曽根原究人 (Kyuto Sonehara) - マイポータル

基本情報

所属: ウェルカム・サンガー研究所 Postdoctoral Fellow
: 東京大学大学院医学系研究科遺伝情報学客員研究員

学位: 博士（医学）(2022年9月大阪大学)
医師(2017年3月東京大学)

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-4536-1761
J-GLOBAL ID: 202201018788591583
researchmap会員ID: R000043665

外部リンク: https://plaza.umin.ac.jp/sonehara/

【専門分野】
　遺伝統計学　疾患ゲノミクス　バイオインフォマティクス

【研究テーマ】
　大規模ゲノム情報を軸として、多彩な生体試料データに対して統計解析・機械学習によるアプローチを用いることで、ヒト疾患の病態解明や治療標的同定、発症予測や予防に結びつく知見を引き出すことを目標に研究を進めています。

研究キーワード

研究分野

経歴

2024年10月 - 現在

独立行政法人日本学術振興会, 海外特別研究員
2024年10月 - 現在

ウェルカム・サンガー研究所, Postdoctoral Fellow
2022年10月 - 2024年9月

東京大学, 大学院医学系研究科遺伝情報学, 助教
2017年4月 - 2019年3月

東京大学医学部附属病院, 初期研修プログラム, 初期研修医

学歴

2019年4月 - 2022年9月

大阪大学, 大学院医学系研究科, 医学専攻博士課程（早期修了）
2013年4月 - 2017年3月

東京大学, 医学部, 医学科
2011年4月 - 2013年3月

東京大学, 教養学部, 理科三類

受賞

論文

Incomplete human reference genomes can drive false sex biases and expose patient-identifying information in metagenomic data

Caitlin Guccione, Lucas Patel, Yoshihiko Tomofuji, Daniel McDonald, Antonio Gonzalez, Gregory D. Sepich-Poore, Kyuto Sonehara, Mohsen Zakeri, Yang Chen, Amanda Hazel Dilmore …

Nature Communications 2025年1月18日査読有り
Blood DNA virome associates with autoimmune diseases and COVID-19

Noah Sasa, Shohei Kojima, Rie Koide, Takanori Hasegawa, Ho Namkoong, Tomomitsu Hirota, Rei Watanabe, Yuumi Nakamura, Eri Oguro-Igashira, Kotaro Ogawa …

Nature Genetics 2025年1月3日査読有り
Single-cell RNA sequencing of peripheral blood links cell-type-specific regulation of splicing to autoimmune and inflammatory diseases.

Chi Tian, Yuntian Zhang, Yihan Tong, Kian Hong Kock, Donald Yuhui Sim, Fei Liu, Jiaqi Dong, Zhixuan Jing, Wenjing Wang, Junbin Gao …

Nature genetics 2024年12月3日査読有り
A genome-wide meta-analysis reveals shared and population-specific variants for allergic sensitization.

Emiko Noguchi, Wataru Morii, Haruna Kitazawa, Tomomitsu Hirota, Kyuto Sonehara, Hironori Masuko, Yukinori Okada, Nobuyuki Hizawa

The Journal of allergy and clinical immunology 2024年12月3日査読有り
Leveraging genome-wide association studies to better understand the etiology of cancers.

Kyuto Sonehara, Yukinori Okada

Cancer science 2024年11月19日査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Genetic legacy of ancient hunter-gatherer Jomon in Japanese populations.

Kenichi Yamamoto, Shinichi Namba, Kyuto Sonehara, Ken Suzuki, Saori Sakaue, Niall P Cooke, Shinichi Higashiue, Shuzo Kobayashi, Hisaaki Afuso, Kosho Matsuura …

Nature communications 15(1) 9780-9780 2024年11月12日査読有り
Bioactive Mediator Profile of Mepolizumab-Treated Eosinophilic Granulomatosis With Polyangiitis.

Yosuke Kamide, Kyuto Sonehara, Kiyoshi Sekiya, Shigeharu Ueki, Yuto Nakamura, Yukinori Okada, Masami Taniguchi

Allergy 2024年11月11日査読有り
Inconsistent embryo selection across polygenic score methods.

