奥田昌彦 (Okuda Masahiko) - マイポータル

基本情報

所属: 横浜市立大学生命医科学研究科特任准教授

学位: 理学

研究者番号: 60448686
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-5834-0559
J-GLOBAL ID: 201801017585517168
researchmap会員ID: B000304423

研究分野

ライフサイエンス / 構造生物化学 /

論文

Structural polymorphism of the PH domain in TFIIH

Masahiko Okuda, Yoshifumi Nishimura

Bioscience Reports 43(7) BSR20230846 2023年6月21日査読有り筆頭著者
Dynamic structures of intrinsically disordered proteins related to the general transcription factor TFIIH, nucleosomes, and histone chaperones

Masahiko Okuda, Yasuo Tsunaka, Yoshifumi Nishimura

Biophysical Reviews 14(6) 1449-1472 2022年11月18日査読有り筆頭著者
Three human RNA polymerases interact with TFIIH via a common RPB6 subunit.

Masahiko Okuda, Tetsufumi Suwa, Hidefumi Suzuki, Yuki Yamaguchi, Yoshifumi Nishimura

Nucleic acids research 50(1) 1-16 2022年1月11日査読有り筆頭著者
Structural and dynamical insights into the PH domain of p62 in human TFIIH

Masahiko Okuda, Toru Ekimoto, Jun-ichi Kurita, Mitsunori Ikeguchi, Yoshifumi Nishimura

Nucleic Acid Research 49(5) 2916-2930 2021年3月査読有り筆頭著者
The Eaf3 chromodomain acts as a pH sensor for gene expression by altering its binding affinity for histone methylated-lysine residues

Masahiko Okuda, Yoshifumi Nishimura

Bioscience reports 40(2) BSR20191958 2020年査読有り筆頭著者
Common TFIIH recruitment mechanism in global genome and transcription-coupled repair subpathways.

Masahiko Okuda, Yuka Nakazawa, Chaowan Guo, Tomoo Ogi, Yoshifumi Nishimura

Nucleic Acid Research 45(22) 13043-13055 2017年12月査読有り
The Interaction Mode of the Acidic Region of the Cell Cycle Transcription Factor DP1 with TFIIH

Masahiko Okuda, Keigo Araki, Kiyoshi Ohtani, Yoshifumi Nishimura

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 428(24) 4993-5006 2016年12月査読有り
Dynamics of the Extended String-Like Interaction of TFIIE with the p62 Subunit of TFIIH

Masahiko Okuda, Junichi Higo, Tadashi Komatsu, Tsuyoshi Konuma, Kenji Sugase, Yoshifumi Nishimura

BIOPHYSICAL JOURNAL 111(5) 950-962 2016年9月査読有り
Dataset for the NMR structure of the intrinsically disordered acidic region of XPC bound to the PH domain of TFIIH p62

Masahiko Okuda, Yoshifumi Nishimura

Data in Brief 6 571-577 2016年3月1日査読有り
Structural Insight into the Mechanism of TFIIH Recognition by the Acidic String of the Nucleotide Excision Repair Factor XPC

Masahiko Okuda, Minoru Kinoshita, Erina Kakumu, Kaoru Sugasawa, Yoshifumi Nishimura

STRUCTURE 23(10) 1827-1837 2015年10月査読有り
Real-time and simultaneous monitoring of the phosphorylation and enhanced interaction of p53 and XPC acidic domains with the TFIIH p62 subunit

Masahiko Okuda, Yoshifumi Nishimura

ONCOGENESIS 4 e150 2015年6月査読有り
Extended String Binding Mode of the Phosphorylated Transactivation Domain of Tumor Suppressor p53

Masahiko Okuda, Yoshifumi Nishimura

JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 136(40) 14143-14152 2014年10月査読有り
Novel structural and functional mode of a knot essential for RNA binding activity of the Esa1 presumed chromodomain

Hideaki Shimojo, Norihiko Sano, Yoshihito Moriwaki, Masahiko Okuda, Masami Horikoshi, Yoshifumi Nishimura

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 378(5) 987-1001 2008年5月査読有り
Structural insight into the TFIIE-TFIIH interaction: TFIIE and p53 share the binding region on TFIIH

Masahiko Okuda, Aki Tanaka, Manami Satoh, Shoko Mizuta, Manabu Takazawa, Yoshiaki Ohkuma, Yoshifumi Nishimura

EMBO JOURNAL 27(7) 1161-1171 2008年4月査読有り
Structural characterization of human general transcription factor TFIIF in solution

Satoko Akashi, Shinjiro Nagakura, Seiji Yamamoto, Masahiko Okuda, Yoshiaki Ohkuma, Yoshifumi Nishimura

PROTEIN SCIENCE 17(3) 389-400 2008年3月査読有り
Structural polymorphism of chromodomains in Chd1

Masahiko Okuda, Masami Horikoshi, Yoshifumi Nishimura

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 365(4) 1047-1062 2007年1月査読有り
Investigation of molecular size of transcription factor TFIIE in solution

Yoshiyuki Itoh, Satoru Unzai, Mamoru Sato, Aritaka Nagadoi, Masahiko Okuda, Yoshifumi Nishimura, Satoko Akashi

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 61(3) 633-641 2005年11月査読有り
Structural insights into the asymmetric effects of zinc-ligand cysteine mutations in the novel zinc ribbon domain of human TFIIEα for transcription.

