清水直登 (Naoto Shimizu) - マイポータル

基本情報

所属: 厚生労働省　国立医薬品食品衛生研究所再生・細胞医療製品部研究員

学位: 博士（医学）(2021年3月京都大学)

研究者番号: 10911589
J-GLOBAL ID: 202101001814671410
researchmap会員ID: R000027344

研究キーワード

研究分野

経歴

2024年4月 - 現在

国立医薬品食品衛生研究所, 再生・細胞医療製品部, 研究員
2021年4月 - 2024年3月

広島大学, 統合生命科学研究科, 育成助教

学歴

2017年4月 - 2021年3月

京都大学大学院, 医学研究科, 医学専攻
2015年4月 - 2017年3月

筑波大学大学院, 人間総合科学研究科, フロンティア医科学専攻
2011年4月 - 2015年3月

首都大学東京 (現東京都立大学), 都市教養学部, 都市教養学科理工学系化学コース

論文

Real-time visualization of spatial and temporal coordination in resolvase-mediated Holliday junction binding

Ryosuke Morozumi, Yusaku Hamada, Naoto Shimizu, Kazuki Izawa, Nobuo N. Noda, Kei-ichi Sugiyama, Masataka Tsuda

iScience 29(5) 115620-115620 2026年5月15日査読有り
A chemical labeling method for selective conjugation to DNA 3′-phosphoglycolate termini

Ryosuke Morozumi, Naoto Shimizu, Tomoko Amimoto, Junpei Yamamoto, Masataka Tsuda

Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids 1-11 2026年3月20日査読有り
Role of TDP2 in the repair of DNA damage induced by the radiomimetic drug Bleomycin

Naoto Shimizu, Kazuki Izawa, Mubasshir Washif, Ryosuke Morozumi, Kouji Hirota, Masataka Tsuda

Genes and Environment 47(1) 2025年3月28日査読有り筆頭著者
Changes in repair pathways of radiation-induced DNA double-strand breaks at the midblastula transition in Xenopus embryo

Ryosuke Morozumi, Naoto Shimizu, Kouhei Tamura, Makoto Nakamura, Atsushi Suzuki, Hiroko Ishiniwa, Hiroshi Ide, Masataka Tsuda

Journal of Radiation Research 65(3) 2024年4月20日査読有り筆頭著者
The proofreading exonuclease of leading-strand DNA polymerase epsilon prevents replication fork collapse at broken template strands

Tasnim Ahmad, Ryotaro Kawasumi, Tomoya Taniguchi, Takuya Abe, Kazuhiro Terada, Masataka Tsuda, Naoto Shimizu, Toshiki Tsurimoto, Shunichi Takeda, Kouji Hirota

Nucleic Acids Research 51(22) 12288-12302 2023年11月8日査読有り
Repair of topoisomerase 1-induced DNA damage by tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 (TDP2) is dependent on its magnesium binding

Naoto Shimizu, Yusaku Hamada, Ryosuke Morozumi, Junpei Yamamoto, Shigenori Iwai, Kei-ichi Sugiyama, Hiroshi Ide, Masataka Tsuda

Journal of Biological Chemistry 299(8) 104988-104988 2023年6月29日査読有り筆頭著者
ATM suppresses c-Myc overexpression in the mammary epithelium in response to estrogen

Rifat Ara Najnin, Md Rasel Al Mahmud, Md Maminur Rahman, Shunichi Takeda, Hiroyuki Sasanuma, Hisashi Tanaka, Yasuhiro Murakawa, Naoto Shimizu, Salma Akter, Masatoshi Takagi …

Cell Reports 42(1) 111909-111909 2023年1月31日査読有り
XRCC1 counteracts PARP poisons, Olaparib and Talazoparib, and a clinical alkylating agent, Temozolomide, by promoting the removal of trapped PARP1 from broken DNA

Kouji Hirota, Masato Ooka, Naoto Shimizu, Kousei Yamada, Masataka Tsuda, Mahmoud Abdelghany Ibrahim, Shintaro Yamada, Hiroyuki Sasanuma, Mitsuko Masutani, Shunichi Takeda

Genes to Cells 27(5) 331-344 2022年2月23日査読有り
Repair pathways for radiation DNA damage under normoxic and hypoxic conditions: Assessment with a panel of repair-deficient human TK6 cells

Masataka Tsuda, Naoto Shimizu, Hinako Tomikawa, Ryosuke Morozumi, Hiroshi Ide

Journal of Radiation Research 62(6) 999-1004 2021年9月25日査読有り
The MRE11 nuclease promotes homologous recombination not only in DNA double-strand break resection but also in post-resection in human TK6 cells

