白木原康雄 (Yashuo Shirakihara) - マイポータル

基本情報

所属: 国立遺伝学研究所構造遺伝学研究センター助教授

学位: 理学博士(東京大学)

J-GLOBAL ID: 200901078938423056
researchmap会員ID: 1000052208

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研究分野

ライフサイエンス / 生物物理学 /

論文

Formation of repressor-inducer-operator ternary complex: negative cooperativity of d-camphor binding to CamR

Hironori Aramaki, Hiroyuki Kabata, Shuso Takeda, Hiroshi Itou, Hideki Nakayama, Nobuo Shimamoto

GENES TO CELLS 16(12) 1200-1207 2011年12月査読有り
Crystal Structures of the Multidrug Binding Repressor Corynebacterium glutamicum CgmR in Complex with Inducers and with an Operator

Hiroshi Itou, Nobuhisa Watanabe, Min Yao, Yasuo Shirakihara, Isao Tanaka

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 403(2) 174-184 2010年10月査読有り
Crystal structure of salt-tolerant glutaminase from Micrococcus luteus K-3 in the presence and absence of its product L-glutamate and its activator Tris

Kazuaki Yoshimune, Yasuo Shirakihara, Mamoru Wakayama, Isao Yumoto

FEBS JOURNAL 277(3) 738-748 2010年2月査読有り
Structural and functional characterization of the LldR from Corynebacterium glutamicum: a transcriptional repressor involved in L-lactate and sugar utilization

Yong-Gui Gao, Hiroaki Suzuki, Hiroshi Itou, Yong Zhou, Yoshikazu Tanaka, Masaaki Wachi, Nobuhisa Watanabe, Isao Tanaka, Min Yao

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 36(22) 7110-7123 2008年12月査読有り
Structural basis for tropomyosin overlap in thin (actin) filaments and the generation of a molecular swivel by troponin-T

Kenji Murakami, Murray Stewart, Kayo Nozawa, Kumiko Tomii, Norio Kudou, Noriyuki Igarashi, Yasuo Shirakihara, Soichi Wakatsuki, Takuo Yasunaga, Takeyuki Wakabayashi

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 105(20) 7200-7205 2008年5月査読有り
Crystal structure of the PH1932 protein, a unique archaeal ArsR type winged-HTH transcription factor from Pyrococcus horikoshii OT3

Hiroshi Itou, Min Yao, Nobuhisa Watanabe, Isao Tanaka

Proteins: Structure, Function and Genetics 70(4) 1631-1634 2008年3月査読有り
The structures of transcription factor CGL2947 from Corynebacterium glutamicum in two crystal forms: A novel homodimer assembling and the implication for effector-binding mode

Yong-Gui Gao, Min Yao, Hiroshi Itou, Yong Zhou, Isao Tanaka

PROTEIN SCIENCE 16(9) 1878-1886 2007年9月査読有り
Crystal structure of a major fragment of the salt-tolerant glutaminase from Micrococcus luteus K-3

Kazuaki Yoshimune, Yasuo Shirakihara, Aya Shiratori, Mamoru Wakayama, Panuwan Chantawannakul, Mitsuaki Moriguchi

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 346(4) 1118-1124 2006年8月査読有り
Entropically driven MHC class I recognition by human inhibitory receptor leukocyte Ig-like receptor B1 (LILRB1/ILT2/CD85j)

M Shiroishi, K Kuroki, K Tsumoto, A Yokota, T Sasaki, K Amano, T Shimojima, Y Shirakihara, L Rasubala, PA van der Merwe …

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 355(2) 237-248 2006年1月査読有り
The CGL2612 protein from Corynebacterium glutamicum is a drug resistance-related transcriptional repressor - Structural and functional analysis of a newly identified transcription factor from genomic DNA analysis

H Itou, U Okada, H Suzuki, M Yao, M Wachi, N Watanabe, Tanaka, I

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 280(46) 38711-38719 2005年11月査読有り
Expression, crystallization and preliminary diffraction studies of the Pseudomonas putida cytochrome P450cam operon repressor CamR

K Maenaka, K Fukushi, H Aramaki, Y Shirakihara

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS 61 796-798 2005年8月査読有り
Efficient large-scale protein production of larvae and pupae of silkworm by Bombyx mori nuclear polyhedrosis virus bacmid system

T Motohashi, T Shimojima, T Fukagawa, K Maenaka, EY Park

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 326(3) 564-569 2005年1月査読有り
Structure analysis of PH1161 protein, a transcriptional activator TenA homologue from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii

H Itou, M Yao, N Watanabe, Tanaka, I

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 60 1094-1100 2004年6月査読有り
F0F1-ATPase/synthase is geared to the synthesis mode by conformational rearrangement of epsilon subunit in response to proton motive force and ADP/ATP balance

