渡邉怜子 (Reiko Watanabe) - マイポータル

基本情報

所属: 大阪大学蛋白質研究所招へい准教授
: 江崎グリコ株式会社基礎研究室

研究者番号: 30727326
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-9359-8731
J-GLOBAL ID: 201801004515219432
researchmap会員ID: B000323079

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 薬系衛生、生物化学 /

経歴

2025年4月 - 現在

大阪大学蛋白質研究所招へい准教授
2025年4月 - 現在

江崎グリコ株式会社
2024年4月 - 2025年3月

大阪大学蛋白質研究所, 計算生物学研究室, 特任講師
2022年4月 - 2024年3月

大阪大学蛋白質研究所, 計算生物学研究室, 助教
2020年4月 - 2022年3月

医薬基盤・健康・栄養研究所, AI健康・医薬研究センターバイオインフォマティクスプロジェクト, プロジェクト研究員
2015年10月 - 2020年3月

医薬基盤・健康・栄養研究所, バイオインフォマティクスプロジェクト, 特任研究員
2014年9月 - 2015年3月

東北大学加齢医学研究所, 加齢ゲノム制御プロテオーム寄附研究部門, 博士研究員

委員歴

2023年7月 - 現在

CBI学会学会誌, 編集委員
2018年10月 - 現在

情報計算化学生物学会(CBI 学会)若手の会, コアメンバー
2023年4月 - 2024年10月

情報計算化学生物学会(CBI 学会), 年大会実行委員
2018年4月 - 2024年10月

情報計算化学生物学会(CBI 学会), 年大会プログラム選考委員
2023年8月 - 2023年12月

第21回大阪大学蛋白質研究所リトリート, 実行委員
2022年4月 - 2023年3月

日本バイオインフォマティクス学会年会, 実行委員
2022年9月 - 2022年12月

第20回大阪大学蛋白質研究所リトリート, 実行委員

受賞

2019年10月

エクセレントポスター賞, Development of an in silico prediction system of human renal excretion and clearance from chemical structure information, CBI学会

渡邉怜子
2017年10月

ベストポスター賞, Prediction of human plasma protein binding from chemical structures, CBI学会

渡邉怜子
2015年1月

研究奨励賞, 東北大学加齢医学研究所

渡邉怜子
2014年10月

ポスター賞, Involvement of SWI/SNF chromatin-remodeling factors in NHEJ and their frequent loss of expression in cancer cell, NIH-Japan-JSPS Symposium

渡邉怜子
2014年3月

第4 回研究助成事業発表会最優秀賞, 東北大学加齢医学研究所

渡邉怜子

主要な論文

Improving ADME Prediction with Multitask Graph Neural Networks and Assessing Explainability in Lead Optimization

Shoma Ito, Takuto Koyama, Shigeyuki Matsumoto, Ryosuke Kojima, Yuji Okamoto, Masataka Kuroda, Hitoshi Kawashima, Reiko Watanabe, Tomoki Yonezawa, Takaaki Sumiyoshi …

Journal of Chemical Information and Modeling 2025年11月10日査読有り
Optimizing Multi-Task Learning with Evolutionary Relatedness Metrics for Enhanced QSAR-Based Natural Product Activity Prediction

Donny Ramadhan, Reiko Watanabe, Kenji Mizuguchi

ACS Omega 2025年9月23日査読有り
A novel method for endometrial cancer patient stratification considering ARID1A protein expression and activity with effective use of multi-omics data

Junsoo Song, Ayako Ui, Kenji Mizuguchi, Reiko Watanabe

Computational and Structural Biotechnology Journal 2025年6月査読有り最終著者責任著者
Improving the accuracy of prediction models for small datasets of Cytochrome P450 inhibition with deep learning

Elpri Eka Permadi, Reiko Watanabe, Kenji Mizuguchi

Journal of Cheminformatics 17(66) 2025年4月30日査読有り責任著者
Armadillo domain of ARID1A directly interacts with DNA-PKcs to couple chromatin remodeling with nonhomologous end joining (NHEJ) pathway.

