沖真弥

J-GLOBALへ         更新日: 18/12/05 19:48
 
アバター
研究者氏名
沖真弥
 
オキ シンヤ
eメール
sokidev.med.kyushu-u.ac.jp
URL
http://hyoka.ofc.kyushu-u.ac.jp/search/details/K003096/index.html
所属
九州大学
部署
医学研究院 発生再生医学分野
職名
助教
学位
博士(医学)(大阪大学)
科研費研究者番号
90452713
ORCID ID
0000-0002-4767-3259

プロフィール

マウスの初期発生を研究しており、特に体軸形成や多分化能制御機構を専門としている。
また、ChIP-seq データを全ての研究者が簡単に利活用できるためのソフトウェアやデータベースを開発している。とくに全ての ChIP-seq 公開データを網羅的に収集し、統合的な解析をおこなうことで新しい知見を探索している。

研究分野

 
 

経歴

 
2007年
 - 
現在
九州大学大学院 医学研究院 助教
 
2005年4月
 - 
2007年2月
日本学術振興会 特別研究員
 

学歴

 
2002年
 - 
2007年
大阪大学 医学研究院 博士後期課程
 
2000年
 - 
2002年
大阪大学 工学研究院 修士課程
 
1996年
 - 
2000年
大阪大学 工学部 応用生命工学科
 

委員歴

 
2018年4月
   
 
日本メディカルAI学会  評議委員
 

受賞

 
2015年3月
DBCLS Open Science Award
 

論文

 
Oki, S*., Ohta, T., Shioi, G., Hatanaka, H., Ogasawara, O., Okuda, Y., Kawaji, H., Nakaki, R., Sese, J., and Meno, C*
EMBO Reports   e46255   2018年11月   [査読有り]
Anan K, Hino S, Shimizu N, Sakamoto A, Nagaoka K, Takase R, Kohrogi K, Araki H, Hino Y, Usuki S, Oki S, Tanaka H, Nakamura K, Endo F, Nakao M
Nucleic acids research   46(11) 5441-5454   2018年6月   [査読有り]
Shinya Oki*, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese & Chikara Meno*
bioRxiv      2018年2月
Mochizuki K, Hayashi Y, Sekinaka T, Otsuka K, Ito-Matsuoka Y, Kobayashi H, Oki S, Takehara A, Kono T, Osumi N, Matsui Y.
Cell Reports   24(10) 2682-2693.e6   2018年   [査読有り]
Matsuda K, Mikami T, Oki S, Iida H, Andrabi M, Boss JM, Yamaguchi K, Shigenobu S, Kondoh H
Development (Cambridge, England)   144(11) 1948-1958   2017年6月   [査読有り]

Misc

 
SraTailor: 誰でも使えるChIP-seqデータの可視化ツール
沖真弥
実験医学      2014年11月   [依頼有り]
沖 真弥、目野主税
福岡医学雑誌      2010年8月   [依頼有り]
左右決定におけるNodalシグナル
沖 真弥、目野主税、濱田博司沖真弥
細胞工学      2008年6月   [依頼有り]

