杉山正明 (Masaaki Sugiyama) - マイポータル

基本情報

学位: 博士（理学）(京都大学)

J-GLOBAL ID: 200901097296705375
researchmap会員ID: 5000081681

外部リンク: http://www.rri.kyoto-u.ac.jp/PSlab/

研究キーワード

研究分野

経歴

2004年

- 京都大学原子炉実験所助教授
2004年

- Associate Professor, Research Reactor Institute,Kyoto
1994年 - 2003年

九州大学理学部助手
1994年 - 2003年

Research Associate, Kyushu University
University

論文

206

Genome-wide mapping and cryo-EM structural analyses of the overlapping tri-nucleosome composed of hexasome-hexasome-octasome moieties

Masahiro Nishimura, Takeru Fujii, Hiroki Tanaka, Kazumitsu Maehara, Ken Morishima, Masahiro Shimizu, Yuki Kobayashi, Kayo Nozawa, Yoshimasa Takizawa, Masaaki Sugiyama …

Communications Biology 7(1) 2024年1月8日
Mechanistic modeling of amyloid oligomer and protofibril formation in bovine insulin

Keisuke Yuzu, Hiroshi Imamura, Takuro Nozaki, Yuki Fujii, Shaymaa Mohamed Mohamed Badawy, Ken Morishima, Aya Okuda, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Eri Chatani

Journal of Molecular Biology 168461-168461 2024年1月
Internal dynamics of multidomain protein as revealed by an optimized neutron spin echo measurement and all-atom molecular dynamics simulation

Rintaro Inoue, Tomotaka Oroguchi, Takashi Oda, Bela Farago, Anne Martel, Lionel Porcar, Mamoru Sato, Masaaki Sugiyama

Physical Review Research 5(4) 2023年11月15日
Structural and Dynamical Changes of Nucleosome upon GATA3 Binding.

Hisashi Ishida, Atsushi Matsumoto, Hiroki Tanaka, Aya Okuda, Ken Morishima, Paul A Wade, Hitoshi Kurumizaka, Masaaki Sugiyama, Hidetoshi Kono

Journal of molecular biology 168308-168308 2023年10月5日
Characterization of K-binding factor involved in water-soluble complex of menaquinone-7 produced by Bacillus subtilis natto

Toshiyuki Chatake, Yasuhide Yanagisawa, Risa Murakami, Tadanori Ohsugi, Hiroyuki Sumi, Takumi Takata, Aya Okuda, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama

The Journal of Biochemistry 2023年7月7日
Derivation of the small-angle scattering profile of a target biomacromolecule from a profile deteriorated by aggregates. AUC–SAS

Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama

Journal of Applied Crystallography 56(3) 624-632 2023年4月25日
Extracting time series matching a small-angle X-ray scattering profile from trajectories of molecular dynamics simulations

Masahiro Shimizu, Aya Okuda, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Nobuhiro Sato, Yasuhiro Yunoki, Reiko Urade, Masaaki Sugiyama

Scientific Reports 12(1) 2022年12月
Efficient Multiple Domain Ligation for Proteins using Asparaginyl Endopeptidase by Selection of Appropriate Ligation Sites Based on Steric Hindrance.

Aya Okuda, Masahiro Shimizu, Rintaro Inoue, Reiko Urade, Masaaki Sugiyama

Angewandte Chemie (International ed. in English) 62(1) e202214412 2022年11月8日
Pathway Dependence of the Formation and Development of Prefibrillar Aggregates in Insulin B Chain.

Yuki Yoshikawa, Keisuke Yuzu, Naoki Yamamoto, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Tetsushi Iwasaki, Masatomo So, Yuji Goto, Atsuo Tamura …

Molecules (Basel, Switzerland) 27(13) 2022年6月21日
Data Collection for Dilute Protein Solutions via a Neutron Backscattering Spectrometer.

Taiki Tominaga, Hiroshi Nakagawa, Masae Sahara, Takashi Oda, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama

Life (Basel, Switzerland) 12(5) 2022年5月2日
Overall structure of fully assembled cyanobacterial KaiABC circadian clock complex by an integrated experimental-computational approach.