Naoto Shimizu, Remi Akagawa, Shunichi Takeda, Hiroyuki Sasanuma

Genome Instability & Disease 1 184-196 2020年6月30日査読有り筆頭著者
Topoisomerase I-driven repair of UV-induced damage in NER-deficient cells

Liton Kumar Saha, Mitsuo Wakasugi, Salma Akter, Rajendra Prasad, Samuel H. Wilson, Naoto Shimizu, Hiroyuki Sasanuma, Shar-yin Naomi Huang, Keli Agama, Yves Pommier …

Proceedings of the National Academy of Sciences 117(25) 14412-14420 2020年6月8日査読有り
ALC1/CHD1L, a chromatin-remodeling enzyme, is required for efficient base excision repair

Masataka Tsuda, Kosai Cho, Masato Ooka, Naoto Shimizu, Reiko Watanabe, Akira Yasui, Yuka Nakazawa, Tomoo Ogi, Hiroshi Harada, Keli Agama …

PLOS ONE 12(11) e0188320 2017年11月17日査読有り
Distinct DNA Damage Spectra Induced by Ionizing Radiation in Normoxic and Hypoxic Cells

Naoto Shimizu, Masato Ooka, Tokiyo Takagi, Shunichi Takeda, Kouji Hirota

Radiation Research 184(4) 442-448 2015年10月1日査読有り筆頭著者

MISC

新規DNA修復機構に着目した新たながん治療法

清水直登, 津田雅貴

月刊細胞 56(2) 36-38 2024年1月20日
放射線が誘発するDNA二本鎖切断の修復中間体解消機構の解明

清水直登

放影協ニュース 4(114) 15-16 2023年4月招待有り
アルコール代謝によって誘発するDNA-タンパク質複合体の解毒機構の解明

津田雅貴, 清水直登

公益財団法人アサヒグループ学術振興財団 2023年3月
DNA末端に共有結合したトポイソメラーゼ2の除去における大豆イソフラボンの影響

津田雅貴, 清水直登

大豆たん白質研究報告会記録 26(44) 195-199 2023年
トポイソメラーゼ阻害剤が引き起こすDNA損傷の修復機構

津田雅貴, 清水直登

月刊細胞 53(12) 792-794 2021年10月4日招待有り

講演・口頭発表等

構造特異的エンドヌクレアーゼによるホリデイジャンクション解消の空間的・時間的協調のリアルタイム一分子可視化

津田雅貴, 諸角涼介, 濵田優作, 清水直登, 伊澤和輝, 野田展生, 杉山圭一

第98回日本生化学会大会 2025年11月4日
Role of TDP2 in the repair of DNA damage induced by the radiomimetic drug Bleomycin

Shimizu Naoto, Izawa Kazuki, Washif Mubasshir, Morozumi Ryosuke, Hirota Kouji, Tsuda Masataka

日本放射線影響学会第68回大会/ 第6回アジア放射線研究会議(JRRS/ACRR2025) 合同大会 2025年10月25日
ネッタイツメガエル胚におけるDSB修復機構依存的な放射線感受性

諸角涼介, 清水直登, 津田雅貴, 石庭寛子, 井出博

日本放射線影響学会第68回大会/ 第6回アジア放射線研究会議(JRRS/ACRR2025) 合同大会 2025年10月25日
ネッタイツメガエルの中期胞胚転移時におけるDNA二本鎖切断の修復経路の変化

清水直登, 諸角涼介, 田村孝平, 中村誠, 鈴木厚, 石庭寛子, 井出博, 津田雅貴

第47回日本分子生物学会年会 2024年11月28日
TDP2によるDNA修復メカニズムを活用した疾患治療の可能性

津田雅貴, 清水直登, 濱田優作, 伊澤和輝

第47回日本分子生物学会年会 2024年11月27日
相同組換え中間体解消における動的変化を可視化する技術の開発

濱田優作, 清水直登, 津田雅貴

第46回日本分子生物学会年会 2023年12月7日
相同組換え中間体解消における動的変化の可視化

津田雅貴, 濵田優作, 清水直登

第46回日本分子生物学会年会 2023年12月7日
相同組換え中間体解消における動的変化を可視化する技術の開発

津田雅貴, 清水直登

日本環境変異原ゲノム学会第52回大会 2023年11月12日
チロシル-DNAホスホジエステラーゼ2(TDP2)による新たな DNA 修復機構の解明

清水直登, 井出博, 津田雅貴

日本環境変異原ゲノム学会第52回大会 2023年11月12日
相同組換え中間体解消における動的変化を可視化する技術の開発

津田雅貴, 濱田優作, 清水直登

日本放射線影響学会第66回大会 2023年11月6日
DNAにトラップされたタンパク質が引き起こすゲノム毒性とその関連疾患

津田雅貴, 清水直登, 笹沼博之, 武田俊一, 井出博

第50回日本毒性学会学術年会 2023年6月20日
Effects of Radiation on the Early Development of Sea Urchin and Xenopus in the Presence of DNA Repair Inhibitor

