沖山佳生 (Yoshio Okiyama) - マイポータル

基本情報

所属: 神戸大学大学院人間発達環境学研究科人間環境学専攻

学位: 博士（理学）

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-6775-8604
J-GLOBAL ID: 201801013210684835
researchmap会員ID: B000300477

研究キーワード

論文

Energy transfer and non-equipartition in nonlinearly coupled oscillators with Fermi resonance

Shigenori Tanaka, Yoshio Okiyama

Chemical Physics Letters 864 141889-141889 2025年4月査読有り
Acceleration of Environmental Electrostatic Potential Using Cholesky Decomposition with Adaptive Metric (CDAM) for Fragment Molecular Orbital-based Molecular Dynamics (FMO-MD) Simulation

Tatsuya Nakano, Yoshio Okiyama, Katsunori Segawa, Yoshiro Saito, Yuji Mochizuki, Yuto Komeiji

Journal of Computer Chemistry, Japan - International Edition 10 2023-0038_1-8 2024年10月2日査読有り
FMOe: Preprocessing and Visualizing Package of the Fragment Molecular Orbital Method for Molecular Operating Environment and Its Applications in Covalent Ligand and Metalloprotein Analyses

Hirotomo Moriwaki, Yusuke Kawashima, Chiduru Watanabe, Kikuko Kamisaka, Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

Journal of Chemical Information and Modeling 64(18) 6927-6937 2024年9月5日査読有り
In Silico Search for Drug Candidates Targeting the PAX8–PPARγ Fusion Protein in Thyroid Cancer

Kaori Sakaguchi, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka

International Journal of Molecular Sciences 25(10) 5347-5347 2024年5月14日査読有り責任著者
Quantum Chemical Interaction Analysis between SARS-CoV-2 Main Protease and Ensitrelvir Compared with Its Initial Screening Hit

Chiduru Watanabe, Shigenori Tanaka, Yoshio Okiyama, Hitomi Yuki, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

The Journal of Physical Chemistry Letters 14(15) 3609-3620 2023年4月6日査読有り
The position of the nitro group affects the mutagenicity of nitroarenes

Akiko Ohno, Yoshio Okiyama, Akihiko Hirose, Kiyoshi Fukuhara

Toxicology and Applied Pharmacology 441 115974-115974 2022年4月15日査読有り
Dynamic Cooperativity of Ligand–Residue Interactions Evaluated with the Fragment Molecular Orbital Method

Shigenori Tanaka, Shusuke Tokutomi, Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Kazuki Akisawa, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki

The Journal of Physical Chemistry B 125(24) 6501-6512 2021年6月24日査読有り
Density-Matrix Based Scheme of Basis Selection for Linear Combination of Fragment Molecular Orbitals

Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki, Masanori Yamanaka, Shigenori Tanaka

Journal of the Physical Society of Japan 90(6) 064301-064301 2021年6月15日査読有り筆頭著者責任著者
In silico modeling of PAX8–PPARγ fusion protein in thyroid carcinoma: influence of structural perturbation by fusion on ligand-binding affinity

Kaori Sakaguchi, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka

Journal of Computer-Aided Molecular Design 35(5) 629-642 2021年5月18日査読有り責任著者
Molecular recognition of SARS-CoV-2 spike glycoprotein: quantum chemical hot spot and epitope analyses

Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

Chemical Science 12(13) 4722-4739 2021年4月9日査読有り
FMODB: The World’s First Database of Quantum Mechanical Calculations for Biomacromolecules Based on the Fragment Molecular Orbital Method

Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Shunpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Yoshio Okiyama, Hirotomo Moriwaki, Hitomi Yuki, Tomohiro Sato, Noriyuki Kurita, Yoichiro Yagi …

Journal of Chemical Information and Modeling 61(2) 777-794 2021年2月22日査読有り
Statistical interaction analyses between SARS-CoV-2 main protease and inhibitor N3 by combining molecular dynamics simulation and fragment molecular orbital calculation

Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Kazuki Akisawa, Yuji Mochizuki, Yuma Handa, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka

Applied Physics Express 14(2) 027003-027003 2021年2月1日査読有り
Development of an Automated FMO Calculation Protocol to Construction of FMO Database