Masahiko Okuda, Aki Tanaka, Fumio Hanaoka, Yoshiaki Ohkuma, Yoshifumi Nishimura

The Journal of Biochemistry 138(4) 443-9 2005年10月査読有り
A novel zinc finger structure in the large subunit of human general transcription factor TFIIE.

Masahiko Okuda, Aki Tanaka, Yoko Arai, Manami Satoh, Hideyasu Okamura, Aritaka Nagadoi, Fumio Hanaoka, Yoshiaki Ohkuma, Yoshifumi Nishimura

The Journal of biological chemistry 279(49) 51395-403 2004年12月3日査読有り
Structure of the central core domain of TFIIEβ with a novel double-stranded DNA-binding surface.

Masahiko Okuda, Yoshinori Watanabe, Hideyasu Okamura, Fumio Hanaoka, Yoshiaki Ohkuma, Yoshifumi Nishimura

The EMBO Journal 19(6) 1346-1356 2000年3月査読有り

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MISC

イオンモビリティ質量分析とX線小角散乱による基本転写因子TFIIEの構造解析

七種和美, 小田隆, 奥田昌彦, 池口満徳, 佐藤衛, 西村善文, 明石知子

質量分析総合討論会講演要旨集 59th 2011年
Structural biology of a general transcription factor, TFIIE and its interaction mode with TFIIH

Masahiko Okuda, Yoshifumi Nishimura

Seikagaku 80(6) 501-510 2008年
基本転写写因子TFIIEβサブユニットの構造解析

奥田昌彦, 渡辺祥規, 花岡文雄, 大熊芳明, 西村善文

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 21 279-279 1998年12月1日

書籍等出版物

細胞

奥田昌彦, 西村善文 (担当:分担執筆, 範囲:特集：構造生物学の最前線「核内天然変性タンパク質の動的構造」)

北隆館 2019年10月
NMR分光法

奥田昌彦, 西村善文 (担当:分担執筆, 範囲:「第５章生命科学への展開」)

講談社 2016年4月
生化学

奥田昌彦, 西村善文 (担当:分担執筆, 範囲:特集：タンパク質の化学構造から生物機能に迫る「基本転写因子 TFIIE の構造と TFIIH との相互作用」)

日本生化学学会 2008年6月
構造プロテオミクス: 蛋白質ネットワークの構造生物学

奥田昌彦, 西村善文 (担当:分担執筆, 範囲:第I部1 蛋白質ネットワークにおける構造生物学、「転写における構造生物学」)

共立出版 2003年4月
生物の科学遺伝

奥田昌彦, 西村善文 (担当:分担執筆, 範囲:トピックス「ＤＮＡの形をまねるタンパク質」)

裳華房 1993年3月

講演・口頭発表等

NMRによるTFIIHの機能構造解析

奥田昌彦

BINDS-NMR報告会 2021年11月12日
転写因子やDNA修復因子の構造機能解析

奥田昌彦

創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム 2018年7月31日
タンパク質のリン酸化反応とタンパク質間相互作用変化のNMR法によるリアルタイムモニタリング

奥田昌彦

よこはまNMR研究会第55回ワークショップ 2016年3月23日

共同研究・競争的資金等の研究課題

クロマチン中の揺らいでいる領域の機能構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2027年3月

西村善文, 栗田順一, 下條優佳, 奥田昌彦
RNAポリメラーゼと基本転写因子TFIIHの特異的相互作用の普遍性と特異性

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2024年4月 - 2027年3月

奥田昌彦
ヒトRNAポリメラーゼと基本転写因子TFIIHとの複合体の構造モデルの構築

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(C) 2021年4月 - 2023年3月

奥田昌彦
ヒトRNAポリメラーゼIIと基本転写因子TFIIHのNMR法による複合体構

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(C) 2016年4月 - 2019年3月

奥田昌彦
ヒト基本転写因子TFIIEのNMR法による全長構造の解明

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(C) 基盤研究(C) 2011年4月 - 2014年3月

奥田昌彦
ヒト基本転写因子TFIIEの完全長複合体のNMR法による立体構造解析

日本学術振興会科学研究費補助金若手研究(B) 若手研究(B) 2009年4月 - 2011年3月

奥田昌彦
ヒト基本転写因子TFIIEの全体構造解明に向けたNMRによるドメイン構造解析

日本学術振興会科学研究費補助金若手研究(B) 若手研究(B) 2007年4月 - 2009年3月

奥田昌彦
基本転写因子(TF2Eβ)のRNAポリメラーゼ相互作用領域の立体構造解析

日本学術振興会科学研究費補助金特別研究員奨励費特別研究員奨励費 1999年4月 - 2001年3月

奥田昌彦

産業財産権

特願2004-311481 出芽酵母CHD1クロモドメインの製造方法及びその核磁気共鳴スペクトルの利用

奥田昌彦, 西村善文
特願2004-55645 ヒトTFIIEαの新規な亜鉛結合ドメインの構造的特徴および機能

奥田昌彦, 西村善文, 大熊芳明

奥田昌彦

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共同研究・競争的資金等の研究課題

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