講演・口頭発表等

 
ChIP-seqとプロテオーム:公共データをつないで使う [招待有り]
沖真弥、石濱泰
トーゴーの日シンポジウム2018   2018年10月5日   
公共 ChIP-seq データをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む [招待有り]
沖真弥
九州工業大学 セミナー   2018年9月7日   
Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions
沖真弥
Towards Understanding “INDIVIDUALITY”   2018年7月24日   
公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む [招待有り]
沖真弥
岩手医科大学 歯学研究科 基礎・臨床教育特論 共通セミナー   2018年7月20日   
公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む [招待有り]
沖 真弥
医薬基盤・健康・栄養研究所 セミナー   2018年4月17日   
公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む [招待有り]
沖 真弥, 大田 達郎, 塩井 剛, 畠中 秀樹, 小笠原 理, 奥田 喜広, 川路 英哉, 仲木 竜, 瀬々 潤, 目野 主税
第17回日本再生医療学会総会   2018年3月21日   
公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む [招待有り]
沖 真弥
旭川医科大学 セミナー   2018年3月12日   
公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む [招待有り]
沖 真弥
慶應義塾大学 セミナー   2018年1月30日   
公共ChIP-seqデータのフル活用術〜組織特異的エンハンサーと遺伝性疾患の解析〜 [招待有り]
沖 真弥
東京農業大学 セミナー   2018年1月23日   
公共ChIP-seqデータのフル活用術〜組織特異的エンハンサーと遺伝性疾患の解析〜 [招待有り]
沖 真弥
岩手医科大学 セミナー   2018年1月18日   
公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
沖 真弥
第4回 包括的神経グリア研究会   2018年1月7日   
ChIP-Atlas: Make full use of public ChIP-seq data.
沖 真弥
CREST ミーティング「離散構造統計学の創出と癌科学への展開」   2017年12月22日   
生命科学のデータベース活用法フォーラム ChIP-Atlas
沖真弥
ConBio 2017   2017年12月9日   
公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
沖 真弥, 大田 達郎, 塩井 剛, 畠中 秀樹, 小笠原 理, 奥田 喜広, 川路 英哉, 仲木 竜, 瀬々 潤, 目野 主税
ConBio 2017   2017年12月7日   
公共ChIP-seqデータのフル活用術 [招待有り]
沖真弥
新学術領域「個性創発脳」若手の会・技術支援講習会   2017年11月21日   
公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
名古屋大学 医学系研究科 セミナー   2017年11月13日   
エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充
沖真弥
トーゴーの日シンポジウム2017   2017年10月5日   
公共ChIP-seqデータをフル活用し遺伝性疾患の解明に挑む [招待有り]
沖真弥
大阪大学生命機能研究科 セミナー   2017年9月7日   
公共ChIP-seqデータのフル活用術 (組織特異的エンハンサーと遺伝性疾患の解析) [招待有り]
沖真弥
徳島大学藤井節郎記念医科学センター セミナー   2017年8月28日   
公共 ChIP-seq データのフル活用術
沖真弥
第2回次世代生命科学の研究会   2017年7月14日   
公共ChIP-seqデータのフル活用術
沖真弥
新学術領域「個性創発脳」第2回領域会議   2017年7月7日   
公共 ChIP-seq データのフル活用術 [招待有り]
沖真弥
東京大学 医学系研究科 セミナー   2017年7月6日   
公共 ChIP-seq データで遺伝性疾患の解明に挑む
沖真弥
NGS現場の会第五回研究会   2017年5月22日   
Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions
沖真弥
50th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists   2017年5月11日   
公共ChIP-seq データの網羅的かつ統合的な解析 [招待有り]
沖真弥
東京医科歯科大学 セミナー   2017年3月17日   
公共ChIP-seqデータをフル活用し、遺伝性疾患の解明に挑む [招待有り]
沖真弥
先端医療センター研究所 セミナー   2017年3月13日   
既報の ChIP-seq データの利活用術
沖真弥
第4回 発生における代謝を考える会   2017年2月21日   
The transcription factor landscape decodes the enhancers and risk variants in non-coding regions
Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese, Chikara Meno
Keystone Symposium; Epigenetics and Human Disease: Progress from Mechanisms to Therapeutics   2017年1月30日   
