三木健 (Takeshi Miki) - マイポータル

基本情報

所属: 龍谷大学先端理工学部環境生態工学課程教授

学位: 博士（理学）(京都大学)

研究者番号: 00815508
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-2452-8681
J-GLOBAL ID: 201801010630512950
researchmap会員ID: 7000022746

研究キーワード

研究分野

環境・農学 / 環境影響評価 /

経歴

2020年4月 - 現在

龍谷大学, 先端理工学部・環境生態工学課程, 教授
2018年8月 - 2020年3月

龍谷大学, 理工学部環境ソリューション工学科, 教授
2017年8月 - 2018年7月

国立台湾大学, 海洋研究所, 教授
2016年4月 - 2018年7月

中央研究院, 環境変遷研究センター, 合聘副研究員
2012年8月 - 2017年7月

国立台湾大学, 海洋研究所, 准教授
2008年8月 - 2012年7月

国立台湾大学, 海洋研究所, 助教
2006年4月 - 2008年7月

京都大学生態学研究センター, 日本学術振興会特別研究員（PD）

委員歴

2019年 - 現在

科学技術予測センター, 専門調査員
2016年 - 現在

日本生態学会, 将来計画委員会
2014年 - 現在

PLOS ONE (editor)
2009年 - 現在

Population Ecology (editor)
2024年

BMC Ecology and Evolution (editor)
2014年 - 2018年12月

Ecological Research (Associate Editor-in-Chief)
2014年 - 2016年

日本生態学会, 大会企画委員会・英語口頭発表賞部会

受賞

2025年3月

英語口頭発表賞, Biodiversity consistently promotes ecosystem multifunctionality across multiple temporal scales in aquatic microbial communities, 日本生態学会

*Wan-hsuan CHENG(Natl. Taiwan Univ., Ryukoku Univ.), Takeshi MIKI(Ryukoku Univ.), Chao-Chen LAI(Natl. Taipei Univ. of Edu.), Fuh-Kwo SHIAH(Academia Sinica), Chia-Ying KO(Natl. Taiwan Univ.), Chih-hao HSIEH(Natl. Taiwan Univ.), Chun-Wei CHANG(Natl. Taiwan Univ.)
2021年

The Ecological Research Paper Award 2021, Ecosystem engineering structures facilitate ecological resilience: A coral reef model. 36(4): 673–685

Pak-Yin Cheung, Yoko Nozawa, Takeshi Miki
2017年

Ecological Research Paper Award, 2017, Integrating isotopic, microbial, and modeling approaches to understand methane dynamics in a frequently disturbed deep reservoir in Taiwan

Masayuki Itoh, Hisaya Kojima, Pei-Chi Ho, Chun-Wei Chang, Tzong-Yueh Chen, Silver Sung-Yun Hsiao, Yuki Kobayashi, Megumu Fujibayashi, Shuh-Ji Kao, Chih-hao Hsieh, Manabu Fukui, Noboru Okuda, Takeshi Miki, Fuh-Kwo Shiah
2015年6月

フンボルト財団・研究奨励金
2014年

優良教師, 国立台湾大学

三木健
2014年

日本数理生物学会・研究奨励賞

三木健
2011年

日本生態学会・宮地賞

三木健

論文

Biodiversity effects on ecological stability through ecosystem‐level feedback

Chun‐Wei Chang, Chih‐hao Hsieh, Maiko Kagami, Wan‐Hsuan Cheng, Takeshi Miki

Ecology 2026年1月
Extreme summer storm elicits shifts in biogeochemistry, primary productivity, and plankton community structure in a large‐scale lake enclosure experiment

Hans‐Peter Grossart, Thomas Hornick, Stella A. Berger, Jens C. Nejstgaard, Michael T. Monaghan, Takeshi Miki, Darren P. Giling, Geza B. Selmeczy, Judit Padisak, Jörg Sareyka …

Limnology and Oceanography Letters 2026年1月査読有り
Contrasting effects of chytrids on two large desmids in Lake Biwa

Maiko Kagami, Tatsuro Hashizume, Kensuke Seto, Takeshi Miki, Duangmany Phongsa, Taisuke Ohtsuka, Shuhei Ban

Fungal Ecology 78 101459-101459 2025年12月査読有り
Biodiversity Consistently Promotes Ecosystem Multifunctionality Across Multiple Temporal Scales in an Aquatic Microbial Community

