山本直樹 (Naoki Yamamoto) - マイポータル

基本情報

学位: 学士（生物環境制御学）(1998年3月神戸大学)

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-2162-7203
J-GLOBAL ID: 202101020631666226
researchmap会員ID: R000024010

主要研究項目
　ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼの分子進化と生理学的機能
　イネ科植物の耐塩性・耐乾性・耐病性の分子基盤探索
　アフリカイネNew Rice For Africaのゲノム構造と機能
　糸状菌ゲノム情報解読
　反復性DNA配列の機能と進化

研究キーワード

経歴

2023年7月 - 現在

西華師範大学, 生命科学学院, 外籍教師
2014年5月 - 現在

京都府立大学, 共同研究員
2018年6月 - 2023年5月

四川農業大学, 外籍教師
2015年2月 - 2018年4月

国際イネ研究所
2011年12月 - 2014年3月

日立造船株式会社, 主任研究員
2010年10月 - 2011年11月

財団法人かずさDNA研究所, プロジェクト研究員（農水）
2009年10月 - 2010年8月

明治大学, 研究推進員
2007年11月 - 2009年3月

京都大学, 研究員（産学連携）
2005年4月 - 2007年10月

財団法人かずさDNA研究所, プロジェクト研究員(NEDO)
2001年8月 - 2002年3月

財団法人かずさDNA研究所, 技術員
2000年4月 - 2001年7月

スズキ株式会社

学歴

2002年4月 - 2005年3月

東北大学大学院, 生命科学研究科
1998年4月 - 2000年3月

神戸大学大学院, 自然科学研究科
1994年4月 - 1998年3月

神戸大学, 農学部

受賞

2010年3月

2010年日本育種学会春季大会（第117回講演会）・日本育種学会優秀発表賞, イネの遺伝子発現ネットワーク構築, 日本育種学会

濱田和輝1・山本直樹1・望月孝子2・諏訪部圭太3・倉田のり2・矢野健太郎1(1. 明治大農・バイオインフォ, 2. 遺伝研植物遺伝, 3. 三重大生物資源)

主要な論文

Inorganic nitrogen sources and light cooperatively stimulate gene regulation for non-photosynthetic phosphoenolpyruvate carboxylase in wheat leaves

Naoki Yamamoto, Jingru Jiang, Haoyu Deng, Ken-ichi Kurotani, Jiang Zou, Zaijun Yang

Gene 980 149950 2026年2月査読有り筆頭著者責任著者
Peanut annexin AhANN6 promotes heat resistance in plant and bacterial cells.

Lanlan Feng, Naoki Yamamoto, Yin Li

Plant Molecular Biology 116(1) 6-6 2025年12月23日査読有り責任著者
The Original Form of C4-Photosynthetic Phosphoenolpyruvate Carboxylase Is Retained in Pooids but Lost in Rice

Naoki Yamamoto, Wurina Tong, Bingbing Lv, Zhengsong Peng, Zaijun Yang

Frontiers in Plant Science 13(905894) 905894-905894 2022年7月25日査読有り筆頭著者
Rapidly evolving phosphoenolpyruvate carboxylase Gmppc1 and Gmppc7 are highly expressed in the external seed coat of immature soybean seeds

Naoki Yamamoto, Tomoyuki Takano, Takehiro Masumura, Ai Sasou, Shigeto Morita, Toshio Sugimoto, Kentaro Yano

Gene 762 145015-145015 2020年12月査読有り筆頭著者
Integrative transcriptome analysis discloses the molecular basis of a heterogeneous fungal phytopathogen complex, Rhizoctonia solani AG-1 subgroups

Naoki Yamamoto, Yanran Wang, Runmao Lin, Yueyang Liang, Yao Liu, Jun Zhu, Lingxia Wang, Shiquan Wang, Huainian Liu, Qiming Deng …

Scientific Reports 9(1) 2019年12月査読有り筆頭著者
Comparative whole genome re-sequencing analysis in upland New Rice for Africa: insights into the breeding history and respective genome compositions

Naoki Yamamoto, Richard Garcia, Tomohiro Suzuki, Celymar Angela Solis, Yuichi Tada, Ramaiah Venuprasad, Ajay Kohli

Rice 11(1) 2018年12月査読有り筆頭著者責任著者
Reference genes for accurate gene expression analyses across different tissues, developmental stages and genotypes in rice for drought tolerance

Isaiah M. Pabuayon, Naoki Yamamoto, Jennylyn L. Trinidad, Toshisangba Longkumer, Manish L. Raorane, Ajay Kohli

