大出晃士 (Koji L Ode) - マイポータル

基本情報

所属: 東京大学大学院医学系研究科機能生物学専攻システムズ薬理講師
: ERATO 上田生体時間プロジェクト研究総括補佐・グループリーダー

学位: 博士（理学）(大阪大学)

J-GLOBAL ID: 201801014242884980
researchmap会員ID: B000300093

外部リンク: https://sys-pharm.m.u-tokyo.ac.jp/

研究キーワード

研究分野

経歴

2019年12月 - 現在

東京大学, 大学院医学系研究科, 講師
2013年4月 - 2019年12月

東京大学, 大学院医学系研究科, 助教
2011年4月 - 2013年3月

理化学研究所, 生命システム研究センター, 特別研究員
2008年4月 - 2011年3月

日本学術振興会, 特別研究員（DC1）

学歴

2008年4月 - 2011年3月

大阪大学, 大学院理学研究科, 生物科学専攻博士後期課程
2006年4月 - 2008年3月

大阪大学, 大学院理学研究科, 生物科学専攻博士前期課程
2002年4月 - 2006年3月

大阪大学, 理学部, 生物学科

委員歴

2023年 - 現在

日本時間生物学会, 広報委員
2018年4月 - 現在

文部科学省科学技術・学術政策研究所科学技術予測センター, 専門調査員
2016年 - 現在

日本時間生物学会, 評議員
2023年

第30回日本時間生物学会学術大会, 副大会長
2020年1月 - 2021年12月

日本生物物理学会, 分野別専門委員（プロテオミクス）
2020年

第27回日本時間生物学会学術大会, オンライン大会実行委員
2015年

第22回日本時間生物学会学術大会, プログラム委員
2015年

第22回日本時間生物学会学術大会, 大会事務局長

受賞

2020年9月

日本時間生物学会学術奨励賞, 多重リン酸化を基盤とした時間情報制御, 日本時間生物学会

大出晃士
2013年3月

研究奨励賞, 酵素反応による自律振動子形成原理の数理的解明, 理化学研究所

大出晃士
2012年5月

Research Excellence Award, Minimal design of reversible dual phosphorylation oscillator, Society for Research on Biological Rhythms

大出晃士
2006年3月

楠本賞, 大阪大学

大出晃士

主要な論文

The systems biology of sleep: toward integrative understanding of molecular and circuit-based mechanisms of sleep

Hiroyuki J Kanaya, Koji L Ode, Hiroki R Ueda

Current Opinion in Biotechnology 97 103427-103427 2026年2月査読有り
Proteomic Signatures Involved in Cardiac Recovery After Mechanical Unloading

Yukako Shintani-Domoto, Koji L. Ode, Seitaro Nomura, Yoshiki Nagashima, Osamu Kinoshita, Manami Katoh, Takanobu Yamada, Eisuke Amiya, Kanna Fujita, Hiroyuki Abe …

Circulation 152(21) 1518-1521 2025年11月25日査読有り筆頭著者
A framework to determine active neurons and networks within the mouse brain reveals how brain activity changes over the course of the day

Guanhua Sun, Tomoyuki Mano, Shoi Shi, Alvin Li, Koji L Ode, Alex Rosi-Andersen, Erica Pedron, Steven A. Brown, Hiroki R Ueda, Konstantinos Kompotis …

PLOS Biology 23(11) e3003472-e3003472 2025年11月13日査読有り
A bittersweet relationship between the cell cycle, circadian clock, and diurnal fluctuations in taste

Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda

Proceedings of the National Academy of Sciences 122(25) 2025年6月16日招待有り筆頭著者
A unified framework to model synaptic dynamics during the sleep–wake cycle

Fukuaki L. Kinoshita, Rikuhiro G. Yamada, Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda

PLOS Biology 23(6) e3003198-e3003198 2025年6月12日査読有り
Isoflurane activates the type 1 ryanodine receptor to induce anesthesia in mice

