土屋裕子 (Yuko Tsuchiya) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人産業技術総合研究所主任研究員

J-GLOBAL ID: 201801012333161784
researchmap会員ID: B000334695

研究分野

ライフサイエンス / 生物物理学 /

論文

Neuronal and non-neuronal functions of the synaptic cell adhesion molecule neurexin in Nematostella vectensis

Christine Guzman, Kurato Mohri, Ryotaro Nakamura, Minato Miyake, Yuko Tsuchiya, Kentaro Tomii, Hiroshi Watanabe

Nature Communications 15(1) 2024年8月1日
PoSSuM v.3: A Major Expansion of the PoSSuM Database for Finding Similar Binding Sites of Proteins

Yuko Tsuchiya, Tomoki Yonezawa, Yu Yamamori, Hiroko Inoura, Masanori Osawa, Kazuyoshi Ikeda, Kentaro Tomii

Journal of Chemical Information and Modeling 63(23) 7578-7587 2023年11月28日
Autoencoder-based detection of the residues involved in G protein-coupled receptor signaling

Yuko Tsuchiya, Kei Taneishi, Yasushige Yonezawa

Scientific Reports 11(1) 2021年12月
Rebuilding Ring-Type Assembly of Peroxiredoxin by Chemical Modification

Tomoki Himiyama, Yuko Tsuchiya, Yasushige Yonezawa, Tsutomu Nakamura

Bioconjugate Chemistry 32(1) 153-160 2021年1月20日
Actin Cytoskeletal Reorganization Function of JRAB/MICAL-L2 Is Fine-tuned by Intramolecular Interaction between First LIM Zinc Finger and C-terminal Coiled-coil Domains

Miyake K, Sakane A, Tsuchiya Y, Sagawa I, Tomida Y, Kasahara J, Imoto I, Watanabe S, Higo D, Mizuguchi K …

Scientific Reports 9(1) 12794 2019年12月査読有り
Autoencoder-Based Detection of Dynamic Allostery Triggered by Ligand Binding Based on Molecular Dynamics

Yuko Tsuchiya, Kei Taneishi, Yasushige Yonezawa

Journal of Chemical Information and Modeling 59(9) 4043-4051 2019年9月23日
Discrimination between biological interfaces and crystal-packing contacts

Yuko Tsuchiya, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita

Advances and Applications in Bioinformatics and Chemistry 5(1) 99-113 2012年
2P-044 ヘテロダイマーの多様性 : 蛋白質複合体構造予測の研究から得られた知見(蛋白質・構造機能相関(2),第46回日本生物物理学会年会)

Tsuchiya Yuko, Kanamori Eiji, Nakamura Haruki, Kinoshita Kengo

生物物理 48 S81-S82 2008年
2P449 Improvement of the method for discriminating between biological and crystal-packing contacts in protein crystals(48. Bioinformatics, genomics and proteomics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Tsuchiya Yuko, Kinoshita Kengo, Ito Nobutoshi, Nakamura Haruki

生物物理 46(2) S408 2006年
2P036 X線結晶構造における生理学的接触と結晶学的接触の判別法の開発(蛋白質 B) 構造・機能相関))

土屋裕子, 木下賢吾, 伊藤暢聡, 中村春木

生物物理 45 S128 2005年
3P272 蛋白質分子表面上の物理化学的性質、形状を用いた蛋白質問相互作用の予測法の開発(生命情報科学 A) 構造ゲノミクス)

上屋裕子, 木下賢吾, 中村春木

生物物理 44 S257 2004年
静電ポテンシャルと分子表面形状による蛋白質のDNA結合能および結合部位の予測

土屋裕子, 木下賢吾, 中村春木

生物物理 43 S50 2003年
Analysis of Complementarity of Protein-DNA Interactions Using the Electrostatic Potential and the Molecular Surface Geometry

Tsuchiya Yuko, Kinoshita Kengo, Nakamura Haruki

Genome Informatics 13 310-311 2002年
Analysis of Complementarity of Protein-Protein and Protein-DNA Interactions Using the Molecular Surface Database, eF-site

Kinoshita Kengo, Tsuchiya Yuko, Nakamura Haruki

Genome Informatics 12 345-347 2001年

MISC

生物学研究の仮説生成のためのシミュレーション : 学際研究への応用に向けて (「ビッグデータと創薬」小特集に寄せて)

土屋裕子, 水口賢司

シミュレーション 36(3) 139-144 2017年9月
Protein Data Bank Japan (PDBj): updated semantic web services and tools for large structures

A. R. Kinjo, G-J. Bekker, H. Suzuki, Y. Tsuchiya, T. Kawabata, Y. Ikegawa, G. Kurisu, H. Nakamura

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 46 S274-S274 2017年7月
CE-14ファミリー酵素の基質結合

中村努, 米澤康滋, 土屋裕子, 新山真由美, 大嶋真紀, 上垣浩一

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 16th 2016年
核内輸送因子Importin αとヒストン結合タンパクRBBP4の非典型的結合とその生理的意義

辻井聡, 宮本洋一, 盛山哲嗣, 土屋裕子, 小布施力史, 水口賢司, 岡正啓, 米田悦啓

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 88回・38回 [1P0151]-[1P0151] 2015年12月
Prediction of Protein-Protein Complex Structures Using a Docking Server, surFit

Eiji Kanamori, Yuko Tsuchiya, Yoichi Murakami, Joy Sarmiento, Shide Liang, Daron Standley, Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita, Haruki Nakamura

PROTEIN SCIENCE 21 178-178 2012年8月
Development of a scoring method for predicting protein complex structures

Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M. Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES 64 C227-C227 2008年

土屋裕子

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