T Suzuki, T Murakami, R Iino, J Suzuki, S Ono, Y Shirakihara, M Yoshida

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 278(47) 46840-46846 2003年11月査読有り
Human inhibitory receptors Ig-like transcript 2 (ILT2) and ILT4 compete with CD8 for MHC class I binding and bind preferentially to HLA-G

M Shiroishi, K Tsumoto, K Amano, Y Shirakihara, M Colonna, VM Braud, DSJ Allan, A Makadzange, S Rowland-Jones, B Willcox …

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 100(15) 8856-8861 2003年7月査読有り
Crystal Structure of Enterococcus hirae enolase at 2.8 Å Resolution.

Hosaka, T, Meguro, T, Yamato, I, Shirakihara, Y

J. Biochem (Tokyo) 133(6) 817-823 2003年6月査読有り
Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of salt-tolerant glutaminase from Micrococcus luteus K-3

P Chantawannakul, K Yoshimune, Y Shirakihara, A Shiratori, M Wakayama, M Moriguchi

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 59 566-568 2003年3月査読有り
The human low‐affinity Fcγ receptors IIa, IIb and III bind IgG with fast kinetics and distinct thermodynamic properties.

Maenaka, K, van der Merwe, P.A, Stuart, D.I, Jones, E.Y, Sondermann, P

J. Biol. Chem. 276(48) 44898-44904 2001年11月査読有り
Detection of Autoantibodies to Killer Immunoglobulin‐Like Receptors Using Recombinant Fusion Proteins for Two Killer Immunoglobulin‐Like Receptors in Patients with Systemic Autoimmune Diseases.

Matsui, T, Otsuka, M, Maenaka, K, Furukawa, H, Yabe, T, Yamamoto, K, Nishioka, K, Kato, T

Arthritis and Rheumatism. 44(2) 384-388 2001年2月査読有り

MISC

Draft genome sequence of a thermophilic member of the Bacillaceae, Anoxybacillus flavithermus strain Kn10, isolated from the Kan-nawa Hot Spring in Japan

Minenosuke Matsutani, Yasuo Shirakihara, Katsumi Imada, Toshiharu Yakushi, Kazunobu Matsushita

Genome Announcements 1(3) e00311-e00313 2013年
Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies on the DNA-binding domain of the transcriptional activator protein PhoB from Escherichia coli

K Shindoh, K Maenaka, T Akiba, H Okamura, Y Nishimura, K Makino, Y Shirakihara

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 58 1862-1864 2002年10月
Crystallization of the F41 fragment of flagellin and data collection from extremely thin crystals

FA Samatey, K Imada, F Vonderviszt, Y Shirakihara, K Namba

JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY 132(2) 106-111 2000年11月
ATP合成酵素

蛋白質核酸酵素 44(4) 538-545 1999年
ATP synthase

44(4) 538-545 1999年
The crystal structure of the nucleotide-free alpha 3 beta 3 subcomplex of F-1-ATPase from the thermophilic Bacillus PS3 is a symmetric trimer

Y Shirakihara, AGW Leslie, JP Abrahams, JE Walker, T Ueda, Y Sekimoto, M Kambara, K Saika, Y Kagawa, M Yoshida

STRUCTURE 5(6) 825-836 1997年6月
Crystallization of 31 KDa C-terminal Fragment of Rat DXIA Dalymerase β

Journal of Molecular Biology 235(4) 1342-1344 1994年
好熱菌F<D2>1</D2>-ATPaseのα<D2>3</D2>β<D2>3</D2>複合体の結晶化

日本生物物理学会 33(S) 87 1993年
Crystallization of α<D2>3</D2>β<D2>3</D2> complex of F<D2>1</D2> ATPase from a Thermophilic Bacterium.

Japanese Biophysics Society 33(S) 87 1993年
好熱菌F1-ATPaseとそのサブユニットの精製と結晶化

109 1991年
Purification by Dye-Ligana Chromatography and a Crystallization Study of F1-ATPase and its Major Subumits, Bandα, from a Thermophilic Bacterium PS3

Journal of Biochemistry 109 1991年
大腸菌ホスホフルクトキナーゼとその産物の複合体の結晶構造

204 1988年
The Crystal Structure of the Complex of Phosphofructakinase from E. coli with its Reaction Products

Journal of Molecular Biology 204 1988年

書籍等出版物

膜タンパク質の結晶解析

東京化学同人 1992年
X-ray Crystal Analysis of Membrane Proteins

Tokyo Kagaku-Dojin 1992年

講演・口頭発表等

Crystallization of ATPsynthase

Shirakihara,Y, Tanikawa,H, Murakami,S

生物物理学会51回年会 2013年10月29日
複製開始因子ColE2-Rep DNA結合領域と複製開始点との複合体の結晶構造解析：プライマーゼ活性を持つユニークなRepタンパク質による特異的ori認識ならびに2本鎖DNA解裂機構の構造学的研究

