菊池真司 (Kikuchi Shinji) - マイポータル

基本情報

所属: 千葉大学大学院園芸学研究院植物生命科学講座准教授

学位: 博士（農学）(鳥取大学)

研究者番号: 80457168
J-GLOBAL ID: 201801002874589676
researchmap会員ID: B000299327

広範な植物種を研究対象とした染色体の構造や機能に関する研究を行って、染色体の視点から生物の種分化機構の理解を進めようと考えております。また、FISH解析に基づくゲノム・アセンブリ、品種改良を効率的に行うための育種素材や技術の開発に関して研究を行なっております。

研究キーワード

研究分野

経歴

2019年12月 - 現在

千葉大学植物分子科学センター
2018年4月 - 現在

千葉大学, 園芸学研究科, 准教授
2024年2月 - 2025年2月

ミシガン州立大学 Department of Plant Biology, 客員研究員
2008年12月 - 2018年3月

千葉大学, 園芸学研究科, 助教
2007年10月 - 2008年11月

ウイスコンシン大学, Department of Horticulture, 博士研究員

学歴

2004年4月 - 2007年3月

鳥取大学連合農学研究科（博士課程）
2002年4月 - 2004年3月

鳥取大学, 農学研究科（修士課程）

委員歴

受賞

2021年9月

ベストプレゼンテーション賞, 染色体学会

菊池真司, 福士瑠奈, Rai Amit, 平川英樹, 齊藤和季, 山崎真巳
2016年

学会賞, 染色体学会

菊池真司
2014年

論文賞, Seed formation in triploid loquat (Eriobotrya japonica) through cross-hybridization with pollen of diploid cultivars, 日本育種学会

菊池真司, 岩砂美和子, 小堀亜耶, 蔦木康徳, 吉田明弘, 室田有里, 西野栄正, 佐々英徳, 木庭卓人

論文

Chromosome-scale genome assembly of Malcolmia littorea using long-read sequencing and single-pollen genotyping technologies.

Kenta Shirasawa, Kazutoshi Yoshitake, Haruka Kondo, Shinji Kikuchi, Keiichiro Koiwai, Sota Fujii

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 33(1) 2026年1月9日
Induction of Tetraploids by Treatment with Amiprofos-methyl and Evaluation of Interploidy Cross Compatibility in <i>Platycodon grandiflorus</i>

Ei Mon, Haruka Kondo, Ayumi Deguchi, Shinji Kikuchi, Kazumitsu Miyoshi

The Horticulture Journal 95(1) 101-111 2026年
Induction of tetraploids in vitro by three antimitotic agents and their mode of promotive effects on formation of adventitious shoots and phenotypic traits in Campanula medium L.

Ei Mon, Haruka Kondo, Ayumi Deguchi, Shinji Kikuchi, Kazumitsu Miyoshi

PLANT CELL TISSUE AND ORGAN CULTURE 164(1) 2025年12月29日
Whole Genome Assembly, Annotation, and Comparative Genomic Analysis of Pandanus amaryllifolius

Norhafizah Sidek, Boon Chin Tan, Katharina Mebus, Shinji Kikuchi, Chee How Teo

PLANT MOLECULAR BIOLOGY REPORTER 43(2) 910-923 2025年6月
The prominent multiplication of Japanese soil‐borne wheat mosaic virus co‐infected with barley yellow mosaic virus in barley

Hongjing Zhu, Kohei Mishina, Akemi Tagiri, Gang Chen, Chenjing Han, Ling Chen, Shingo Nakamura, Shinji Kikuchi, Hidenori Sassa, Tsuneo Kato …

Physiologia Plantarum 176(5) e14540 2024年9月
B chromosome and its non-Mendelian inheritance inAtractylodes lancea

Kazuya Hara, Shinji Kikuchi, Misaki Inoue, Takahiro Tsusaka, Miki Sakurai, Hideyuki Tanabe, Kenta Shirasawa, Sachiko Isobe

PloS one 19(9) e0308881 2024年6月1日
Identification of Barley yellow mosaic virus Isolates Breaking rym3 Resistance in Japan.