Hiroyuki J. Kanaya, Ken Kuwajima, Yuko Ito, Yuta Shinohara, Yohei Okubo, Shinnosuke Shiono, Fumiya Tatsuki, Rei-ichiro Ohno, Hideki Ukai, Maki Ukai-Tadenuma …

PLOS Biology 23(6) e3003172-e3003172 2025年6月3日査読有り
A design principle for neuronal firing with up-down oscillation through Na+ dynamics

Tomohide R. Sato, Koji L. Ode, Fukuaki L. Kinoshita, Hiroki R. Ueda

iScience 28(2) 111904-111904 2025年2月査読有り
Postsynaptic competition between calcineurin and PKA regulates mammalian sleep–wake cycles

Yimeng Wang, Siyu Cao, Daisuke Tone, Hiroshi Fujishima, Rikuhiro G. Yamada, Rei-ichiro Ohno, Shoi Shi, Kyoko Matsuzawa, Saori Yada, Mari Kaneko …

Nature 2024年11月6日査読有り
An automated sleep staging tool based on simple statistical features of mice electroencephalography (EEG) and electromyography (EMG) data

Rikuhiro G. Yamada, Kyoko Matsuzawa, Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda

European Journal of Neuroscience 60(7) 5467-5486 2024年7月28日査読有り
Cortical parvalbumin neurons are responsible for homeostatic sleep rebound through CaMKII activation

Kazuhiro Kon, Koji L. Ode, Tomoyuki Mano, Hiroshi Fujishima, Riina R. Takahashi, Daisuke Tone, Chika Shimizu, Shinnosuke Shiono, Saori Yada, Kyoko Matsuzawa …

Nature Communications 15(1) 6054 2024年7月18日査読有り
Elucidation of the mechanism of amyloid A and transthyretin formation using mass spectrometry-based absolute quantification.

Yukako Shintani-Domoto, Koji L Ode, Seitaro Nomura, Hiroyuki Abe, Hiroki R Ueda, Takashi Sakatani, Ryuji Ohashi

Virchows Archiv : an international journal of pathology 2023年7月15日査読有り
CCPG1 recognizes ER luminal proteins for selective ER-phagy

Shunsuke Ishii, Haruka Chino, Koji L. Ode, Yoshitaka Kurikawa, Hiroki R. Ueda, Akira Matsuura, Noboru Mizushima, Eisuke Itakura

Molecular Biology of the Cell 2023年2月3日査読有り
The role of calcium and CaMKII in sleep

Yuyang Wang, Yoichi Minami, Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda

Frontiers in Systems Neuroscience 16 1059421 2022年12月22日査読有り筆頭著者
Distinct phosphorylation states of mammalian CaMKIIβ control the induction and maintenance of sleep

Daisuke Tone, Koji L. Ode, Qianhui Zhang, Hiroshi Fujishima, Rikuhiro G. Yamada, Yoshiki Nagashima, Katsuhiko Matsumoto, Zhiqing Wen, Shota Y. Yoshida, Tomoki T. Mitani …

PLOS Biology 20(10) e3001813-e3001813 2022年10月4日査読有り筆頭著者
Next-Generation Mice Genetics for Circadian Studies

Hideki Ukai, Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda

Circadian Clocks 359-376 2022年9月16日
Ubiquitination of phosphatidylethanolamine in organellar membranes

Jun-ichi Sakamaki, Koji L. Ode, Yoshitaka Kurikawa, Hiroki R. Ueda, Hayashi Yamamoto, Noboru Mizushima

Molecular Cell 2022年8月査読有り
Phosphorylation by casein kinase 2 enhances the interaction between ER‐phagy receptor TEX264 and ATG8 proteins

Haruka Chino, Akinori Yamasaki, Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda, Nobuo N. Noda, Noboru Mizushima

EMBO reports 23(6) e54801 2022年4月13日査読有り
The 103,200-arm acceleration dataset in the UK Biobank revealed a landscape of human sleep phenotypes

Machiko Katori, Shoi Shi, Koji L. Ode, Yasuhiro Tomita, Hiroki R. Ueda

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119(12) e2116729119 2022年3月22日査読有り
A jerk-based algorithm ACCEL for the accurate classification of sleep–wake states from arm acceleration

