坂田克己 (Katsumi Sakata) - マイポータル

基本情報

所属: 前橋工科大学工学部生命情報学科教授
: 放射線医学総合研究所協力研究員

学位: 博士(工学)(慶応義塾大学)

J-GLOBAL ID: 200901047661229599
researchmap会員ID: 0000200284

外部リンク: https://www.acoffice.jp/mithp/KgApp?resId=S000036

研究キーワード

研究分野

学歴

1979年4月 - 1981年3月

慶應義塾大学, 大学院工学研究科
1975年4月 - 1979年3月

慶應義塾大学, 工学部

論文

An Information-Theoretic Model for Managing Predator–Prey Ecosystems Facing Climate Changes

Katsumi Sakata, Ramesh Katam, Toshiyuki Saito, Hajime Ohyanagi, Setsuko Komatsu

International Journal on Advances in Life Sciences 12 10-15 2020年6月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Proteomics, physiological, and biochemical analysis of cross tolerance mechanisms in response to heat and water stresses in soybean

Katam R, Shokri S, Murthy N, Singh SK, Suravajhala P, Khan MN, Bahmani M, Sakata K, Reddy KR

PLOS ONE 2020年6月査読有り
An integrated approach of proteomics and computational genetic modification effectiveness analysis to uncover the mechanisms of flood tolerance in soybeans

Xin Wang, Katsumi Sakata, Setsuko Komatsu

International Journal of Molecular Sciences 19(5) 2018年5月1日査読有り
Integration of gel-based and gel-free proteomic data for functional analysis of proteins through Soybean Proteome Database

Setsuko Komatsu, Xin Wang, Xiaojian Yin, Yohei Nanjo, Hajime Ohyanagi, Katsumi Sakata

JOURNAL OF PROTEOMICS 163 52-66 2017年6月査読有り
An Integrated Computational Approach for Plant-Based Protein Tyrosine Phosphatase Non-Receptor Type 1 Inhibitors

Shabana Bibi, Katsumi Sakata

CURRENT COMPUTER-AIDED DRUG DESIGN 13(4) 319-335 2017年査読有り
Proteomic analysis of soybean root exposed to varying sizes of silver nanoparticles under flooding stress

Ghazala Mustafa, Katsumi Sakata, Setsuko Komatsu

JOURNAL OF PROTEOMICS 148 113-125 2016年10月査読有り
Loss of variation of state detected in soybean metabolic and human myelomonocytic leukaemia cell transcriptional networks under external stimuli

Katsumi Sakata, Toshiyuki Saito, Hajime Ohyanagi, Jun Okumura, Kentaro Ishige, Harukazu Suzuki, Takuji Nakamura, Setsuko Komatsu

SCIENTIFIC REPORTS 6 35946 2016年10月査読有り
Quantitative proteomic analysis of post-flooding recovery in soybean root exposed to aluminum oxide nanoparticles

Farhat Yasmeen, Naveed Iqbal Raja, Ghazala Mustafa, Katsumi Sakata, Setsuko Komatsu

JOURNAL OF PROTEOMICS 143 136-150 2016年6月査読有り
Comparative leaf proteomics of drought-tolerant and -susceptible peanut in response to water stress

Ramesh Katam, Katsumi Sakata, Prashanth Suravajhala, Tibor Pechan, Devaiah M. Kambiranda, Karamthot Sivasankar Naik, Baozhu Guo, Sheikh M. Basha

JOURNAL OF PROTEOMICS 143 209-226 2016年6月査読有り
Insights into the proteomic response of soybean towards Al₂O₃, ZnO, and Ag nanoparticles stress.

Hossain Z, Mustafa G, Sakata K, Komatsu S

Journal of hazardous materials 304 291-305 2016年3月査読有り
Gel-free/label-free proteomic analysis of root tip of soybean over time under flooding and drought stresses

Xin Wang, MyeongWon Oh, Katsumi Sakata, Setsuko Komatsu

JOURNAL OF PROTEOMICS 130 42-55 2016年1月査読有り
Current Status of Computer-Aided Drug Design for Type 2 Diabetes

Shabana Bibi, Katsumi Sakata

Current Computer-Aided Drug Design 12(2) 167-177 2016年査読有り
Proteomic analysis of flooded soybean root exposed to aluminum oxide nanoparticles

Ghazala Mustafa, Katsumi Sakata, Setsuko Komatsu

JOURNAL OF PROTEOMICS 128 280-297 2015年10月査読有り
Proteomic Analysis of Phosphoproteins in the Rice Nucleus During the Early Stage of Seed Germination

