PLP) via Schiff base formation.

Honami Echizen, Kenjiro Hanaoka, Kazuhito Shimamoto, Ryota Hibi, Sachiko Toma-Fukai, Hisashi Ohno, Eita Sasaki, Toru Komatsu, Tasuku Ueno, Yukihiro Tsuchiya …

Scientific reports 13(1) 16456-16456 2023年9月30日
TLR7/8 stress response drives histiocytosis in SLC29A3 disorders.

Takuma Shibata, Ryota Sato, Masato Taoka, Shin-Ichiroh Saitoh, Mayumi Komine, Kiyoshi Yamaguchi, Susumu Goyama, Yuji Motoi, Jiro Kitaura, Kumi Izawa …

The Journal of experimental medicine 220(9) 2023年9月4日
TLR3 forms a laterally aligned multimeric complex along double-stranded RNA for efficient signal transduction

Kentaro Sakaniwa, Akiko Fujimura, Takuma Shibata, Hideki Shigematsu, Toru Ekimoto, Masaki Yamamoto, Mitsunori Ikeguchi, Kensuke Miyake, Umeharu Ohto, Toshiyuki Shimizu

Nature Communications 14(1) 2023年1月11日
Structural insight into the activation of an Arabidopsis organellar C-to-U RNA editing enzyme by active site complementation.

Sachiko Toma-Fukai, Yuto Sawada, Ayako Maeda, Hikaru Shimizu, Toshiharu Shikanai, Mizuki Takenaka, Toshiyuki Shimizu

The Plant cell 2022年11月7日
Structure of SARS-CoV-2 membrane protein essential for virus assembly.

Zhikuan Zhang, Norimichi Nomura, Yukiko Muramoto, Toru Ekimoto, Tomoko Uemura, Kehong Liu, Moeko Yui, Nozomu Kono, Junken Aoki, Mitsunori Ikeguchi …

Nature communications 13(1) 4399-4399 2022年8月5日査読有り
Discovery of a lectin domain that regulates enzyme activity in mouse N-acetylglucosaminyltransferase-IVa (MGAT4A).

Masamichi Nagae, Tetsuya Hirata, Hiroaki Tateno, Sushil K Mishra, Noriyoshi Manabe, Naoko Osada, Yuko Tokoro, Yoshiki Yamaguchi, Robert J Doerksen, Toshiyuki Shimizu …

Communications biology 5(1) 695-695 2022年7月19日
Structure of the bile acid transporter and HBV receptor NTCP.

Jinta Asami, Kanako Terakado Kimura, Yoko Fujita-Fujiharu, Hanako Ishida, Zhikuan Zhang, Yayoi Nomura, Kehong Liu, Tomoko Uemura, Yumi Sato, Masatsugu Ono …

Nature 606(7916) 1021-1026 2022年6月査読有り
Structural basis for the oligomerization-mediated regulation of NLRP3 inflammasome activation.

Umeharu Ohto, Yukie Kamitsukasa, Hanako Ishida, Zhikuan Zhang, Karin Murakami, Chie Hirama, Sakiko Maekawa, Toshiyuki Shimizu

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119(11) e2121353119 2022年3月15日
TLR3は効率的なシグナル伝達のためにdsRNA上で多量体を形成する

坂庭賢太朗, 柴田琢磨, 重松秀樹, 山本雅貴, 三宅健介, 大戸梅治, 清水敏之

日本薬学会年会要旨集 142年会 27C-am05S 2022年3月
The structure of NLRP9 reveals a unique C-terminal region with putative regulatory function.

Yukie Kamitsukasa, Kenji Nakano, Karin Murakami, Kunio Hirata, Masaki Yamamoto, Toshiyuki Shimizu, Umeharu Ohto

FEBS letters 596(7) 876-885 2022年1月28日
Structural Diversity of Ubiquitin E3 Ligase.

Sachiko Toma-Fukai, Toshiyuki Shimizu

Molecules (Basel, Switzerland) 26(21) 2021年11月4日
Tetrasubstituted imidazoles as incognito Toll-like receptor 8 a(nta)gonists.

Yi Yang, Adam Csakai, Shuangshuang Jiang, Christina Smith, Hiromi Tanji, Jian Huang, Torey Jones, Kentaro Sakaniwa, Lindsey Broadwell, Chengrui Shi …

Nature communications 12(1) 4351-4351 2021年7月16日
Improving particle quality in cryo-EM analysis using a PEGylation method.