Shinichi Namba, Masato Akiyama, Haruka Hamanoue, Kazuto Kato, Minae Kawashima, Itaru Kushima, Koichi Matsuda, Masahiro Nakatochi, Soichi Ogishima, Kyuto Sonehara …

Nature human behaviour 2024年10月14日査読有り
Statistically and functionally fine-mapped blood eQTLs and pQTLs from 1,405 humans reveal distinct regulation patterns and disease relevance

Qingbo S. Wang, Takanori Hasegawa, Ho Namkoong, Ryunosuke Saiki, Ryuya Edahiro, Kyuto Sonehara, Hiromu Tanaka, Shuhei Azekawa, Shotaro Chubachi, Yugo Takahashi …

Nature Genetics 2024年9月24日査読有り
Machine learning reveals heterogeneous associations between environmental factors and cardiometabolic diseases across polygenic risk scores

Tatsuhiko Naito, Kosuke Inoue, Shinichi Namba, Kyuto Sonehara, Ken Suzuki, Koichi Matsuda, Naoki Kondo, Tatsushi Toda, Toshimasa Yamauchi, Takashi Kadowaki …

Communications Medicine 4(1) 2024年9月20日査読有り
Primary Aldosteronism and Risk of Cardiovascular Outcomes: Genome‐Wide Association and Mendelian Randomization Study

Kosuke Inoue, Tatsuhiko Naito, Ryosuke Fuji, Kyuto Sonehara, Kenichi Yamamoto, Ryuta Baba, Takaya Kodama, Yu Otagaki, Akira Okada, Kiyotaka Itcho …

Journal of the American Heart Association 2024年8月5日査読有り
Common and rare genetic variants predisposing females to unexplained recurrent pregnancy loss

Kyuto Sonehara, Yoshitaka Yano, Tatsuhiko Naito, Shinobu Goto, Hiroyuki Yoshihara, Takahiro Otani, Fumiko Ozawa, Tamao Kitaori, Yuji Yamanashi, Yoichi Furukawa …

Nature Communications 2024年7月17日査読有り筆頭著者
Genome-wide association study on meningioma risk in Japan: a multicenter prospective study.

Shuhei Yamada, Toru Umehara, Kyuto Sonehara, Noriyuki Kijima, Shuhei Kawabata, Koji Takano, Tomoki Kidani, Ryuichi Hirayama, Hideyuki Arita, Yoshiko Okita …

Journal of neuro-oncology 2024年7月13日査読有り筆頭著者
Quantification of escape from X chromosome inactivation with single-cell omics data reveals heterogeneity across cell types and tissues

Yoshihiko Tomofuji, Ryuya Edahiro, Kyuto Sonehara, Yuya Shirai, Kian Hong Kock, Qingbo S. Wang, Shinichi Namba, Jonathan Moody, Yoshinari Ando, Akari Suzuki …

Cell Genomics 100625-100625 2024年7月査読有り
Body mass index stratification optimizes polygenic prediction of type 2 diabetes in cross-biobank analyses

Takafumi Ojima, Shinichi Namba, Ken Suzuki, Kenichi Yamamoto, Kyuto Sonehara, Akira Narita, Yoichiro Kamatani, Gen Tamiya, Masayuki Yamamoto, Toshimasa Yamauchi …

Nature Genetics 2024年6月11日査読有り
Brugada syndrome in Japan and Europe: a genome-wide association study reveals shared genetic architecture and new risk loci

Taisuke Ishikawa, Tatsuo Masuda, Tsuyoshi Hachiya, Christian Dina, Floriane Simonet, Yuki Nagata, Michael W T Tanck, Kyuto Sonehara, Charlotte Glinge, Rafik Tadros …

European Heart Journal 2024年5月15日査読有り
Genetic drivers of heterogeneity in type 2 diabetes pathophysiology.

Ken Suzuki, Konstantinos Hatzikotoulas, Lorraine Southam, Henry J Taylor, Xianyong Yin, Kim M Lorenz, Ravi Mandla, Alicia Huerta-Chagoya, Giorgio E M Melloni, Stavroula Kanoni …

Nature 2024年2月19日査読有り
Estimating gene-level false discovery probability improves eQTL statistical fine-mapping precision.

Qingbo S Wang, Ryuya Edahiro, Ho Namkoong, Takanori Hasegawa, Yuya Shirai, Kyuto Sonehara, Atsushi Kumanogoh, Makoto Ishii, Ryuji Koike, Akinori Kimura …

NAR genomics and bioinformatics 5(4) lqad090 2023年12月査読有り
Analysis of gut microbiome, host genetics, and plasma metabolites reveals gut microbiome-host interactions in the Japanese population.

Yoshihiko Tomofuji, Toshihiro Kishikawa, Kyuto Sonehara, Yuichi Maeda, Kotaro Ogawa, Shuhei Kawabata, Eri Oguro-Igashira, Tatsusada Okuno, Takuro Nii, Makoto Kinoshita …

Cell reports 113324-113324 2023年10月30日査読有り
Extracting immunological and clinical heterogeneity across autoimmune rheumatic diseases by cohort-wide immunophenotyping.

