NAGATA Yuji

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Name
NAGATA Yuji
E-mail
aynagaige.tohoku.ac.jp
URL
http://db.tohoku.ac.jp/whois/e_detail/bbfea0f017b5875488350032e1157cce.html
Affiliation
Tohoku University
Section
Graduate School of Life Sciences Department of Environmental Life Sciences Division of Microbial Evolution and Function Research
Job title
Professor

Research Areas

 
 

Awards & Honors

 
Apr 2000
環境を汚染する有機塩素系農薬gamma-HCHの微生物代謝系の解明, 農芸化学奨励賞, 日本農芸化学会
 
May 2003
細菌由来の有機塩素系環境汚染物質分解酵素の蛋白質工学的及び分子生態学的研究, インテリジェント・コスモス奨励賞, インテリジェント・コスモス学術振興財団
 
Feb 2015
Biotechnologies using dehalogenases, Siemens Innovation Prize 2014 in Czech Republic, Siemens
Winner: Zbynek Prokop, Yuji Nagata
 
Oct 2004
環境汚染物質分解に関わる脱ハロゲン酵素遺伝子の自然生態系からの直接的取得と解析, 東北大学大学院生命科学研究科内研究奨励賞, 東北大学大学院生命科学研究科
 

Published Papers

 
Kishida K, Inoue K, Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M
Appl. Environ. Microbiol.   85(1) e02359-16   2017   [Refereed]
Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M
Scientific Reports   7 41769   2017   [Refereed]
Complete genome sequence of Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 122, a nitrogen-fixing soybean symbiont
Sugawara M, Tsukui T, Kaneko T, Ohtsubo Y, Sato S, Nagata Y, Tsuda M, Mitsui H, Minamisawa K
Genome A   5 e01743-16   2017   [Refereed]
Compounds that enhance the tailing activity of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase
Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M
Scientific Reports   7 6520   2017   [Refereed]
The small protein HemP is a transcriptional activator for the hemin uptake operon in Burkholderia multivorans ATCC 17616
Sato T, Nonoyama S, Kimura A, Nagata Y, Ohtsubo Y, Tsuda M
Appl. Environ. Microbiol.   83 e00479-17   2017   [Refereed]
Minami T, Ohtsubo Y, AndaM, Nagata Y, Tsuda M, Mitsui H, Sugawara M, Minamisawa K
Genome Announcements   4 e00144-16   2016   [Refereed]
Tabata M, Ohhata S, Nikawadori Y, Sato T, Kishida K, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y
Genome Announcements   4 e00246-16   2016   [Refereed]
Tabata M, Ohhata S, Kawasumi T, Nikawadori Y, Kishida K, Sato T, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y
Genome Announcements   4 e00247-16   2016   [Refereed]
Ohtsubo, Y, Nonoyama S, Ogawa N, Kato H, Nagata Y, Tsuda M
J Biotechnol.   228 67-68   2016   [Refereed]
Ohtsubo, Y, Nonoyama S, Nagata Y, Numata M, Tsuchikane, K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, and Kawai F
Genome A   4 e00529-16   2016   [Refereed]

Misc

 
Nagata Y, Tabata M, Ohtsubo, Y, Tsuda M
Manual of Environmental Microbiology, 4th Edition      2015
Nagata Y, Ohtsubo, Y, Tsuda M
Applied Microbiology and Biotechnology   99 9865-9881   2015
Nagata Y, Tabata M, Ohhata S, Tsuda M
Biodegradative Bacteria      2014
Ohtsubo Y, Nishiyama E, Ishibashi Y, Nagata Y, Tsuda M
Biodegradative Bacteria      2014
機能相補による芳香族化合物複合汚染土壌からの新規分解酵素遺伝子の検索
永山浩史、菅原智詞、遠藤諒、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
Journal of Environmental Biotechnology   13(1) 51-56   2013
佐藤優花里、夏目亮、Zbynek Prokop, Jan Brezovsky, Radka Chaloupkova, Jiri Damborsky、永田裕二、千田俊哉
日本結晶学会誌   53 124-129   2011
大坪嘉行、大坪和香子、永田裕二、津田雅孝
化学と生物   48(5) 313-319   May 2010
環境バイオテクノロジー学会シンポジウム「生態機能と環境保全」
永田裕二
微生物生態学会誌   25(2) 77-78   2010
芳香族化合物による土壌撹乱における微生物遺伝子プールの変動
加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
環境バイオテクノロジー学会誌   10(2) 63-70   2010
特集「土壌環境での細菌の生き様を探る」によせて
永田裕二
日本生物工学会誌   87(9) 418   Sep 2009

