Shinya OKI
(沖 真弥)
Modified on: 03/31
Profile Information
- Affiliation
- Professor, Institute of Resource Development and Analysis, Kumamoto University
- Degree
-
博士(医学)(Dec, 2007, 大阪大学)
- Contact information
- okishinyakumamoto-u.ac.jp
- Researcher number
- 90452713
- ORCID ID
- https://orcid.org/0000-0002-4767-3259
- J-GLOBAL ID
- 201501040753326194
- researchmap Member ID
- B000244090
- External link
世界中で行われたChIP-seq実験などのエピゲノミクスデータを統合したデータベース、ChIP-Atlas を開発している。その十数万件ものオミクス実験データを統合的に分析することにより、細胞分化制御や遺伝性疾患のしくみの解明、および創薬ターゲットの探索などをおこなっている。
また最近では、光学と化学を融合させた新規オミクス技術、Photo-Isolation Chemistry (PIC) を開発している。これは、様々な細胞タイプが混在する組織において「関心領域」に特定波長の光を照射すると、そのエリアだけのオミクス情報を引き出せる技術である。局所的な細胞集団のプロファイリングが可能となるこの新技術と、上述のデータ解析手法を駆使した多元的アプローチにより、器官形成や先天異常の原理を解き明かしたい。
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Research Interests
8Research Areas
2Research History
7-
Apr, 2024 - Present
-
Oct, 2023 - Mar, 2024
-
Apr, 2020 - Mar, 2024
-
Oct, 2019 - Mar, 2023
-
Feb, 2019 - Mar, 2020
-
Feb, 2007 - Feb, 2019
-
Apr, 2005 - Feb, 2007
Education
3-
2002 - 2007
-
2000 - 2002
-
1996 - 2000
Committee Memberships
4-
Apr, 2018 - Present
-
Apr, 2022 - Mar, 2024
-
Apr, 2020 - Mar, 2021
-
Apr, 2020 - Sep, 2020
Major Papers
43-
Epigenetics & Chromatin, 16(1) 34, Sep 25, 2023 Peer-reviewedLast authorCorresponding author
-
BMC Bioinformatics, 23(1) 51-51, Dec, 2022 Peer-reviewedLast authorCorresponding author
-
Nucleic Acids Research, 50(W1) W175-W182, Mar, 2022 Peer-reviewedLast authorCorresponding author
-
Nature Communications, 12(1) 4416-4416, Dec, 2021 Peer-reviewedLead authorCorresponding author
-
EMBO Reports, 19(12) e46255, Nov, 2018 Peer-reviewedLead authorCorresponding author
Misc.
6-
JSBi Bioinformatics Review, 4(1) 1-9, Jun, 2023 Peer-reviewedInvited
-
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 43rd, 2020
-
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 43rd, 2020
-
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 43rd, 2020
-
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 41st, 2018
Books and Other Publications
12-
生物工学会誌, 2022
-
月刊「細胞」, 2022
-
生物物理, 2022
-
Practical Guide to Life Science Databases, 2021
-
実験医学, 2021
-
実験医学別冊:クロマチン解析実践プロトコール, 2020
-
実験医学, 2019
-
THE LUNG perspectives, 2019
-
実験医学, 2014
-
福岡医学雑誌, 2010
-
細胞工学, 2008
Presentations
123-
学術変革領域研究(A)適応回路センサス第3回領域会議, Jun 22, 2023 Invited
-
第16回日本エピジェネティクス研究会年会, Jun 19, 2023 Invited
-
ACT-X「生命と化学」主催:第 1 回 研究者交流会議, May 10, 2023 Invited
-
第100回日本生理学会大会, Mar 16, 2023 Invited
-
東北大学分子代謝病態学Webセミナー, Jan 17, 2023 Invited
-
第67回日本人類遺伝学会, Dec 15, 2022 Invited
-
第45回日本分子生物学会, Dec 2, 2022 Invited
-
ExCELLSセミナー, Nov 15, 2022 Invited
-
NGS EXPO 2022, Oct 19, 2022 Invited
-
東京慈恵会医科大学 医学研究の基礎を語り合う集い, Oct 11, 2022 Invited
-
シングルセルゲノミクス研究会2022, Aug 30, 2022 Invited
-
株式会社セツロテック コラボWebセミナー, Aug 4, 2022 Invited
-
第25回小児心血管分子医学研究会, Jul 21, 2022 Invited
-
徳島大学 医学研究科セミナー, Jul 6, 2022 Invited
-
京都大学 先端バイオメディシン解析技術室シンポジウム, Jun 30, 2022 Invited
-
Jun 27, 2022 Invited
-
第127回日本解剖学会, Mar 27, 2022 Invited
-
東京大学 理学系研究科 生物情報科学科・黒田研セミナー, Feb 10, 2022 Invited
Teaching Experience
5-
2020 - Present
-
2021 - 2022
-
2010 - 2014
Professional Memberships
4Major Works
2Research Projects
21-
Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2023 - Mar, 2028
-
科学研究費助成事業 特別研究員奨励費, 特別研究員奨励費, 日本学術振興会, Apr, 2023 - Mar, 2025
-
科学研究費助成事業, 基盤研究(B), 日本学術振興会, Apr, 2022 - Mar, 2025
-
科学研究費助成事業, 基盤研究(B), 日本学術振興会, Apr, 2020 - Mar, 2023
-
さきがけ「多細胞」, JST, Oct, 2019 - Mar, 2023
-
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2019 - Mar, 2022
-
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2019 - Mar, 2022
-
老化メカニズムの解明・制御プロジェクト, 日本医療研究開発機構, Oct, 2017 - Mar, 2022
-
統合化推進プログラム, JST NBDC, Apr, 2017 - Mar, 2022
-
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, Jul, 2018 - Mar, 2021
-
共同利用・共同研究, 徳島大学先端酵素学研究所「共同利用・共同研究」, Apr, 2018 - Mar, 2021
-
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area), Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area), Japan Society for the Promotion of Science, Jun, 2016 - Mar, 2021
-
加藤記念難病研究助成基金, Oct, 2017 - Oct, 2018
-
Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research, Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2015 - Mar, 2018
-
Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2014 - Mar, 2018
-
統合化推進プログラム(統合データ解析トライアル), JST NBDC, Apr, 2015 - Mar, 2016
-
Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area), Japan Society for the Promotion of Science, Jul, 2009 - Mar, 2014
-
Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Young Scientists (B), Japan Society for the Promotion of Science, 2013 - 2014
-
Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Young Scientists (B), Japan Society for the Promotion of Science, 2011 - 2012
-
科学研究費補助金(挑戦的萌芽研究), 挑戦的萌芽研究, 文部科学省, 2009 - 2010
Social Activities
2