岡本祐幸 (Yuko Okamoto) - マイポータル

基本情報

所属: 名古屋大学大学院理学研究科物質理学専攻教授

学位: 理学士ー理学修士(ブラウン大学)
理学博士(コーネル大学)
Bachelor of Science - Master of Science (B.S.-M.S.)(Brown University)
Doctor of Philosophy (Ph.D.)(Cornell University)

研究者番号: 70185487
J-GLOBAL ID: 200901030728675050
researchmap会員ID: 1000033723

外部リンク: https://www.phys.nagoya-u.ac.jp/list/HPtemplate/HPtemplate_Okamoto_j.pdf

研究キーワード

経歴

2011年4月 - 現在

名古屋大学, 大学院工学研究科附属計算科学連携教育研究センター, 教授
2010年6月 - 現在

名古屋大学, 情報基盤センター大規模計算支援環境研究部門／情報基盤, 教授
2007年2月 - 現在

名古屋大学, 附属構造生物学研究センター, 教授
2007年2月 - 現在

名古屋大学, 大学院理学研究科附属構造生物学研究センター, 教授
2005年4月 - 現在

名古屋大学大学院理学研究科物質理学専攻（物理系）教授
2004年4月 - 現在

名古屋大学, 大学院理学研究科物質理学専攻, 教授
2012年1月 - 2012年3月

仏国物理化学生物学研究所客員研究員
2011年7月 - 2011年12月

英国ケンブリッジ大学化学科客員教授
2011年4月 - 2011年6月

伊国有機金属化合物化学研究所客員研究員
1995年10月 - 2005年3月

総合研究大学院大学数物科学研究科機能分子科学専攻助教授（併任）
1995年4月 - 2005年3月

岡崎国立共同研究機構（現自然科学研究機構）分子科学研究所理論研究系助教授
2004年3月

名古屋大学, 大学院理学研究科物質理学専攻, 教授
1993年5月 - 1995年3月

奈良女子大学理学部物理学科助教授
1994年3月 - 1994年5月

米国ミネソタ大学ドゥルース校理学部物理学科客員准教授（大学院の電磁気学の講義を担当）
1986年4月 - 1993年5月

奈良女子大学理学部物理学科助手
1992年4月 - 1993年1月

米国スタンフォード大学線型加速器研究センター客員研究員
1984年9月 - 1986年3月

米国バージニア工科大学理学部物理学科博士研究員

論文

260

N⁺-C-H···O Hydrogen bonds in protein-ligand complexes

Yukihiro Itoh, Yusuke Nakashima, Shuichiro Tsukamoto, Takashi Kurohara, Miki Suzuki, Yoshitake Sakae, Masayuki Oda, Yuko Okamoto, Takayoshi Suzuki

Scientific Reports 9(1) 2019年12月1日
Conformational Change of Amyloid-beta 40 in Association with Binding to GM1-Glycan Cluster

Tachi Yuhei, Okamoto Yuko, Okumura Hisashi

SCIENTIFIC REPORTS 9 2019年5月2日
Structural Analysis of a Trimer of β2-Microgloblin Fragment by Molecular Dynamics Simulations

N. Nishikawa, Y. Sakae, T. Gouda, Y. Tsujimura, Y. Okamoto

Biophysical Journal 116 781-790 2019年3月5日査読有り
Two polyhedral frameworks of an M12L24 spherical complex revealed by replica-exchange molecular dynamics simulations

Tachi Yuhei, Sato Sota, Yoneya Makoto, Fujita Makoto, Okamoto Yuko

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 714 185-189 2019年1月16日
Determination of the Structural Ensemble of the Molten Globule State of a Protein by Computer Simulations

M. Shimizu, Y. Kajikawa, K. Kuwajima, C.M. Dobson, Y. Okamoto

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics in press 2019年査読有り
Enhanced Sampling Method in Molecular Simulations Using Genetic Algorithm for Biomolecular Systems

Y. Sakae, J. E. Straub, Y. Okamoto

Journal of Computational Chemistry 40 475-481 2018年11月10日査読有り
Conformational properties of an artificial GM1 glycan cluster based on a metal-ligand complex

