材質形質および成長形質の改良は針葉樹の育種を進めていく上で最も重要な目標の一つである。そのため、森林総合研究所林木育種センターにおいては、精英樹の形質を評価するために検定林に植栽されたスギを中心に材質および成長に関わる諸形質を順次評価している。また、これら取り組みに加え、ゲノム情報を利用したマーカーや遺伝子そのものを利用した早期選抜手法についてもアプローチしている。現在までに、スギの各器官から時系列に沿ってサンプリングを行い、部位特異的cDNAライブラリーの作成およびマイクロアレイ解析を行ってきた。これに加え、構築した各器官のcDNAライブラリーをアッセンブルしてリファレンス配列とした上で、新たに数個体からリシーケンスすることよって、大量のSNP情報を蓄積してきた。得られたSNP情報及びマイクロアレイ解析によって明らかとなった発現情報を基にマーカーを作成し、複数家系の連鎖地図作成を行った。本発表では、作成した連鎖地図及び、約60の形質データを用いてQTL解析を試みたので報告する。