地方衛生研究所（地衛研）は, 都道府県・政令指定都市等に設置され（現在80 か所）, 地域における感染症発生動向調査及び食中毒の原因究明等において中心的な役割を担うとともに, 国立感染症研究所や国立医薬品食品衛生研究所等との緊密な連携により, 感染症・病原体監視の全国的なネットワークを形成している。各種感染症や食中毒等の細菌学的検査・研究は, 地衛研の基幹的業務であり, その活動から重要な細菌学的知見が見出されることも多い。本稿では, 地衛研を中心とした研究機関における細菌学的検査・研究及び事例経験, 特に, 食中毒・感染性胃腸炎, 結核, 薬剤耐性に関して, それぞれの地衛研の研究者から最新知見を報告する。