大里直樹 (Naoki Osato) - マイポータル

基本情報

所属: 東京科学大学生命理工学院特任准教授
: 早稲田大学理工学術院総合研究所招聘研究員

学位: 学術博士(2007年3月筑波大学)

研究者番号: 50509536
J-GLOBAL ID: 201601007961419539
researchmap会員ID: B000264061

研究キーワード

研究分野

受賞

2024年12月

優秀プレゼンテーション賞, ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる DNA結合タンパク質の解析と応用, 情報処理学会第79回バイオ情報学研究会

大里直樹
2024年4月

The Journal of Translational Genetics and Genomics (JTGG) Award, Human Genome Meeting (HGM)

Naoki Osato
2018年8月

山下記念研究賞, Characteristic of functional enrichment of putative transcriptional target genes and its application, 情報処理学会

大里直樹
2018年5月

優秀プレゼンテーション賞, Characteristics of functional enrichement of putative transcriptional target genes and its application, 情報処理学会第52回バイオ情報学研究会

大里直樹

論文

Clustering of Full-Length cDNA Clones Based on Both End Sequences

Osato Naoki, Konno Hideki, Itoh Masayoshi, Condo Shinji, Kawai Jun, Shibata Kazuhiro, Shinagawa Akira, Apache Jun, Fukuda Shiro, Ota Yoshimi …

Genome Informatics 11 374-375 2000年査読有り
Removal of polyA tails from full-length cDNA libraries for high-efficiency sequencing

Shibata, I, P Carninci, K Sato, N Hayatsu, T Shiraki, Y Ishii, T Arakawa, A Hara, N Ohsato, M Izawa …

BIOTECHNIQUES 31(5) 1042-+ 2001年11月査読有り
A computer-based method of selecting clones for a full-length cDNA project: Simultaneous collection of negligibly redundant and variant cDNAs

N Osato, M Itoh, H Konno, S Kondo, K Shibata, P Carninci, T Shiraki, A Shinagawa, T Arakawa, S Kikuchi …

GENOME RESEARCH 12(7) 1127-1134 2002年7月査読有り
Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs

Y Okazaki, M Furuno, T Kasukawa, J Adachi, H Bono, S Kondo, Nikaido, I, N Osato, R Saito, H Suzuki …

NATURE 420(6915) 563-573 2002年12月査読有り
Antisense transcripts with rice full-length cDNAs.

Osato N, Yamada H, Satoh K, Ooka H, Yamamoto M, Suzuki K, Kawai J, Carninci P, Ohtomo Y, Murakami K …

Genome biology 5(1) R5 2003年査読有り
Antisense transcripts with FANTOM2 clone set and their implications for gene regulation

H Kiyosawa, Yamanaka, I, N Osato, S Kondo, Y Hayashizaki

GENOME RESEARCH 13(6B) 1324-1334 2003年6月査読有り
Targeting a complex transcriptome: The construction of the mouse full-length cDNA encyclopedia

P Carninci, K Waki, T Shiraki, H Konno, K Shibata, M Itoh, K Aizawa, T Arakawa, Y Ishii, D Sasaki …

GENOME RESEARCH 13(6B) 1273-1289 2003年6月査読有り
Collection, mapping, and annotation of over 28,000 cDNA clones from japonica rice

S Kikuchi, K Satoh, T Nagata, N Kawagashira, K Doi, N Kishimoto, J Yazaki, M Ishikawa, H Yamada, H Ooka …

SCIENCE 301(5631) 376-379 2003年7月査読有り
Comprehensive analysis of NAC family genes in Oryza sativa and Arabidopsis thaliana

H Ooka, K Satoh, K Doi, T Nagata, Y Otomo, K Murakami, K Matsubara, N Osato, J Kawai, P Carninci …

DNA RESEARCH 10(6) 239-247 2003年12月査読有り
Antisense transcripts with rice full-length cDNAs

N Osato, H Yamada, K Satoh, H Ooka, M Yamamoto, K Suzuki, J Kawai, P Carninci, Y Ohtomo, K Murakami …

GENOME BIOLOGY 5(1) 2004年査読有り
Identification of region-specific transcription factor genes in the adult mouse brain by medium-scale real-time RT-PCR

H Suzuki, R Okunishi, W Hashizume, S Katayama, N Ninomiya, N Osato, K Sato, M Nakamura, J Iida, M Kanamori …

FEBS LETTERS 573(1-3) 214-218 2004年8月査読有り
A genome-wide and nonredundant mouse transcription factor database

M Kanamori, H Konno, N Osato, J Kawai, Y Hayashizaki, H Suzuki

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 322(3) 787-793 2004年9月査読有り
Development of a Computer-Based Method for a Full-Length cDNA Project and Discovery of Cis Sense-Antisense mRNAs with Full-Length cDNAs

大里直樹

筑波大学博士論文 2007年査読有り
Curated genome annotation of Oryza sativa ssp. japonica and comparative genome analysis with Arabidopsis thaliana: The Rice Annotation Project

