杉山正明 (Masaaki Sugiyama) - マイポータル

基本情報

学位: 博士（理学）(京都大学)

J-GLOBAL ID: 200901097296705375
researchmap会員ID: 5000081681

外部リンク: http://www.rri.kyoto-u.ac.jp/PSlab/

研究キーワード

研究分野

経歴

2004年

- 京都大学原子炉実験所助教授
2004年

- Associate Professor, Research Reactor Institute,Kyoto
1994年 - 2003年

九州大学理学部助手
1994年 - 2003年

Research Associate, Kyushu University
University

論文

221

Cryo-EM visualization of partial β-sheet formation in curved transthyretin protofibrils resistant to amyloid fibril formation

Naoki Yamamoto, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Eri Chatani

Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics 1874(4) 141143-141143 2026年7月
Structural and functional characterization of sHsp from the marine cyanobacterium Picosynechococcus sp. NKBG15041c

Mima Ogawa, Wakaba Naka, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Akiyo Yamada, Masafumi Yohda

Biochemistry and Biophysics Reports 45 102500-102500 2026年3月
Monomer Isolation from Oligomeric Proteins within Coordination Cages to Study Interface Ligand Binding

Risa Ebihara, Takahiro Nakama, Ken Morishima, Maho Yagi-Utsumi, Masaaki Sugiyama, Makoto Fujita

Journal of the American Chemical Society 148(1) 1872-1880 2025年12月29日
Size-exclusion chromatography–small-angle neutron scattering system optimized for an instrument with medium neutron flux

Ken Morishima, Rintaro Inoue, Tatsuo Nakagawa, Masahiro Shimizu, Ritsuki Sakamoto, Tatsuro Oda, Koichi Mayumi, Masaaki Sugiyama

Journal of Applied Crystallography 58(2) 2025年2月11日
Revealing an origin of temperature-dependent structural change in intrinsically disordered proteins

Rintaro Inoue, Takashi Oda, Hiroshi Nakagawa, Taiki Tominaga, Takahisa Ikegami, Tsuyoshi Konuma, Hiroki Iwase, Yukinobu Kawakita, Mamoru Sato, Masaaki Sugiyama

Biophysical Journal 2024年12月
Asymmetric fluctuation of overlapping dinucleosome studied by cryo-electron microscopy and small-angle X-ray scattering

Masahiro Shimizu, Hiroki Tanaka, Masahiro Nishimura, Nobuhiro Sato, Kayo Nozawa, Haruhiko Ehara, Shun-ichi Sekine, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Yoshimasa Takizawa …

PNAS Nexus 3 484 2024年10月27日査読有り
Molecular Characterization of the MoxR AAA+ ATPase of Synechococcus sp. Strain NKBG15041c

Kota Mano, Kentaro Noi, Kumiko Oe, Takahiro Mochizuki, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Keiichi Noguchi, Kyosuke Shinohara, Masafumi Yohda …

International Journal of Molecular Sciences 25(18) 9955-9955 2024年9月15日
Dynamics of side chains in poly(quinoxaline-2,3-diyl)s studied via quasielastic neutron scattering

R. Inoue, Y. Nagata, T. Tominaga, S. Sato, Y. Kawakita, T. Yamawaki, K. Morishima, M. Suginome, M. Sugiyama

The Journal of Chemical Physics 161(5) 2024年8月2日
Conserved loop of a phase modifier endows protein condensates with fluidity

Honoka Kawamukai, Motonori Matsusaki, Takanari Tanimoto, Mai Watabe, Ken Morishima, Shunsuke Tomita, Yoichi Shinkai, Tatsuya Niwa, Taro Mannen, Hiroyuki Kumeta …

bioRxiv 2024年7月4日
Characterization of <scp>βB2</scp>‐crystallin tryptophan mutants reveals two different folding states in solution

Jiayue Sun, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Takumi Takata

Protein Science 33(7) 2024年6月26日
Genome-wide mapping and cryo-EM structural analyses of the overlapping tri-nucleosome composed of hexasome-hexasome-octasome moieties

Masahiro Nishimura, Takeru Fujii, Hiroki Tanaka, Kazumitsu Maehara, Ken Morishima, Masahiro Shimizu, Yuki Kobayashi, Kayo Nozawa, Yoshimasa Takizawa, Masaaki Sugiyama …