Rice 9(1) 2016年12月査読有り筆頭著者責任著者
Pleurochrysome: A Web Database ofPleurochrysisTranscripts and Orthologs Among Heterogeneous Algae

Naoki Yamamoto, Toru Kudo, Shoko Fujiwara, Yukiko Takatsuka, Yasutaka Hirokawa, Mikio Tsuzuki, Tomoyuki Takano, Masaaki Kobayashi, Kunihiro Suda, Erika Asamizu …

Plant and Cell Physiology 57(1) e6-e6 2016年1月査読有り筆頭著者
Comprehensive analysis of transcriptome response to salinity stress in the halophytic turf grass Sporobolus virginicus

Naoki Yamamoto, Tomoyuki Takano, Keisuke Tanaka, Taichiro Ishige, Shin Terashima, Chisato Endo, Takamitsu Kurusu, Shunsuke Yajima, Kentaro Yano, Yuichi Tada

Frontiers in Plant Science 6 2015年4月21日査読有り筆頭著者
Expressed sequence tags from the laboratory-grown miniature tomato (Lycopersicon esculentum) cultivar Micro-Tom and mining for single nucleotide polymorphisms and insertions/deletions in tomato cultivars

Naoki Yamamoto

Gene 356 127-134 2005年8月査読有り筆頭著者

もっとみる

MISC

Allele Mining for Rice Sheath Blight Resistance by Whole-Genome Association Mapping in a Tail-End Population

2023年4月査読有り筆頭著者
イネのジテルペン型ファイトアレキシン生産誘導における転写制御ネットワーク

劉又銘, 田渕雄夢, 辻井良政, 山本直樹, 野尻秀昭, 岡田憲典

イソプレノイド研究会例会講演要旨集 31st (CD-ROM) 2021年
異なる窒素施与条件が根粒着生能の異なる3種の同質系統ダイズの種子収量・品質に与える影響解析-完熟種子δ¹⁵N値に基づく窒素同化・固定量の評価

濱口秀生, 山本直樹, 武田旭永, 増村威宏, 杉本敏男, 東哲司

日本土壌肥料学会講演要旨集 64 2018年
コムギ種子タンパク質含量増加に関与するホスホピルビン酸カルボキシラーゼ分子種の同定:ブレンド米粉パン用コムギ種子の品質改善のために

杉本敏男, 杉本敏男, 増村威宏, 山本直樹

飯島藤十郎記念食品科学振興財団年報 32 2017年
バイオマスリファイナリー展開に向けた活性型転写因子の過剰発現によるリグニン生合成の増強

小柴太一, 山本直樹, 飛松裕基, 山村正臣, 鈴木史朗, 服部武文, 向井まい, 野田壮一郎, 柴田大輔, 坂本正弘 …

日本木材学会大会研究発表要旨集(完全版)(CD-ROM) 67th 2017年
Identification of single nucleotide polymorphisms using whole genome re-sequencing provides novel DNA markers between a drought resistant and susceptible upland NERICA rice

The 46th Crop Science Society of the Philippines Scientific Conference 2016年6月査読有り筆頭著者
コムギ種子タンパク質含量の増加に関与するホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ分子種の同定:ブレンド米粉パン用コムギ種子の品種改善のために

杉本敏男, 増村威宏, 山本直樹

飯島藤十郎記念食品科学振興財団年報 31 2016年
被覆栽培したチャのRNA-seqによる網羅的な遺伝子発現解析

森田重人, 森田重人, 北島佐紀人, 栗栖加奈, 竹本哲行, 寺島伸, 山本直樹, 三村裕, 矢野健太郎, 佐野智 …

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2016 2016年
コムギ種子タンパク質含量増加に関与するホスホピルビン酸カルボキシラーゼ分子種の同定 : ブレンド米粉パン用コムギ種子の品質改善のために—Diversity of phosphoenolpyruvate carboxylase in wheat seeds toward high production of seed proteins for blended rice bread

杉本敏男, 増村威宏, 山本直樹

年報 / 飯島藤十郎記念食品科学振興財団編 = Annual report / The Tojuro Iijima Foundation for Food Science and Technology 32 299-306 2016年
17 出穂期コムギへの窒素追肥による種子タンパク質含有率と登熟種子ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ（PEPC）活性の増加の品種間相関（関西支部講演会，2015年度各支部会）

山本直樹, 木下由貴, 増村威宏, 杉本敏男

日本土壌肥料学会講演要旨集 62 284-284 2016年
4-4-3 穂肥により発現量の増加するコムギ登熟種子のホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ分子種の特定とその機能（4-4 植物の代謝成分と農作物の品質，2016年度佐賀大会）