Tachi Yuhei, Okamoto Yuko, Okumura Hisashi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 149(13) 2018年10月7日
Quantum chemical replica-exchange umbrella sampling molecular dynamics simulation reveal the formation mechanism of iron phthalocyanine iron and phthalonitrile

Ito Shingo, Wang Ying, Okamoto Yuko, Irle Stephan

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 149(7) 2018年8月21日
Implementation of replica-exchange umbrella sampling in GAMESS

Shingo Ito, Dmitri G. Fedorov, Yuko Okamoto, Stephan Irle

Computer Physics Communications 228 152-162 2018年7月1日
Computational analysis for selectivity of histone deacetylase inhibitor by replica-exchange umbrella sampling molecular dynamics simulations

Shuichiro Tsukamoto, Yoshitake Sakae, Yukihiro Itoh, Takayoshi Suzuki, Yuko Okamoto

Journal of Chemical Physics 148(12) 2018年3月28日
Structure-function insights into direct lipid transfer between membranes by Mmm 1-Mdm 12 of ERMES

Shin Kawano, Yasushi Tamura, Rieko Kojima, Siqin Bala, Eri Asai, Agnès H. Michel, Benoît Kornmann, Isabelle Riezman, Howard Riezman, Yoshitake Sakae …

Journal of Cell Biology 217(3) 959-974 2018年3月1日
Conformational effects of N-glycan core fucosylation of immunoglobulin G Fc region on its interaction with Fcγ receptor IIIa

Y. Sakae, T. Satoh, H. Yagi, S. Yanaka, T. Yamaguchi, Y. Isoda, S. Iida, Y. Okamoto, K. Kato

Scientific Reports 7(1) 13780-13780 2017年10月23日査読有り
Conformational changes of ubiquitin under high pressure conditions: A pressure simulated tempering molecular dynamics study

Mori Yoshiharu, Okamoto Yuko

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 38(15) 1167-1173 2017年6月5日
Conformational changes of ubiquitin under high pressure conditions: A pressure simulated tempering molecular dynamics study

Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 38(15) 1167-1173 2017年6月
Two major stable structures of amyloid-forming peptides: amorphous aggregates and amyloid fibrils

Naohiro Nishikawa, Yoshitake Sakae, Takuya Gouda, Yuichiro Tsujimura, Yuko Okamoto

MOLECULAR SIMULATION 43(13-16) 1370-1376 2017年
Two major stable structures of amyloid-forming peptides: amorphous aggregates and amyloid fibrils

Naohiro Nishikawa, Yoshitake Sakae, Takuya Gouda, Yuichiro Tsujimura, Yuko Okamoto

MOLECULAR SIMULATION 43(13-16) 1370-1376 2017年査読有り
Modeling N-15 NMR chemical shift changes in protein backbone with pressure

Giovanni La Penna, Yoshiharu Mori, Ryo Kitahara, Kazuyuki Akasaka, Yuko Okamoto

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 145(8) 085104 (12 pages) 2016年8月査読有り
Implementation of replica-exchange umbrella sampling in the DFTB plus semiempirical quantum chemistry package

Shingo Ito, Stephan Irle, Yuko Okamoto

COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS 204 1-10 2016年7月査読有り
巻頭言：計算生物物理学の将来

岡本祐幸

日本生物物理学会誌 56(2) 75-75 2016年
分子動力学シミュレーションによる医学・創薬に向けたタンパク質の構造解析

榮慶丈, 西川直宏, 塚本修一朗, 鈴木孝禎, 岡本祐幸

YAKUGAKU ZASSHI 136 113-120 2016年査読有り

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MISC

255

Conformational properties of an artificial GM1 glycan cluster based on a metal-ligand complex

Tachi Yuhei, Okamoto Yuko, Okumura Hisashi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 149(13) 2018年10月7日
Quantum chemical replica-exchange umbrella sampling molecular dynamics simulation reveal the formation mechanism of iron phthalocyanine iron and phthalonitrile

Ito Shingo, Wang Ying, Okamoto Yuko, Irle Stephan

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 149(7) 2018年8月21日
Implementation of replica-exchange umbrella sampling in GAMESS