Communications Biology 7(1) 2024年1月8日
Ensemble Modeling of Biomolecules by Small-angle X-ray Scattering and Coarse-grained Molecular Dynamics Simulation

Masahiro SHIMIZU, Masaaki SUGIYAMA

Seibutsu Butsuri 64(4) 209-213 2024年
Mechanistic modeling of amyloid oligomer and protofibril formation in bovine insulin

Keisuke Yuzu, Hiroshi Imamura, Takuro Nozaki, Yuki Fujii, Shaymaa Mohamed Mohamed Badawy, Ken Morishima, Aya Okuda, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Eri Chatani

Journal of Molecular Biology 168461-168461 2024年1月
Internal dynamics of multidomain protein as revealed by an optimized neutron spin echo measurement and all-atom molecular dynamics simulation

Rintaro Inoue, Tomotaka Oroguchi, Takashi Oda, Bela Farago, Anne Martel, Lionel Porcar, Mamoru Sato, Masaaki Sugiyama

Physical Review Research 5(4) 2023年11月15日
Structural and Dynamical Changes of Nucleosome upon GATA3 Binding.

Hisashi Ishida, Atsushi Matsumoto, Hiroki Tanaka, Aya Okuda, Ken Morishima, Paul A Wade, Hitoshi Kurumizaka, Masaaki Sugiyama, Hidetoshi Kono

Journal of molecular biology 168308-168308 2023年10月5日
Characterization of K-binding factor involved in water-soluble complex of menaquinone-7 produced by Bacillus subtilis natto

Toshiyuki Chatake, Yasuhide Yanagisawa, Risa Murakami, Tadanori Ohsugi, Hiroyuki Sumi, Takumi Takata, Aya Okuda, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama

The Journal of Biochemistry 2023年7月7日
Derivation of the small-angle scattering profile of a target biomacromolecule from a profile deteriorated by aggregates. AUC–SAS

Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama

Journal of Applied Crystallography 56(3) 624-632 2023年4月25日
Tracking the Structural Development of Amyloid Precursors in the Insulin B Chain and the Inhibition Effect by Fibrinogen

Naoki Yamamoto, Rintaro Inoue, Yoshiteru Makino, Hiroshi Sekiguchi, Naoya Shibayama, Akira Naito, Masaaki Sugiyama, Eri Chatani

The Journal of Physical Chemistry B 126(51) 10797-10812 2022年12月29日
Extracting time series matching a small-angle X-ray scattering profile from trajectories of molecular dynamics simulations

Masahiro Shimizu, Aya Okuda, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Nobuhiro Sato, Yasuhiro Yunoki, Reiko Urade, Masaaki Sugiyama

Scientific Reports 12(1) 2022年12月
Efficient Multiple Domain Ligation for Proteins using Asparaginyl Endopeptidase by Selection of Appropriate Ligation Sites Based on Steric Hindrance.

Aya Okuda, Masahiro Shimizu, Rintaro Inoue, Reiko Urade, Masaaki Sugiyama

Angewandte Chemie (International ed. in English) 62(1) e202214412 2022年11月8日

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MISC

143

「もんじゅ」サイト新試験研究炉の実験装置検討

佐藤信浩, 稲垣誠, 伊藤大介, 南部雄亮, 川端祐司, 高宮幸一, 日野正裕, 杉山正明

KURNS-EKR (Web) (23) 2026年
超好熱性古細菌由来天然変性タンパク質の高温下でのコンパクト化

小田隆, 井上倫太郎, 富永大輝, 中川洋, 守島健, 岩瀬裕希, 小沼剛, 池上貴久, 石野園子, 石野良純 …

KURNS-EKR (Web) (19) 2024年
X線/中性子散乱によるマルチドメインタンパク質Hefの構造/ダイナミクス研究

小田隆, 小田隆, 井上倫太郎, 守島健, 會澤直樹, 富永大輝, 中川洋, 大井里香, 石野園子, 石野良純 …

量子ビームサイエンスフェスタ(Web) 2023 2024年
Bacillus subtilis nattoからの水溶性ビタミンK複合体の分析【JST・京大機械翻訳】

CHATAKE T., OKODA A., MORISHIMA K., INOUE R., SUGIYAMA M., TAKATA T., YANAGISAWA Y.

