吉田紀生 (Norio Yoshida) - マイポータル

基本情報

所属: 名古屋大学大学院情報学研究科教授

学位: 博士(理学)(京都大学)

ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-2023-7254
J-GLOBAL ID: 201101077541014364
Researcher ID: D-5978-2014
researchmap会員ID: 6000028741

外部リンク: https://sites.google.com/view/yoshida-group/home

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

2022年 - 現在

分子科学会, 企画委員
2017年4月 - 2018年3月

日本化学会九州支部, 会計幹事
2014年4月 - 2016年3月

分子科学会, 広報委員

受賞

2013年3月

第27回若い世代の特別講演会講演者, 液体の積分方程式理論による生体分子の分子認識の解析, 日本化学会

吉田紀生
2011年11月

平成23年度溶液化学研究会奨励賞, 液体の積分方程式を用いた溶液内化学過程に関する研究, 溶液化学研究会

吉田紀生

論文

100

Selective molecular recognition of amino acids and their derivatives by cucurbiturils in aqueous solution: An MD/3D-RISM study

Natthiti Chiangraeng, Haruyuki Nakano, Piyarat Nimmanpipug, Norio Yoshida

Journal of Molecular Liquids 2023年9月
Effects of angular momentum and thermostat on molecular dynamics simulation of single-chain conformation in an implicit solvent

Tsuyoshi Yamaguchi, Song-Ho Chong, Norio Yoshida

JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS 385 2023年9月
A method for protein structure sampling under three-dimensional reference interaction site model solvation based on hybrid Monte Carlo framework

Norio Yoshida, Tsuyoshi Yamaguchi

Journal of Molecular Liquids 2023年9月
Theoretical Analysis of the Role of Water in Ligand Binding to Cucurbit[n]uril of Different Sizes

Natthiti Chiangraeng, Haruyuki Nakano, Piyarat Nimmanpipug, Norio Yoshida

The Journal of Physical Chemistry B 2023年4月27日
Phase equilibrium of three-component liquid systems composed of water, alcohol, and sodium chloride studied by the reference interaction-site model integral equation theory

Tsuyoshi Yamaguchi, Song-Ho Chong, Norio Yoshida

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 158(8) 2023年2月
Solvent effects in four‐component relativistic electronic structure theory based on the reference interaction‐site model

Kodai Kanemaru, Yoshihiro Watanabe, Norio Yoshida, Haruyuki Nakano

Journal of Computational Chemistry 44(1) 5-14 2023年1月5日
Study of phase equilibria and thermodynamic properties of liquid mixtures using the integral equation theory: Application to water and alcohol mixtures

Tsuyoshi Yamaguchi, Song-Ho Chong, Norio Yoshida

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 157(23) 2022年12月
Computational Analysis of the SARS-CoV-2 RBD–ACE2-Binding Process Based on MD and the 3D-RISM Theory

Norio Yoshida, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Akiyoshi Kuroda, Ryo Fujiki, Kodai Kanemaru, Daisuke Okamoto, Alexander E. Kobryn, Sergey Gusarov, Haruyuki Nakano

Journal of Chemical Information and Modeling 62(11) 2889-2898 2022年6月13日
Implementation of solvent polarization in three-dimensional reference interaction-site model self-consistent field theory

Norio Yoshida, Tsuyoshi Yamaguchi, Haruyuki Nakano

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 797 2022年6月
Recent Developments of Computational Methods for pKa Prediction Based on Electronic Structure Theory with Solvation Models

Ryo Fujiki, Toru Matsui, Yasuteru Shigeta, Haruyuki Nakano, Norio Yoshida

J 4(4) 849-864 2021年12月10日
Structure and Properties of Supercritical Water: Experimental and Theoretical Characterizations

Norio Yoshida, Masaru Matsugami, Yuichi Harano, Keiko Nishikawa, Fumio Hirata

J 4(4) 698-726 2021年11月2日
Cover Image

Shoichi Tanimoto, Koichi Tamura, Shigehiko Hayashi, Norio Yoshida, Haruyuki Nakano

Journal of Computational Chemistry 42(8) 2021年3月30日
Solvation dynamics in electronically polarizable solvents: Theoretical treatment using solvent-polarizable three-dimensional reference interaction-site model theory combined with time-dependent density functional theory

Tsuyoshi Yamaguchi, Norio Yoshida

The Journal of Chemical Physics 154(4) 2021年1月28日
A computational method to simulate global conformational changes of proteins induced by cosolvent

