藤井 浩

バイオインフォマティクスを基盤として、果樹を対象とするゲノム情報学および育種基盤研究に取り組んでいる。DNAマーカー、マイクロアレイ、SNPジェノタイピングアレイの開発と解析を通じて、品種識別、系譜解析、遺伝的多様性評価、ならびに育種支援技術の高度化を進めてきた。また、DNAマーカーに基づく品種識別法の構築に加え、その実用化を支える解析ソフトウェアの開発にも携わっている。カンキツにおいては、SNPマーカー解析により、在来種であるウンシュウミカンの両親がキシュウミカン（種子親）とクネンボ（花粉親）であることを明らかにし、その起源解明に貢献した。さらに、ウンシュウミカンの全ゲノム情報、カンキツの多型情報、CAPSマーカー情報を統合した Mikan Genome Database（MiGD）の開発・公開にも研究チームの一員として参画した。近年は、長鎖リードシーケンシングを活用したアレルレベルの解析へと研究を展開し、二倍体カンキツ品種を対象とした遺伝子単位の de novo アレルフェージングおよび変異検出パイプライン AlleleMiner の開発と応用に取り組んでいる。これを通じて、果実品質や有用形質に関与するアレル多様性の精緻な理解と、その育種学的活用の高度化を目指している。