Koji L. Ode, Shoi Shi, Machiko Katori, Kentaro Mitsui, Shin Takanashi, Ryo Oguchi, Daisuke Aoki, Hiroki R. Ueda

iScience 25(2) 103727-103727 2022年2月査読有り筆頭著者
NEK9 regulates primary cilia formation by acting as a selective autophagy adaptor for MYH9/myosin IIA

Yasuhiro Yamamoto, Haruka Chino, Satoshi Tsukamoto, Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda, Noboru Mizushima

Nature Communications 12(1) 3292 2021年6月2日査読有り
A design principle for posttranslational chaotic oscillators

Hiroto Q. Yamaguchi, Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda

iScience 24(1) 101946-101946 2021年1月査読有り
Phosphorylation Hypothesis of Sleep

Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda

Frontiers in Psychology 11 2020年10月2日査読有り筆頭著者
A cellular model of albumin endocytosis uncovers a link between membrane and nuclear proteins

Seiya Urae, Yutaka Harita, Tomohiro Udagawa, Koji L. Ode, Masami Nagahama, Yuko Kajiho, Shoichiro Kanda, Akihiko Saito, Hiroki R. Ueda, Masaomi Nangaku …

Journal of Cell Science 133(13) jcs242859-jcs242859 2020年7月1日査読有り
Versatile whole-organ/body staining and imaging based on electrolyte-gel properties of biological tissues.

Etsuo A Susaki, Chika Shimizu, Akihiro Kuno, Kazuki Tainaka, Xiang Li, Kengo Nishi, Ken Morishima, Hiroaki Ono, Koji L Ode, Yuki Saeki …

Nature communications 11(1) 1982-1982 2020年4月27日査読有り
Mass spectrometry-based absolute quantification of amyloid proteins in pathology tissue specimens: Merits and limitations.

Makiko Ogawa, Yukako Shintani-Domoto, Yoshiki Nagashima, Koji L Ode, Aya Sato, Yoshihiro Shimizu, Kenichi Ohashi, Michael H A Roehrl, Tetsuo Ushiku, Hiroki R Ueda …

PloS one 15(7) e0235143-e0235143 2020年査読有り
A period without PER: understanding 24-hour rhythms without classic transcription and translation feedback loops.

Arthur Millius, Koji L Ode, Hiroki R Ueda

F1000Research 8 499 2019年査読有り
Lost in clocks: non‐canonical circadian oscillation discovered in Drosophila cells

Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda

Molecular Systems Biology 14 e8567 2018年9月招待有り
Design principles of phosphorylation dependent timekeeping in eukaryotic circadian clocks

Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda

Cold Spring Harbor Perspective in Biology 10(8) a028357 2018年8月査読有り
Amnionless-mediated glycosylation is crucial for cell surface targeting of cubilin in renal and intestinal cells.

Tomohiro Udagawa, Yutaka Harita, Kenichiro Miura, Jun Mitsui, Koji L Ode, Shinichi Morishita, Seiya Urae, Shoichiro Kanda, Yuko Kajiho, Haruko Tsurumi …

Scientific reports 8(1) 2351-2351 2018年2月5日査読有り
Fast and slow Ca2+-dependent hyperpolarization mechanisms connect membrane potential and sleep homeostasis

Koji L. Ode, Takahiro Katsumata, Daisuke Tone, Hiroki R. Ueda

CURRENT OPINION IN NEUROBIOLOGY 44 212-221 2017年6月査読有り
Ca2+-dependent hyperpolarization hypothesis for mammalian sleep

Fumiya Tatsuki, Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda

NEUROSCIENCE RESEARCH 118 48-55 2017年5月査読有り
A Design Principle for an Autonomous Post-translational Pattern Formation

Shuhei S. Sugai, Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda

CELL REPORTS 19(4) 863-874 2017年4月査読有り
Knockout-Rescue Embryonic Stem Cell-Derived Mouse Reveals Circadian-Period Control by Quality and Quantity of CRY1