Shoichi Tanimoto, Koichi Tamura, Shigehiko Hayashi, Norio Yoshida, Haruyuki Nakano

Journal of Computational Chemistry 2021年1月12日
Modeling the interaction of SARS-CoV-2 binding to the ACE2 receptor via molecular theory of solvation

Alexander E. Kobryn, Yutaka Maruyama, Carlos A. Velázquez-Martínez, Norio Yoshida, Sergey Gusarov

New Journal of Chemistry 45(34) 15448-15457 2021年
Temperature-responsive morphology formation of a PS-b-PI copolymer: a dissipative particle dynamics simulation study

Natthiti Chiangraeng, Ukrit Keyen, Norio Yoshida, Piyarat Nimmanpipug

Soft Matter 2021年
Molecular Recognition and Self-Organization in Life Phenomena Studied by a Statistical Mechanics of Molecular Liquids, the RISM/3D-RISM Theory

Masatake Sugita, Itaru Onishi, Masayuki Irisa, Norio Yoshida, Fumio Hirata

Molecules 26(2) 271-271 2021年1月
Residue-Specific Binding Mechanisms of Thioflavin T to a Surface of Flat β-Sheets within a Peptide Self-Assembly Mimic

Sae Namioka, Norio Yoshida, Hiroyuki Konno, Koki Makabe

Biochemistry 59(30) 2782-2787 2020年8月4日査読有り
Nonequilibrium free-energy profile of charge-transfer reaction in polarizable solvent studied using solvent-polarizable three-dimensional reference interaction-site model theory

Tsuyoshi Yamaguchi, Norio Yoshida

The Journal of Chemical Physics 153(3) 2020年7月21日査読有り
Erratum: “Development of a solvent-polarizable three-dimensional reference interaction-site model theory” [J. Chem. Phys. 152, 114108 (2020)]

Norio Yoshida, Tsuyoshi Yamaguchi

The Journal of Chemical Physics 152(18) 2020年5月14日査読有り

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MISC

CAPTURING THE STRUCTURAL FLEXIBILITY OF SINGLE-LAYER BETA-SHEET WITHIN ISOMORPHOUS CRYSTALS REVEALED BY COMPREHENSIVE STRUCTURE DETERMINATIONS

Koki Makabe, Hideki Fujiwara, Kenta Hongo, Yuki Hori, Norio Yoshida

PROTEIN SCIENCE 28 160-161 2019年9月
Solvated lithium ions in defective Prussian blue

N. Ruankaew, N. Yoshida, S. Phongphanphanee

IOP Conference Series: Materials Science and Engineering 526 2019年8月8日
Statistical mechanical integral equation approach to reveal the solvation effect on hydrolysis free energy of ATP and its analogue

Norio Yoshida, Fumio Hirata

The Role of Water in ATP Hydrolysis Energy Transduction by Protein Machinery 69-85 2018年5月7日
Effect of the distributed partial wave expansion on the solvation free energy in the 3D-RISM theory

Shoichi Tanimoto, Norio Yoshida, Haruyuki Nakano

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 255 2018年3月
Statistical-mechanics theory of molecular recognition: Water and other molecules recognized by protein

Norio Yoshida, Yasuomi Kiyota, Thanyada Rungrotmongkol, Saree Phongphanphanee, Takashi Imai, Fumio Hirata

Water: The Forgotten Biological Molecule 63-87 2016年4月19日
Solvent effects on the absorption spectra of Brooker's merocyanine analyzed by the reference interaction site model self-consistent field method

Yuichi Tanaka, Norio Yoshida, Haruyuki Nakano

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 248 2014年8月
30aPS-124 相互作用点モデルにおける動的密度汎関数理論(30aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

岡次聡, 吉森明, 吉田紀生

日本物理学会講演概要集 69(1) 428-428 2014年3月5日
混合溶液系へのアミノ酸の溶媒和(領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

吉田紀生, 笠井由佳子, 山本健, 中野晴之, Phongphanphanee Saree, Hirata Fumio

日本物理学会講演概要集 68(2) 328-328 2013年8月26日
29aPS-31 液体の積分方程式を用いた生体分子の分子認識解析(29aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

吉田紀生, Phongphanphanee Saree, 平田文男

日本物理学会講演概要集 68(1) 453-453 2013年3月26日
生体分子と水 : 液体の積分方程式理論によるアプローチ (特集水と生体分子)