Takeshi Itoh, Tsuyoshi Tanaka, Roberto A. Barrero, Chisato Yamasaki, Yasuyuki Fujii, Phillip B. Hilton, Baltazar A. Antonio, Hideo Aono, Rolf Apweiler, Richard Bruskiewich …

Genome Research 17(2) 175-183 2007年2月査読有り
Transcriptional interferences in cis natural antisense transcripts of humans and mice

Naoki Osato, Yoshiyuki Suzuki, Kazuho Ikeo, Takashi Gojobori

GENETICS 176(2) 1299-1306 2007年6月査読有り
The evolutionary emergence of cell type-specific genes inferred from the gene expression analysis of Hydra

Jung Shan Hwang, Hajime Ohyanagi, Shiho Hayakawa, Naoki Osato, Chiemi Nishimiya-Fujisawa, Kazuho Ikeo, Charles N. David, Toshitaka Fujisawa, Takashi Gojobori

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 104(37) 14735-14740 2007年9月査読有り
The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts

Chisato Yamasaki, Katsuhiko Murakami, Yasuyuki Fujii, Yoshiharu Sato, Erimi Harada, Jun-Ichi Takeda, Takayuki Taniya, Ryuichi Sakate, Shingo Kikugawa, Makoto Shimada …

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 36(Database issue) D793-D799 2008年1月査読有り
Insertional mutagenesis by the Tol2 transposon-mediated enhancer trap approach generated mutations in two developmental genes: tcf7 and synembryn-like

Saori Nagayoshi, Eriko Hayashi, Gembu Abe, Naoki Osato, Kazuhide Asakawa, Akihiro Urasaki, Kazuki Horikawa, Kazuho Ikeo, Hiroyuki Takeda, Koichi Kawakami

DEVELOPMENT 135(1) 159-169 2008年1月査読有り
Chromosome-biased binding and gene regulation by the Caenorhabditis elegans DRM complex.

Tabuchi TM, Deplancke B, Osato N, Zhu LJ, Barrasa MI, Harrison MM, Horvitz HR, Walhout AJ, Hagstrom KA

PLoS genetics 7(5) e1002074 2011年5月査読有り
Chromosome-Biased Binding and Gene Regulation by the Caenorhabditis elegans DRM Complex

Tomoko M. Tabuchi, Bart Deplancke, Naoki Osato, Lihua J. Zhu, M. Inmaculada Barrasa, Melissa M. Harrison, H. Robert Horvitz, Albertha J. M. Walhout, Kirsten A. Hagstrom

PLOS GENETICS 7(5) 2011年5月査読有り

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書籍等出版物

Cell type–specific functions of nucleic acid-binding proteins revealed by deep learning on co-expression networks.

Naoki Osato, Kengo Sato

情報処理学会研究報告 Vol.2025-BIO-82 No.62 2025年6月
ヒト遺伝子発現制御のインシュレータと関わるDNA結合タンパク質の発見

大里直樹

情報処理学会第87回全国大会講演論文集 2025年3月
ヒトの遺伝子発現制御の相互作用を遺伝子発現量やゲノムDNA配列から予測する手法の開発

大里直樹

情報処理学会研究報告 Vol.2025-BIO-81 No.17 2025年3月
ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる DNA 結合タンパク質の解析と応用

大里直樹

情報処理学会研究報告 Vol.2024-BIO-79 No.3 2024年9月
ヒト遺伝子発現制御のインシュレータと関わるDNA結合タンパク質の発見

大里直樹, 浜田道昭

情報処理学会第86回全国大会講演論文集 2024年3月
Topics 機械学習による遺伝子転写制御に関わる因子の探索

大里直樹、浜田道昭

月刊細胞, ニューサイエンス社 2022年11月
Topics 実験データ解析と機械学習による転写制御因子の探索、特集エピトランスクリプトミクス

大里直樹、浜田道昭

月刊細胞、ニューサイエンス社 2021年12月
Topics 実験データ解析による転写制御因子の探索、特集ゲノムデータを駆使した医学研究

大里直樹

月刊細胞、ニューサイエンス社 2021年7月
ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発

大里直樹, 浜田道昭

情報処理学会研究報告 Vol.2021-BIO-67 No.6 2021年
ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発

大里直樹, 浜田道昭

情報処理学会研究報告 Vol.2021-BIO-68 No.2 2021年
Bioinformatics Approaches for Determining the Functional Impact of Repetitive Elements on Non-coding RNAs

Chao Zeng, Atsushi Takeda, Kotaro Sekine, Naoki Osato, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada (担当:共著)

Preprints 2021年
Characteristic of functional enrichments of putative transcriptional target genes and its application

Naoki Osato

IPSJ SIG Technical Report, Vol.2017-BIO-52 No.1 2017年
ゲノムの進化、淘汰、中立生物の科学遺伝別冊No.20 進化でどこまでわかるか？

Giorgio Bernardi 著, 大里直樹, 五條堀孝

NTS 2007年
Genome Science of Vertebrate

Osato N, Kiyosawa H, Kawai J, Hayashizaki Y

EOLSS (The Encyclopedia of Life Support Systems), UNESCO 2004年
分子生物学のためのバイオインフォマティクス入門

大里直樹 (担当:単訳, 範囲:第9章エピローグ：DNAを用いたコンピュータ)

共立出版株式会社 2001年
解読されたゲノム情報をどう活かすか現代化学増刊40号

近藤伸二, 大里直樹 (担当:共著, 範囲:3. ヒト総遺伝子数)

東京化学同人 2001年

講演・口頭発表等

133

Cell type–specific functions of nucleic acid-binding proteins revealed by deep learning on co-expression networks.