28(8) 2025年8月18日査読有り
How to quantify interaction strengths? A critical rethinking of the interaction Jacobian and evaluation methods for non-parametric inference in time series analysis

476 134613-134613 2025年6月査読有り筆頭著者責任著者
Advancing Marker‐Gene‐Based Methods for Prokaryote‐Mediated Multifunctional Redundancy: Exploring Random and Non‐Random Extinctions in a Catchment

70(3) 2025年3月16日査読有り筆頭著者責任著者
Physiological profiling of the soil microbe community using the <scp>EcoPlate</scp> and assessment of soil properties at 74 planted forest sites across Japan

2024年12月19日査読有り
Macroscale vertical power-law distribution of bacteria in dark oceans can emerge from microscale bacteria-particle interactions

Takeshi Miki, Po-Ju Ke

Journal of Theoretical Biology 2024年12月査読有り筆頭著者責任著者
Structuring of particle-associated bacterial communities along the extracellular polymeric substance gradient of sinking and suspended particles in an oligotrophic, subtropical region of the western North Pacific Ocean

Akiko Ebihara, Hideki Fukuda, Yosuke Yamada, Taichi Yokokawa, Takeshi Miki, Toshi Nagata

Frontiers in Marine Science 11 2024年10月30日査読有り
Plant volatiles and priority effects interactively determined initial community assembly of arthropods on multiple willow species

Kinuyo Yoneya, Takeshi Miki, Noboru Katayama

Ecology and Evolution 13(7) 2023年7月19日査読有り
Spatial epidemiology model can explain the seasonal dynamics of infectious disease Cyprinid herpesvirus 3 (CyHV-3) by thermoregulation behavior of the host, common carp (Cyprinus carpio)

Takeshi Miki, Hiroki Yamanaka, Atsushi Sogabe, Koji Omori, Yasuhisa Saito, Toshifumi Minamoto, Kimiko Uchii, Mie N. Honjo, Alata A. Suzuki, Yukihiro Kohmatsu …

Theoretical Ecology 16(3) 195-208 2023年6月20日査読有り筆頭著者責任著者
Time series analysis showing how different environmental conditions affect the interspecific interactions of Callosobruchus maculatus and Callosobruchus chinensis

Takanori Kawase, Daisuke Kyogoku, Kazutaka Kawatsu, Noboru Katayama, Takeshi Miki, Michio Kondoh

POPULATION ECOLOGY 2023年6月査読有り責任著者
Non-destructive collection and metabarcoding of arthropod environmental DNA remained on a terrestrial plant.

Kinuyo Yoneya, Masayuki Ushio, Takeshi Miki

Scientific reports 13(1) 7125-7125 2023年5月12日査読有り
Microbial community composition and function in an urban waterway with combined sewer overflows before and after implementation of a stormwater storage pipe

Kazuaki Matsui, Takeshi Miki

PeerJ 11 e14684-e14684 2023年1月12日査読有り
Initial herbivory and exposure to herbivory-induced volatiles enhance arthropod species richness by diversifying community assemblages

10 2023年査読有り
Author Correction: Causal networks of phytoplankton diversity and biomass are modulated by environmental context.

Chun-Wei Chang, Takeshi Miki, Hao Ye, Sami Souissi, Rita Adrian, Orlane Anneville, Helen Agasild, Syuhei Ban, Yaron Be'eri-Shlevin, Yin-Ru Chiang …

Nature communications 13(1) 5872-5872 2022年10月5日
Potential Factors Canceling Interannual Cycles of Shoot Production in a Moso Bamboo (Phyllostachys pubescens) Stand

Chuan-Ya Lin, Takeshi Miki, Tomonori Kume

FRONTIERS IN FORESTS AND GLOBAL CHANGE 5 2022年7月査読有り
Preface: “Idea Paper” for sharing diverse research ideas

Takeshi Miki, Masahiro Nakamura, Hiroko Kurokawa, Kazuaki Matsui

Ecological Research 37(4) 450-454 2022年7月
New index of functional specificity to predict the redundancy of ecosystem functions in microbial communities.

Wan-Hsuan Cheng, Chih-Hao Hsieh, Chun-Wei Chang, Fuh-Kwo Shiah, Takeshi Miki

FEMS microbiology ecology 2022年5月14日査読有り責任著者
A comparative whole-genome approach identifies bacterial traits for marine microbial interactions.

