西山総一郎 (Soichiro Nishiyama) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学農学研究科助教

学位: 博士（農学）(京都大学)

J-GLOBAL ID: 201801013623000497
researchmap会員ID: B000334665

研究キーワード

研究分野

環境・農学 / 園芸科学 /

経歴

学歴

2015年4月 - 2018年3月

京都大学大学院, 農学研究科, 博士後期課程
2013年4月 - 2015年3月

京都大学大学院, 農学研究科, 修士課程
2009年4月 - 2013年3月

京都大学, 農学部, 資源生物科学科

論文

Genetic insights into the dissolution of dioecy in diploid persimmon Diospyros oleifera Cheng.

Peng Sun, Soichiro Nishiyama, Huawei Li, Yini Mai, Weijuan Han, Yujing Suo, Chengzhi Liang, Huilong Du, Songfeng Diao, Yiru Wang …

BMC plant biology 23(1) 606-606 2023年11月30日
Three-dimensional fruit growth analysis clarifies developmental mechanisms underlying complex shape diversity in persimmon fruit.

Akane Kusumi, Soichiro Nishiyama, Ryutaro Tao

Journal of experimental botany 2023年11月21日責任著者
Integer programming for selecting set of informative markers in paternity inference.

Soichiro Nishiyama, Kengo Sato, Ryutaro Tao

BMC bioinformatics 23(1) 265-265 2022年7月8日筆頭著者責任著者
Phenotypic evaluation of shape diversity in persimmon fruit using two- and three-dimensional imaging

A. Kusumi, Y. Osako, R. Nakano, S. Nishiyama, R. Tao

Acta Horticulturae (1338) 263-268 2022年4月
Candidate gene analysis for ASTRINGENCY controlling fruit astringency in Diospyros kaki based on mRNA- and small RNA-sequencing analyses

Y. Fujiwara, S. Nishiyama, N. Onoue, R. Matsuzaki, K. Yonemori, R. Tao

Acta Horticulturae (1338) 269-276 2022年4月
Genome-Wide Identification of Loci Associated With Phenology-Related Traits and Their Adaptive Variations in a Highbush Blueberry Collection

Kyoka Nagasaka, Soichiro Nishiyama, Mao Fujikawa, Hisayo Yamane, Kenta Shirasawa, Ebrahiem Babiker, Ryutaro Tao

Frontiers in Plant Science 12 793679-793679 2022年1月21日責任著者
Characterization of Tissue-specific Transcriptomic Responses to Seedlessness Induction by Gibberellin in Table Grape

Soichiro Nishiyama, Daisuke Yoshimura, Akihiko Sato, Keizo Yonemori

The Horticulture Journal 2022年責任著者
Insights into the Physiological and Molecular Mechanisms Underlying Highbush Blueberry Fruit Growth Affected by the Pollen Source

Kyoka Nagasaka, Hisayo Yamane, Soichiro Nishiyama, Shu Ebihara, Ryusuke Matsuzaki, Masakazu Shoji, Ryutaro Tao

The Horticulture Journal 91(2) 140-151 2022年
Characterization of a gene co-expression network associated with mgst, the pollen modifier gene of gametophytic self-incompatibility in sweet cherry (prunus avium l.)

K. Ono, E. T. Chang, S. Nishiyama, A. Wünsch, R. Tao, K. Ono

Acta Horticulturae 1312 9-15 2021年6月
Frequent reversion and continuous size variation in the small fruit mutant 'totsutanenashi' persimmon

S. Wang, C. L. Tam, I. Naito, S. Nishiyama, R. Tao

Acta Horticulturae 1312 117-121 2021年6月
Genomics-based discrimination of 2n gamete formation mechanisms in polyploids: a case study in nonaploid Diospyros kaki ‘Akiou’

Peng Sun, Soichiro Nishiyama, Hideaki Asakuma, Roeland E Voorrips, Jianmin Fu, Ryutaro Tao

G3 Genes|Genomes|Genetics 11(8) 2021年5月29日責任著者
Allelic distribution at SNP loci within bud dormancy-related QTLs in Japanese apricot (Prunus mume) collections

T. Hsiang, W. Chen, H. Yamane, S. Nishiyama, R. Nakano, R. Tao

Acta Horticulturae 1312(1312) 17-24 2021年5月
Genomic insight into the developmental history of southern highbush blueberry populations.

Soichiro Nishiyama, Mao Fujikawa, Hisayo Yamane, Kenta Shirasawa, Ebrahiem Babiker, Ryutaro Tao

Heredity 126(1) 194-205 2021年1月筆頭著者責任著者
Functional and expressional analyses of apple FLC-like in relation to dormancy progress and flower bud development.

Soichiro Nishiyama, Miwako Cecile Matsushita, Hisayo Yamane, Chikako Honda, Kazuma Okada, Yosuke Tamada, Shigeki Moriya, Ryutaro Tao

Tree physiology in press(4) 562-570 2019年11月14日筆頭著者
Changes in cytokinin metabolism in a small fruit mutant of ‘Hiratanenashi’ persimmon (Diospyros kaki Thunb.)