Shin-Ichiro Kanno, Takayasu Kobayashi, Reiko Watanabe, Akihiro Kurimasa, Kozo Tanaka, Akira Yasui, Ayako Ui

Nucleic acids research 53(5) 2025年3月13日査読有り
The Trends and Future Prospective of In Silico Models from the Viewpoint of ADME Evaluation in Drug Discovery

Hiroshi Komura, Reiko Watanabe, Kenji Mizuguchi

Pharmaceutics 15(11) 2619-2619 2023年11月12日査読有り
DruMAP: A Novel Drug Metabolism and Pharmacokinetics Analysis Platform

Hitoshi Kawashima*, Reiko Watanabe*, Tsuyoshi Esaki, Masataka Kuroda, Chioko Nagao, Yayoi Natsume-Kitatani, Rikiya Ohashi, Hiroshi Komura, Kenji Mizuguchi, *equaly contributed

Journal of Medicinal Chemistry 66(14) 9697-9709 2023年7月14日査読有り筆頭著者責任著者
Evidence-Based Prediction of Cellular Toxicity for Amorphous Silica Nanoparticles

Martin, Reiko Watanabe, Kosuke Hashimoto, Kazuma Higashisaka, Yuya Haga, Yasuo Tsutsumi, Kenji Mizuguchi

ACS Nano 17(11) 9987-9999 2023年5月31日査読有り
Prediction of the Contribution Ratio of a Target Metabolic Enzyme to Clearance from Chemical Structure Information

Reiko Watanabe, Toshio Kawata, Shinya Ueda, Takumi Shinbo, Mitsuo Higashimori, Yayoi Natsume-Kitatani, Kenji Mizuguchi

Molecular Pharmaceutics 20(1) 419-426 2022年12月20日査読有り筆頭著者責任著者
Utilizing public and private sector data to build better machine learning models for the prediction of pharmacokinetic parameters

Masataka Kuroda, Reiko Watanabe, Tsuyoshi Esaki, Hitoshi Kawashima, Rikiya Ohashi, Tomohiro Sato, Teruki Honma, Hiroshi Komura, Kenji Mizuguchi

Drug Discovery Today 27(11) 103339-103339 2022年11月査読有り
A public–private partnership to enrich the development of in silico predictive models for pharmacokinetic and cardiotoxic properties

Hiroshi Komura, Reiko Watanabe, Hitoshi Kawashima, Rikiya Ohashi, Masataka Kuroda, Tomohiro Sato, Teruki Honma, Kenji Mizuguchi

Drug Discovery Today 26(5) 1275-1283 2021年5月査読有り
Development of an In Silico Prediction Model for P-glycoprotein Efflux Potential in Brain Capillary Endothelial Cells toward the Prediction of Brain Penetration

Reiko Watanabe, Tsuyoshi Esaki, Rikiya Ohashi, Masataka Kuroda, Hitoshi Kawashima, Hiroshi Komura, Yayoi Natsume-Kitatani, Kenji Mizuguchi

Journal of Medicinal Chemistry 64(5) 2725-2738 2021年2月23日査読有り筆頭著者責任著者
Open Innovation Platform using Cloud-based Applications and Collaborative Space: A Case Study of Solubility Prediction Model Development

Tsuyoshi Esaki, Keiko Kumazawa, Kazutoshi Takahashi, Reiko Watanabe, Tomohide Masuda, Hirofumi Watanabe, Yugo Shimizu, Akitoshi Okada, Seisuke Takimoto, Tomohiro Shimada …

Chem-Bio Informatics Journal 20 5-18 2020年4月27日査読有り
Development of an in silico prediction system of human renal excretion and clearance from chemical structure information incorporating fraction unbound in plasma as a descriptor