Hiroaki Tanaka, Yukinori Okada, Shingo Nakayamada, Yusuke Miyazaki, Kyuto Sonehara, Shinichi Namba, Suguru Honda, Yuya Shirai, Kenichi Yamamoto, Satoshi Kubo …

Annals of the rheumatic diseases 2023年10月30日査読有り

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MISC

シングルセル情報とゲノム情報の統合解析によるCOVID-19重症化メカニズムの解明

枝廣龍哉, 白井雄也, 竹島雄介, 榊原修平, 山口勇太, 村上輝明, 森田貴義, 加藤保宏, Liu Yu-Chen, 元岡大祐 …

日本呼吸器学会誌 13(増刊) 166-166 2024年3月
シングルセル情報とゲノム情報の統合解析によるCOVID-19重症化メカニズムの解明

枝廣龍哉, 白井雄也, 竹島雄介, 榊原修平, 山口勇太, 村上輝明, 森田貴義, 加藤保宏, Liu Yu-Chen, 元岡大祐 …

日本呼吸器学会誌 13(増刊) 166-166 2024年3月
Genome-Wide association studyによる頭蓋内血管狭窄の遺伝的要因の探索

宮脇哲, 堂福翔吾, 曽根原究人, 今井英明, 清水暢裕, 本郷博貴, 新谷祐貴, 小原健太, 寺西裕, 岡野淳 …

脳循環代謝 35(1) 90-90 2023年11月
クローン性造血と新型コロナ感染症重症化リスクの関連性

佐伯龍之介, 枝廣龍哉, 曽根原究人, 王青波, 南宮湖, 田中拓, 阿瀬川周平, 中鉢正太郎, 難波真一, 山本賢一 …

日本血液学会学術集会 85回 51-51 2023年10月
クローン性造血が新型コロナ感染症の重症化リスクに与える影響(The impact of clonal hematopoiesis on the risk of severe COVID-19)

佐伯龍之介, 枝廣龍哉, 曽根原究人, 王青波, 南宮湖, 長谷川嵩矩, 南谷泰仁, 白石友一, 木村彰方, 井元清哉 …

日本癌学会総会記事 82回 1761-1761 2023年9月
シングルセル情報とゲノム情報の統合解析によるCOVID-19重症化メカニズムの解明

枝廣龍哉, 白井雄也, 竹島雄介, 榊原修平, 山口勇太, 村上輝明, 森田貴義, 加藤保宏, Yu-Chen Liu, 元岡大祐 …

日本薬理学会年会要旨集 97 1-B-S05-2 2023年
アレルゲンコンポーネント感作のゲノムワイド関連解析

笠井洸希, 森井航, 中村貴子, 林大輔, 原モナミ, 内藤龍彦, 内藤龍彦, 内藤龍彦, 曽根原究人, 曽根原究人 …

日本人類遺伝学会大会(CD-ROM) 67th 2022年

講演・口頭発表等

Genome-wide association and HLA fine-mapping analysis of Hunner-type interstitial cystitis identify predisposing class II HLA variants.

The American Society of Human Genetics Annual Meeting 2023 2023年11月2日
Genome-wide association and HLA fine-mapping analysis of Hunner-type interstitial cystitis identify risk HLA variants.

日本人類遺伝学会第68回大会（Human Genetics Asia 2023 合同開催） 2023年10月13日
Genome-wide association and HLA fine-mapping analysis of Hunner-type interstitial cystitis identify predisposing class II HLA variants.

The 14th International Workshop on Advanced Genomics 2023年10月4日
頭蓋内胚細胞腫瘍のゲノムワイド関連解析は遺伝的背景の解明を通じ、病因と疫学の理解に貢献する

曽根原究人, 木村由依, 中野嘉子, 小澤達也, 藤井隆司, 富山新太, 鈴木智成, 山口秀, 三輪点, 大江直行, 深井順也, 河村淳史, 市村幸一, 西川亮, 岡田随象, 寺島慶太

第82回日本癌学会学術総会 2023年9月21日招待有り
BAK1 遺伝子近傍のcommon non-coding deletion多型はエンハンサー活性を減弱させ、頭蓋内胚細胞腫瘍の遺伝的リスクに寄与する

曽根原究人, 木村由依, 中野嘉子, 小澤達也, 高橋めい子, 鈴木顕, 藤井隆司, 松下裕子, 富山新太, 岸川敏博, 山本賢一, 内藤龍彦, 鈴木智成, 山口秀, 三輪点, 佐々木光, 北川雅史, 大江直行, 深井順也, 荻原英樹, 河村淳史, 宮脇哲, 松田文彦, 清河信敬, 市村幸一, 西川亮, 岡田随象, 寺島慶太

日本人類遺伝学会第67回大会 2022年12月16日
Genome-wide association study of intracranial germ cell tumors: a common deletion at BAK1 attenuates the enhancer activity and confers risk for the rare disease