I. Naito, S. Nishiyama, M. Gao-Takai, M. Gao-Takai, H. Yamane, R. Tao

Acta Horticulturae 1208 245-249 2018年8月30日
Comparative Mapping of the ASTRINGENCY Locus Controlling Fruit Astringency in Hexaploid Persimmon (Diospyros kaki Thunb.) with the Diploid D. lotus Reference Genome

Nishiyama Soichiro, Onoue Noriyuki, Kono Atsushi, Sato Akihiko, Ushijima Koichiro, Yamane Hisayo, Tao Ryutaro, Yonemori Keizo

HORTICULTURE JOURNAL 87(3) 315-323 2018年7月筆頭著者
RNA-sequencing Analysis Identifies Genes Associated with Chilling-mediated Endodormancy Release in Apple

Takeuchi Takanori, Matsushita Miwako Cecile, Nishiyama Soichiro, Yamane Hisayo, Banno Kiyoshi, Tao Ryutaro

JOURNAL OF THE AMERICAN SOCIETY FOR HORTICULTURAL SCIENCE 143(3) 194-206 2018年5月筆頭著者
Identification of QTLs controlling chilling and heat requirements for dormancy release and bud break in Japanese apricot (Prunus mume)

Yuto Kitamura, Tsuyoshi Habu, Hisayo Yamane, Soichiro Nishiyama, Kei Kajita, Takuya Sobue, Takashi Kawai, Koji Numaguchi, Tetsuya Nakazaki, Akira Kitajima …

Tree Genetics and Genomes 14(2) 2018年4月1日
Characterization of a gene regulatory network underlying astringency loss in persimmon fruit.

Soichiro Nishiyama, Noriyuki Onoue, Atsushi Kono, Akihiko Sato, Keizo Yonemori, Ryutaro Tao

Planta 247(3) 733-743 2018年3月筆頭著者
カキ(Diospyro kaki)‘平核無’果実と‘平核無’由来の小果変異系統‘突核無’の果実間の,生理学的特性及び遺伝子発現の差異

羽生剛, 山根久代, 内藤一平, 西山総一郎, 野中亜優美, 河井崇, 山田寿, 田尾龍太郎

Horticulture Journal 85(4) 306-314 2016年

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MISC

四倍体ブルーベリーにおける高密度連鎖地図を用いた遺伝様式の検討

長坂京香, 西村和紗, 元木航, 山形啓悟, 西山総一郎, 山根久代, 田尾龍太郎, 中野龍平, 中崎鉄也

園芸学研究別冊 22(1) 2023年
タンニン細胞の発達と完全甘ガキの「渋残り」との関連性

藤原陽介, 西山総一郎, 尾上典之, 米森敬三, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 21(2) 2022年
3Dスキャナを用いたカキ果実の複雑形状発達の定量解析

久住あかね, 西山総一郎, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 21(1) 2022年
三次元電子顕微鏡法と機械学習によるカキタンニン細胞の微細構造イメージング

西山総一郎, 田尾龍太郎, 米森敬三

園芸学研究別冊 21(1) 2022年
ブルーベリーの味および食感特性が果実の嗜好性に与える影響

平岩尚樹, 山根久代, 西山総一郎, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 21(1) 2022年
カキ‘平核無’に生じた小果変異の起源と多面発現

西山総一郎, WANG S., TAM Chun-Lai, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 20(1) 2021年
倍数体における非還元配偶子形成メカニズム識別手法の提案

西山総一郎, SUN P., 朝隈英昭, VOORRIPS Roeland, FU Jianmin, 田尾龍太郎

育種学研究 23 2021年
倍数体モデルに基づくサザンハイブッシュブルーベリーのゲノムワイドアソシエーション解析

長坂京香, 西山総一郎, 藤川真央, 山根久代, 白澤健太, BABIKER Ebrahiem, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 20(1) 2021年
深層学習を用いた野外環境におけるカキ果実の検出と品種識別

久住あかね, 大迫祐太朗, 中野龍平, 西山総一郎, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 20(2) 2021年
ハイブッシュブルーベリーの果実発達に及ぼす花粉親の影響

長坂京香, 山根久代, 西山総一郎, 海老原脩, 松崎隆介, 庄子雅和, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 20(2) 2021年
実生の花粉親を同定するためのマーカーセット最適化アルゴリズムの開発

西山総一郎, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 20(2) 2021年
カキ甘渋性を制御する候補遺伝子の探索

藤原陽介, 西山総一郎, 尾上典之, 松崎隆介, 米森敬三, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 20(2) 2021年
サザンハイブッシュブルーベリーにおける重要形質のゲノムワイドアソシエーション解析

西山総一郎, 藤川真央, 山根久代, 白澤健太, BABIKER Ebrahiem, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 19(1) 2020年
九倍体カキ’平核無’とその枝変わり群の系統分化