Zhikuan Zhang, Hideki Shigematsu, Toshiyuki Shimizu, Umeharu Ohto

Structure (London, England : 1993) 29(10) 1192-1199 2021年5月22日
Structural and functional understanding of the toll-like receptors.

Jinta Asami, Toshiyuki Shimizu

Protein science : a publication of the Protein Society 2021年2月12日

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MISC

植物オルガネラC-to-U RNA編集酵素DYW1の結晶構造解析

藤間祥子, 藤間祥子, 澤田優斗, 前田彩子, 清水光, 鹿内利治, 竹中瑞樹, 清水敏之

日本結晶学会年会講演要旨集 2023 2023年
植物オルガネラのRNA編集酵素が複合体形成によって活性化される機構

竹中瑞樹, 藤間祥子, BRODY Frink, WANG Tenghua, 竹中佐知, 鹿内利治, 清水敏之

日本植物生理学会年会(Web) 64th 2023年
B型肝炎ウイルス受容体NTCPの構造解析

浅見仁太, 木村香菜子, 藤田陽子, 藤田陽子, 藤田陽子, 石田英子, ZHANG Zhikuan, 野村弥生, LIU Kehong, 植村智子 …

日本薬学会年会要旨集(Web) 142nd 2022年
胆汁酸トランスポーターNTCPを介したB型肝炎ウイルスの侵入に関する構造的洞察

木村香菜子, 浅見仁太, 藤田陽子, 石田英子, 張志寛, 野村弥生, 劉紅, 植村智子, 佐藤有美, 小野真嗣 …

日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web) 69th 2022年
PPARg核内輸送機構の構造生物学的研究

藤間祥子, 中村雄太郎, 寺谷俊昭, 川本晃大, 清水光, 廣瀬未果, 端山浩輝, 大畑慎也, 林有吾, 山崎洋一 …

日本薬学会年会要旨集(Web) 142nd 2022年
植物オルガネラC-to-U RNA編集酵素DYW-1の構造生物研究

藤間祥子, 藤間祥子, 澤田優斗, 前田彩子, 清水光, 鹿内利治, 竹中瑞樹, 清水敏之

量子ビームサイエンスフェスタ(Web) 2021 2022年
強度クラスタリング法を利用した蛋白質複合体の結晶内構造多型の同定

藤間祥子, 端山浩輝, 松浦滉明, 坂井直樹, 平田邦生, 松谷優輝, 清水光, 大畑慎也, 林有吾, 山崎洋一 …

日本結晶学会年会講演要旨集 2020 (CD-ROM) 2020年
上衣腫原因融合タンパク質C11orf95-RelAの核移行機構

内田有紀, 栄祐美, 松谷優輝, 石井雅樹, 藤間祥子, 藤間祥子, 清水敏之, 堅田利明, 堅田利明, 大畑慎也 …

日本薬学会関東支部大会講演要旨集 64th 2020年
液-液相分離制御因子として働く蛋白質アルギニンメチル化酵素(PRMT1)の構造生物研究

藤間祥子, 金俊逹, 越村日向子, 林有吾, 山崎洋一, 清水敏之, 深水昭吉, 上久保裕生

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 43rd 2020年
近年の技術革新と解かれた構造 7.X線結晶構造解析-自然免疫受容体TLR7ファミリー活性化機構の新局面

清水敏之

実験医学 38(5) 2020年
GCN5 PCAFホモロジードメインの結晶構造は,非定型のユビキチンリガーゼ構造を明らかにする

藤間祥子, 藤間祥子, 日比亮太, 長沼孝雄, 酒井真志人, 松本道宏, 清水敏之

日本生化学会大会(Web) 93rd 2020年
Cystathionineβ-synthase(CBS)に対する選択的阻害剤の開発

越膳ほなみ, 花岡健二郎, 藤間祥子, 土屋幸弘, 渡邊泰男, 岡部隆義, 清水敏之, 浦野泰照, 浦野泰照, 浦野泰照

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 139th 2019年
TLR4-MD-2の内在性リガンドとしてのガングリオシドGM3

藤居真優, 樺山一哉, 樺山一哉, 樺山一哉, 下山敦史, 狩野裕孝, 井ノ口仁一, 大戸梅治, 清水敏之, 深瀬浩一 …

日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM) 99th 2019年
構造生物学の最前線【タンパク質X線結晶学の最前線】