Ming Li, Xiaojian Yin, Katsumi Sakata, Pingfang Yang, Setsuko Komatsu

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH 14(7) 2884-2896 2015年7月査読有り
Proteomic study on the effects of silver nanoparticles on soybean under flooding stress

Ghazala Mustafa, Katsumi Sakata, Zahed Hossain, Setsuko Komatsu

JOURNAL OF PROTEOMICS 122 100-118 2015年6月査読有り
Proteomic analysis of canola root inoculated with bacteria under salt stress

Farzad Banaei-Asl, Au Bandehagh, Ebrahim Dorani Uliaei, Davoud Farajzadeh, Katsumi Salzata, Ghazala Mustafa, Setsuko Komatsu

JOURNAL OF PROTEOMICS 124 88-111 2015年6月査読有り
Proteomic analysis of soybean hypocotyl during recovery after flooding stress

Mudassar Nawaz Khan, Katsumi Saizata, Setsulzo Komatsu

JOURNAL OF PROTEOMICS 121 15-27 2015年5月査読有り
‘Omics’ techniques and their use to identify how soybean responds to flooding

Komatsu S, Sakata K, Nanjo Y

Journal of Analytical Science and Technology 6 9 2015年3月査読有り
Advances in proteomics and bioinformatics in agriculture research and crop improvement

Katam K, Jones KA, Sakata K

Journal of Proteomics & Bioinformatics 8 3 2015年2月査読有り
System-wide analysis of the transcriptional network of human myelomonocytic leukemia cells predicts attractor structure and phorbol-ester-induced differentiation and dedifferentiation transitions

Katsumi Sakata, Hajime Ohyanagi, Shinji Sato, Hiroya Nobori, Akiko Hayashi, Hideshi Ishii, Carsten O. Daub, Jun Kawai, Harukazu Suzuki, Toshiyuki Saito

SCIENTIFIC REPORTS 5 8283 2015年2月査読有り

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講演・口頭発表等

119

冠水下のダイズの生長に及ぼす植物由来煙水の影響の大規模オミクス解析－代謝マップ上への画像情報処理の融合

手林大介, 海野聖斗, 坂田克己, 今井裕之, 上村松生, 小松節子

第42回日本分子生物学会年会（1P-0056） 2019年12月
ストレス下のダイズのオミクス統合ネットワークから展開する技術

小松節子, 坂田克己

日本プロテオーム学会2019年大会 2019年7月
A Mathematical Model for Predator–Prey Ecosystems Facing Climate Changes

坂田克己

BIOTECHNO 2019 : The Eleventh International Conference on Bioinformatics, Biocomputational Systems and Biotechnologies (awarded) 2019年6月
気候変動下の捕食者-被食者生態系の数理モデル構築とシミュレーション

坂田克己

日本応用数理学会 2019年研究部会連合発表会 2019年3月
ヒト転写とダイズ代謝反応の外部刺激に対する応答－デジタル物理学的モデルによる一般化

坂田克己, 大柳一, 齋藤俊行, 小松節子

第41回日本分子生物学会年会 2018年11月
Information flow analysis of genetic regulatory systems

Sakata K, Saito T, Ohyanagi H, Asahi S, Sato D, Morikawa Y, Komatsu S

SIAM Annual Meeting 2018年7月
ダイズプロテオームデータベース：電気泳動を基盤にした手法と質量分析計を基盤にした手法から得られたタンパク質データの統合

坂田克己, 大柳一, 杉本和彦, 小松節子

トーゴーの日シンポジウム 2017年10月
生物相互作用ネットワークの動特性解析

坂田克己, 新堀航大, 大柳一, 朝日頌, 佐藤大輝, 森川雄太, 齋藤俊行

日本応用数理学会年会 2017年9月
Information transfer-model interprets loss of control capability in biological systems under external stimuli

Sakata K, Ohyanagi H, Saito T

The IV International AMMCS Interdisciplinary Conference (in Waterloo, Canada) 2017年8月
A stability analysis of the biological networks, transcriptional network, neural circuit and ecosystem

Sakata K

SIAM Conferences on the Life Sciences (in Boston) 2016年7月
生命系ネットワークの安定性に関する解析研究

山下祥平, 藤枝舜祐, 坂田克己

情報処理学会第78回全国大会，4Z-01 2016年3月
汎生物ネットワーク的な動特性の解析

坂田克己, 大柳一, 齋藤俊行

日本応用数理学会研究部会連合発表会 2015年3月
A characteristic structure in metabolic network induces self-organization responding to flooding stress in soybean