西山総一郎, WANG S., 田尾龍太郎

育種学研究 22 2020年
Genetic Diversity and Population Structure Analysis of Vaccinium Corymbosum Assessed By Double Digest Restriction-Site Associated DNA Sequencing

Babiker Ebrahiem, Fujikawa Mao, Tao Ryutaro, Yamane Hisayo, Nishiyama Soichiro, Shirasawa Kenta

HORTSCIENCE 54(9) S243-S243 2019年9月
トランスクリプトーム解析による日本タイプ完全甘と中国タイプ完全甘のPA蓄積制御メカニズムの比較

西山総一郎, 尾上典之, 河野淳, 佐藤明彦, 田尾龍太郎, 米森敬三

園芸学研究別冊 18(1) 2019年
カキの果実発達を制御する遺伝子発現ネットワーク

西山総一郎, 尾上典之, 河野淳, 佐藤明彦, 米森敬三, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 18(2) 2019年
ddRAD-seq法によるハイブッシュブルーベリーの集団構造解析

藤川真央, BABIKER Ebrahiem, 西山総一郎, 山根久代, 白澤健太, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 18(2) 2019年
カキ甘渋性決定遺伝子座の多様性解析

西山総一郎, 藏本晃栄, 尾上典之, 河野淳, 佐藤明彦, 米森敬三, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 17(2) 89 2018年
カキ甘渋性に関する共発現ネットワーク解析

西山総一郎, 尾上典之, 河野淳, 佐藤明彦, 米森敬三, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 16(1) 37 2017年

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講演・口頭発表等

倍数性果樹のゲノム特性-カキとブルーベリーの育種努力の歴史と展望-

西山総一郎

「高次倍数体をどうにかする会」2021冬 2021年12月23日招待有り
Physiological and genetic characterization of ‘Totsutanenashi’, a nonaploid persimmon mutant bearing extremely small size fruit

Soichiro Nishiyama, Chiho Iwami, Sheng Wang, ChunLai Tam, Ryutaro Tao

7th International Symposium on Persimmon 2021年9月23日
DNA sequence diversity of the astringency-controlling locus in Diospyros kaki

Tao, R, A. Kuramoto, S. Nishiyama

7th International Symposium on Persimmon 2021年9月24日
高次倍数体のSNP検出

西山総一郎

園芸作物バイオインフォマティクス入門3 2021年9月10日招待有り
Characterization of population structure and genetic variation of chilling requirement in southern highbush blueberry

Nishiyama, S, M. Fujikawa, H. Yamane, K. Shirasawa, E. Babiker, R. Tao

XII International Vaccinium Symposium 2021年8月30日
Genome-wide association mapping of phenology-ralted traits in southern highbush blueberry using ddRAD-seq

Babiker, E, K. Nagasaka, S. Nishiyama, M. Fujikawa, H. Yamane, R. Tao

Annual meeting of American Society for Horticultural Science 2021年8月5日
Genetic analysis of proanthocyanidin accumulation in hexaploid persimmon

Soichiro Nishiyama

The 4th KU-KUGSA Bilateral Symposium 2018年12月5日招待有り
Genetics of proanthocyanidins accumulation control in persimmon fruit

Soichiro Nishiyama

HZAU-NTU-KU Joint Horticulture Symposium 2018年9月3日招待有り
カキ甘渋性の分子制御機構解明にむけて

西山総一郎

福井県立大学生物資源学先端セミナー 2018年7月17日招待有り
Toward isolation of a gene conferring astringency loss in persimmon fruit

Plant and Animal Genome XXV 2017年1月17日
Transcriptome analysis for astringency in persimmon fruit

The ISHS VI International Symposium on Persimmon 2016年10月17日

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

作物科学研究へのパラダイムシフトを誘起するカキ属植物の研究加速化のための基盤形成

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(開拓) 2020年4月 - 2025年3月

田尾龍太郎, 岩田洋佳, 赤木剛士, 西山総一郎, 山根久代
エピジェネティックなトランスポゾン時空間特異的転移制御による果実発達機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2024年3月

山根久代, 西山総一郎
完全甘ガキ性決定遺伝子の同定と機能解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2021年4月 - 2024年3月

西山総一郎
ゲノム科学と認知科学の融合による消費者指向型高品質ブルーベリー育種の基盤整備

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2019年10月 - 2024年3月

田尾龍太郎, 西山総一郎, 山根久代, 澤田玲子
ゲノミクスと果実フェノミクスに基づく倍数体果樹育種の新展開

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(A)) 2022年 - 2024年

西山総一郎
カキ果実のプロアントシアニジン蓄積の組織学的解析とその分子生物学的制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

米森敬三, 西山総一郎
カキ小果変異体に着目した果実サイズ制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2019年4月 - 2021年3月

西山総一郎
カキ果実におけるプロアントシアニジン蓄積制御機構解明

日本学術振興会科学研究費助成事業研究活動スタート支援 2018年8月 - 2020年3月

西山総一郎
カキ甘渋性決定遺伝子の同定とその機能解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2016年4月 - 2018年3月

西山総一郎

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講演・口頭発表等

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