Reiko Watanabe, Rikiya Ohashi, Tsuyoshi Esaki, Hitoshi Kawashima, Yayoi Natsume-Kitatani, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi

Scientific Reports 9(1) 18782-18782 2019年12月査読有り筆頭著者責任著者
Constructing an In Silico Three-Class Predictor of Human Intestinal Absorption With Caco-2 Permeability and Dried-DMSO Solubility

Tsuyoshi Esaki, Rikiya Ohashi, Reiko Watanabe, Yayoi Natsume-Kitatani, Hitoshi Kawashima, Chioko Nagao, Hiroshi Komura, Kenji Mizuguchi

Journal of Pharmaceutical Sciences 108(11) 3630-3639 2019年11月査読有り
Computational Model To Predict the Fraction of Unbound Drug in the Brain

Tsuyoshi Esaki, Rikiya Ohashi, Reiko Watanabe, Yayoi Natsume-Kitatani, Hitoshi Kawashima, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi

Journal of Chemical Information and Modeling 59(7) 3251-3261 2019年7月1日査読有り
Development of Simplified in Vitro P-Glycoprotein Substrate Assay and in Silico Prediction Models To Evaluate Transport Potential of P-Glycoprotein

Rikiya Ohashi*, Reiko Watanabe*, Tsuyoshi Esaki, Tomomi Taniguchi, Nao Torimoto-Katori, Tomoko Watanabe, Yuko Ogasawara, Tsuyoshi Takahashi, Mikiko Tsukimoto, Kenji Mizuguchi, *equaly contributed

Molecular Pharmaceutics 16(5) 1851-1863 2019年4月1日査読有り筆頭著者
Predicting Fraction Unbound in Human Plasma from Chemical Structure: Improved Accuracy in the Low Value Ranges

Reiko Watanabe, Tsuyoshi Esaki, Hitoshi Kawashima, Yayoi Natsume-Kitatani, Chioko Nagao, Rikiya Ohashi, Kenji Mizuguchi

Molecular Pharmaceutics 15(11) 5302-5311 2018年9月27日査読有り筆頭著者
Data Curation can Improve the Prediction Accuracy of Metabolic Intrinsic Clearance

Tsuyoshi Esaki, Reiko Watanabe, Hitoshi Kawashima, Rikiya Ohashi, Yayoi Natsume‐Kitatani, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi

Molecular Informatics 38(1-2) 2018年9月24日査読有り
ALC1/CHD1L, a chromatin-remodeling enzyme, is required for efficient base excision repair

Masataka Tsuda, Kosai Cho, Masato Ooka, Naoto Shimizu, Reiko Watanabe, Akira Yasui, Yuka Nakazawa, Tomoo Ogi, Hiroshi Harada, Keli Agama …

PLOS ONE 12(11) e0188320-e0188320 2017年11月17日査読有り
Nucleosome remodelling, DNA repair and transcriptional regulation build negative feedback loops in cancer and cellular ageing

Reiko Watanabe, Shin-ichiro Kanno, Amaneh Mohammadi Roushandeh, Ayako Ui, Akira Yasui

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences 372(1731) 20160473-20160473 2017年8月28日査読有り筆頭著者
創薬支援インフォマティクスシステム構築プロジェクト：薬物動態，毒性の統合解析プラットフォーム

江崎剛史, 渡邉怜子, 川島和, 夏目やよい, 水口賢司

2017年7月1日査読有り招待有り
SWI/SNF factors required for cellular resistance to dna damage include arid1a and arid1b and show interdependent protein stability

Reiko Watanabe, Ayako Ui, Shin-Ichiro Kanno, Hideaki Ogiwara, Takahiro Nagase, Takashi Kohno, Akira Yasui