Sakata K

BHI 2013 in Maebashi, B251 2013年10月
植物遺伝子の発現ネットワーク推定法

昇博也, 三井重之, 長村吉晃, ANTONIO Baltazar A, 小松節子, 西林双龍, 渡辺克昭, 坂田克己

情報処理学会研究報告 2006年12月21日
時系列データからの植物遺伝子ネットワークのロバストな推定

三井重之, 昇博也, 西林双龍, 長村吉晃, ANTONIO Baltazar A, 小松節子, 渡辺克昭, 坂田克己

情報科学技術フォーラム 2006年8月21日
時系列発現データによるタンパク質相互作用解析手法の検討（共著）

第2回植物プロテオーム研究の最前線シンポジウム、ポスター発表 2006年
The RGP rice genome annotation database（共著）

International Rice Functional Genomics Meeting in Tucson, Nov. 15-17 2004年
遺伝子発現ネットワーク推定システムの構築（共著）

第27回日本分子生物学会年会 2004年
コンピュータによるイネ遺伝子の機能予測システム（GFSelector）

第5回ミレニアム植物科学研究報告会（21世紀に期待される植物科学研究－ミレニアム植物科学研究プロジェクトの総括と展望－）、ポスター発表 2004年
Rice Annotation Database (RAD): a Contig-oriented Database for Map-based Informatics（共著）

7th International Congress of Plant Molecular Biology 2003年

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書籍等出版物

Plant proteomics: from genome sequencing to proteome databases and repositories.

Sakata K, Komatsu S

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 1072 29-42 2014年
Advances in proteomics research for peanut genetics and breeding in peanut. In Mallikarjuna N. et al. eds. Genetics, genomics and breeding of peanuts.

Katam R, Gottschalk V, Survajahala P, Brewster G, Paxton P, Sakata K

CRC Press, Florida 2014年
Mining knowledge from omics data. In Kishor P.B.K. et al. eds. Agricultural bioinformatics.

Sakata K, Nakamura T, Komatsu S

Springer, New York 2014年

共同研究・競争的資金等の研究課題

汎ネットワークな生命系の秩序形成

科研費（基盤C）代表 2016年4月 - 2020年3月
オミクス統合シミュレィションを基軸にしたダイズ出芽期に耐湿性を付与する技術の開発

科研費（基盤B）分担 2015年4月 - 2018年3月
汎ネットワーク初期化機構の探索研究

科研費（挑戦的萌芽研究）代表 2014年4月 - 2017年3月

所属学協会

MISC

ダイズ代謝系シミュレイションモデルは耐湿性関連遺伝子の絞り込みに有効である

小松節子, 坂田克己, 中村卓司, MUSTAFA Gazara

農研機構次世代作物開発研究センター成果情報(Web) 2016 2016年
ダイズプロテオームデータベースは湿害関連タンパク質の検出に有用である

小松節子, 中村卓司, 中山則和, 平賀勧, 山本亮, 島村聡, 南條洋平, 大柳一, 坂田克己

農研機構作物研究所成果情報(Web) 2008 2008年
ダイズ出芽時の冠水処理により変動する遺伝子群のトランスクリプトーム解析

南條洋平, 山本亮, 橋口晶子, 島村聡, 中村卓司, 三上陽司, 湯野川春信, 坂田克己, 小松節子

生化学 4P-1249 2008年
イネゲノム情報を基盤としたアノテーションシステム(RiceGAAS/GFSelector):遺伝子オントロジー自動解析を含む機能拡充

坂田克己, 伊川浩司, 渡辺博之, 芦川育夫, 清水裕司, 堀内郁雄, ANTONIO Baltazar A, 沼寿隆, 長村吉晃, 松本隆

生化学 2P-1381 2007年
植物遺伝子の発現ネットワーク推定法

昇博也, 小松節子, 三井重之, 西林双龍, 長村吉晃, 渡辺克昭, アントニオバルタザールオ, 坂田克己

情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） 2006(135) 143-147 2006年12月22日
イネの遺伝子の発現に係わるCpGアイランド様ゲノム領域

芦川育夫, 沼寿隆, 坂田克己

作物研究成果情報 2005 158-159 2006年11月30日
H_018 時系列データからの植物遺伝子ネットワークのロバストな推定(H分野:生体情報科学)