Chiduru Watanabe, Hirofumi Watanabe, Yoshio Okiyama, Daisuke Takaya

Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method (Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa (eds.)) 183-203 2021年2月
How to Perform FMO Calculation in Drug Discovery

Kaori Fukuzawa, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Tatsuya Nakano

Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method (Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa (eds.)) 93-125 2021年2月
The ABINIT-MP Program

Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Kota Sakakura, Yoshio Okiyama, Hiromasa Watanabe, Koichiro Kato, Yoshinobu Akinaga, Shinya Sato, Jun-inchi Yamamoto, Katsumi Yamashita …

Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method (Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa (eds.)) 53-67 2021年2月
Acceleration of Environmental Electrostatic Potential Using Cholesky Decomposition with Adaptive Metric (CDAM) for Fragment Molecular Orbital (FMO) Method

Yoshio Okiyama, Tatsuya Nakano, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Katsunori Segawa, Yuji Mochizuki

Bulletin of the Chemical Society of Japan 94(1) 91-96 2021年1月15日査読有り筆頭著者責任著者
Development Status of ABINIT-MP in 2020

Yuji Mochizuki, Kota Sakakura, Hiromasa Watanabe, Koji Okuwaki, Koichiro Kato, Naoki Watanabe, Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano

Journal of Computer Chemistry, Japan 19(4) 142-145 2020年12月査読有り
Comparative study on model parameter evaluations for the energy transfer dynamics in Fenna–Matthews–Olson complex

Yosuke Suzuki, Hirofumi Watanabe, Yoshio Okiyama, Kuniyoshi Ebina, Shigenori Tanaka

Chemical Physics 539 110903-110903 2020年11月査読有り
Fragment Molecular Orbital Based Interaction Analyses on COVID-19 Main Protease−Inhibitor N3 Complex (PDB ID: 6LU7)

Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki, Yuma Handa, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka

Journal of Chemical Information and Modeling 60(7) 3593-3602 2020年7月27日査読有り
Taking Water into Account with the Fragment Molecular Orbital Method

Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka

Quantum Mechanics in Drug Discovery. Methods in Molecular Biology, vol. 2114 (Alexander Heifetz (ed.)) 105-122 2020年4月筆頭著者

もっとみる

MISC

FMO法を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼ-阻害薬S-217622結合メカニズムの解明

渡邉千鶴, 田中成典, 沖山佳生, 大山達也, 神坂紀久子, 幸瞳, 高谷大輔, 福澤薫, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 50th (CD-ROM) 2022年
FMO法を用いたJAK2とイミダゾピロロピリジン系化合物の結合性および選択性評価

堺大輔, 半田佑磨, 平井優樹, 奥脇弘次, 古石誉之, 米持悦生, 沖山佳生, 田中成典, 福澤薫

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 49th (CD-ROM) 2021年
FMOプログラムABINIT-MPの整備状況2020

望月祐志, 望月祐志, 坂倉耕太, 渡邊啓正, 奥脇弘次, 加藤幸一郎, 渡辺尚貴, 沖山佳生, 福澤薫, 福澤薫 …

日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2020 2020年
FMO法を用いたJAK2とイミダゾピロロピリジン系化合物の結合性評価

堺大輔, 半田佑磨, 町田大樹, 平井優樹, 奥脇弘次, 沖山佳生, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

日本薬学会関東支部大会講演要旨集 64th 2020年
COMT賦活化における基質認識機構の理論的解析

山川和也, 飯島洋, 沖山佳生, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2019 2019年
FMOプログラムABINIT-MPの開発状況と機械学習との連携

望月祐志, 望月祐志, 坂倉耕太, 秋永宜伸, 加藤幸一郎, 渡邊啓正, 沖山佳生, 中野達也, 古明地勇人, 奥沢明 …

日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2017 2017年
フラグメント分子軌道法のインシリコ創薬への応用