Luca Zoccarato, Daniel Sher, Takeshi Miki, Daniel Segrè, Hans-Peter Grossart

Communications biology 5(1) 276-276 2022年3月28日

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MISC

Promoting the sharing of ideas via “Idea Papers”

Takeshi Miki, Masahiro Nakamura, Kazuaki Matsui, Hazime Mizoguchi, Emi Tamaki

Ecological Research 35(4) 575-578 2020年7月
食物網の“かたち“を捉える新手法:河川生態系での実証

加藤義和, 近藤倫生, 石川尚人, 冨樫博幸, 神松幸弘, 吉村真由美, 由水千景, 原口岳, 長田穣, 大手信人 …

日本陸水学会大会講演要旨集 83rd 2018年
カルタヘナ議定書にある「生物の多様性の保全及び持続可能な利用への影響」はどのように評価できるのか？：まとめと今後の展望

松井一彰, 横川太一, 上田匡邦, 道越祐一, 水口亜樹, 松田裕之, 三木健

日本生態学会誌 66(2) 325-335 2016年
CH4 dynamics in a subtropical reservoir under a changing climate

Itoh, M, Kobayashi, Y, Chen, T.-Y, Tokida, T, Fukui, M, Kojima, H, Miki, T, Tayasu, I, Shiah, F.-K, Okuda, N

The 62nd ESJ annual meeting 2015年3月査読有り招待有り
環境中での細菌集団の種多様性・オーソログ多様性・生態系機能の関係

三木健, 三木健, 松井一彰, 横川太一

日本微生物生態学会大会(Web) 30th 2015年
微生物の多様性と生態系機能の関係性評価に向けて:データベースと実験生態系を用いた理論的アプローチ

松井一彰, 三木健, 横川太一

日本土壌微生物学会講演要旨集 2014 2014年
10-186 細菌群集組成の空間的不均一性と生物ポンプ(物質循環,研究発表)

三木健, Giuggioli Luca, 小林豊, 永田俊, Levin Simon

日本微生物生態学会講演要旨集 (24) 151-151 2008年
細菌の系統的多様性が可能にする集団レベルの可塑的応答

三木健

日本微生物生態学会誌 23(2) 51-57 2008年
ニッチ利用の柔軟性が変動環境下での競争的群集の多様性を促進する(第3回生物数学の理論とその応用)

山内淳, 三木健

数理解析研究所講究録 1551 123-127 2007年4月
細菌-ウイルス-捕食者系の理論 : ウイルスの進化と生態系機能(第3回生物数学の理論とその応用)

三木健

数理解析研究所講究録 1551 177-179 2007年4月
環境変動に対する群集レベルの適応的応答を支える細菌の移動分散とその炭素循環への影響:海洋細菌のメタ群集モデル

三木健, 横川太一, 永田俊, 山村則男

日本生態学会大会講演要旨集 54th 111 2007年3月19日
特集2「ミクロな世界からの新展開」企画趣旨

三木健

日本生態学会誌 57(3) 373-374 2007年
細菌群集の時空間分布と物質循環をつなぐ : 細菌とメタ群集理論 (<特集2>ミクロな世界からの新展開)

三木健

日本生態学会誌 57(3) 398-406 2007年
マイクロビアル・プールと生物多様性 (<特集2>ミクロな世界からの新展開)

三木健, 松井一彰, 横川太一, 西田貴明, 小林由紀, 内井喜美子

日本生態学会誌 57(3) 424-431 2007年
細菌の多様性が支配する海洋炭素循環(第2回生物数学の理論とその応用)

三木健, 横川太一, 永田俊

数理解析研究所講究録 1499 87-91 2006年7月
生物多様性と生物間相互作用からの物質循環研究 : 新しい方法論の芽生え

三木健

日本生態学会誌 56(3) 240-251 2006年

書籍等出版物

Rではじめよう!生態学・環境科学のためのデータ分析超入門

三木, 健

共立出版 2024年6月 (ISBN: 9784320058439)
臺大教授帶你留學日本（中国語圏向け日本の大学への留学ガイドブック）

吳嘉文, 三木健 (担当:共著)