Yasuhiro Yunoki, Atsushi Matsumoto, Ken Morishima, Anne Martel, Lionel Porcar, Nobuhiro Sato, Rina Yogo, Taiki Tominaga, Rintaro Inoue, Maho Yagi-Utsumi …

Communications biology 5(1) 184-184 2022年3月10日
Solution structure of multi-domain protein ER-60 studied by aggregation-free SAXS and coarse-grained-MD simulation

Aya Okuda, Masahiro Shimizu, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Nobuhiro Sato, Reiko Urade, Masaaki Sugiyama

Scientific Reports 11(1) 5655-5655 2021年12月査読有り責任著者
Histone variant H2A.B-H2B dimers are spontaneously exchanged with canonical H2A-H2B in the nucleosome

Rina Hirano, Yasuhiro Arimura, Tomoya Kujirai, Mikihiro Shibata, Aya Okuda, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Hitoshi Kurumizaka

Communications Biology 4(1) 191-191 2021年12月査読有り
Elucidation of the mechanism of subunit exchange in αB crystallin oligomers

Rintaro Inoue, Yusuke Sakamaki, Takumi Takata, Kathleen Wood, Ken Morishima, Nobuhiro Sato, Aya Okuda, Masahiro Shimizu, Reiko Urade, Noriko Fujii …

Scientific Reports 11(1) 2555-2555 2021年12月査読有り責任著者
Oligomeric Structural Transition of HspB1 from Chinese Hamster

Nina Kurokawa, Rio Midorikawa, Manami Nakamura, Keiichi Noguchi, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Masafumi Yohda

International Journal of Molecular Sciences 22(19) 10797-10797 2021年10月6日
Conformational dynamics of a multi-domain protein by neutron scattering and computational analysis.

Hiroshi Nakagawa, Tomohide Saio, Satoshi Ajito, Masaaki Sugiyama, Rintaro Inoue, Michihiro Nagao, Taiki Tominaga, Yukinobu Kawakita

Biophysical journal 120(16) 3341-3354 2021年7月6日
A feasibility study of inverse contrast-matching small-angle neutron scattering method combined with size exclusion chromatography using antibody interactions as model systems

Nobuhiro Sato, Rina Yogo, Saeko Yanaka, Anne Martel, Lionel Porcar, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Taiki Tominaga, Takao Arimori, Junichi Takagi …

The Journal of Biochemistry 2021年2月2日査読有り責任著者
Deuteration Aiming for Neutron Scattering

Aya Okuda, Rintaro Inoue, Ken Morishima, Tomohide Saio, Yasuhiro Yunoki, Maho Yagi-Utsumi, Hirokazu Yagi, Masahiro Shimizu, Nobuhiro Sato, Reiko Urade …

Biophysics and Physicobiology 18 16-27 2021年査読有り責任著者
Dynamics of proteins with different molecular structures under solution condition

Rintaro Inoue, Takashi Oda, Hiroshi Nakagawa, Taiki Tominaga, Tomohide Saio, Yukinobu Kawakita, Masahiro Shimizu, Aya Okuda, Ken Morishima, Nobuhiro Sato …

Scientific Reports 10(1) 21678-21678 2020年12月査読有り責任著者
PV1 Protein from Plasmodium falciparum Exhibits Chaperone-Like Functions and Cooperates with Hsp100s

Kazuaki Hakamada, Manami Nakamura, Rio Midorikawa, Kyosuke Shinohara, Keiichi Noguchi, Hikaru Nagaoka, Eizo Takashima, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama …

International Journal of Molecular Sciences 21(22) 8616-8616 2020年11月16日査読有り

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MISC

123

蛋白質の階層構造ダイナミクスの解明

中川洋, 井上倫太郎, 小田隆, 小田隆, 矢木(内海)真穂, 斉尾智英, 苙口友隆, 長田裕也, 杉山正明, 佐藤衛 …

量子ビームサイエンスフェスタ(Web) 2022 2023年
BL02による希薄タンパク質溶液のデータ収集最適化

富永大輝, 中川洋, 佐原雅恵, 小田隆, 井上倫太郎, 杉山正明

量子ビームサイエンスフェスタ(Web) 2022 2023年
小角散乱及び中性子準弾性散乱によるHef-IDRの構造・ダイナミクス解析

井上倫太郎, 小田隆, 中川洋, 富永大輝, 川北至信, 佐藤衛, 杉山正明

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 22nd (Web) 2022年
マルチドメイン蛋白質の構造とダイナミクスの階層性の解析