Shingo Ito, Dmitri G. Fedorov, Yuko Okamoto, Stephan Irle

Computer Physics Communications 228 152-162 2018年7月1日
Computational analysis for selectivity of histone deacetylase inhibitor by replica-exchange umbrella sampling molecular dynamics simulations

Shuichiro Tsukamoto, Yoshitake Sakae, Yukihiro Itoh, Takayoshi Suzuki, Yuko Okamoto

Journal of Chemical Physics 148(12) 2018年3月28日
Structure-function insights into direct lipid transfer between membranes by Mmm 1-Mdm 12 of ERMES

Shin Kawano, Yasushi Tamura, Rieko Kojima, Siqin Bala, Eri Asai, Agnès H. Michel, Benoît Kornmann, Isabelle Riezman, Howard Riezman, Yoshitake Sakae …

Journal of Cell Biology 217(3) 959-974 2018年3月1日
Conformational effects of N-glycan core fucosylation of immunoglobulin G Fc region on its interaction with Fcγ receptor IIIa

Y. Sakae, T. Satoh, H. Yagi, S. Yanaka, T. Yamaguchi, Y. Isoda, S. Iida, Y. Okamoto, K. Kato

Scientific Reports 7(1) 13780-13780 2017年10月23日査読有り
Conformational changes of ubiquitin under high pressure conditions: A pressure simulated tempering molecular dynamics study

Mori Yoshiharu, Okamoto Yuko

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 38(15) 1167-1173 2017年6月5日
Conformational changes of ubiquitin under high pressure conditions: A pressure simulated tempering molecular dynamics study

Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 38(15) 1167-1173 2017年6月査読有り
Two major stable structures of amyloid-forming peptides: amorphous aggregates and amyloid fibrils

Naohiro Nishikawa, Yoshitake Sakae, Takuya Gouda, Yuichiro Tsujimura, Yuko Okamoto

MOLECULAR SIMULATION 43(13-16) 1370-1376 2017年
Two major stable structures of amyloid-forming peptides: amorphous aggregates and amyloid fibrils

Naohiro Nishikawa, Yoshitake Sakae, Takuya Gouda, Yuichiro Tsujimura, Yuko Okamoto

MOLECULAR SIMULATION 43(13-16) 1370-1376 2017年査読有り
Modeling N-15 NMR chemical shift changes in protein backbone with pressure

Giovanni La Penna, Yoshiharu Mori, Ryo Kitahara, Kazuyuki Akasaka, Yuko Okamoto

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 145(8) 085104 (12 pages) 2016年8月査読有り
Implementation of replica-exchange umbrella sampling in the DFTB plus semiempirical quantum chemistry package

Shingo Ito, Stephan Irle, Yuko Okamoto

COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS 204 1-10 2016年7月査読有り
巻頭言：計算生物物理学の将来

岡本祐幸

日本生物物理学会誌 56(2) 75 2016年
分子動力学シミュレーションによる医学・創薬に向けたタンパク質の構造解析

榮慶丈, 西川直宏, 塚本修一朗, 鈴木孝禎, 岡本祐幸

YAKUGAKU ZASSHI 136 113-120 2016年査読有り
QM/MM free energy simulations: recent progress and challenges

Xiya Lu, Dong Fang, Shingo Ito, Yuko Okamoto, Victor Ovchinnikov, Qiang Cui

MOLECULAR SIMULATION 42(13) 1056-1078 2016年査読有り
Deterministic replica-exchange method without pseudo random numbers for simulations of complex systems

Ryo Urano, Yuko Okamoto

COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS 197 128-135 2015年12月
Observation of helix associations for insertion of a retinal molecule and distortions of helix structures in bacteriorhodopsin

Ryo Urano, Yuko Okamoto

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 143(23) 235101 (10 pages) 2015年12月査読有り
Designed-walk replica-exchange method for simulations of complex systems

R. Urano, Y. Okamoto

Computer Physics Communications 196 380-383 2015年10月1日
Editorial: ICMS2013

Yuko Okamoto

Molecular Simulation 41(10-12) 779 2015年8月13日
Conformational search simulations of Trp-cage using genetic crossover