Hongjing Zhu, Takeshi Okiyama, Kohei Mishina, Shinji Kikuchi, Hidenori Sassa, Takao Komatsuda, Tsuneo Kato, Youko Oono

Genes 15(6) 2024年5月27日
Genome sequencing reveals the genetic architecture of heterostyly and domestication history of common buckwheat.

Jeffrey A Fawcett, Ryoma Takeshima, Shinji Kikuchi, Euki Yazaki, Tomoyuki Katsube-Tanaka, Yumei Dong, Meifang Li, Harriet V Hunt, Martin K Jones, Diane L Lister …

Nature plants 9(8) 1236-1251 2023年8月10日
Organ-enriched gene expression during floral morphogenesis in wild barley.

Gang Chen, Kohei Mishina, Qi Wang, Hongjing Zhu, Akemi Tagiri, Shinji Kikuchi, Hidenori Sassa, Youko Oono, Takao Komatsuda

The Plant journal : for cell and molecular biology 116(3) 887-902 2023年8月7日
Development and chromosomal characterization of interspecific hybrids between common buckwheat (Fagopyrum esculentum) and a related perennial species (F. ‍cymosum)

Mari Sugiyama, Miyu Norizuki, Shinji Kikuchi, Yasuo Yasui, Katsuhiro Matsui

Breeding Science 73(2) 230-236 2023年
Genome-Wide Analysis of Snf2 Gene Family Reveals Potential Role in Regulation of Spike Development in Barley

Chen G, Mishina K, Zhu H, Kikuchi S, Sassa H, Oono Y, Komatsuda T

Int. J. Mol. Sci. 24(1) 457 2022年12月27日査読有り
Chromosome-scale genome assembly of Glycyrrhiza uralensis revealed metabolic gene cluster centred specialized metabolites biosynthesis

Rai A, Hirakawa H, Rai M, Shimizu Y, Shirasawa K, Kikuchi S, Seki H, Yamazaki M, Toyoda A, Isobe S …

DNA Research 29(6) dsac043 2022年12月査読有り
Two pathways of 2n gamete formation and differences in the frequencies of 2n gametes between wild species and interspecific hybrids.

Haruka Kondo, Ayumi Deguchi, Shinji Kikuchi, Kazumitsu Miyoshi

Plant cell reports 41(11) 2187-2200 2022年8月19日
Discovery and fine mapping of a novel resistance locus to Fusarium wilt race 2 in lettuce (Lactuca sativa L.)

Kousuke Seki, Yukari Shimizu, Mai Hayashi, Hidenori Sassa, Shinji Kikuchi, Akane Taguchi, Fumika Chino, Eri Soga, Hiroaki Serizawa, Takato Koba

Euphytica 218 120 2022年7月査読有り
The Divergence of Chromosome Structures and 45S Ribosomal DNA Organization in Cucumis debilis Inferred by Comparative Molecular Cytogenetic Mapping

Agus Budi Setiawan, Aziz Purwantoro, Chee How Teo, Phan Thi Phuong Nhi, Kenji Kato, Shinji Kikuchi, Takato Koba

plants 11 1960 2022年7月査読有り
Behavior of chromosomes from the Mexican wild diploid species Solanum pinnatisectum in the interspecific hybrid with cultivated potato and its backcross progenies.

Shinji Kikuchi, Hikari Ishii, Kazuyoshi Hosaka, Rena Sanetomo

Euphytica 218(56) 2022年4月査読有り
CYTOLOGICAL VARIATION OF (AAG)7 REPEAT ON LETTUCE CHROMOSOMES BY FLUORESCENCE IN SITU HYBRIDIZATION (FISH)

Winny Dewi Widarmi, Shinji Kikuchi, Hidenori Sassa, Takato Koba

International Journal of Biosciences and Biotechnology 8(2) 45-45 2021年5月25日
園芸科学コースの特徴

宇佐見俊行, 華岡光正, 井川智子, 菊池真司, 後藤英司

食と緑の科学 = HortResearch (75) 9-11 2021年3月31日
New Cytogenetic Information of Wild Species and Cultivars in the Genus Epidendrum (Orchidaceae)