SHIMIZU Naoto, TSUDA Masataka, IDE Hiroshi

福島大学環境放射能研究所第9回成果報告会 2023年2月13日招待有り
低酸素条件下で X 線が誘発する DNA 損傷の修復機構―DNA 修復欠損細胞パネルを用いた解析

清水直登, 津田雅貴

日本環境変異原ゲノム学会第51回大会 2022年11月15日
Repair pathways for radiation DNA damage under normoxic and hypoxic conditions: Assessment with a panel of repair-deficient human TK6 cells

Naoto Shimizu, Hiroshi Ide, Masataka Tsuda

第7回ACEM (Asian Congress on Environmental Mutagens) 2022年11月5日
チロシル-DNAホスホジエステラーゼ2によるDNAにトラップされたトポイソメラーゼ1の除去機構

清水直登, 井出博, 津田雅貴

日本放射線影響学会第65回大会 2022年9月15日
DNA修復阻害剤下でウニおよびカエルの初期発生に及ぼす放射線の影響

津田雅貴, 清水直登, ショルカミ・マハムド, サレム・アミール, 井出博

福島大学環境放射能研究所第8回成果報告会 2022年2月28日
DNA二本鎖切断修復において、MRE11は相同組換え中間体の解消を促進する

清水直登, 武田俊一, 笹沼博之

第70回HiHA (Hiroshima Research Center for Healthy Aging) Webinar 2021年11月17日招待有り
Effects of tritiated water on the early development of sea urchin and Xenopus

Masataka TSUDA, Naoto SHIMIZU, Mahmoud SHOULKAMY, Amir SALEM, Hiroshi IDE

IER International Symposium Fukushima 2021年10月11日
チロシル-DNAホスホジエステラーゼを介した新規なDNA二本鎖切断修復経路

津田雅貴, 清水直登, 中野敏彰, 山元淳平, 岩井成憲, 井出博

日本放射線影響学会第64回大会 2021年9月22日
Repair pathways for radiation DNA damage under normoxic and hypoxic conditions: Assessment with a panel of repair-deficient human TK6 cells

Naoto Shimizu, Hiroshi Ide, Masataka Tsuda

日本放射線影響学会第64回大会 2021年9月22日

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担当経験のある科目(授業)

2021年4月 - 2024年3月

教養ゼミ (広島大学理学部生物科学科)
2021年4月 - 2024年3月

生物科学基礎実験I (広島大学理学部生物科学科)
2021年4月 - 2024年3月

生物科学基礎実験III (広島大学理学部生物科学科)
2021年4月 - 2024年3月

遺伝子化学Ａ (広島大学大学院統合生命科学研究科)
2021年4月 - 2024年3月

生命理学特論Ａ (広島大学大学院統合生命科学研究科)
2021年4月 - 2024年3月

生命理学特論Ｂ (広島大学大学院統合生命科学研究科)
2021年4月 - 2024年3月

先端生物学 (広島大学理学部生物科学科)
2021年4月 - 2024年3月

遺伝子化学演習 (広島大学理学部生物科学科)
2021年4月 - 2024年3月

生命医科学セミナー (広島大学大学院統合生命科学研究科)
2023年4月 - 2024年3月

生化学A (広島大学理学部生物科学科)

所属学協会

2025年1月 - 現在

日本再生医療学会
2022年9月 - 現在

日本環境変異原ゲノム学会
2021年6月 - 現在

日本放射線影響学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

環境放射能の動態と影響を解明する先端的研究

国立大学法人福島大学受託研究 2023年4月 - 2024年3月

嶋村正樹, 清水直登
指標生物を用いた放射性物質の生態系への影響研究

国立大学法人福島大学共同研究 2023年4月 - 2024年3月

嶋村正樹, 清水直登
MRE11の新機能に着目したMRNの動的構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2022年4月 - 2024年3月

清水直登
放射線が誘発するDNA二本鎖切断の修復中間体解消機構の解明

公益財団法人放射線影響協会研究奨励助成金 2022年2月 - 2024年3月

清水直登