Yoshitake Sakae, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, Katsuya Ishii, Yuko Okamoto

MOLECULAR SIMULATION 41(10-12) 1045-1049 2015年8月

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書籍等出版物

Optimizations of protein force fields in Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes

Yoshitake Sakae, Yuko Okamoto, edited, by Adam Liw (担当:共著)

Springer Berlin Heidelberg 2019年 (ISBN: 9783642285530)
Optimizations of protein force fields in Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes

Yoshitake Sakae, Yuko Okamoto, edited, by Adam Liw (担当:共著)

Springer Berlin Heidelberg 2019年 (ISBN: 9783319958422)
Conformational Dynamics of Oligosaccharides Characterized by Paramagnetism-Assisted NMR Spectroscopy in Conjunction with Molecular Dynamics Simulation, in Biochemical Roles of Eukaryotic Cell Surface Macromolecules

Ying Zhang, Takumi Yamaguchi, Tadashi Satoh, Maho Vagi-Utsumi, Yukiko Kamiya, Yoshitake Sakae, Yuko Okamoto, Koichi Kato, edited, by, Abhijit Chakrabarti, Avadhesha Surolia (担当:共著)

Springer 2015年 (ISBN: 9783319112794)
Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms, in Advances in Experimental Medicine and Biology

Takao Yoda, Yuji Sugita, Yuko Okamoto, edited, by Ke-li Han, Xin Zhang, Ming-jun Yang (担当:共著)

Springer, Berlin 2013年12月16日 (ISBN: 9783319029702)
Enhanced sampling algorithms, in Biomolecular Simulations: Methods and Protocols

Ayori Mitsutake, Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto, edited by, L. Monticelli, E. Salonen (担当:共著)

Humana Press 2013年10月
「生体分子の動きを探るー揺らぎと生体機能ー」ＰａｒｔⅢ 生体分子反応、第１２章「フォールデイングダイナミクス」12.2節

岡本祐幸

化学同人 2013年9月30日
拡張アンサンブル法 「計算科学講座」第９巻「超多自由度系の最適化」第２章

岡本祐幸, 古橋武, 笹井理生

共立出版 2013年5月
Salt Effects on Folding of Villin Headpiece Subdomain HP36 Studied by Generalized-Ensemble Simulations in Models in Bioscience and Materials Research: Molecular Dynamics and Related Techniques

Takao Yoda, Yuji Sugita, Yuko Okamoto, edited, by Kholmirzo T. Kholmurodov (担当:共著)

Nova Science, Hauppauge 2013年 (ISBN: 9781628080520)
Ligand docking simulations by generalized-ensemble algorithms

Y. Okamoto, H. Kokubo, T. Tanaka, dit, y, T, Karabencheva-Christova (担当:共著)

Academic Press, Burlington, 2013(Advances in Protein Chemistry and Structural Biology) 2013年
Generalized isobaric-isothermal ensemble algorithms, in From Computational Biophysics to Systems Biology (CBSB11) - Celebrating Harold Scheraga's 90th Birthday

Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto, edited, by, P. Carloni, U. Hansmann, T. Lippert, S. Mohanty, W. Nadler, O. Zimmermann (担当:共著)

John von Neumann Institute for Computing 2012年
Generalized-ensemble algorithms for simulations of complex molecular systems, in Practical Aspects of Computational Chemistry II: An Overview of the Last Two Decades and Current Trends

Hisashi Okumura, S.G. Itoh, Yuko Okamoto, edited, by J. Leszczynski, M.K. Shukla (担当:共著)

Springer 2012年
Generalized-ensemble simulations in protein science, in Proceedings of the 4th Japan-Russia International Workshop MSSMBS'10 "Molecular Simulations Studies in Material and Biological Sciences"

Yoshiharu Mori, Ayori Mitsutake, Yuko Okamoto, edited, by K. Kholmurodo (担当:共著)

Nova Science 2011年
Generalized-ensemble algorithms for studying protein folding, in Water and Biomolecules

Yuko Okamoto, edited, by K. Kuwajima, Y. Goto, F. Hirata, M. Kataoka, M. Terazim

Springer-Verlag 2009年5月
Generalized-ensemble algorithms for protein structure predictions, in Proceedings of International Conference on Computational & Experimental Engineering and Sciences 2009 (ICCES'09)