Books etc

 
DNA Traffic in the Environment
Nagata Y, Kato H, Ohtsubo, Y, Tsuda M (Part:Joint Work, Chapter 9)
Springer   Feb 2019   
Mobile genetic elements involved in the evolution of bacteria that degrade recalcitrant xenobiotic compounds
酵素利用技術体系
永田裕二、津田雅孝 (Part:Joint Work)
エヌ・ティー・エス   Apr 2010   
難培養性微生物研究の最新技術II
永田裕二、津田雅孝 (Part:Joint Work, 環境汚染物質分解細菌のメタゲノミクス pp 211-219)
シーエムシー出版   Apr 2010   
マリンメタゲノムの有効利用
永田裕二、津田雅孝 (Part:Joint Work, カイメン共在細菌メタゲノム中の環境汚染物質分解酵素遺伝子相同配列の解析 pp 166-178)
シーエムシー出版   Jul 2009   
バイオフィルムの基礎と制御
永田裕二、津田雅孝 (Part:Joint Work, 難培養性細菌も研究対象とするメタゲノム解析 pp 103-111)
株式会社エヌ・ティー・エス   Feb 2008   
農芸化学の事典
鈴木昭憲,荒井綜一編集 (Part:Joint Work, 部分執筆)
朝倉書店   Oct 2003   
人に役立つ微生物のはなし(くらしの中の化学と生物8)
永田裕二,遠藤銀朗 (Part:Joint Work, pp17-58)
学会出版センター   Dec 2002   
微生物による環境修復・環境浄化
バイオテクノロジーの流れ-過去から未来へ-
斉藤日向,太田隆久,高木正道(編集) (Part:Joint Work, 部分執筆)
Jun 1996   
バイオレメディエーションの実際技術
永田裕二,高木正道
シーエムシー, 東京   Jun 1996   
微生物による農薬分解技術
Molecular Biology of Pseudomonads
Nagata, Y., M. Fukuda, K. Miyauchi and M. Takagi
American Society for Microbiology, Washington, DC   Jun 1996   
Genes and Enzymes for γ-Hexachlorocyclohexane Degradation in Sphingomonas paucimobilis UT26

Conference Activities & Talks

 
Evolution of Bacteria Degrading Highly Recalcitrant Environmental Pollutants [Invited]
NAGATA Yuji
Special seminar at University of Hyderabad   20 Feb 2018   
Haloalkane dehalogenases in bacteria [Invited]
NAGATA Yuji
Pacifichem 2015「Enzymes Essential to Biosphere Health: Bioremediation and Biogeochemical Cycling」   19 Dec 2015   

Research Grants & Projects

 
Study on Biodegradation of γ-hexachlorocyclohexane
Project Year: Jun 1991 - Today
Study on biodegradation of polychlorinated biphenyls
Project Year: Jun 1991 - Today

Patents

 
特許第4793947号 : ハロアルカンデハロゲナーゼを使用するイペリットの解毒方法
プロコプ, ズビーネク、ダンボルスキー, ジリー、オプルスティル, フランティシェク、イェセンスカー, アンドレア、ナガタ, ユウジ

Others

 
Apr 2008   POPsやその候補化合物を分解する微生物酵素・遺伝子の探索と解析
環境修復に有効な組換え植物の作製のために、POPs等の有機塩素系化合物を分解する微生物酵素遺伝子を取得する。
Apr 2005   難分解性化合物分解酵素を支配する新規遺伝子の未利用土壌遺伝資源からの取得と解析
土壌環境から培養過程を経ずに難分解性物質分解酵素遺伝子を取得する方法を確立し、実際に有害化学物質の除去に有効な酵素遺伝子の取得を試みた。