Haruka Kondo, Shinji Kikuchi, Ayumi Deguchi, Kazumitsu Miyoshi

CYTOLOGIA 86(1) 61-65 2021年3月査読有り
The unique disarticulation layer formed in the rachis of Aegilops longissima probably results from the spatial co-expression of Btr1 and Btr2

Xiaoxue Zeng, Gang Chen, Lei Wang, Akemi Tagiri, Shinji Kikuchi, Hidenori Sassa, Takao Komatsuda

ANNALS OF BOTANY 127(3) 297-304 2021年2月査読有り

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MISC

染色体数の計測およびフローサイトメトリーによるブバルディア属植物の倍数性の判定

大槻優華, 宮下智人, 菊池真司

東京都農林総合研究センター研究報告 (19) 2024年
ソバ・ゲノム・プロジェクト-その概要と展望-

大田竜也, FAWCETT J., 竹島亮馬, 菊池真司, 大迫敬義, 白澤健太, 法月美悠, 松井勝弘, 矢崎裕規, 木曽映里 …

育種学研究 25 2023年
孤児作物のゲノム遺伝学およびその展望

大田竜也, FAWCETT Jeffrey A., 竹島亮馬, 菊池真司, 大迫敬義, 白澤健太, 法月美悠, 松井勝弘, 矢崎裕規, 小木曽映里 …

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 25th 2023年
マルチオミクスに基づくアプローチで植物の特殊代謝物の進化を探る

RAI Amit, HIRAKAWA Hideki, NAKABAYASHI Ryo, KIKUCHI Shinji, HAYASHI Koki, RAI Megha, TSUGAWA Hiroshi, MORI Tetsuya, YAMAZAKI Mami, SAITO Kazuki

質量分析総合討論会講演要旨集 69th 2021年
ラン科エピデンドラムの2n配偶子形成機構の解析

近藤悠, 出口亜由美, 菊池真司, 三吉一光

育種学研究 23 2021年
細胞遺伝学の新潮流-より速く,より広く,より細かく,そして創出へ古くて新しいゲノムの見える化技術

石井孝佳, 長岐清孝, 菊池真司

化学と生物 58(11) 2020年
SSRマーカーを用いたエンサイ野生種と栽培種の遺伝的類縁関係の解析

石崎優美, 倉内伸幸, 加藤太, 佐々木大, 菊池真司, 武藤千秋, 高垣美智子, CHULAKA Pariyanuj

熱帯農業研究 13(Extra Issue 2) 2020年
アルカロイド生合成及び多様化の進化を理解するための比較ゲノミクス

RAI Amit, NAKABAYASHI Ryo, HIRAKAWA Hideki, TSUGAWA Hiroshi, NAKAYA Taiki, MORI Tetsuya, TAKAHASHI Hiroki, KIKUCHI Shinji, SAITO Kazuki, SAITO Kazuki …

日本植物生理学会年会(Web) 60th 2019年
染色体分析によるラン科デンドロビウム園芸品種における種間雑種成立過程の解明

近藤悠, 菊池真司, 出口亜由美, 三吉一光

園芸学研究別冊 18(2) 2019年
Dendrobium Stardust‘Fire Bird’のPLBに対するアミプロホスメチル処理による染色体倍加

近藤悠, WASANA Whlaetita, 菊池真司, 三位正洋, 三吉一光

園芸学研究別冊 17(1) 2018年
ダリアのうどんこ病抵抗性に関する育種学的研究

西家和生, 菊池真司, 宇佐見俊行, 出口亜由美, 國分尚, 三吉一光

園芸学研究別冊 17(1) 2018年
エピデンドラム高次倍数性品種群の成因の解明に関する研究

近藤悠, 出口亜由美, 菊池真司, 佐藤裕之, 三吉一光

園芸学研究別冊 17(2) 2018年
単一花粉粒からのF-ボックス遺伝子の遺伝子型決定によるリンゴS座位における減数分裂組換の検出

KAMISAWA Kota, KIKUCHI Shinji, MINAMIKAWA Mai, SASSA Hidenori, KOBA Takato

Chromosome Science 20(1-4) 2017年
二倍体イチゴFragaria vesca,F.iinumae,及びF.nipponicaにおけるBAC-FISH法による染色体識別とその栽培八倍体イチゴF.X ananassaへの適用