Yoshitake Sakae, Yuko Okamoto, edited by, W.H. Chen, S.N. Atluri (担当:共著)

Tech Science Press 2009年
Generalized-ensemble algorithms for protein folding simulations, in Lecture Notes in Physics Rugged Free Energy Landscapes: Common Computational Approaches to Spin Glasses, Structural Glasses and Biological Macromolecules

Yuji Sugita, Ayori Mitsutake, Yuko Okamoto, edited, by W. Jank (担当:共著)

Springer-Verlag 2008年
ナノメディシン 第3-5章「分子動力学シミュレーションによる生体情報系疾患機構解明」

岡本祐幸

オ-ム社 2008年
生物物理学ハンドブック

岡本祐幸, 石渡信一, 桐野勲, 桐野豊, 美宅成樹

朝倉書店 2007年
タンパク質の事典

岡本祐幸, 石渡信一, 桐野勲, 桐野豊, 美宅成樹

朝倉書店 2006年
バイオインフォマティクス事典

岡本祐幸, 日本バイオインフォマティクス学会

共立出版 2006年
Mega process genetic algorithm using grid MP, in Lecture Notes in Computer Science: Grid Computing in Life Science

Yoshiko Hanada, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, Yuko Okamoto, edited by A.Konagaya, K. Satou (担当:共著)

Springer-Verlag 2005年

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講演・口頭発表等

239

Enhanced sampling techniques for classical and quantum molecular simulations

Yuko Okamoto

The 5th International Conference on Molecular Simulation (ICMS 2019) 2019年11月3日招待有り
Enhanced sampling methods for complex spin and molecular systems

Yuko Okamoto

Molecular Simulation 2019 Meeting 2019年10月12日招待有り
Enhanced sampling simulations for water and biomolecules

Yuko Okamoto

The 10th Toyota RIKEN International Workshop on Science of Life Phenomena Woven by Water and Biomolecules 2019年9月4日招待有り
Enhanced sampling methods for classical and quantum simulations

Yuko Okamoto

The 4th International Conference on Computational Science and Engineering (ICCSE-4) 2019年7月24日招待有り
Enhanced sampling techniques for free energy calculations

Yuko Okamoto

Free Energy Calculations: Entering the Fourth Decade of Adventure in Chemistry and Biophysics 2019年6月16日招待有り
効率的立体構造探索法による生体分子シミュレーション

岡本祐幸

平成30年度第2回構造生物学研究会 2019年3月27日招待有り
Enhanced sampling techniques to study fluctuations and dynamics in molecular systems

Yuko OKAMOTO

Himakajima Workshop 2019 Spring 2019年3月21日招待有り
Enhanced sampling techniques to study fluctuations and dynamics in molecular systems

Yuko OKAMOTO

Telluride Workshop: The Role of Fluctuations and Dynamics in Biomolecular Function 2019年1月7日招待有り
Classical and quantum simulations in generalized ensemble

Yuko OKAMOTO

Energy Landscapes 2018 2018年9月2日招待有り
Enhanced sampling methods for spin systems and biomolecular systems

Yuko OKAMOTO

XXX IUPAP Conference on Computational Physics, CCP2018 2018年7月29日招待有り
Generalized-ensemble simulations of biological molecular assembly and artificial molecular assembly

Yuko OKAMOTO

The 6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biological Systems for Creation of Integrated Functions 2018年1月20日招待有り
Classical and quantum molecular simulations in generalized ensemble

Yuko OKAMOTO

International Workshop on Molecular Simulations 2017年11月17日招待有り
Generalized-ensemble algorithms for materials and biomolecular simulations

Yuko OKAMOTO

Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS2017) 2017年9月7日招待有り
Generalized-ensemble algorithms for advanced materials simulations

Yuko OKAMOTO

IUMRS-ICAM 2017, The 15th International Conference on Advanced Materials 2017年8月27日招待有り
Biomolecular simulations in generalized ensemble