Koji L. Ode, Hideki Ukai, Etsuo A. Susaki, Ryohei Narumi, Katsuhiko Matsumoto, Junko Hara, Naoshi Koide, Takaya Abe, Masato T. Kanemaki, Hiroshi Kiyonari …

MOLECULAR CELL 65(1) 176-190 2017年1月査読有り
Mass spectrometry-based absolute quantification reveals rhythmic variation of mouse circadian clock proteins

Ryohei Narumi, Yoshihiro Shimizu, Maki Ukai-Tadenuma, Koji L. Ode, Genki N. Kanda, Yuta Shinohara, Aya Sato, Katsuhiko Matsumoto, Hiroki R. Ueda

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 113(24) E3461-E3467 2016年6月査読有り
Involvement of Ca2+-Dependent Hyperpolarization in Sleep Duration in Mammals

Fumiya Tatsuki, Genshiro A. Sunagawa, Shoi Shi, Etsuo A. Susaki, Hiroko Yukinaga, Dimitri Perrin, Kenta Sumiyama, Maki Ukai-Tadenuma, Hiroshi Fujishima, Rei-ichiro Ohno …

NEURON 90(1) 70-85 2016年4月査読有り
Mammalian Reverse Genetics without Crossing Reveals Nr3a as a Short-Sleeper Gene.

Genshiro A Sunagawa, Kenta Sumiyama, Maki Ukai-Tadenuma, Dimitri Perrin, Hiroshi Fujishima, Hideki Ukai, Osamu Nishimura, Shoi Shi, Rei-Ichiro Ohno, Ryohei Narumi …

Cell reports 14(3) 662-677 2016年1月26日査読有り
Characterization of conserved arginine residues on Cdt1 that affect licensing activity and interaction with Geminin or Mcm complex

Zhiying You, Koji L. Ode, Mayumi Shindo, Haruhiko Takisawa, Hisao Masai

CELL CYCLE 15(9) 1213-1226 2016年査読有り
Seeing the forest and trees: whole-body and whole-brain imaging for circadian biology

Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda

DIABETES OBESITY & METABOLISM 17(S1) 47-54 2015年9月査読有り
Temperature-independent energy expenditure in early development of the African clawed frog Xenopus laevis

Yatsuhisa Nagano, Koji L. Ode

PHYSICAL BIOLOGY 11(4) 046008 2014年8月査読有り
Non-Enzymatic DNA Cleavage Reaction Induced by 5-Ethynyluracil in Methylamine Aqueous Solution and Application to DNA Concatenation

Shuji Ikeda, Kazuki Tainaka, Katsuhiko Matsumoto, Yuta Shinohara, Koji L. Ode, Etsuo A. Susaki, Hiroki R. Ueda

PLOS ONE 9(3) e92369 2014年3月査読有り
Mammalian circadian clock: The roles of transcriptional repression and delay

Yoichi Minami, Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda

Handbook of Experimental Pharmacology 217 359-377 2013年査読有り
A Design Principle for a Posttranslational Biochemical Oscillator

Craig C. Jolley, Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda

CELL REPORTS 2(4) 938-950 2012年10月査読有り
Inter-origin cooperativity of geminin action establishes an all-or-none switch for replication origin licensing

Koji L. Ode, Koichi Fujimoto, Yumiko Kubota, Haruhiko Takisawa

GENES TO CELLS 16(4) 380-396 2011年4月査読有り
アフリカツメガエル初期胚型細胞周期におけるgemininとCdt1による複製ライセンス化制御