吉田紀生

アンサンブル : 分子シミュレーション研究会会誌 15(1) 42-48 2013年1月
Accurate prediction of explicit solvent atom distribution in HIV-1 protease and F-ATP synthase by statistical theory of liquids

Daniel J. Sindhikara, Norio Yoshida, Fumio Hirata

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 243 2012年3月
液体の積分方程式理論と電子状態理論のハイブリッドによる溶液内分子の電子状態理論 (特集電子状態理論を核とする新しいハイブリッド型分子理論の展開)

吉田紀生

アンサンブル : 分子シミュレーション研究会会誌 14(1) 12-18 2012年1月
Coumarin153の電子状態の溶媒異存性(1)RISM‐SCF理論による解析

吉田紀生, 西山桂, 平田文男

溶液化学シンポジウム講演要旨集 34th 97 2011年11月11日
3次元RISM理論に基づくドラックデザインへ向けた解析手法の開発と応用

清田泰臣, 吉田紀生, 吉田紀生, 平田文男, 平田文男

溶液化学シンポジウム講演要旨集 34th 121 2011年11月11日
クマリン153の電子状態とその溶媒依存性:RISM‐SCF理論による計算と定常吸収・蛍光スペクトルとの対応

西山桂, 渡部康弘, 吉田紀生, 吉田紀生, 平田文男, 平田文男

溶液化学シンポジウム講演要旨集 34th 46 2011年11月11日
液体の積分方程式を用いた溶液内化学過程に関する研究

吉田紀生, 吉田紀生

溶液化学シンポジウム講演要旨集 34th 10-11 2011年11月11日
制限酵素EcoRVとDNAの複合体中での金属イオン分布の3D‐RISMによる計算

安庭潤治, 丸山豊, 吉田紀生, 皿井明倫, 平田文男, 入佐正幸

溶液化学シンポジウム講演要旨集 34th 19 2011年11月11日
Application of 3DRISM to protein solvation structure

Daniel J. Sindhikara, Norio Yoshida, Mikio Kataoka, Fumio Hirata

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 242 2011年8月
分子認識の統計力学と生体機能

吉田紀生, 丸山豊, PHONGPHANPHANEE Saree, 清田泰臣, 平田文男

生物物理 51(5) 222-225 2011年
QM/MM/RISM理論の開発と応用

吉田紀生, 吉田紀生, 平田文男, 平田文男

分子シミュレーション討論会講演要旨集 24th 218-219 2010年11月15日

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共同研究・競争的資金等の研究課題

高度に溶媒応答を考慮した生体系の電子移動ダイナミクス理論の構築と展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2023年3月

吉田紀生, 山口毅, 中野晴之
水とイオンが駆動するタンパク質高次構造形成の統計力学

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2016年4月 - 2020年3月

吉田紀生
溶液内擬縮退系に適した多配置型電子状態理論と溶液積分方程式理論の融合と展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2015年4月 - 2019年3月

中野晴之, 吉田紀生, 渡邉祥弘
構造と環境の柔らかさが相関した光駆動イオン輸送の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2016年4月 - 2018年3月

吉田紀生
チャネルロドプシンのイオン輸送の理論化学

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年4月 - 2016年3月

吉田紀生
構造揺らぎと溶媒揺らぎの相互作用によるDNA電荷移動過程の理論化学

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2013年4月 - 2016年3月

吉田紀生, 中野晴之, 渡邉祥弘, 西山桂
イオンチャネルの統計力学理論

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2010年4月 - 2014年3月

平田文男, 吉田紀生
ＤＮＡの電荷移動における溶媒の役割に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2010年4月 - 2014年3月

吉田紀生
液体の統計力学と量子力学に基づくＡＴＰ加水分解の自由エネルギー解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2013年3月

吉田紀生
溶液内擬縮退系のための多配置電子状態理論とシミュレーション手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2011年 - 2013年

中野晴之, 川島雪生, 渡邉祥弘, 吉田紀生, 常田貴夫
生体分子および溶媒の構造揺らぎと共役した機能発現過程の理論的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2008年 - 2012年

平田文男, 吉田紀生
DNAの電気伝導性と構造揺らぎに関する理論的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2009年 - 2010年

吉田紀生
生体内化学過程の統計力学理論

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2003年 - 2007年

平田文男, 今井隆志, 吉田紀生, 鄭誠虎
液体の統計力学理論に立脚した溶液内化学・生物過程に関する理論的研究
Theoretical study of chemical and biological processes in solution by means of statistical mechanics of molecular liquids

吉田紀生

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