清水敏之

月刊細胞 51(12) 2019年
自然免疫を担う病原体センサー蛋白質の構造基盤の解明と創薬展開

大戸梅治, 清水敏之

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 139th 2019年
自然免疫におけるToll様受容体の活性制御機構の解明

清水敏之

上原記念生命科学財団研究報告集(CD-ROM) 33 2019年
自然免疫における一本鎖核酸認識受容体の構造解明およびその応用

清水敏之

戦略的創造研究推進事業CREST終了報告書(Web) 2019 2019年
シッフ塩基形成を利用した活性イオウ分子産生酵素阻害剤の開発

越膳ほなみ, 花岡健二郎, 島本一史, 日比亮太, 藤間祥子, 清水敏之, 浦野泰照, 浦野泰照, 浦野泰照

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 138th 2018年
シッフ塩基形成を利用した活性イオウ分子産生酵素阻害剤の開発

越膳ほなみ, 花岡健二郎, 島本一史, 日比亮太, 藤間祥子, 土屋幸弘, 渡邊泰男, 岡部隆義, 清水敏之, 浦野泰照 …

日本酸化ストレス学会学術集会プログラム・抄録集 71st 2018年
新規グアニンヌクレオチド交換因子SmgGDSによるRhoA認識機構の構造基盤

清水光, 藤間祥子, 紺谷圏二, 堅田利明, 清水敏之

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 138th 2018年

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

植物NLRによる免疫活性化とそれに対抗した病原菌エフェクターの進化の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2024年4月 - 2028年3月

川崎努, 清水敏之, 清水元樹
自然免疫応答の起点となるリソソームーリソソーム環境場の重要性ー

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2023年4月 - 2027年3月

清水敏之, 柴田琢磨
リソソームにおける自己指向性核酸認識の分子構造基盤解明

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2022年6月 - 2027年3月

三宅健介, 清水敏之, 淺原弘嗣
Toll様受容体の応答を決定する時空間リソソームダイナミクス

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業 CREST 2021年 - 2026年

清水敏之
糖鎖を利用したクライオ電子顕微鏡解析の問題克服と自然免疫受容体TLRへの応用

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2023年3月

清水敏之
自然免疫センサーの動作機構と新規制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2019年4月 - 2022年3月

清水敏之, 柴田琢磨
自然免疫に関わる分子群の構造基盤の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2016年4月 - 2019年3月

清水敏之
自然免疫における一本鎖核酸認識受容体の構造解明およびその応用

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業 CREST 2013年 - 2019年

清水敏之
核酸を認識するToll様受容体の構造科学的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2013年4月 - 2016年3月

清水敏之
生命素子による転写環境とエネルギー代謝のクロストーク

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2016年3月

深水昭吉, 五十嵐和彦, 中尾光善, 菅澤薫, 本橋ほづみ, 矢作直也, 清水敏之, 佐々木裕之, 米田悦啓, 春日雅人
代謝とクロストークする転写環境形成因子の構造科学的な解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2016年3月

清水敏之, 藤間祥子, 仲島由佳
相同組換えに関わる分裂酵母Rad51‐Swi5‐Sfr1複合体の構造生物学的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2011年 - 2012年

桑原直之, 佐藤衛, 池口満徳, 岩崎博史, 清水敏之
相同組み換えを制御する新規メディエーターの構造科学的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2010年 - 2012年

清水敏之
リコンビナーゼとその活性化因子との複合体構造を通した鎖交換反応の構造基盤の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年 - 2011年

清水敏之
植物自然免疫を担う活性酸素生成酵素の制御機構の構造生物学的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2009年 - 2010年

清水敏之
メチル基転移領域を有する新規核小体蛋白質とその複合体の構造基盤の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2008年 - 2010年

清水敏之
立体構造を基にしたヒストン修飾酵素の認識機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2006年 - 2007年

清水敏之
新規カルシウムセンサーによる標的分子の認識機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2005年 - 2006年

清水敏之
ヒストン修飾酵素によるヒストン認識機構の構造的基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2005年 - 2005年

清水敏之, 佐藤衛
カルシウムによる新規活性制御機構の構造的基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2003年 - 2004年

清水敏之, 橋本博

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論文

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