ChIP-seq 統合データベースの紹介と non-coding GWAS SNP の解析 [招待有り]
沖真弥
国立がんセンター セミナー   2017年1月25日   
既報のChIP-seqデータの活用術 [招待有り]
沖真弥
第1回 「個性」創発脳 領域会議   2016年12月17日   
網羅的かつ統合的な ChIP-seq データの解析
沖真弥
第39回日本分子生物学会年会   2016年12月1日   
沖真弥
DDBJデータ解析チャレンジ キックオフ講習会   2016年7月6日   
既報のChIP-seqデータをフル活用する 網羅的かつ統合的なデータベースの作成とその解析例 [招待有り]
沖 真弥
CiRA セミナー   2016年4月20日   
Comprehensive and integrative database and analysis of published ChIP-seq data [招待有り]
沖 真弥
横浜理研セミナー   2016年4月11日   
ChIP-Atlas: Comprehensive and integrative database for visualizing and mining all published ChIP-seq data.
Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Ryo Nakaki, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideki Hatanaka, Chikara Meno
SYSTEMS BIOLOGY: GLOBAL REGULATION OF GENE EXPRESSION   2016年3月17日   
既報の ChIP-seq データの統合解析
沖 真弥
個体パターニング研究会   2016年3月11日   
ChIP−seq SRAの統合的可視化とバイオデータベースとの連携 [招待有り]
沖 真弥
統合化推進プログラム 統合データ解析トライアル 平成27年度研究成果報告会   2016年3月10日   
既報のChIP-seqデータをフル活用するための統合データベース
沖 真弥, 大田 達郎, 塩井 剛, 仲木 竜, 目野 主税
第38回日本分子生物学会年会   2015年12月1日   
ChIP-seq データベースのためのメタ情報アノテーション [招待有り]
沖 真弥
Annotathon 2015   2015年11月12日   
既報のChIP-seqデータをフル活用するための統合データベース
沖 真弥, 大田 達郎, 塩井 剛, 仲木 竜, 目野 主税
トーゴーの日シンポジウム2015   2015年10月5日   
既報のChIP-seqデータをフル活用するための統合データベース
沖 真弥, 大田達郎, 塩井 剛, 仲木 竜, 目野 主税
生命情報科学若手の会 第7回研究会   2015年10月1日   
ChIP-seq SRA を利活用するための統合データベース
沖 真弥, 大田 達郎, 塩井 剛, 目野 主税
NGS現場の会第四回研究会   2015年7月1日   
Comprehensive database for visualizing all published ChIP-seq data
沖 真弥, 大田 達郎, 塩井 剛, 仲木 竜, 目野 主税
48th Annual Meeting of JSDB   2015年6月2日   
誰でも使えるChIP-seqデータの可視化ツール
沖 真弥
定量性物の会 第7回年会   2015年1月11日   
既報のChIP-seq データを超簡単に可視化する方法 [招待有り]
沖 真弥
遺伝研セミナー   2014年12月22日   
SraTailor: 誰でも使えるChIP-seqデータの可視化ツール
沖 真弥
第37回日本分子生物学会年会   2014年11月25日   
How to visualize published ChIP-seq raw data. [招待有り]
沖 真弥
CDB seminar   2014年7月23日   
SraTailor: GUI software for visualizing high-throughput sequence read archives
沖 真弥
47th Annual Meeting for the Japanese Society of Developmental Biologists   2014年5月27日   
Development of a GUI software to visualize high through-put sequence read archives
沖 真弥
第36回日本分子生物学会年会   2013年12月3日   
既報の次世代シーケンサ解析データを可視化するための簡易ソフトウェア
沖 真弥
定量生物学の会 第六回年会   2013年11月22日   

Works

 
沖真弥   Webサービス   2015年12月
論文などで公開されている ChIP-seq データを利活用するためのデータベース。
沖真弥   コンピュータソフト   2014年5月
ChIP-seq データの可視化を自動的に行うためのソフトウェア

競争的資金等の研究課題

 
老化研究推進・支援拠点
日本医療研究開発機構: 老化メカニズムの解明・制御プロジェクト
研究期間: 2017年10月 - 2022年3月    代表者: 鍋島陽一
エピゲノム統合データベースの開発と機能拡充
JST NBDC: 統合化推進プログラム
研究期間: 2017年4月 - 2022年3月    代表者: 沖真弥
多様な「個性」を創発する脳システムの統合的理解
文部科学省: 新学術領域研究
研究期間: 2017年4月 - 2021年3月    代表者: 大隅典子
Non-coding領域に存在する疾患原因SNPの同定と機能解析
基盤研究(B)特設研究分野
研究期間: 2018年4月 - 2020年3月    代表者: 沖真弥
Non-coding領域に存在する疾患原因SNPの同定と機能解析
徳島大学先端酵素学研究所「共同利用・共同研究」: 共同利用・共同研究
研究期間: 2018年4月 - 2019年3月    代表者: 沖真弥