永山郁, 木庭卓人, 木庭卓人, 菊池真司, 佐々英徳

育種学研究 18 2016年
ブバルディア原種および栽培品種の染色体数とフローサイトメトリーによる倍数性の調査

大槻優華, 宮下千枝子, 菊池真司, 佐々英徳

園芸学研究別冊 15(2) 2016年
Brassica rapa L.とEruca sativa Millとの属間交雑系統当代の育成-(第2報)

上西愛子, 聖代橋史佳, 菊池真司, 木庭卓人, 吉田誠, 北宜裕

園芸学研究別冊 15(2) 2016年
Brassica rapaとEruca sativaとの属間交雑系統におけるイソチオシアネート組成(第1報)

上西愛子, 聖代橋史佳, 菊池真司, 木庭卓人, 吉田誠, 北宜裕

園芸学研究別冊 15(1) 2016年
Chromosome Discrimination in Diploid Fragaria vesca and F. iinumae by BAC-FISH Technique and Its Application to Octoploid Strawberry F. x ananassa

T. Koba, I. Nagayama, S. Kikuchi, H. Sassa

CYTOGENETIC AND GENOME RESEARCH 148(2-3) 111-111 2016年
Scaling relationship between intra-nuclear DNA density and chromosomal condensation in metazoan and plant.

Yuki Hara, Kenta Adachi, Shunsuke Kagohashi, Kazuo Yamagata, Hideyuki Tanabe, Shinji Kikuchi, Sei-Ichi Okumura, Akatsuki Kimura

Chromosome Science 19 33-39 2016年査読有り
Scaling relationship between intra-nuclear DNA density and chromosomal condensation in metazoan and plant (Proceedings of the 5th Asian Chromosome Colloquium)

Yuki Hara, Kenta Adachi, Shunsuke Kagohashi, Kazuo Yamagata, Hideyuki Tanabe, Shinji Kikuchi, Sei-Ichi Okumura, Akatsuki Kimura

Chromosome Science 19(1) 43-49 2016年

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書籍等出版物

細胞遺伝学の新潮流―より速く，より広く，より細かく，そして創出へ古くて新しいゲノムの見える化技術

石井孝佳, 長岐清孝, 菊池真司

化学と生物 58(11) 606-613 2020年11月
Jatropha, Challenges for a New Energy Crop Volume 3: A Sustainable Multipurpose Crop

Laosatit K, Kikuchi S, Muakrong N, Srinives P (担当:共著, 範囲:Prebreeding and Genetic Enhancement in Jatropha Through Interspecific Hybridization)

シュプリンガー 2019年

講演・口頭発表等

カタバミの新規ゲノム構築とアントシアニンに関連した葉色の表現型の分離解析

飯村秀明, 佐藤光彦, 深野祐也, 菊池真司, 白澤健太

植物生理学会 2024年3月
笑気ガス（N2O）を用いたシナマオウの染色体標本作製法の確立

佐藤宙翔, 樋山肇, 近藤悠, 櫻井美希, 出口亜由美, 菊池真司

一般財団法人第74回年会 2023年10月21日
ゲノム情報から明らかになったソバ及び近縁種のゲノム構造とソバ新規反復配列

菊池真司, Jeffrey A Fawce, 大田竜也, 安井康夫

一般財団法人第74回年会 2023年10月21日
Partial DNA sequence and inheritance of a novel B chromosome(s) in Atractylodes lancea

Kazuya Hara, Misaki Inoue, Takahiro Tsusaka, Kenta Shirasawa, Chee How Teo, Miki Sakurai, Hideyuki Tanabe, Sachiko Isobe, Shinji Kikuchi

8th Asia-Pacific Chromosome Colloquium (APCC8) 2023年9月18日
Chromosome painting during meiosis in tetraploid buchwheat (Fagopyrum esculentum Moench)