Cancer Research 74(9) 2465-2475 2014年1月5日査読有り筆頭著者

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MISC

ナノ粒子をより安全に設計するための新手法～ナノ粒子の安全性に革命を： AIが拓く未来

Martin, 渡邉怜子, 水口賢司

化学 78(11) 27-30 2023年11月
薬物動態解析プラットフォームDruMAPの開発

川島和, 渡邉怜子, 渡邉怜子, 黒田正孝, 黒田正孝, 江崎剛史, 長尾知生子, 長尾知生子, 夏目やよい, 夏目やよい …

日本薬学会年会要旨集(Web) 143rd 2023年
化学構造情報を用いた薬物動態パラメータ評価のためのインシリコ予測モデルの開発

渡邉怜子, 大橋力也, 大橋力也, 黒田正孝, 黒田正孝, 小村弘, 小村弘, 川島和, 江崎剛史, 夏目(北谷)やよい …

Journal of Toxicological Sciences 46(Supplement) 2021年
人工知能(AI)を用いた創薬プロセスの加速におけるデータの重要性 (第5土曜特集 AIが切り拓く未来の医療) -- (AI技術の創薬への応用)

渡邉怜子, 水口賢司

医学のあゆみ 274(9) 838-842 2020年8月29日
薬物動態・毒性予測のための統合解析プラットフォーム

水口賢司, 水口賢司, 大橋力也, 大橋力也, 江崎剛史, 渡邉怜子, 川島和, 長尾知生子, 長尾知生子, 夏目やよい …

医薬品毒性機序研究会要旨(Web) 1st 2019年
Cooperation of SWI/SNF chromatin remodeling factors with DNA repair, and their frequent loss in cancer cells

Akira Yasui, Reiko Watanabe

DNA REPAIR 28 139-139 2015年4月

書籍等出版物

特別企画「気になるツールを使ってみよう（第１回）」

池田和由, 米澤朋起, 渡邉怜子, 渡邉博文, 高橋一敏, 半田佑磨, 増田友秀, 朴鐘旭, 櫻井研吾, 熊澤啓子, 江崎剛史 (担当:共著)

CBI学会誌編集委員会 2022年12月15日
ホットトピックス「自動化された薬物動態予測ワークフロー：創薬・開発プロセスへの適用」

渡邉怜子

CBI学会誌編集委員会 2021年6月1日
人工知能（AI）を用いた創薬プロセスの加速におけるデータの重要性

渡邉怜子, 水口賢司 (担当:分担執筆, 範囲:筆頭著者)

医歯薬出版株式会社 2020年8月29日
マテリアルズ・インフォマティクスを用いた新材料開発へのアプローチ, 第9章バイオインフォマティクスと毒性評価, 第13節動態・毒性予測のためのデータベースと創薬

渡邉怜子 (担当:共著, 範囲:筆頭著者)

技術情報協会 2018年11月

講演・口頭発表等

Development of ML based ADMET prediction platform-DruMap

Transforming Healthcare with AI-Driven Drug Discovery, Indian Institute of Technology (BHU), Varanasi, India 2024年12月11日招待有り
機械学習を用いたADMET予測のためのプラットフォーム開発

渡邉怜子

明治薬科大学医療分子解析学研究室大学院ゼミ 2024年5月17日招待有り
Development of ML based ADMET prediction platform-DruMap

Reiko Watanabe

Transforming Healthcare with AI-Driven Drug Discovery, Indian Institute of Technology (BHU), Varanasi, India 2023年12月20日招待有り
Investigation of methods for constructing prediction models for CYP inhibition using deep learning

Reiko Watanabe, Eka Permadi Elpri, Yoshinobu Igarashi, Masataka Kuroda, Kenji Mizuguchi

日本薬物動態学会第38回年会および第23回シトクロムP450国際会議：国際合同大会 2023年9月27日
Selected Oral Presentation: Investigation of methods for constructing prediction models for CYP inhibition using deep learning

Reiko Watanabe, Eka Permadi Elpri, Yoshinobu Igarashi, Masataka Kuroda, Kenji Mizuguchi