Yuko Okamoto

Frontier Bioorganization Forum 2017: Dynamical Ordering and Integrated Functions of Biomolecular Systems 2017年8月24日招待有り
Energy landscape of biomolecular systems studied by generalized-ensemble simulations

Yuko OKAMOTO

Energy Landscapes 2017 2017年8月13日招待有り
Efficient Sampling Methods for Classical and Quantum Simulations

Yuko Okamoto

TSRC Workshop: Chemistry & Dynamics in Complex Environments (CHEM-DiCE) 2017年6月26日招待有り
Biomolecular simulations in generalized ensemble

Yuko Okamoto

Frontier Bioorganization Forum 2017 Dynamical ordering and integrated functions of biomolecular systems 2017年4月24日招待有り
Generalized-ensemble algorithms: enhanced conformational sampling methods

Yuko OKAMOTO

The 16th KIAS Protein Folding Winter School 2017年1月16日
Enhanced sampling methods for classical and quantum molecular simulations

Yuko OKAMOTO

The 9th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations 2016年11月14日

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

生体分子集団および人工分子集団の相互作用と大規模構造転換

科学研究費助成事業新学術領域研究（研究領域提案型）課題番号：25104715 2013年6月 - 2018年3月

岡本祐幸
拡張アンサンブル法による蛋白質への小分子結合機構の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2013年4月 - 2018年3月

岡本祐幸
拡張アンサンブル密度汎関数分子動力学法によるＡＴＰ加水分解の研究

科学研究費助成事業新学術領域研究（研究領域提案型）課題番号：25104715 2013年4月 - 2015年3月

岡本祐幸
拡張アンサンブルシミュレーションによるタンパク質とリガンドの結合構造予測法の開発

武田薬品工業株式会社企業からの受託研究 2011年4月 - 2014年3月

岡本祐幸, 小久保裕功, 田中稔祐
構造ゆらぎを促進する分子シミュレーション手法の開発と自由エネルギー計算

科学研究費助成事業新学術領域研究「揺らぎと生体機能」 2008年10月 - 2013年3月

岡本祐幸
蛋白質系分子シミュレーションのための新規エネルギー関数の開発

科学研究費助成事業特定領域研究「実在系の分子理論」，課題番号：20038025 2008年4月 - 2009年3月

岡本祐幸
拡張アンサンブル法による蛋白質折り畳み機構の研究

科学研究費助成事業特定領域研究「水と生体分子」，課題番号：15076213 2003年4月 - 2008年3月

岡本祐幸, 奥村久士
第一原理からのタンパク質の立体構造予測シミュレーション法の開発

日本学術振興会未来開拓学術研究推進事業・理工・計算科学日本学術振興会未来開拓学術研究推進事業・理工・計算科学 1998年4月 - 2003年3月

岡本祐幸
マルチカノニカル法によるX線及びNMR実験デ-タに基づく生体高分子の立体構造解析

科学研究費助成事業基盤研究(Ｂ) 課題番号：09480181 1997年10月 - 1998年3月

岡本祐幸
拡張アンサンブル法による蛋白質の立体構造予測

科学研究費助成事業重点領域研究「タンパク質立体構造の構築原理」課題番号：09261241 1997年4月 - 1998年3月

岡本祐幸
新最適化アルゴリズムによるタンパク質の折れたたみの研究

科学研究費助成事業重点領域研究「タンパク質立体構造の構築原理」課題番号：08272234 1996年4月 - 1997年3月

岡本祐幸, 中沢隆
徐冷モンテカルロ法及びマルチカノニカル法によるタンパク質の立体構造予測

日本学術振興会科学研究費助成事業一般研究(Ｃ)→基盤研究(Ｃ) 課題番号：07680722 1995年4月 - 1997年3月

岡本祐幸
新最適化アルゴリズムによるタンパク質の折れたたみ機構の研究

科学研究費助成事業重点領域研究「タンパク質立体構造の構築原理」課題番号：07280217 1995年4月 - 1996年3月

岡本祐幸, 中沢隆
徐冷モンテカルロ法によるタンパク質の立体構造予測

科学研究費助成事業奨励研究(Ａ) 課題番号：05854029 1993年4月 - 1994年3月

岡本祐幸