大出晃士

博士論文（大阪大学） 2011年3月

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主要なMISC

睡眠覚醒制御のタンパク質リン酸化仮説

大出晃士, 温芷晴, 上田泰己

実験医学 40(11) 1696-1701 2022年7月招待有り筆頭著者
タンパク質リン酸化によるノンレム睡眠制御

大出晃士

細胞 52(10) 529-532 2020年9月招待有り筆頭著者最終著者責任著者
睡眠時間制御の分子機構

大出晃士

日本臨牀 78(5) 720-727 2020年5月1日招待有り筆頭著者最終著者責任著者
哺乳類におけるカルシウム依存的な睡眠制御

大出晃士, 上田泰己

Dementia Japan 34(2) 154-162 2020年4月招待有り筆頭著者
概日時計と睡眠

大出晃士, 上田泰己

臨床神経科学 37(7) 770-773 2019年7月
哺乳類概日時計の周期長決定要因を探る

大出晃士, 上田泰己

実験医学 37(3) 379-385 2019年1月
量的変動の時間, 質的変動の時間少数分子が刻む哺乳類概日時計

大出晃士, 須貝秀平, 上田泰己

実験医学 35(19) 3229-3235 2017年11月
哺乳類概日時計の階層的制御

大出晃士, 上田泰己

Brain and nerve : 神経研究の進歩 66(6) 681-689 2014年6月
可逆的リン酸化制御が示す複雑な振る舞い

大出晃士

生物物理 54(1) 28-30 2014年1月
細胞周期を創る─フィードバックによる自律制御がもたらす堅牢なサイクル

大出晃士, 滝澤温彦

実験医学 29(7) 1097-1104 2011年4月
アフリカツメガエル卵抽出液におけるpreRC形成--因子の同定から制御機構の理解へ

大出晃士, 滝澤温彦

蛋白質核酸酵素 29(4) 334-342 2009年5月

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書籍等出版物

スマートヘルスケア

大出晃士, 南陽一, 上田泰己 (担当:分担執筆, 範囲:腕の動きを利用した睡眠覚醒判定法ACCELの開発と応用)

エヌ・ティー・エス 2023年1月 (ISBN: 9784860438128)
睡眠学

大出晃士, 上田泰己 (担当:分担執筆, 範囲:7.2 睡眠・覚醒リズムのシステム生物学)

朝倉書店 2020年11月 (ISBN: 9784254301205)
睡眠学

大出晃士, 上田泰己 (担当:分担執筆, 範囲:5.5 イオン組成変化による睡眠・覚醒制御)

朝倉書店 2020年11月 (ISBN: 9784254301205)
Minorities and Small Numbers from Molecules to Organisms in Biology

Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda (担当:分担執筆, 範囲:The Flow of Time Inside the Cell: The Time of Days Given by Molecules Driving the Circadian Clocks)

Springer 2018年11月 (ISBN: 9789811320828)
少数性生物学

大出晃士, 上田泰己 (担当:分担執筆, 範囲:細胞の中に流れる時間分子が数える一日の時刻と概日時計)

日本評論社 2017年3月 (ISBN: 9784535788169)
分子脳科学

戸根大輔, 大出晃士, 上田泰己 (担当:分担執筆, 範囲:概日リズムと睡眠)

化学同人 2015年4月 (ISBN: 9784759815191)

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

時間タンパク質学：秒から分を繋ぐ時間情報エンコーダーとしてのCaMKII

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2024年4月 - 2029年3月

大出晃士
単相性睡眠マウスの設計と応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

大出晃士
リン酸化酵素CaMKIIの自律的長期活性化維持機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

大出晃士
新規ATPアナログによるリン酸化経路選択問題へのアプローチ

日本学術振興会科学研究費補助金若手研究 2018年4月 - 2020年3月

大出晃士
CaMKIIβの長期活性維持機構を担うリン酸化状態の解明とその意義

一般財団法人東京医学会医学研究助成 2018年9月 - 2019年12月

大出晃士
透明化生体組織3次元イメージング質量分析法の実現

日本学術振興会科学研究費補助金挑戦的萌芽研究 2016年4月 - 2018年3月

大出晃士
Cry1タンパク質のリン酸化依存的分解を介した、細胞シグナルの統合と概日時計調律

日本学術振興会科学研究費補助金若手研究B 2013年4月 - 2015年3月

大出晃士
染色体複製ライセンス化機構の解析-多要素制御系への実験的アプローチ-

日本学術振興会科学研究費補助金特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2008年4月 - 2011年3月

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委員歴

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主要なMISC

書籍等出版物

担当経験のある科目(授業)

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