Kyuto Sonehara, Yui Kimura, Yoshiko Nakano, Tatsuya Ozawa, Meiko Takahashi, Ken Suzuki, Takashi Fujii, Yuko Matsushita, Arata Tomiyama, Tatsuhiro Kishikawa, Kenichi Yamamoto, Tatsuhiko Naito, Tomonari Suzuki, Shigeru Yamaguchi, Tomoru Miwa, Hikaru Sasaki, Masashi Kitagawa, Naoyuki Ohe, Junya Fukai, Hideki Ogiwara, Atsufumi Kawamura, Satoru Miyawaki, Fumihiko Matsuda, Nobutaka Kiyokawa, Koichi Ichimura, Ryo Nishikawa, Yukinori Okada, Keita Terashima

The American Society of Human Genetics Annual Meeting 2022 2022年10月27日
BAK1遺伝子近傍のnon-coding deletion多型はエンハンサー活性を減弱させ、頭蓋内胚細胞腫瘍の発症に寄与する

曽根原究人, 木村由依, 中野嘉子, 小澤達也, 藤井隆司, 富山新太, 鈴木智成, 山口秀, 三輪点, 大江直行, 深井順也, 河村淳史, 市村幸一, 西川亮, 岡田随象, 寺島慶太

第81回日本癌学会学術総会 2022年9月30日
全ゲノムシークエンスと小分子 RNAシークエンスを用いた網羅的microRNA-eQTL解析による、多因子疾患の発症に寄与するmicroRNA の同定

曽根原究人, 坂上沙央里, 前田悠一, 平田潤, 岸川敏博, 山本賢一, 松岡秀俊, 吉村麻衣子, 新居卓朗, 大島至郎, 熊ノ郷淳, 岡田随象

第7回日本骨免疫学会 2022年6月29日
Whole-genome and small RNA sequencing-based microRNA-eQTL mapping in Japanese elucidates variant-microRNA-disease connections.

Kyuto Sonehara, Saori Sakaue, Yuichi Maeda, Jun Hirata, Toshihiro Kishikawa, Kenichi Yamamoto, Hidetoshi Matsuoka, Maiko Yoshimura, Takuro Nii, Shiro Ohshima, Atsushi Kumanogoh, Yukinori Okada

The American Society of Human Genetics Annual Meeting 2021 2021年10月20日
全ゲノムシークエンスとsmall RNA-seqを用いた網羅的microRNA-eQTL解析による、多因子疾患の発症に寄与するmicroRNAの同定

曽根原究人, 坂上沙央里, 前田悠一, 平田潤, 岸川敏博, 山本賢一, 松岡秀俊, 吉村麻衣子, 新居卓朗, 大島至郎, 熊ノ郷淳, 岡田随象

日本人類遺伝学会第66回大会 2021年10月14日
SNP streakモデルによるノンパラメトリック連鎖解析ツールObeliscの開発

曽根原究人, 岡田随象

日本人類遺伝学会第65回大会 2020年11月18日
Obelisc: an identical-by-descent mapping tool based on SNP streak.

Kyuto Sonehara, Yukinori Okada

The American Society of Human Genetics Annual Meeting 2020 2020年10月28日

担当経験のある科目(授業)

共同研究・競争的資金等の研究課題

脳血管のゲノム解析と血流解析の統合による脳血管障害発症に至る軌跡の解明と診療応用を目指す研究

AMED ゲノム研究を創薬等出口に繋げる研究開発プログラム 2024年1月 - 2026年3月

鎌谷洋一郎, 大島まり, 太田信, 安西眸, 二宮利治, 松田文彦, 猪原匡史, 松田浩一, 木下賢吾, 鄭銀強, 小林匡治, 小林啓之, 中冨浩文, 下山隆, 曽根原究人
ショート＆ロングリード技術を駆使したゲノムワイドな疾患感受性構造多型の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2023年4月 - 2025年3月

曽根原究人

産業財産権

特願2021-140666 ２型糖尿病・大腸がんを検査する方法

岡田随象, 曽根原究人, 坂上沙央里

メディア報道

東大・名古屋市立大・阪大・理研、不育症（習慣流産）の発症に関わる遺伝子を発見

日本経済新聞 2024年7月インターネットメディア
東京大、不育症（習慣流産）の発症に関わる遺伝子の発見――生殖免疫学と細胞接着分子の関与が明らかに――

日経バイオテク 2024年7月インターネットメディア
東大・阪大・理研・杏林大・金沢大、指定難病間質性膀胱炎（ハンナ型）の遺伝的背景を解明

日本経済新聞 2023年7月インターネットメディア
大阪大、アジア人集団における遺伝的多型がマイクロRNA発現に及ぼす影響のカタログを作成

日経バイオテク 2022年2月インターネットメディア

曽根原究人

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

受賞

論文

MISC

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

共同研究・競争的資金等の研究課題

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