福澤薫, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 渡邉博文, 本間光貴, 望月祐志, 田中成典

日本化学会講演予稿集 95th(2) 2015年
ABINIT-MPによる京でのフラグメント分子軌道計算

沖山佳生, 渡邉千鶴, 望月祐志, 坂倉耕太, 山本純一, 野口孝明, 小久保達信, 新宮哲, 古明地勇人, 福澤薫 …

日本化学会講演予稿集 94th(2) 2014年
FMO電子状態計算によるX線結晶構造の精密化の検討

福澤薫, 渡邉千鶴, 塚本貴志, 加藤昭史, 沖山佳生, 田中成典, 望月祐志

日本化学会講演予稿集 94th(2) 2014年
酵素NylB-基質複合体における誘導適合に伴う残基間相互作用エネルギー(IFIE)変化の理論解析

安東寛之, 馬場剛史, 重田育照, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 望月祐志, 望月祐志, 中野雅由

日本化学会講演予稿集 94th(2) 2014年
ナイロンオリゴマー分解酵素基質複合体の相互作用に対するアミノ酸変異導入の効果

安東寛之, 馬場剛史, 重田育照, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 望月祐志, 中野雅由

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 14th 2014年
フラグメント分子軌道法(FMO法)を用いた,酵素NylBの誘導適合過程における残基間相互作用エネルギー変化の統計的解析

安東寛之, 馬場剛史, 重田育照, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 福澤薫, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志, 中野雅由

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 8th 2014年
フラグメント分子軌道計算のナノバイオテクノロジーへの展開(その1)

望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 福澤薫, 加藤幸一郎, 沖山佳生, 塚本貴志, 宮部寛志, 都築誠二 …

応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM) 75th 2014年
フラグメント分子軌道法に基づくタンパク質の理論計算

望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 沖山佳生, 渡邉千鶴, 本間光貴, 田中成典

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 14th 2014年
Analysis of Global Ecosystem Ecology by Fragment Molecular Orbital (FMO) Method: Analyses of the Interactions between Virus Hamagglutinins and Their Receptors

T. Maruyama, Y. Shimane, K. Ohishi, M. Iwasawa, Y. Hatada, K. Usui, Y. Takaki, T. Yoshida, S. Tanaka, S. Anzaki …

Annual Report of the Earth Simulator Center April 2013 – March 2014 155-160 2014年招待有り
フラグメント分子軌道法を用いたspin-component-scaled MP2法に基づくタンパク−リガンド相互作用クラスター解析

甘利真司, 望月祐志, 加藤昭史, 福澤薫, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 田中成典, 中野達也

CBI学会誌 2(4) 17-25 2014年
京コンピュータを用いたFMO電子密度解析による生体分子構造の高精度化の検討

渡邉千鶴, 福澤薫, 福澤薫, 沖山佳生, 加藤昭史, 塚本貴志, 田中成典, 望月祐志

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 36th 2013年
フラグメント分子軌道計算に基づくペプチド-シリカの相互作用解析

望月祐志, 望月祐志, 沖山佳生, 渡邉千鶴, 塚本貴志, 福澤薫, 福澤薫, 田中成典

応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM) 74th 2013年
Structure-based drug designを指向した新規フラグメント分割法に基づく4体補正フラグメント分子軌道(FMO4)計算

渡邉千鶴, 福澤薫, 沖山佳生, 望月祐志, 塚本貴志, 加藤昭史, 田中成典, 中野達也

CBI学会誌 1(1) 32-41 2013年
Cartesian Gaussianの積分の初期積分の計算

中野達也, 山下勝美, 沖山佳生, 瀬川勝智, 望月祐志

CBI学会誌 1(1) 42-46 2013年

もっとみる

講演・口頭発表等

フラグメント分子軌道法から古典力場を捉え直す

沖山佳生

第19回創薬インフォマティクス研究会＆第11回FMO研究会共催「FMO法に基づいた新規な力場の構築に向けて」 2016年4月15日招待有り
FMO計算プログラムABINIT-MPの開発と溶媒効果

沖山佳生

第8回FMO研究会「ナノバイオ分子計算とデザイン」 2014年10月30日招待有り

共同研究・競争的資金等の研究課題

FMOデータベースを用いた抗原-抗体のPPI相互作用エネルギー予測モデルの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2023年6月 - 2026年3月

渡邉千鶴, 佐藤朋広, 沖山佳生
次世代インシリコ創薬のための高解像度相互作用エネルギー空間分割法の開発

科学研究費助成事業若手研究（B） 2015年4月 - 2017年3月

沖山佳生