Miyu Norizuki, Katsuhiro Matsui, Yasuo Yasui, Shinji Kikuchi

8th Asia-Pacific Chromosome Colloquium (APCC8) 2023年9月18日
Oligo-FISH visualization of a 1 Mb inversion within a recombination-free region in barley

Shinji Kikuchi, Keigo Watanabe, Shun Sakuma

8th Asia-Pacific Chromosome Colloquium (APCC8) 2023年9月18日
孤児作物のゲノム遺伝学およびその展望

大田竜也, Fawcett Jeffrey A, 竹島亮馬, 菊池真司, 大迫敬義, 白澤健太, 法月美悠, 松井勝弘, 矢崎裕規, 小木曽映里, 藤井健一郎, 原尚資, Jones Martin K, 平川英樹, Li Cheng-Yun, 安井康夫

日本進化学会沖縄大会
ソバ・ゲノム・プロジェクト－その概要と展望－

大田竜也, ジェフリフォーセット, 竹島亮馬, 菊池真司, 大迫敬義, 白澤健太, 法月美悠, 松井勝弘, 矢崎裕規, 小木曽映里, 藤井健一郎, 原尚資, Martin K. Jones, 平川英樹, Cheng-Yun Li, 安井康夫

日本育種学会144回講演会 2023年9月
Chromosome-scale genome assembly of an orphan plant species, Malcolmia littorea, by long-read and single-pollen sequencing technologies

Kenta Shirasawa, Kazutoshi Yoshitake, Shinji Kikuchi, Keiichiro Koiwai, Sota Fujii

4th Asian Horticultural Congress 招待有り
ホソバオケラB染色体の非メンデル遺伝

菊池真司, 井上美咲, 原一矢, 津坂宜宏, 櫻井美希

染色体学会第73回年会 2022年10月14日
ホソバオケラにおける2種類のB染色体の形態的特徴と配列決定

原一矢, 田辺秀之, 白澤健太, 磯部祥子, 津坂宜宏, 櫻井美希, 菊池真司

染色体学会第73回年会 2022年10月14日
チャボイナモリにおける染色体の同定とゲノムアセンブリの検証

菊池真司, 福士瑠奈, Rai Amit, 平川英樹, 斎藤和季, 山崎真巳

染色体学会第72回年会 2021年9月17日
ホソバオケラで見つかった新奇の過剰染色体

井上美咲, 津坂宜宏, 櫻井美希, 菊池真司

染色体学会第72回年会 2021年9月16日
Oligoプローブを用いたフツウソバの染色体の同定と核型解析

法月美悠, 菊池真司, 安井康夫, 大田竜也, 平川英樹

染色体学会第72回年会 2021年9月16日
オリゴプローブを用いたオオムギにおける染色体逆位の検出

渡部京悟, 佐久間俊, 菊池真司

染色体学会第72回年会 2021年9月16日

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

薬用植物のゲノム育種の基盤構築

OPERA 食の未来を拓く革新的先端技術の創出 2021年4月 - 2025年3月

菊池真司
非組換え領域S遺伝子座における組換えと非自己認識システムの分子進化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

菊池真司
イチゴの２倍体及び８倍体種における分子細胞遺伝学的手法によるゲノム再編の検出

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2016年4月 - 2019年3月

木庭卓人, 菊池真司
非組換え領域S遺伝子座における組換えの顕微観察

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2015年4月 - 2018年3月

菊池真司
異数性による種分化の機構が存在するか？(II) 比較ゲノム解析と再現系からの検証

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(A) 若手研究(A) 2013年4月 - 2018年3月

菊池真司
麦及び飼料作物の有用遺伝子の同定とDNAマーカーの開発

農林水産省ゲノム情報を活用した農畜産物の次世代生産基盤技術の開発 2013年 - 2016年

小松田隆夫
パンコムギのもつコムギ連近縁種との交雑バリアーに関する分子細胞遺伝学的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2010年 - 2012年

木庭卓人, 佐々英徳, 菊池真司, 三科興平
異数性による種分化の機構が存在するか?

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2010年 - 2011年

菊池真司

菊池真司

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学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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