山本直樹, 木下由貴, 増村威宏, 杉本敏男

日本土壌肥料学会講演要旨集 62 77-77 2016年
シス配列予測ツールCOMETの開発:大規模な塩基配列情報と遺伝子発現情報に基づく高精度探索手法

佐々木陽平, 大谷征史, 山本直樹, 高野知之, 寺島伸, 小林正明, 大柳一, 南原英司, 矢野健太郎

育種学研究 17 2015年
塩生植物ソナレシバのRNA-seqによるトランスクリプトーム解析

多田雄一, 山本直樹, 高野知之, 田中啓介, 石毛太一郎, 寺島伸, 遠藤千里, 矢嶋俊介, 矢嶋俊介, 矢野健太郎 …

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 33rd 2015年
イネ種子における脂質合成の分子機構の解析

木下由貴, 山本直樹, 山本直樹, 齊藤雄飛, 寺島伸, 堺谷荘太, 矢野健太郎, 森田重人, 森田重人, 増村威宏 …

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 33rd 2015年
コムギ種子タンパク質含量の増加に関与するホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ分子種の同定 : ブレンド米粉パン用コムギ種子の品種改善のために—Diversity of phosphoenolpyruvate carboxylase in wheat seeds toward high production of seed proteins for blended rice bread

杉本敏男, 増村威宏, 山本直樹

年報 / 飯島藤十郎記念食品科学振興財団編 = Annual report / The Tojuro Iijima Foundation for Food Science and Technology 31 292-296 2015年
コムギ登熟種子ホスホエノールピンビン酸カルボキシラーゼの開花期窒素供給への応答と遺伝子発現

山本直樹, 山本直樹, 山本直樹, 高野知之, 木下由貴, 佐生愛, 矢野健太郎, 杉本敏男, 増村威宏, 増村威宏

日本農芸化学会関西支部講演会講演要旨集 485th 2014年
大規模な塩基配列情報に基づくシス因子の網羅的な予測システムの構築

佐々木陽平, 山本直樹, 大柳一, 小林正明, 高野知之, 寺島伸, 南原英司, 大谷征史, 矢野健太郎

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 32nd 2014年
大規模な塩基配列情報に基づくシス因子の網羅的な予測システムの構築

佐々木陽平, 山本直樹, 大柳一, 小林正明, 高野知之, 寺島伸, 南原英司, 大谷征史, 矢野健太郎

育種学研究 16 2014年
塩ストレスを与えた塩生植物ソナレシバのRNA-seqによるトランスクリプトーム解析

多田雄一, 山本直樹, 石毛太一郎, 田中啓介, 矢嶋俊介, 矢野健太郎, 来須孝光

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 37th 2014年
イネ登熟種子中の脂質合成関連遺伝子群の組織別・網羅的発現解析

木下由貴, 斉藤雄飛, 東田潤, 土居誠, 寺島伸, 堺谷荘太, 森田重人, 森田重人, 佐藤茂, 佐藤茂 …

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 32nd 2014年

もっとみる

講演・口頭発表等

Role of bacterial-type phosphoenolpyruvate carboxylase in floral organ formation

Yuhuan Guo, Jincheng Xu, Guili Xiang, Yichao Wu, Shigeto Morita, Naoki Yamamoto, Zaijun Yang

2025 International Conference on Molecular Plant Sciences 2025年8月9日
Response of wheat seed phosphoenolpyruvate carboxylase at grain-filling stages to nitrogen supply and its molecular basis.

Yamamoto, N., Takano, T., Kinoshita, Y., Sasou, A., Yano, K., Sugimoto, T., Masumura, T.

The 11th Conference of the International Society for Seed Science 2014年9月16日招待有り
MatchedIonsFinder: A computer tool for refining the alignment result of spectrograms of liquid chromatography-mass spectrometry for metabolome analysis

Yamamoto, N., Suzuki, T., Ara, T., Sakurai, N., Shinpo, S., Morishita, Y., Sasaki, R., Tsugane, T., Suzuki, H., Shibata, D.

8th Solanaceae and 2nd Cucurbitaceae Genome Joint Conference 2011年10月28日
他植物ゲノム環境でのシロイヌナズナゲノム遺伝子の定量的な発現解析

山本直樹, 前田ふみ, 津金胤昭, 須田邦裕, 柴田大輔

第47回日本植物生理学会年会 2006年3月19日
Expressed sequence tags from the laboratory-grown miniature tomato (Lycopersicon esculentum) cultivar Micro-Tom and mining for single nucleotide polymorphisms in tomato cultivars.