Naoki Osato, Kengo Sato

第82回バイオ情報学研究会 2025年6月23日
ヒト遺伝子発現制御のインシュレータと関わる DNA結合タンパク質の発見

大里直樹

情報処理学会第87回全国大会 2025年3月14日
ヒトの遺伝子発現制御の相互作用を遺伝子発現量やゲノムDNA配列から予測する手法の開発

大里直樹

第81回バイオ情報学研究会 2025年3月7日
ヒト遺伝子発現制御のインシュレータと関わるDNA結合タンパク質の発見

大里直樹

第47回日本分子生物学会年会 2024年11月27日
AI-based interaction analysis between DNA/RNA-binding proteins and genes from gene expression correlation

Naoki Osato

1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC) 2024年10月23日
Systematic discovery of directional regulatory motifs associated with human insulator sites

Naoki Osato

1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC) 2024年10月22日
ヒト遺伝子発現制御のインシュレータに関わる DNA結合タンパク質の解析と応用

大里直樹

第79回バイオ情報学研究会 2024年9月6日
ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の網羅的探索と発見

大里直樹

日本遺伝学会第96回大会 2024年9月4日
Systematic discovery of directional regulatory motifs associated with human insulator sites

Naoki Osato

Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) 2024年7月13日
Systematic discovery of regulatory motifs associated with human insulator sites

Naoki Osato

Human Genome Meeting (HGM) 2024年4月8日
ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わるDNA結合タンパク質の予測と発見

大里直樹, 浜田道昭

情報処理学会第86回全国大会 2024年3月16日
Systematic discovery of regulatory motifs associated with an insulator function for human enhancer-promoter interactions

Naoki Osato, Michiaki Hamada

ERATO International Symposium on Chromatin Architecture: Structure and Function 2023年1月
ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見

大里直樹, 浜田道昭

第45回日本分子生物学会年会 2022年12月1日
ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見

大里直樹, 浜田道昭

第45回日本分子生物学会年会 2022年11月30日
ヒト遺伝子発現制御のインシュレータ機能に関わる転写因子の予測と発見

大里直樹, 浜田道昭

日本遺伝学会第94回大会 2022年9月15日
ヒトのクロマチン相互作用のインシュレータ機能と関わる転写因子の網羅的な解析と発見

大里直樹, 浜田道昭

第11回生命医薬情報学連合大会 2022年9月14日
Systematic discovery of regulatory motifs associated with the insulator function of human enhancer-promoter interactions

Naoki Osato, Michiaki Hamada

Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) 2022年7月
ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発

大里直樹、浜田道昭

第44回日本分子生物学会年会 2021年12月3日
ヒトのエンハンサーと遺伝子相互作用や転写制御に影響する、方向性のある転写因子DNA結合配列の解析法の開発

大里直樹, 浜田道昭

第68回バイオ情報学研究会 2021年11月30日
深層学習を用いた、ヒトのエンハンサー・遺伝子相互作用に影響する転写因子の解析.

大里直樹, 浜田道昭

JST CREST 「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新[バイオDX]」キックオフシンポジウム「バイオDXの最前線 2021年11月21日

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所属学協会

2026年4月

人工知能学会
2023年3月

（資格）JDLA Deep Learning for Engineer 2023#1
2022年12月

（資格）バイオインフォマティクス技術者認定試験
2022年11月

（資格）JDLA Deep Learning for General 2022#3
International Society of Computational Biology
情報処理学会
日本遺伝学会
日本分子生物学会
日本バイオインフォマティクス学会
日本RNA学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

深層学習による非コードDNA領域の機能と遺伝子発現制御の解明

大川情報通信基金研究助成 2025年3月 - 2026年3月

大里直樹
深層学習による遺伝子発現制御ネットワーク解析技術の開発

カシオ科学振興財団研究助成 2022年11月 - 2026年1月
エンハンサーに関わるDNA配列と遺伝子発現に影響する転写因子の網羅的な探索

住友財団基礎科学研究助成 2021年11月 - 2024年11月
深層学習による生物実験データ解析法と研究仮説検証法の開発

早稲田大学早大理工総研ーキオクシア若手奨励研究 2021年 - 2022年2月

大里直樹
遺伝子転写制御のゲノムワイドな予測法の開発

大阪大学情報科学研究科スタートアッププログラム 2020年 - 2021年3月

大里直樹
線虫のゲノムワイドな転写制御ネットワーク解析

山田科学振興財団海外長期間派遣援助 2009年4月 - 2010年3月

大里直樹
統計モデルによるゲノムワイドな遺伝子転写カスケード解析法の開発

文部科学省科学研究費補助金基盤研究（C）

大里直樹