KURNS Progress Report (Web) 2022 2023年
ウシ由来インスリンのアミロイド核形成に見られるオリゴマーおよびプロトフィブリル形成機構

柚佳祐, 今村比呂志, 野崎拓郎, 藤井悠生, 守島健, 奥田綾, 井上倫太郎, 杉山正明, 茶谷絵理

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 23rd (CD-ROM) 2023年
蛋白質の階層構造ダイナミクスの解明

中川洋, 井上倫太郎, 小田隆, 小田隆, 矢木(内海)真穂, 斉尾智英, 苙口友隆, 長田裕也, 杉山正明, 佐藤衛 …

量子ビームサイエンスフェスタ(Web) 2022 2023年
BL02による希薄タンパク質溶液のデータ収集最適化

富永大輝, 中川洋, 佐原雅恵, 小田隆, 井上倫太郎, 杉山正明

量子ビームサイエンスフェスタ(Web) 2022 2023年
分子機械KaiC6量体による概日リズムの制御

柚木康弘, 児玉篤治, 矢木真穂, 矢木真穂, 矢木真穂, 守島健, 佐藤信浩, 奥田綾, 清水将裕, 井上倫太郎 …

KURNS-EKR (Web) (15) 2022年
小角散乱及び中性子準弾性散乱によるHef-IDRの構造・ダイナミクス解析

井上倫太郎, 小田隆, 中川洋, 富永大輝, 川北至信, 佐藤衛, 杉山正明

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 22nd (Web) 2022年
マルチドメイン蛋白質の構造とダイナミクスの階層性の解析

中川洋, 斎尾智英, 長尾道弘, 長尾道弘, 長尾道弘, 井上倫太郎, 杉山正明, 富永大輝, 川北至信

量子ビームサイエンスフェスタ(Web) 2021 2022年
時計タンパク質複合体の構造解析を通して明らかとなった中性子小角散乱法の強み

柚木康弘, 松本淳, 守島健, MARTEL Anne, PORCAR Lionel, 佐藤信浩, 與語理那, 與語理那, 與語理那, 富永大輝 …

波紋 32(4) 2022年
好熱性古細菌由来天然変性タンパク質の生理的温度における動的構造とダイナミクス

小田隆, 小田隆, 井上倫太郎, 富永大輝, 中川洋, 守島健, 岩瀬裕希, 石野良純, 佐藤衛, 杉山正明

日本中性子科学会年会講演概要集 22nd 2022年
溶液散乱と計算手法の統合解析によるシアノバクテリアの時計タンパク質KaiABC複合体の全体構造の解明

柚木康弘, 松本淳, 守島健, MARTEL Anne, PORCAR Lionel, 佐藤信浩, 與語理那, 與語理那, 與語理那, 富永大輝 …

時間生物学 28(2) 2022年
納豆菌由来水溶性ビタミンK₂の構造分析

茶竹俊行, 柳澤泰任, 奥田綾, 守島健, 井上倫太郎, 杉山正明

KURNS-EKR (Web) (15) 2022年
アミロイド核形成に先立つインスリンの由来種に依存した初期凝集メカニズム

柚佳祐, 今村比呂志, 野崎拓郎, 藤井悠生, 守島健, 奥田綾, 井上倫太郎, 杉山正明, 富永圭介, 富永圭介 …

日本生化学会大会(Web) 94th 2021年
納豆菌が生産する水溶性メナキノン-7の構造研究

CHATAKE Toshiyuki, YANAGISAWA Yasuhide, MURAKAMI Risa, OHSUGI Tadanori, SUMI Hiroyuki, OKUDA Aya, MORISHIMA Ken, INOUE Rintaro, SUGIYAMA Masaaki