Yamamoto, N., Tsugane, T., Watanabe, M., Yano, K., Maeda, F., Kuwata, C., Torki, M., Ban, Y., Nishimura, S., Shibata, D.

第23回日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム 2005年8月5日
cDNA cloning of a root form of phosphoenolpyruvate carboxylase from developing rice seeds

Yamamoto, N., Kurita, A., Masumura, T., Sugimoto, T., Morita, S., Shiraishi, N., Oji, Y., Tanaka, K.

NIAR/COE/BRAIN-RITE International Symposium on Photosynthetic CO2-Assimilating Enzymes: RuBisCO and PEPC. 2000年11月1日
イネ種子タンパク質含量制御機構の解析 : 矮性イネにおける窒素栄養条件が登熟期種子の成長に与える影響

山本直樹, 杉本敏男, 白石斉聖, 王子善清

第45回日本土壌肥料学会大会 1999年7月30日

担当経験のある科目(授業)

2025年9月 - 現在

研究生英語（生命科学系修士課程講義） (西華師範大学)
2024年10月 - 現在

分子遺伝とエピジェネティクス (西華师范大学)
2024年9月 - 現在

専門英語（生物学系） (西華師範大学)
2023年9月 - 現在

生物科学専門英語 (西華師範大学)
2023年3月 - 2023年5月

植物病原学 (四川農業大学)
2022年11月 - 2023年1月

細胞遺伝学 (四川農業大学)
2019年11月 - 2020年1月

ゲノムバイオインフォマティックス (四川農業大学)
2018年11月 - 2019年1月

ゲノムバイオインフォマティックス (四川農業大学)
2014年6月 - 2014年7月

実践的Perlトレーニングコース (国際イネ研究所)

共同研究・競争的資金等の研究課題

エチレンを介したWI12のコムギ雄蕊の発育制御の分子機構

四川省科技庁四川省自然科学基金项目 2025年1月 - 2026年12月
ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼの分子進化と遺伝子機能

西華師範大学西華師範大学2023年度博士始動（自然科学）基金 2023年11月 - 2026年10月
イネ主要病に対する抵抗性育種マーカー開発

成都市科学技術局成都市国際科技合作資助 2021年1月 - 2023年12月
イネ主要病に対する抵抗性育種マーカー開発

四川省科技庁国際合作項目 2020年1月 - 2022年12月
Rapid Mobilization of alleles for rice cultivar improvement in sub-Saharan Africa

ビル&メリンダ・ゲイツ財団 2014年2月 - 2018年1月
続・コムギ種子タンパク質含量の増加に関与するホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ分子種の同定：ブレンド米粉パン用コムギ種子の品種改善のために

飯島藤十郎記念食品科学振興財団平成28年度学術研究助成金 2016年4月 - 2017年3月
コムギ種子タンパク質含量の増加に関与するホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ分子種の同定：ブレンド米粉パン用コムギ種子の品種改善のために

飯島藤十郎記念食品科学振興財団平成27年度学術研究助成金 2015年4月 - 2016年3月
数億年の進化の時を経てゲノムが出会うとどうなるか？

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2015年3月

柴田大輔, 河内孝之, 花野滋, 山本直樹, 小松愛乃
システム生物学的手法を用いた大豆登熟種子ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼの生理学的機能解析

（公財）タカノ農芸化学研究助成財団 2014年度研究助成（若手部門） 2014年4月 - 2015年3月

産業財産権

特許第6175453号核酸を用いる暗号化および復号化方法

山本直樹, 中澤慶久, 鈴木伸昭
特許第6175453号核酸を用いる暗号化および復号化方法

山本直樹, 中澤慶久, 鈴木伸昭
特表2015-525560 核酸を用いる暗号化および復号化方法

山本直樹, 中澤慶久, 鈴木伸昭

学術貢献活動

編集員

審査・評価, 査読, その他

BMC Plant Biology 2022年5月6日 - 現在
ゲスト編集員

審査・評価, 学術調査立案・実施, 査読

Frontiers in Plant Science誌 2022年3月 - 現在
ゲスト編集員

審査・評価, 学術調査立案・実施, 査読, その他

Plants 2020年1月 - 2023年10月
Part-time editor

その他

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2014年4月 - 2015年1月

山本直樹

基本情報

研究キーワード

経歴

学歴

受賞

主要な論文

MISC

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

学術貢献活動

メニュー

共著者の一覧