三井重之, 昇博也, 西林双龍, 長村吉晃, バルタザールアントニオ, 小松節子, 渡辺克昭, 坂田克己

情報科学技術フォーラム一般講演論文集 5(2) 429-430 2006年8月21日
いもち病感染初期遺伝子応答のマイクロアレイを用いた解析

日比忠晴, 岩井孝尚, 黒田克史, 佐々木克友, 矢崎潤史, 石川雅弘, 藤井文子, 真保佳納子, 島谷善平, 長田夕子 …

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集 45 S141-S141 2004年
イネゲノム自動アノテーションシステムRiceGAASの現状:2003

沼寿隆, 長村吉晃, BALTAZAR A A, 井戸沼淳子, 坂田克己, 清水裕司, 堀内郁雄, 伊川浩司, 松本隆

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 26th 676 2003年11月25日
Transcriptomic analysis of metabolic changes by phosphorus stress in rice plant roots

J Wasaki, R Yonetani, S Kuroda, T Shinano, J Yazaki, F Fujii, K Shimbo, K Yamamoto, K Sakata, T Sasaki …

PLANT CELL AND ENVIRONMENT 26(9) 1515-1523 2003年9月
(2)イネcDNAマイクロアレイを用いたいもち病菌接種後の宿主遺伝子の発現解析(平成15年度日本植物病理学会大会講演要旨)

西澤洋子, 倉野洋子, 岩野正敬, 中島恵美, 田切明美, 秋本千春, 南栄一, 矢崎潤史, 石川雅弘, 藤井文子 …

日本植物病理學會報 69(3) 233-233 2003年8月25日
DNAマイクロアレイによるキチンオリゴ糖エリシター応答性イネ遺伝子の解析

秋本千春, デイロバート, 坂田克己, 矢崎潤史, 中村桂子, 藤井文子, 真保佳納子, 山本公子, 佐々木卓治

農業生物資源研究所主要な研究成果 2002 2003年
イネ第1染色体のバイオインフォマティックス

柴田未知恵, 井戸沼淳子, 増川正敏, ANTONIO Baltazar, 伊藤裕一, 山本麻裕, 並木信和, 松本隆, 坂田克己, 佐々木卓治

育種学研究 = Breeding research 4 275-275 2002年8月26日
イネの低温ストレス応答性遺伝子群の網羅的解析

菅原正士, 山田稔子, 矢崎潤史, 藤井文子, 真保佳納子, 山本公子, 坂田克巳, 佐々木卓治, 岸本直己, 菊池尚志 …

育種学研究 = Breeding research 4 104-104 2002年8月26日
耐冷性の異なるイネ準同質遺伝子系統の穂ばらみ期における遺伝子発現モニタリング

佐藤裕, 松葉修一, 邑上豊隆, 川口健太郎, 船附秀行, 矢崎潤史, 藤井文子, 真保佳納子, 島谷善平, 長田夕子 …

育種学研究 = Breeding research 4 105-105 2002年8月26日
(83)イネcDNAマイクロアレイを用いたエチレンシグナル伝達関連遺伝子の発現解析(平成14年度日本植物病理学会大会講演要旨)

日比忠晴, 佐々木克友, 小杉俊一, 三江崇, 平賀勧, 伊藤浩之, 松井博和, 矢崎潤史, 藤井文子, 真保佳納子 …

日本植物病理學會報 68(2) 178-178 2002年8月25日
イネ第1染色体配列解読の終了

松本隆, 片寄裕一, 水野浩志, 沼寿隆, 坂田克己

農業生物資源研究所主要な研究成果 2001 30-31 2002年5月
イネ第1染色体ゲノム構造とその特徴

井戸沼淳子, 増川正敏, ANTONIO B. A., 柴田未知恵, 伊藤裕一, 松本隆, 坂田克己, 佐々木卓治

育種学研究 = Breeding research 4(1) 77-77 2002年3月30日
耐塩性品種ポッカリにおけるcDNAマイクロアレイの時間的変動

秋吉美穂, 遠藤昇, 吉田光毅, 矢崎潤史, 中村桂子, 藤井文子, 真保佳納子, 島谷善平, 長田夕子, 橋本晶子 …

育種学研究 = Breeding research 4(1) 49-49 2002年3月30日
イネにおける環境感応性雄性不稔の遺伝子発現解析 II. cDNA マイクロアレイにより得られた障害型冷害過程の遺伝子発現パターンのクラスタリング

川浦香奈子, 矢崎潤史, 藤井文子, 真保佳納子, 島谷善平, 長田夕子, 橋本晶子, 太田智弥, 佐藤友紀, 本多幸子 …

育種学研究 = Breeding research 4(1) 48-48 2002年3月30日

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