日本薬物動態学会第38回年会および第23回シトクロムP450国際会議：国際合同大会 2023年9月27日招待有り
Prediction of the constibution ratio of a target metabolic enzyme to clearance from chemical structure information

渡邉怜子, 河田敏夫, 上田真也, 新保拓未, 東森光雄, 夏目やよい, 水口賢司

薬物動態学会第37回年会横浜 2022年11月8日
公共データベースにおけるCYP阻害データの網羅的抽出と予測モデルの構築

渡邉怜子, 川島和, 黒田正孝, 水口賢司

日本薬学会第142年会 2022年3月26日
化学構造情報を用いた薬物動態パラメータ評価のためのインシリコ予測モデル：P-glycoprotein輸送能を考慮した中枢移行性予測

渡邉怜子

CBI学会 2021年会 2021年10月6日招待有り
創薬支援のための薬物動態統合解析プラットフォーム：薬物動態予測モデル

渡邉怜子

富士通AI創薬セミナー 2021年9月2日招待有り
Development of in silico prediction models to evaluate pharmacokinetic profiles using chemical structure information: Brain penetration considering P-glycoprotein net efflux ratio

渡邉怜子, 大橋力也, 江崎剛史, 黒田正孝, 川島和, 小村弘, 夏目北谷やよい, 水口賢司

第48回日本毒性学会学術年会 2021年7月7日
薬物動態システムの構築

渡邉怜子

AI健康・医薬研究センターキックオフシンポジウム 2020年2月3日
Development of an in silico prediction system of human renal excretion and clearance from chemical structure information

渡邉怜子

CBI若手の会第3回講演会 2020年1月20日招待有り
Development of in silico prediction models to evaluate pharmacokinetic profiles using chemical structure information

渡邉怜子, 川島和, 江崎剛史, 大橋力也, 水口賢司

American Association of Pharmaceutical Scientists (San Antonio) 2019年11月3日
Development of a pharmacokinetics prediction system using multiscale integrated modeling:15. Development of an in silico prediction system of human renal excretion and clearance from chemical structure information

渡邉怜子, 大橋力也, 江崎剛史, 川島和, 夏目やよい, 長尾知生子, 水口賢司

CBI2019年大会 2019年10月24日
多階層データの統合モデリングによる薬物動態予測システムの構築

渡邉怜子

CBI2019年大会 2019年10月22日招待有り
Prediction of pharmacokinetic profiles using chemical structure information: Fraction unbound in plasma and renal excretion

Reiko Watanabe

ISMB/ECCB 2019 (Basel) 2019年7月23日
Development of a pharmacokinetics prediction system using multiscale integrated modeling 3. Prediction of renal elimination with predicted plasma protein binding from structures

渡邉怜子

第34回薬物動態学会年会/MDO International Symposium 2018年10月
Development of a pharmacokinetics prediction system using multiscale integrated modeling: 10. Prediction of renal clearance in human utilizing structural information

渡邉怜子

CBI学会 2018年会 2018年10月
Prediction of human plasma protein binding from chemical structures

渡邉怜子

CBI学会2017年会 2017年10月

担当経験のある科目(授業)

2023年11月 - 2025年3月

Special Integrated Science Course; Biological Science (大阪大学)
2023年11月 - 2025年3月

生物科学特論F3 (大阪大学)
2023年4月 - 2025年3月

学問への扉「コンピュータで何ができる」 (大阪大学)
2022年4月 - 2025年3月

Bio/Chemoinformatics (大阪大学)

共同研究・競争的資金等の研究課題

トランスポーター輸送能を考慮した中枢移行性予測

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2022年4月 - 2026年3月

渡邉怜子
血漿タンパク結合データを利用した分布容積予測モデルの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2019年4月 - 2022年3月

渡邉怜子

渡邉怜子

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

委員歴

受賞

主要な論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

共同研究・競争的資金等の研究課題

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