瑞浪超深地層研究所計画における研究坑道掘削は、排水中のフッ素及びホウ素の濃度が放流先河川において環境基準値を超えたことから、平成17年10月に研究坑道掘削及び坑内湧水の排水を一時停止した。さらに研究坑道の掘削に伴う湧水量の予測解析結果は、排水処理設備の処理量を設定した当初の湧水量を上回る量であった。そのため、地上の排水処理設備を改良・整備するとともに、以深の立坑掘削に伴って遭遇する地質環境特性を把握することにより、その後の坑道掘削において必要となる、(1)排水処理設備の設計,(2)グラウト施工計画並びに(3)施設設計の見直し、に資する情報を取得することを目的として、パイロットボーリング調査を実施した。その結果、深度500m付近までの地質環境を把握し、これに基づいて上記目標に資する情報を整備した。