書泉出版社 2021年2月1日 (ISBN: 9789864512065)
Mathematical Modeling on Microbes and Their Roles in Community and Ecosystem: How to Handle Microbial Diversity in Modeling. In Diversity of Functional Traits and Interactions: Perspectives on Community Dynamicss (Akihiko Mougi, ed)

Takeshi Miki

Springer 2020年
Bacterial community should be considered in ecosystem model in the ocean? - Comparison between community-based model, black box model, and exponential decay model

T. Miki

講演・口頭発表等

O31-04 微生物の多様性と生態系機能の関係性評価に向けて : データベースと実験生態系を用いた理論的アプローチ(口頭発表)

松井一彰, 三木健, 横川太一

日本微生物生態学会講演要旨集 2014年
10-186 細菌群集組成の空間的不均一性と生物ポンプ(物質循環,研究発表)

三木健, Giuggioli Luca, 小林豊, 永田俊, Levin Simon

日本微生物生態学会講演要旨集 2008年
細菌-ウイルス-捕食者系の理論 : ウイルスの進化と生態系機能(第3回生物数学の理論とその応用)

三木健

数理解析研究所講究録 2007年4月
ニッチ利用の柔軟性が変動環境下での競争的群集の多様性を促進する(第3回生物数学の理論とその応用)

山内淳, 三木健

数理解析研究所講究録 2007年4月
細菌の多様性が支配する海洋炭素循環(第2回生物数学の理論とその応用)

三木健, 横川太一, 永田俊

数理解析研究所講究録 2006年7月
バクテリアの多様性はなぜ低いか？: kill the killer of the winner仮説

三木健, 山村則男

日本生態学会大会講演要旨集 2005年

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

生態系レジームシフト検知のための微視的特徴づけに基づく早期診断法の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2023年4月 - 2027年3月

三木健, 金子修治, 鏡味麻衣子, 久米朋宣, 米谷衣代, 片山歩美
氷河・積雪生態系における雪氷藻類へのツボカビ感染症の動態解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

鏡味麻衣子, 三木健, 竹内望, 植竹淳, 村上正志, 瀬川高弘
氷河・積雪生態系における雪氷藻類へのツボカビ感染症の動態解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

鏡味麻衣子, 三木健, 竹内望, 植竹淳, 村上正志, 瀬川高弘
森林土壌微生物群集の機能と環境応答の広域スケール評価と空間スケール依存性の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

中村誠宏, 三木健, 舘野隆之輔, 日浦勉, 柴田英昭
凝集体生命圏：海洋炭素循環の未知制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2019年6月 - 2024年3月

永田俊, 横川太一, 三木健, 本多牧生, 鏡味麻衣子, 福田秀樹, 小川浩史, 緒方博之, 原田尚美
地球レベルの基礎生産を担う珪藻の「ウイルス感染死を介した」ブルーム維持戦略の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2019年4月 - 2024年3月

外丸裕司, 三木健, 山口晴生, 本郷悠貴, 羽野健志
湖沼深水層に卓越する微生物の世界

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

中野伸一, 三木健, 山口保彦, 早川和秀
疫学パラメータの個体間差異が感染症拡大と生態系全体へ及ぼす影響の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

三木健, 鏡味麻衣子, 松井一彰
機能多様性時系列データによる全生物群集ネットワーク評価～川と湖の保全を目指して

住友財団環境研究助成 2018年11月 - 2019年11月
亜熱帯湖沼のメタン栄養食物網と炭素リサイクル機能の評価

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2012年4月 - 2016年3月

奥田昇, 小島久弥, 福井学, 陀安一郎, 中野伸一, 伊藤雅之, 小林由紀, 藤林恵, 夏復國, 謝志豪, 三木健, 何珮綺, 張俊偉, 中野伸一, 陀安一郎
超並列シーケンサが描く未知の海洋微生物圏多様性とダイナミクス

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究課題提案型) 2009年 - 2011年

浜崎恒二, 三木健
物質循環と生物多様性の共役的発展を駆動する生物種間相互作用の進化的変化

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2006年 - 2008年

三木健
生態系機能に与える時間的変動性と空間的不均一性の影響

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2003年 - 2005年

三木健

社会貢献活動

JSTジュニアドクター育成塾での講義

講師

JSTジュニアドクター育成塾・びわ湖トラスト 2019年 - 現在

三木健

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

社会貢献活動

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