生物物理(Web) 61(Supplement 1-2) 2021年
SEC-iCM-SANSによる抗体分子の精密構造解析

佐藤信浩, 與語理那, 與語理那, 與語理那, 谷中冴子, 谷中冴子, 谷中冴子, MARTEL Anne, PORCAR Lionel, 守島健 …

量子ビームサイエンスフェスタ(Web) 2020 2021年
蛋白質の階層構造ダイナミクスの解明

中川洋, 井上倫太郎, 小田隆, 小田隆, 矢木(内海)真穂, 斉尾智英, 苙口友隆, 長田裕也, 杉山正明, 佐藤衛 …

量子ビームサイエンスフェスタ(Web) 2020 2021年
中性子準弾性散乱と動的光散乱を用いた溶媒依存性主鎖不斉らせん反転機構の解明

長田裕也, 杉野目道紀, 杉山正明, 井上倫太郎, 佐藤信浩, 守島健

KURNS-EKR (Web) (10) 2021年
古細菌の集合シャペロン様タンパク質PbaAの動的構造解析

矢木真穂, 矢木真穂, 矢木真穂, 井上倫太郎, 杉山正明, 加藤晃一, 加藤晃一, 加藤晃一

KURNS-EKR (Web) (6) 2020年

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講演・口頭発表等

Structural study of Li2S?P2S5 superionic glasses by neutron and X-ray diffraction

3rd International Congress on Ceramics

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

境界潤滑の科学－添加剤吸着層の構造・物性に基づく低摩擦現象の本質的理解

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2023年4月 - 2028年3月

平山朋子, 大西洋, 富永大輝, 土屋智由, 日野正裕, 張賀東, 杉山正明
深海模倣系構築による高圧下の蛋白質構造の実測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2024年3月

杉山正明, 大田ゆかり, 井上倫太郎
分子混雑環境下におけるクリスタリンの構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

井上倫太郎, 杉山正明
量子ビーム相関解析法による生体高分子構造・ダイナミクスの探求

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2019年10月 - 2023年3月

井上倫太郎, 杉山正明, 守島健, 奥田綾
ヌクレオソーム高次構造とダイナミクスの解析によるクロマチン潜在能の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年6月 - 2023年3月

胡桃坂仁志, 杉山正明, 河野秀俊
新世代中性子構造生物学の開拓

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2018年6月 - 2023年3月

杉山正明, 中川洋, 矢木真穂, 富永大輝, 佐藤衛, 井上倫太郎, 齋尾智英, 苙口友隆, 小田隆
細胞再現系での蛋白質の構造・ダイナミクスの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2018年4月 - 2019年3月

杉山正明, 矢木真穂, 長田裕也, 井上倫太郎, 藤井紀子
量子ビーム散乱法の協奏的利用による機能性ヌクレオソームの溶液構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2016年4月 - 2018年3月

杉山正明
巨大タンパク質会合体における動的ネットワークとその機能解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2016年4月 - 2018年3月

杉山正明
筋ジストロフィー原因遺伝子産物LARGEによる糖鎖の伸長機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

矢木宏和, 加藤晃一, 杉山正明, 佐藤匡史, 山口拓実
中性子散乱を用いた再構成細胞系での生体高分子の構造解析法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2015年4月 - 2018年3月

杉山正明, 加藤晃一, 矢木宏和, 井上倫太郎, 藤井紀子, 高田慎一
CV-SANS法による変異型ヌクレオソームの詳細構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年4月 - 2016年3月

杉山正明
生体分子集合体が形成する動的平衡の中性子小角散乱による研究

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年4月 - 2016年3月

杉山正明
植物性食品タンパク質のナノ構造形成に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2016年3月

裏出令子, 杉山正明, 佐藤信浩, 大場洋次郎
中性子散乱を用いたタンパク質の高次構造における動態解析法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2012年4月 - 2015年3月

杉山正明, 加藤晃一, 藤井紀子, 井上倫太郎, 佐藤信浩, 大場洋次郎, 鈴木淳市
重水素化中性子小角散乱を用いた天然変性タンパク質による揺らぎ構造の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2012年4月 - 2014年3月

杉山正明
２次元中性子集光デバイス製作法の確立と性能評価

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2011年4月 - 2014年3月

日野正裕, 北口雅暁, 川端祐司, 杉山正明
蛋白質異常凝集過程の解明とその修復機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2008年 - 2012年

藤井紀子, 杉山正明, 森本幸生, 木野内忠稔, 齊藤毅, 定金豊, 加治優一, 佐々木洋, 後藤祐児
タンパク質高次構造におけるダイナミクスの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2009年 - 2011年

杉山正明, 加藤晃一, 森本幸生
ソフトマターの構造研究

1999年 - 2010年

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杉山正明

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講演・口頭発表等

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