伊藤啓, 矢倉勝, 伊藤建夫, 白木原康雄

第35回日本分子生物学会年会 2012年12月11日
Structure analysis of the DNA-binding domain of ColE2-Rep in complex with the replication origin

Itou, H, Yagura, M, Itoh, T, Shirakihara, Y

A joint meeting of the Asian Crystallographic Association, Society of Crystallographers in Australia and New Zealand 2012年12月2日
複製開始因子ColE2-Repによる複製開始点の認識ならびに2本鎖開裂機構の構造学的研究

伊藤啓, 矢倉勝, 伊藤建夫, 白木原康雄

日本結晶学会2012年年会 2012年10月25日
Crystallization of ATPsynthase

Shirakihara,Y, Tanikawa,H, Murakami,S

生物物理学会50回年会 2012年9月22日
複製開始因子ColE2-Repによるori認識機構の構造生物学的研究

伊藤啓, 矢倉勝, 伊藤建夫, 白木原康雄

日本結晶学会2011年年会 2011年11月24日
Structure of Salt-tolerant Glutaminase:Structural Basis for Salt Tolerance

Yoshimune,K&Shirakihara,Y

生物物理学会49回年会 2011年9月18日
Crystallization of ATPsynthase

Shirakihara, Y, Tanikawa, H, Yoshimune,K, Murakami S, Suzuki T, Yoshida M

生物物理48回年会 2010年9月21日
Crystallization of ATPsynthase

Shirakihara, Y, Tanikawa, H, Yoshimune,K, Murakami S, Suzuki T, Yoshida M

生物物理47回年会 2009年10月30日
C.glutamicum由来多剤調節因子CgmRの構造学的研究：多剤耐性に適したもうひとつのリプレッサーの作用機構

Itou, H, Watanabe, N, Yao, M, Shirakihara, Y, Tanaka, I

日本蛋白質科学会2009年年会 2009年5月20日
Crystallization and crystal analysis of ATPsynthase

Shirakihara, Y, Shiratori A, Murakami S, Suzuki T, Yoshida M

IUCr2008 2008年8月23日
Structural studies of the multidrug-responsive transcriptional repressor protein CgmR

Itou, H, Watanabe, N, Yao, M, Shirakihara, Y, Tanaka, I

21st congress and general assembly of the international union of crystallography 2008年8月23日
Crystallization and crystal analysis of ATPsynthase

Shirakihara, Y, Shiratori A, Murakami S, Suzuki T, Yoshida M

生物物理45回年会 2007年12月21日
転写開始におけるRNA polymeraseの活性型と不活性型のスイッチ機構

今清水正彦, 伊藤啓, 田中寛, 村上勝彦, 嶋本伸雄

生物物理学会年会2007 2007年12月21日
シアノバクテリアRNA polymeraseにおける転写開始のスイッチ機構

今清水正彦, 伊藤啓, 田中寛, 村上勝彦, 嶋本伸雄

BMB2007 2007年12月11日
Corynebacterium glutamicum由来蛋白質CGL2915の構造と機能解析：乳酸と炭水化物利用に関わる新規転写リプレッサー

Gao, YG, Yao, M, Suzuki, M, Itou, H, Wachi, M, Watanabe, N, Tanaka, I

日本蛋白質科学会2007年会 2007年5月24日
バクテリアの多剤耐性調節転写因子CGL2612タンパク質による、薬剤・DNA認識機構の構造学的研究

Itou, H, Suzuki, M, Wachi, M, Watanabe, N, Tanaka, I

日本蛋白質科学会2007年年会 2007年5月24日
Improvement and analysis of ATP synthase crystals

Shirakihara, Y, Shiratori A, Murakami S, Suzuki T, Yoshida M

EABS & BSJ 2006 2006年11月12日
The CGL2612 protein, a newly identified protein by genomic DNA analysis on Corynebacterium glutamicum, is a drug resistance-related transcriptional repressor

Itou, H, Okada, U, Suzuki, H, Wachi, M, Yao, M, Watanabe, N, Shirakihara, Y, Tanaka, I

20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress 2006年6月18日
タンパク3000プロジェクト「転写・翻訳」拠点の成果（５）有用細菌由来転写因子の立体構造解析

Gao, YG, Hayashi, T, Sakai, N, Itou, H, Yao, M, Watanabe, N, Tamura, T, Tanaka, I

日本蛋白質科学会2006年年会 2006年4月24日

白木原康雄

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講演・口頭発表等

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