中川洋, 斎尾智英, 長尾道弘, 長尾道弘, 長尾道弘, 井上倫太郎, 杉山正明, 富永大輝, 川北至信

量子ビームサイエンスフェスタ(Web) 2021 2022年
時計タンパク質複合体の構造解析を通して明らかとなった中性子小角散乱法の強み

柚木康弘, 松本淳, 守島健, MARTEL Anne, PORCAR Lionel, 佐藤信浩, 與語理那, 與語理那, 與語理那, 富永大輝 …

波紋 32(4) 2022年
好熱性古細菌由来天然変性タンパク質の生理的温度における動的構造とダイナミクス

小田隆, 小田隆, 井上倫太郎, 富永大輝, 中川洋, 守島健, 岩瀬裕希, 石野良純, 佐藤衛, 杉山正明

日本中性子科学会年会講演概要集 22nd 2022年
溶液散乱と計算手法の統合解析によるシアノバクテリアの時計タンパク質KaiABC複合体の全体構造の解明

柚木康弘, 松本淳, 守島健, MARTEL Anne, PORCAR Lionel, 佐藤信浩, 與語理那, 與語理那, 與語理那, 富永大輝 …

時間生物学 28(2) 2022年
納豆菌由来水溶性ビタミンK₂の構造分析

茶竹俊行, 柳澤泰任, 奥田綾, 守島健, 井上倫太郎, 杉山正明

KURNS-EKR (Web) (15) 2022年
SEC-iCM-SANSによる抗体分子の精密構造解析

佐藤信浩, 與語理那, 與語理那, 與語理那, 谷中冴子, 谷中冴子, 谷中冴子, MARTEL Anne, PORCAR Lionel, 守島健 …

量子ビームサイエンスフェスタ(Web) 2020 2021年
蛋白質の階層構造ダイナミクスの解明

中川洋, 井上倫太郎, 小田隆, 小田隆, 矢木(内海)真穂, 斉尾智英, 苙口友隆, 長田裕也, 杉山正明, 佐藤衛 …

量子ビームサイエンスフェスタ(Web) 2020 2021年
中性子準弾性散乱と動的光散乱を用いた溶媒依存性主鎖不斉らせん反転機構の解明

長田裕也, 杉野目道紀, 杉山正明, 井上倫太郎, 佐藤信浩, 守島健

KURNS-EKR (Web) (10) 2021年
Bacillus subtilis nattoにより産生されるメナキノン-7の構造組成の予備的解析【JST・京大機械翻訳】

CHATAKE T., YANAGISWA Y., OKUDA A., MORISHIMA K., INOUE R., SUGIYAMA M.

