岡本 祐幸

J-GLOBALへ         更新日: 18/12/08 05:02
 
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研究者氏名
岡本 祐幸
 
オカモト ユウコウ
eメール
okamototb.phys.nagoya-u.ac.jp
URL
https://www.phys.nagoya-u.ac.jp/list/HPtemplate/HPtemplate_Okamoto_j.pdf
所属
名古屋大学
部署
大学院理学研究科 物質理学専攻
職名
教授
学位
理学士ー理学修士(ブラウン大学), 理学博士(コーネル大学)
科研費研究者番号
70185487
ORCID ID
0000-0002-7083-2326

経歴

 
1984年9月
 - 
1986年3月
米国バージニア工科大学理学部物理学科 博士研究員
 
1986年4月
 - 
1993年5月
奈良女子大学理学部物理学科 助手
 
1992年4月
 - 
1993年1月
米国スタンフォード大学線型加速器研究センター 客員研究員
 
1993年5月
 - 
1995年3月
奈良女子大学理学部物理学科 助教授
 
1994年3月
 - 
1994年5月
米国ミネソタ大学ドゥルース校理学部物理学科 客員准教授(大学院の電磁気学の講義を担当)
 

Misc

 
Tachi Yuhei, Okamoto Yuko, Okumura Hisashi
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   149(13)    2018年10月
Ito Shingo, Wang Ying, Okamoto Yuko, Irle Stephan
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   149(7)    2018年8月
Ito Shingo, Fedorov Dmitri G., Okamoto Yuko, Irle Stephan
COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS   228 152-162   2018年7月
Tsukamoto Shuichiro, Sakae Yoshitake, Itoh Yukihiro, Suzuki Takayoshi, Okamoto Yuko
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   148(12)    2018年3月
Kawano Shin, Tamura Yasushi, Kojima Rieko, Bala Siqin, Asai Eri, Michel Agnes H., Kornmann Benoit, Riezman Isabelle, Riezman Howard, Sakae Yoshitake, Okamoto Yuko, Endo Toshiya
JOURNAL OF CELL BIOLOGY   217(3) 959-974   2018年3月

書籍等出版物

 
Conformational Dynamics of Oligosaccharides Characterized by Paramagnetism-Assisted NMR Spectroscopy in Conjunction with Molecular Dynamics Simulation, in Biochemical Roles of Eukaryotic Cell Surface Macromolecules
Ying Zhang, Takumi Yamaguchi, Tadashi Satoh, Maho Vagi-Utsumi, Yukiko Kamiya, Yoshitake Sakae, Yuko Okamoto, and Koichi Kato (edited by Abhijit Chakrabarti and Avadhesha Surolia) (担当:共著)
Springer   2015年   ISBN:978-3-319-11279-4
Optimizations of protein force fields in Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes
Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto (edited by Adam Liwo) (担当:共著)
Springer Berlin Heidelberg   2014年   ISBN:978-3-642-28553-0
Book Subtitle
From Bioinformatics to Molecular Quantum Mechanics
Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms, in Advances in Experimental Medicine and Biology
Takao Yoda, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto (edited by Ke-li Han, Xin Zhang, and Ming-jun Yang) (担当:共著)
Springer, Berlin   2013年12月   ISBN:978-3-319-02970-2
Enhanced sampling algorithms, in Biomolecular Simulations: Methods and Protocols
Ayori Mitsutake, Yoshiharu Mori, and Yuko Okamoto (edited by L. Monticelli and E. Salonen) (担当:共著)
Humana Press   2013年10月   
「生体分子の動きを探るー揺らぎと生体機能ー」 PartⅢ 生体分子反応、第12章「フォールデイングダイナミクス」12.2節
岡本祐幸(寺嶋正秀 編集)
化学同人   2013年9月   
DOJIN BIOSCIENCEシリーズ

講演・口頭発表等

 
Protein folding, unfolding, and misfolding studied by generalized-ensemble simulations [招待有り]
Yuko OKAMOTO
Energy Landscapes 2018   2018年9月2日   
Enhanced sampling methods for spin systems and biomolecular systems [招待有り]
Yuko OKAMOTO
XXX IUPAP Conference on Computational Physics, CCP2018   2018年7月29日   
Generalized-ensemble simulations of biological molecular assembly and artificial molecular assembly [招待有り]
Yuko OKAMOTO
The 6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biological Systems for Creation of Integrated Functions   2018年1月20日   
Classical and quantum molecular simulations in generalized ensemble [招待有り]
Yuko OKAMOTO
International Workshop on Molecular Simulations   2017年11月17日   
Generalized-ensemble algorithms for materials and biomolecular simulations [招待有り]
Yuko OKAMOTO
Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS2017)   2017年9月7日   

競争的資金等の研究課題

 
生体分子集団および人工分子集団の相互作用と大規模構造転換
科学研究費助成事業
研究期間: 2013年6月 - 2018年3月    代表者: 岡本祐幸
研究分野:生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現
拡張アンサンブル密度汎関数分子動力学法によるATP加水分解の研究
科学研究費助成事業
研究期間: 2013年4月 - 2015年3月    代表者: 岡本祐幸
研究分野:コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス
拡張アンサンブル法による蛋白質への小分子結合機構の研究
日本学術振興会: 科学研究費助成事業
研究期間: 2013年4月 - 2018年3月    代表者: 岡本 祐幸
拡張アンサンブルシミュレーションによるタンパク質とリガンドの結合構造予測法の開発
武田薬品工業株式会社: 企業からの受託研究
研究期間: 2011年4月 - 2014年3月    代表者: 岡本祐幸
構造ゆらぎを促進する分子シミュレーション手法の開発と自由エネルギー計算
科学研究費助成事業
研究期間: 2008年10月 - 2013年3月    代表者: 岡本祐幸
計画研究