KURNS Progress Report (Web) 2019 2020年
マルチドメイン蛋白質の階層的な動的構造とダイナミクス

中川洋, 斉尾智英, 井上倫太郎, 杉山正明, 長尾道弘, 富永大輝

KURNS-EKR (Web) (6) 2020年
中性子溶液散乱-現在・過去・未来-

杉山正明, 井上倫太郎, 中川洋, 齋尾智英

波紋 30(1) 2020年
中性子準弾性散乱測定を用いた溶媒依存性主鎖らせん反転を示す高分子の分子ダイナミクスの解明

長田裕也, 杉野目道紀, 杉山正明, 井上倫太郎, 佐藤信浩, 守島健

KURNS-EKR (Web) (6) 2020年
X線小角散乱によるアミロイド線維前駆中間体発達の時分割追跡

山本直樹, 赤井大気, 井上倫太郎, 杉山正明, 柴山修哉, 茶谷絵理

KURNS-EKR (Web) (6) 2020年
アミロイド核形成メカニズムの解明を目指した核形成中間体の捕捉と構造解析

吉川祐樹, 山本直樹, 井上倫太郎, 守島健, 杉山正明, 田村厚夫, 茶谷絵理

KURNS-EKR (Web) (6) 2020年
マルチドメイン蛋白質の階層的な動的構造と機能発現との関係性に関する研究

中川洋, 中川洋, 斉尾智英, 斉尾智英, 杉山正明, 井上倫太郎

KURNS-EKR (Web) (3) 2019年
中性子準弾性散乱測定を用いた溶媒依存性らせん反転を示すらせん高分子の分子ダイナミクスの解明

長田裕也, 杉野目道紀, 富永大輝, 井上倫太郎, 杉山正明

日本原子力研究開発機構JAEA-Review(Web) (2018-024) 2019年
フィブリノーゲンによるインスリンB鎖アミロイド線維の形成阻害

茶谷絵理, 山本直樹, 赤井大気, 井上倫太郎, 杉山正明, 田村厚夫

KURNS-EKR (Web) (3) 2019年

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講演・口頭発表等

Structural study of Li2S?P2S5 superionic glasses by neutron and X-ray diffraction

3rd International Congress on Ceramics

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

境界潤滑の科学－添加剤吸着層の構造・物性に基づく低摩擦現象の本質的理解

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2023年4月 - 2028年3月

平山朋子, 大西洋, 富永大輝, 土屋智由, 日野正裕, 張賀東, 杉山正明
深海模倣系構築による高圧下の蛋白質構造の実測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2024年3月

杉山正明, 大田ゆかり, 井上倫太郎
分子混雑環境下におけるクリスタリンの構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

井上倫太郎, 杉山正明
量子ビーム相関解析法による生体高分子構造・ダイナミクスの探求

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2019年10月 - 2023年3月

井上倫太郎, 杉山正明, 守島健, 奥田綾
ヌクレオソーム高次構造とダイナミクスの解析によるクロマチン潜在能の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年6月 - 2023年3月

胡桃坂仁志, 杉山正明, 河野秀俊
新世代中性子構造生物学の開拓

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2018年6月 - 2023年3月

杉山正明, 中川洋, 矢木真穂, 富永大輝, 佐藤衛, 井上倫太郎, 齋尾智英, 苙口友隆, 小田隆
細胞再現系での蛋白質の構造・ダイナミクスの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2018年4月 - 2019年3月

杉山正明, 矢木真穂, 長田裕也, 井上倫太郎, 藤井紀子
量子ビーム散乱法の協奏的利用による機能性ヌクレオソームの溶液構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2016年4月 - 2018年3月

杉山正明
巨大タンパク質会合体における動的ネットワークとその機能解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2016年4月 - 2018年3月

杉山正明
筋ジストロフィー原因遺伝子産物LARGEによる糖鎖の伸長機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

矢木宏和, 加藤晃一, 杉山正明, 佐藤匡史, 山口拓実
中性子散乱を用いた再構成細胞系での生体高分子の構造解析法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2015年4月 - 2018年3月

杉山正明, 加藤晃一, 矢木宏和, 井上倫太郎, 藤井紀子, 高田慎一
CV-SANS法による変異型ヌクレオソームの詳細構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年4月 - 2016年3月

杉山正明
生体分子集合体が形成する動的平衡の中性子小角散乱による研究

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年4月 - 2016年3月

杉山正明
植物性食品タンパク質のナノ構造形成に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2016年3月

裏出令子, 杉山正明, 佐藤信浩, 大場洋次郎
中性子散乱を用いたタンパク質の高次構造における動態解析法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2012年4月 - 2015年3月

杉山正明, 加藤晃一, 藤井紀子, 井上倫太郎, 佐藤信浩, 大場洋次郎, 鈴木淳市
重水素化中性子小角散乱を用いた天然変性タンパク質による揺らぎ構造の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2012年4月 - 2014年3月

杉山正明
２次元中性子集光デバイス製作法の確立と性能評価

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2011年4月 - 2014年3月

日野正裕, 北口雅暁, 川端祐司, 杉山正明
蛋白質異常凝集過程の解明とその修復機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2008年 - 2012年

藤井紀子, 杉山正明, 森本幸生, 木野内忠稔, 齊藤毅, 定金豊, 加治優一, 佐々木洋, 後藤祐児
タンパク質高次構造におけるダイナミクスの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2009年 - 2011年

杉山正明, 加藤晃一, 森本幸生
ソフトマターの構造研究

1999年 - 2010年

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杉山正明

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研究分野

経歴

論文

MISC

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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